• 생명과학회지
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• 제28권4호
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• pp.408-414
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• 2018

Actein은 널리 알려진 승마 추출물의 주요 생리 활성 효능 성분이다. 본 연구에서는 acetylcholine 수용체의 활성을 억제하는 것으로 활용된 AchBP 단백질 길항제(antagonist) tubocurarine과 승마 추출물의 효능 성분 actein 및 actein 유도체(27-deoxyactin, (26S)-actein, (26R)-actein)들의 AchBP 단백질 B와 C domain 활성 부위에 대한 친화도 분석 실험을 컴퓨터 분자결합 분석 방법을 통해 비교하였다. AchBP 단백질 B와 C domain의 3차원 구조정보는 PDB database (PDB ID: 2XYT)를 활용하였다. In silico 결합 분석을 수행하기 위해 PyRx, Autodock Vina, Discovery Studio Version 4.5, and NX-QuickPharm 프로그램을 각 분석 조건에 따라 활용하였다. AchBP 단백질 B와 C domain 활성 부위에 대한 actein의 최대 결합친화도는 -10.50 kcal/mol으로 나왔으며 이는 -9.80 kcal/mol으로 분석된 tubocurarine의 결합 친화도 보다 훨씬 더 높고 효율적인 것으로 분석되었다. Tubocurarine에 비하여 결합친화도 값이 높게 분석된actein, 27-deoxyactein, (26R)-actein 유도체 성분들과 상호작용 하는 AchBP 단백질 활성 부위의 아미노산들 가운데 tryptophan 84와 tyrosine 147이 높은 결합친화도를 형성하는데 매우 중요한 역할을 하는 아미노산으로 예상이 되었다. Tubocurarine의 AchBP 단백질 활성 부위에 대한 X,Y,Z Grid 값은 X=38.300689, Y=112.053467, Z=51.991022으로 나왔으나 actein과 actein 유도체들은 대부분 X=26.4, Y=127.3, Z=43.7 값 주변에 centroid grid를 형성하였다. 즉, tubocurarine이 결합하는 부위와는 다른 부위에 결합하여 AchBP의 활성에 영향을 주는 것으로 사료되었다. 이상의 연구 결과들을 분석해 볼 때, 아세틸콜린 수용체 길항제 tubocurarine보다 승마 추출물 생리 활성 물질인 actein과 그 유도체들이 보다 더 효율적인 아세틸콜린 수용체 길항제로 작용할 수 있음을 확인하였다. 결론적으로 승마 추출물 또는 actein 성분은 피부 주름 개선 효능을 지닌 보톡스를 대체하거나 또는 주름 개선용 화장품 신물질 연구 개발 분야에 효율적으로 활용할 수 있을 것으로 사료된다.

• 식물병연구
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• 제15권3호
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• pp.217-221
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• 2009

Fludioxonil은 미국 EPA에 의해 저독성(reduced-risk) 살균제로 분류되었으며, 이 살균제는 Pseudomonas pyrrocinia가 생산하는 항균 물질인 pyrrolnitrin을 선도 물질로 하여 합성하였다. 본 연구에서는 상추 품종, 기주 식물의 생육 시기, Botrytis cinerea 포자농도, 접종원의 영양분 농도 등의 발병 조건에 따른 fludioxonil의 상추 잿빛곰팡이병에 대한 방제효과를 온실에서 실험하였다. 상추의 생육시기에 따른 fludioxonil 방제효과를 실험한 결과, 2 ${\mu}g$/ml 처리구는 어린 유묘에서 잿빛곰팡이병 방제효과가 더 높았으나, 10 ${\mu}g$/ml 이상 농도에서는 생육 시기에 따른 방제효과의 차이는 거의 없었다. 또한 fludioxonil 10 ${\mu}g$/ml 이상 농도 처리구는 B. cinerea의 포자 농도(2.5$\times$10개/ml 부터 $2{\times}10^6$ 개/ml까지)에 관계없이 모두 우수한 방제효과를 나타냈다. 반면에 fludioxonil 2 ${\mu}g$/ml은 접종원의 포자농도가 높을수록 낮은 방제효과를 보였다. 그리고 영양분농도에 따른 fludioxonil의 잿빛곰팡이병 방제효과를 실험한 결과, potato dextrose broth의 농도가 낮을수록 fludioxonil은 상추 잿빛곰팡이병에 대한 높은 방제효과를 나타냈다. 이상의 결과로부터 살균제 fludioxonil은 상추 잿빛곰팡이병에 대한 효과적인 살균제임을 알 수 있었으며, 다만 낮은 농도에서는 발병 조건에 따라 다소 낮은 방제효과를 나타낼 수 있을 것이다.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제11권2호
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• pp.133-148
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• 2005

단백질 구조에 대한 유사성과 특이성에 대한 이해는 단백질의 기능을 파악하는데 있어 중요한 역할을 하고 있기 때문에, 많은 단백질 구조를 비교하는 시스템이 개발되고 있다. 그러나 이러한 시스템들은 단백질 구조 비교를 위한 자신의 알고리즘에 맞게 PDB에서 제공하는 데이타를 가공해야 한다 더욱이 PDB 데이타베이스에 저장된 데이타가 증가함에 따라 대용량의 단백질 구조 데이타베이스를 대상으로 주어진 단백질과 유사한 부분구조를 찾는 시스템은 보다 많은 계산량이 필요하여진다. 본 논문에서는 XML 데이타베이스인 eXist를 이용하여 PSAML 문서를 제공하는 PSAML 데이타베이스에 기반을 둔 WS4E(A Web-Based Searching Substructures of Secondary Structure Elements) 단백질 구조 비교 시스템을 소개한다. PSAML(Protein Structure Abstraction Markup Language)은 XML기반의 단백질 구조 표현 기법으로서 단백질의 2차구조 구성요소와 그들 사이의 관계를 이용하여 단백질 구조를 정형화된 방법으로 기술한다. 구축된 PSAML 데이타베이스를 이용하여, WS4E는 PSAML로 표현된 단백질 구조에서 유사한 부분 구조를 찾는 웹서비스를 제공한다. 또한, PSAML 데이타베이스에서 비교 대상이 되는 단백질의 숫자를 감소시키기 위하여, 단백질 2차구조가 가지는 공간상의 정보를 이용하여 하나의 단백질 구조를 표현하는 기법인 topology string을 이용하였다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제14권5호
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• pp.1081-1085
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• 2004

Genome research has become very popular in most nations. In order to enhance the efficiency of collaboration among genome research groups, ways to store and share data, communicate with each other, be guided through right research strategies, and to easily use well-established databases. In addition, since techniques and softwares for genome research groups are well established, a similar research road map could commonly be applied. In this study, we developed a web-based work place for effective genome research, named 'BioPlace.' From the beginning of writing a proposal, research members can work on the same environment with convenient aid to share files or data. BioPlace provides various ways of collaboration methods among genome researchers. The BioPlace system supports two types of workplaces, namely 'Personal Workspace' and 'Team Workspace.' For each BioPlace user, a Persona] Workspace is provided, while a Team Workspace is provided for each group with the same purpose. In addition, BioPlace provides a 'General Research Road Map' for genome research, and several Korean user interfaces for BLAST, PDB, and Primer3. We expect that BioPlace may facilitate collaboration of genome research among the experienced scientists and help beginners in many different ways as well.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
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• 한국정보과학회 2001년도 봄 학술발표논문집 Vol.28 No.1 (B)
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• pp.556-558
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• 2001

전체 영상을 이용하지 않고 영상 안에 포함된 특정 객체 혹은 영역만을 이용하는 "영역에 의한 질의(query-by-region)" 방법은 내용기반 영상 검색 중 상위개념의 방법 이지만, 영상 분할의 한계, 여러개로 분할된 영역을 모두 검색하기 위한 인덱싱 문제, 유사성 측정 시 선형적으로 분리되지 않는 특징 값들에 대한 무리한 선형 조합으로 인한 검색 오류와 같은 많은 문제점을 안고 있다. 따라서 본 논문에서는 영역 기반 영상 검색 시스템인 FRIP에 대하여 영상 분할의 한계를 극복하고, 사용자의 주관성을 영상 검색에 적용하기 위해 확률적 연관성 학습 모델(MPFRL)을 유사성 측정 단계에서 적용 하였고, 아울러 검색 모델로는 기존에 일반적으로 사용되어 오던, 선형 모델을 사용하지 않고 선형 모델보다 유연한 검색 결과를 보여주는 확률적 이접 부울 모델(PDB)을 사용하였다. 또한, 검색 시간을 단축 시키기 위해, 선형 검색 방법에 부울 AND 연산자를 적용 시킴으로써, 검색 시간을 상당부분 단축 할 수 있었다. 실험 결과, 본 논문에서 제안하는 방법(MPFRL+PDB)을 사용할 경우 검색 결과가 선형 조합 보다 향상되는 것을 알 수 있었다. 아울러 사용자 피드백을 통해 사용자가 특징 가중치를 일일이 조절하지 않더라도 단순한 몇 번의 클릭만으로 사용자의 주관성을 반영하고 보다 정확한 검색 결과를 보여 줄 수 있는 시스템을 설계 할 수 있었다.

• Genomics & Informatics
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• 제11권4호
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• pp.289-291
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• 2013

Human papillomavirus (HPV) infection is the leading cause of cancer mortality among women worldwide. The molecular understanding of HPV proteins has significant connotation for understanding their intrusion in the host and designing novel protein vaccines and anti-viral agents, etc. Genomic, proteomic, structural, and disease-related information on HPV is available on the web; yet, with trivial annotations and more so, it is not well customized for data analysis, host-pathogen interaction, strain-disease association, drug designing, and sequence analysis, etc. We attempted to design an online reserve with comprehensive information on HPV for the end users desiring the same. The Human Papillomavirus Proteome Database (hpvPDB) domiciles proteomic and genomic information on 150 HPV strains sequenced to date. Simultaneous easy expandability and retrieval of the strain-specific data, with a provision for sequence analysis and exploration potential of predicted structures, and easy access for curation and annotation through a range of search options at one platform are a few of its important features. Affluent information in this reserve could be of help for researchers involved in structural virology, cancer research, drug discovery, and vaccine design.

• 생명과학회지
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• 제12권6호
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• pp.708-714
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• 2002

최근 들깨잎 주산지인 부산시 강동지역과 경남 밀양지역 하우스내의 들깨잎에 가장자리가 검게 변하고 마르는 증상을 띄는 병해가 발생되고, 심하면 잎 전체가 고사하는 병이 발생되었다. 이런 병반으로부터 병원성이 강하고 분생포자 형성이 많은 SD1 균주를 분리하여 병원균의 형태 및 배양적 특성을 조사한 결과 PDA 평판배지에서 $25^{\circ}C$, 암조건으로 배양할 경우 균사생장이 가장 왕성하였으며, 분생포자 형성량은 V8A 평판배지에서 가장 많았다. 또한 SD1 균주의 균사생장 적온은 $25^{\circ}C$, 분생포자 형성 적온은 3$0^{\circ}C$였으며, 분생포자 현탁액에 첨가한 영양원에 따른 분생포자 발아율과 발아관의 신장은 10% 토마토쥬스에서 가장 양호하였는데 24시간 후 발아율은 거의 100%였으며, 36시간 후 발아관 길이는 535.2$\mu\textrm{m}$로 PDB보다 1.4배정도 길었다. 또한 SD1 균주의 병원성을 검정한 결과 10% 토마토쥬스를 첨가한 분생포자 현탁액으로 접종할 경우 자연 발병된 병징과 동일하였으며 발병율도 100%로서 PDB 분생포자 현탁액에서는 60%, 살균수에서는 전혀 발병되지 않았다. 본 균주는 균총 형태와 색깔, 광학현미경을 이용한 형태적 특성과 몇 가지 배지 등을 이용한 배양적 특성 및 병원성 검정 결과에 따라 Alternaria alternata로 동정되었으며, 들깨 잎마름병으로 명명하였다.

• 한국버섯학회지
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• 제15권1호
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• pp.38-44
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• 2017

최근 식용과 약용버섯으로 각광을 받고 있는 꽃송이버섯(Sparassis latifolia 혹은 S. crispa)은 베타-글루칸이 풍부하여 다양한 생리활성을 나타낸다고 알려져 있다. 꽃송이버섯에 다량 포함된 베타-글루칸과 더불어 뇌기능을 증진시킬 수 있는 영양성분이 보강된다면 약용버섯의 기능성이 더욱 증대되어 농가소득 증대와 국민 건강증진에 큰 기여를 할 것으로 판단된다. 본 연구에서는 꽃송이버섯 균사체 배양 시 아미노산을 첨가하였을 시 균사 생장이 촉진됨과 함께 GABA 함량이 증대되었고, ${\beta}-glucan$ 함량에는 유의적인 효과가 없는 것을 확인하였다. 균사의 생장에는 glutamic acid와 ornithine 모두 효과가 있었으나, GABA 함량에 대해서는 glutamic acid의 첨가가 훨씬 효과적임을 확인하였다. 이는 꽃송이버섯 균사체의 GABA-shunt에 glutamic acid가 영향을 미친 것으로 사료된다. 생성된 GABA의 소멸과 다른 화합물의 신규 생성에 대해서는 아직 결과를 도출하지 못하였으므로, 이 부분에 대한 추가 연구가 필요하리라 사료된다.

• 한국환경농학회지
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• 제20권1호
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• pp.1-7
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• 2001

토양에서 분리된 인산가용화 사상균 Penicillium sp. GL-101 균주를 PDB-인광석 배지에서 액침배양했을 때 유리인산을 배양액속에 다량 방출함으로써 높은 인산가용화능을 보였다. 일반적으로 미생물에 의한 인산가용화 기작은 산성화, 킬레이트 대사산물의 생성, 산화환원 활성 등이 알려져 있는데 본 연구에서는 GL-101 균주의 유리인산 생성기작을 밝히기 위하여 균체를 PDB-인광석 배지에 키우면서 유리인산 생성능을 분광학적인 방법으로 정량분석하였다. 또한 균체의 액침배양중의 pH 변화를 측정한 결과 pH의 급격한 감소 즉 배지의 산성화가 주된 인산가용화 기작임을 확인하였다 즉 이 균주는 배양 4일이 경과하면 pH가 4.0 이하로 떨어지며, 특히 1.0%(w/v)의 황토를 첨가할 경우 pH가 3.2까지 떨어졌다. 이때 pH 감소에 영향을 주는 주 원인물질을 HPLC로 분석한 결과 citric acid 임을 확인하였다. 또한 이 균주는 균체의 생장중에 배지속으로 phosphatase를 생성 ${\cdot}$ 분비하였으며, 특히 황토를 1.0% 첨가했을 때 최대 1.3 unit의 효소활성을 보였다. 그러나 이 균주는 2-ketogluconic acid와 같은 킬레이트 물질은 거의 생성하지 않았기 때문에 이와 같은 기작에 의한 유리인산 생성은 거의 없을 것으로 생각된다. 따라서 Penicillium sp. GL-101 균주의 유리인산 생성기작은 citric acid 생성에 의한 산성화 및 phosphatase 활성의 두 가지 기작에 의한 것으로 결론지었다.

• The Korean Journal of Physiology and Pharmacology
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• 제2권4호
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• pp.435-441
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• 1998

We examined effects of interleukin $1{\alpha}$ ($IL1{\alpha}$) and phorbol 12, 13 dibutyrate (PDB), an activator of protein kinase C, on mRNA for Prostaglandin H synthase (PGHS) and prostanoid production in cultured ovine meningeal fibroblasts. Immuno- and morphologically-identified fibroblasts were derived from cerebral cortex and white matter from fetal lambs (approximately 120 days gestation) and grown to confluence on glass coverslips in 12 well plates. Levels of prostaglandin $F_{2{\alpha}}$ and the stable hydrolysis product of prostacyclin (i.e., $6-keto-PGF_{1{\alpha}}$) were determined using enzyme immunoassay. Relative amounts of mRNA were determined by in situ hybridization using ovine cDNA for PGHS1. $IL1{\alpha}$ (10 ng/ml) increased mRNA levels over baseline by $62{\pm}19%$ (p＜0.05) at 60 min., $37{\pm}12%$ (NS) at 120 min., and $36{\pm}18%$ (NS) at 240 min (n=12). Levels of $6-keto-PGF_{1{\alpha}}$ were $148{\pm}18%$ pg/ml during baseline, $246{\pm}41%$ pg/ml at 60 min., $248{\pm}40%$ pg/ml at 120 min., and $259{\pm}62%$ pg/ml at 240 min (all p＜0.05) (n=12). $PGF_{2{\alpha}}$ was increased although it wasn't statistically significant. However, $IL1{\alpha}$ decreased $PGE_2$ level significantly (all p＜0.05). PDB $(10^{-6}M)$ increased mRNA levels over baseline by $25{\pm}6%$ after 30 min., $40{\pm}6%$ after 60 min., and $20{\pm}8%$ after 90 min. (n=9) (all p＜0.05). Levels of $6-keto-PGF_{1{\alpha}}$ were $200{\pm}43%$ pg/ml during baseline, $202{\pm}43%$ pg/ml after 30 min. (NS), $268{\pm}58%$ pg/ml after 60 min. (p＜0.05), and $296{\pm}60%$ pg/ml after 90 min. (p＜0.05) (n=9). Levels of $PGF_{2{\alpha}}$ were $178{\pm}26%$ pg/ml during baseline, $300{\pm}30%$ pg/ml after 30 min., $299{\pm}35%$ pg/ml after 60 min., and $355{\pm}32%$ pg/ml after 90 min (all p＜0.05) (n=6). Actinomycin-D (1 mg/ml) prevented increases in mRNA, $6-keto-PGF_{1{\alpha}}$, and $PGF_{2{\alpha}}$ at 60 min. for both $IL1{\alpha}$ and PDB. We conclude that cerebral fibroblasts are avid producers of prostanoids, and that enhanced production of PGHS is responsible for augmented $PGF_{2{\alpha}}$ and prostacyclin production in the presence of an activator of protein kinase C and for decreased $PGE_2$ and increased prostacyclin production in the presence of $IL1{\alpha}$.