• 미생물학회지
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• 제43권1호
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• pp.1-6
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• 2007

Epstein-Barr virus (EBV), cytomegalovirus (CMV), hepatitis B virus (HBV), parvovirus B19 (B19)등 4종의 바이러스는 인체에 감염을 일으키는 병원체로서 DNA를 유전물질로 함유한다. 각 바이러스 유전자의 염기서열을 분석하여 EBV CMV, HBV의 pol 유전자와 B19의 ns 유전자에 특이적으로 결합할 수 있는 primer를 설계 제작하고 단일 시험으로 4종의 바이러스를 동시에 검출할 수 있는 다중 중합효소 연쇄반응(Multiplex PCR)법을 확립하였다. Primer 염기서열, PCR 반응조성물의 농도, PCR 반응시간 및 온도조건을 최적화하여 민감도를 증대시킴으로써, 단일 시험으로 5-10 분자수의 유전물질까지 검출이 가능하였다. 또한 4종의 바이러스 사이에 교차반응이 일어나지 않았으며 생체시료를 이용한 시험에서도 특이성과 민감도가 유지됨을 확인하였다. 그러므로 본 연구에서 확립한 다중 중합효소 연쇄반응은 세포배양액 또는 생체 시료에 감염된 4종 DNA 바이러스진단에 효율적으로 이용할 수 있을 것이라고 판단된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제44권4호
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• pp.493-496
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• 2016

Peach rosette mosaic virus (PRMV)는 1933년 복숭아에서 처음 보고되었으며, 복숭아, 자두, 블루베리, 민들레, 벚나무 등에 감염되는 식물바이러스이다. PRMV는 한국에서 보고된 적이 없으나, 식물검역에서 관리병(control viruses)으로 지정되어 있다. 이번 연구에서는 PRMV를 더욱 신속하고 특이적으로 진단하기 위하여 Loop-mediated isothermal amplification 분석법을 적용한 진단법을 개발하였다. LAMP 방법은 기존의 PCR 방법(RT-PCR 및 nested PCR)과 같은 검출 강도를 가지고 있다. 또한 LAMP 반응을 확인하기 위해 PRMV cDNA을 outer primer sets (Product size 264 bp)로 PCR 한 뒤, Pvu II (CAG/CTG) 제한효소를 처리하였다. 제한효소 처리 결과 2개의 digestion fragments (207 + 57 bp)가 확인되었다. PRMV의 LAMP 진단 방법은 관련 식물로부터 더욱 신속한 모니터링이 가능할 것으로 기대된다.

• Journal of Ginseng Research
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• 제33권1호
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• pp.55-58
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• 2009

Generally, the direct sequencing through PCR is faster, easier, cheaper, and more practical than clone sequencing. Frequently, standard PCR amplification is usually interpreted by mispriming internal or external regions of the target template. Normally, DNA fragments were eluted from the gel using Gel extraction kit and subjected to direct sequencing or cloning sequencing. Cloning sequencing has often troublesome and needs more time to analyze for many samples. Since touchdown (TD) PCR can generate sufficient and highly specific amplification, it reduces unwanted amplicon generation. Accordingly, TD PCR is a good method for direct sequencing due to amplifying wanted fragment. In plants the 5S-rRNA gene is separated by simple spacers. The 5S-rRNA gene sequence is very well-conserved between plant species while the spacer is species-specific. Therefore, the sequence has been used for phylogenetic studies and species identification. But frequent occurrences of spurious bands caused by complex genomes are encountered in the product spectrum of standard PCR amplification. In conclusion, the TD PCR method can be applied easily to amplify main 5S-rRNA and direct sequencing of panax ginseng cultivars.

• 한국식품과학회지
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• 제45권2호
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• pp.156-160
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• 2013

우리나라에서 미승인 품목인 유전자변형 감자 EH92-527-1를 검출하기 위한 duplex PCR 검사법이 개발되었다. 감자의 내재유전자로 UDP-glucose pyrophosphorylase (UGP)가 선별되었고, 14개 다른 작물을 이용하여 특이성이 확인되었다. 유전자변형 감자에 삽입된 T-DNA 영역과 감자 게놈 사이의 연결 부위를 증폭하도록 프라이머 EH92-F/R 쌍이 제작되었고, 몇 개의 다른 유전자 변형 작물을 이용하여 특이성이 확인되었다. 서론에서 언급한 바와 같이 BASF사에서 각 개발된 유전자변형 감자 EH92-527-1과 BPS-A1020-5가 GBSS 유전자를 동일하게 포함하고 있으나 본 연구에서 개발한 검사법은 event-specific primers를 이용하였기 때문에 유전자변형 감자 EH92-527-1에만 특이성을 나타낸다. 이와 같이 개발된 duplex PCR 검사법의 검정한계치는 약 0.05%이다. 이러한 duplex PCR 검사법이 우리나라에 미승인 유전자변형 감자의 모니터링에 유용하게 사용될 것으로 판단한다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제46권3호
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• pp.225-228
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• 2003

여러 종류의 식품에서 Salmonella 균주를 손쉽고 빠르게 검출하기 위하여, Salmonella 장독소 유전자(stn)를 기초로 제작한 primer (STN1, STN2)를 이용하여 PCR을 수행한 결과 617 hp의 특이적인 DNA단편을 얻을 수 있었다. PCR 민감도는 순수 배양한 균체에서 추출한 template DNA는 1 pg까지 검출이 가능하였고, 직접 균체를 template로 이용한 경우에는 $10^2\;cells$까지 검출이 가능하였다. Salmonella typhimurium을 인위적으로 접종시킨 식품에서는 식품 1 g당 $10^3{\sim}10^4$ cells까지 검출할 수 있었다. 이러한 결과는 PCR을 이용하여 Salmonella에 오염된 식품에서 이들 균주를 간편하고 신속하게 검출할 수 있을 것이다.

• 식물병연구
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• 제29권1호
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• pp.94-99
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• 2023

Blueberry red ringspot virus (BRRSV) and blueberry scorch virus (BlScV) are included in the quarantine virus list managed by the Korean Animal and Plant Quarantine Agency. A multiplex polymerase chain reaction (PCR) assay with an internal control was developed for the simultaneous detection of both viruses. The specific primers used here were designed based on the highly conserved regions of the genomic sequences of each virus, obtained from the National Center for Biotechnology Information nucleotide databases. The primers were designed to amplify a partial sequence within coat protein (CP) for detecting BRRSV and a partial sequence within the CP-16 kDa for detecting BlScV. 18S ribosomal RNA (rRNA) was used as internal control, and the primer set used in a previous study was modified in this study for detecting 18S rRNA. Each conventional PCR using the BRRSV, BlScV, and 18S rRNA primers exhibited a sensitivity of approximately 1 fg plasmid DNA. The multiplex PCR assay using the BRRSV, BlScV, and 18S rRNA primers was effective in simultaneously detecting the two viruses and 18S rRNA with a sensitivity of 1 fg plasmid DNA, similar to that of conventional PCR assays. The multiplex PCR assay developed in this study was performed using 14 blueberry cultivars grown in South Korea. BRRSV and BlScV were not detected, but 18S rRNA was all detected in all the plants tested. Therefore, our optimized multiplex PCR assay could simultaneously detect the two viruses and 18S rRNA in field samples collected from South Korea in a time-efficient manner. This approach could be valuable in crop protection and plant quarantine management.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제8권4호
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• pp.399-405
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• 1998

From the sequence alignment of various non-ribosomal peptide synthetases, several motifs of highly conserved sequences have been identified within each domain of peptide synthetases. We designed PCR primers based on the highly conserved nucleotide sequences to amplify and isolate a ∼7.2-kb DNA fragment of the Bacillus subtilis 713 which was isolated and reported to produce an antifungal peptide compound. Nucleotide sequence analysis of 4.8 kb of the predicted amino acids revealed significant homology to various peptide synthetases over the whole sequence and also revealed two amino acid-activating domains with highly conserved Core 1 to Core 6 and spacer motif. This suggests that the isolated DNA fragment is part of a peptide synthetase gene for antifungal peptide.

• ALGAE
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• 제20권1호
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• pp.25-30
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• 2005

To clarify some confusions concerning identification of the Korean Peridinium species, genotypic analysis was performed with their SSU rDNA sequences. PCR was used to amplify the partial SSU rDNA of Peridinium isolates collected from three different Korean waters (Juam, Sang-sa and Togyo Reservoirs). The PCR products were allowed directly to sequence, which revealed each 942 bp of rDNA sequence. Analyses of the rDNA sequences showed that all the Korean isolates had the same genotype (100% sequence homology), and they were nearly identical to a Japanese strain of P. bipes f. occultatum (NIES 364; 99.8% sequence similarity). The sequence-based comparisons could clearly resolve P. bipes f. occultatum isolated from three different Korean waters.

• 대한수의학회지
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• 제38권4호
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• pp.763-770
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• 1998

Salmonella typhimurium is a causitive agent of diarrhea, fever, gastroenteritis, septicemia and sudden death in piglet. The currently used methods such as IFA, ELISA, DNA hybridization assay is needed a long-time and difficult to detect the organism in carrier animal or contaminated sample with other agents. However, it is important to detect rapidly and sensitively S typhimurium in piglet with other infectious pathogens to minimize an economic loss. Two sets of PCR primer, rfbJ forward primer(5'-AGAATATGTAATTGTCAG-3') and reverse primer(5'-TAACCGTTTCAGTAGTTC-3') were designed to amplify a 882 by fragment of Salmonella serovar type B gene. The target genomic DNA for PCR was extracted from the cultivated materials with various enrichment periods in a nonselective enrichment agar and broth with clinical specimens. The PCR is carried out here made it possible to detect the gene from two hours. Also, the amplified fragment with PCR was cloned into pGEM-T vector and digested with restrict enzyme, and sequenced for the identification of Salmonella serotype B rfbJ gene. Duplicated cultivation agar-broth followed by PCR were performed to develop a rapid and sensitive detection of S typhlmurium based on serovar type. This duplicated cultivation-PCR method provides a sensitive and rapid diagnostic tool to detect Salmonella from infected piglet with improved sensitivity.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.113-117
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• 1997

Simple sequence repeats (SSR)는 진핵생물체에 널리 산재되어 있으며, 큰 다형현상을 나타내고, polymerase chain reaction (PCR)으로 쉽게 분석된다. 이 연구의 목적은 서로 다른 Chlamydomonas reinhardtii계통간의 다형현상과 Chlamydomonas의 SSR 좌위에서의 유전양상을 결정하는데 있었다. C. reinhardtii의 genomic DNA library를 만들어 $^{32}$P로 라벨링한 (AC)$_{11}$ probe를 이용하여 (CA/GT)n 반복서열을 가지는 clone을 선택하기위해 screen하였다. 선택된 clone을 sequencing하여 (CA/GT)n sequence에 인접한 PCR primer set를 제조하였다. PCR은 여러 C. reinhardtii 계통의 SSR 좌위를 증폭하기 위하여 사용하였다. 그 좌위는 및몇 C. reinhardtii 계통에서 다형현상을 보였다. 그러나 그 좌위에서 C. reinhardtii의 6계통중 4계통만 DNA가 PCR 증폭을 하였고 2계통은 증폭을 하지 않았다. C. reinhardtii와 C. smithii의 교배로 생긴 4배체에서 2:2의 분리비를 보여주었는데, 이는 단순한 멘델의 유전양상을 나타낸다. 이러한 결과로 미루어 SSR 다형현상은 Chlamydomonas의 개체 식별, 개체군 연구, 연쇄 분석, 그리고 유전자 지도 작성을 하는데 유용할 것이다.다.