• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제41권4호
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• pp.339-353
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• 1994

연구배경 : p53 유전자는 염색체 17p에 존재하는 종양억제유전자인데, 돌연변이가 있는 경우의 mutant protein은 그 반감기가 4~8시간으로 wild type protein의 반감기 6~20분에 비하여 현저한 증가를 보이게 된다. 결과적으로 돌연변이가 있는 경우 p53 단백질이 과축적되어 과발현이 유발되는데, 이러한 기전을 이용하여 p53 면역조직화학염색은 p53유전자의 돌연변이의 검색 방법으로 많이 이용되고 있다. 유방암에서는 p53 핵단백질의 과발현이 있는 경우에 없을 때보다 무병생존기간 및 전체 생존기간 모두에서 유의하게 나쁜 임상 경과를 취함이 보고되고 있지만 폐암에서는 p53 유전자의 돌연변이 유무, 또는 p53단백의 과발현 유무가 예후에 미치는 영향은 아직까지 확실하지 않다. 저자 등은 한국인의 폐암에서 p53 종양억제 유전자의 돌연변이 빈도를 확인하고 이들이 폐암 환자의 임상 경과에 미치는 영향을 분석하며, 면역조직화학염색 및 PCR-SSCP 분석의 감수성과 특이성을 염기서열분석과 비교하여 확인하고자 본 연구를 시행하였다. 방법 : 근치적 폐절제술 후 임상경과를 추적중인 원발성폐암환자 75예를 대상으로 하였으며, 면역조직화학검사 및 분자생물학적 연구를 위하여는 이들의 종양조직(paraffin block)을 이용하였다. p53 단백질의 면역조직화학검사를 위한 일차항체로는 DO7(Novocastra, U.K.)을 사용하였고, PCR-SSCP 및 염기서열분석 등을 위하여는 파라핀 포매조직에서 암조직을 선택적으로 박절하여 DNA를 추출하여 이용하였다. 결과: 1) 전체 75예 폐암환자의 면역조직화학염색 결과 27예(36%)에서 p53단백질의 과발현을 보였다(Table 2.3, Fig 1). 2) 전체 환자의 p53 핵단백질 과발현 여부에 따른 중앙전체생존기간은 p53 음성군과 양성군 모두 25개월, 무병생존기간은 두군 모두 13개월로 동일하였다(Fig. 2). 3) PCR-SSCP 분석에 의한 p53 유전자의 mobility shift는 시험한 58예중 16예(27.6%)에서 확인되었다(Fig 3). Mobility shift 유무에 따른 중앙전체생존기간은 shift가 있는 군과 없는 군에서 각각 27개월과 20개월, 무병생존기간은 각각 8개월, 10개월로 유의한 차이가 없었다. 4) 염기서열분석을 통한 p53 유전자의 돌연변이는 시험한 29예중 10예(34.5%)에서 확인되었다(Fig 4). 염기서열분석 결과 돌연변이 유무에 따른 중앙전체생존기간은 돌연변이가 있었던 군과 없었던 군에서 각각 27개월, 22개월이었으며, 무병생존기간은 각각 20개월과 10개월로 유의한 차이는 없었으나 돌연변이가 있는 경우 조기재발을 하는 경향을 보였다(Fig 5, 6). 5) 면역조직화학염색은 PCR-SSCP 결과를 기준으로 할 때 민감도 67.0%, 특이도 74.0%, 그리고 일치도는 62.5% 이었다. PCR-SSCP의 결과는 염기서열분석 결과를 기준으로 할 때 민감도 91.8%, 특이도 96.2%, 일치도는 95.3% 이었다. 결론 : p53 핵단백질의 과발현 정도, PCR-SSCP 및 염기서열분석상 돌연변이 유무는 비소세포폐암환자의 근치적수술후 예후의 예측지표로서는 그 효용성이 적었으나, 돌연변이가 있는 경우 조기재발을 하는 경향을 보였다. 또한 p53유전자의 돌연변이 검색법으로는 면역조직화학염색보다는 PCR-SSCP법이 우수하였다.

• 대한바이러스학회지
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• 제27권2호
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• pp.169-176
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• 1997

In this study, the feasibility of identification and genotypic differentiation of enteroviruses was investigated by using nested reverse transcription-polymerase chain reaction (nested RT-PCR), single-stranded conformation polymorphism (SSCP), and restriction fragment length polymorphism (RFLP) techniques. Two hundred seventy-four clinical samples were assayed by both nested RT-PCR and tube culture method using MRC-5 and MK cells; 58 (86.6%) out of 67 enterovirus culture-positive samples contained enteroviral RNA. In addition, 114 (55.1%) of 207 samples from patients with suspected enteroviral CNS disease with negative viral cultures were positive by the nested RT-PCR. The nested RT-PCR products were genotyped by the SSCP method and the results were compared with serotypes. We could differentiate 6 subtypes, 3 of which are similar to coxsackievirus B3, B5, echovirus 11, plus 3 other subtypes. RFLP cleaved with Sty I, Bgl I, and Xmn I yielded characteristic patterns for each laboratory strains. This study demonstrates the usefulness of the RT-PCR for the rapid diagnosis of enterovirus infection and the potentials of the SSCP method for differentiation of enterovirus strains.

• 한국자원식물학회:학술대회논문집
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• 한국자원식물학회 2005년도 International Symposium & conference of the Plant Resources Society of Korea
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• pp.61-61
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• 2005

• 한국축산식품학회:학술대회논문집
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• 한국축산식품학회 2004년도 정기총회 및 제33차 춘계 학술대회
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• pp.177-180
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• 2004

본 연구는 PCR-RFLP 및 PCR-SSCP 기법을 이용하여 PSE 돈육을 생산하는 PSS 돼지 유전자 진단 기술을 개발하고 이를 이용한 국내 종돈 및 교잡 비육돈의 PSS 유전자 출현 빈도를 파악하고자 수행하였다. 돼지 PSS의 원인이 되는 ryanodine receptor 유전자의 단일염기 돌연변이 $C{\rightarrow}T$ ; $Arg\;{\rightarrow}\;Cys$)를 포함하는 134 bp 영역을 PCR로 증폭한 후 RFLP 및 SSCP 기법으로 분석한 결과 동형접합체의 정상(N/N), 이형접합체의 잠재성 개체 (N/n) 그리고 돌연변이 유전자를 동형접합체 상태로 갖는 PSS 감수성 개체(n/n)에 각각 특이적인 유전자형이 검출되었다. 특히, PCR-SSCP기법을 이용한 RYR1 유전자 돌연변이 검출 방법은 보다 신속 간편하면서도 상대적으로 분석비용이 저렴한 정확성이 높은 PSS 돼지 진단기술로서 대규모 돼지집단검색이나 RFLP 방법으로 판정이 불확실한 시료의 재검에 효율적으로 이용할 수 있을 것으로 판단된다.

• 한국축산식품학회지
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• 제24권4호
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• pp.349-354
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• 2004

돼지 골격근 근소포체의 $Ca^{2+}$ 방출통로(calcium - release channel)를 지정하는 ryanodine receptor (RYR1) 유전자의 이상은 악성고열증(malignant hyperthermia, MH)을 유발하고, RYR1 유전자의 점 돌연변이는 돼지 스트레스 증후군(porcine stress syndrome, PSS)과 밀접하게 관련되어 있다. PSS 유전인자 보유 돼지의 90% 이상은 PSE 돈육을 생산하는 것으로 알려져 있어 물퇘지 발생과 생산성 하락으로 경제적 손실을 초래하는 유전적 원인의 PSS 유전자를 검사하여 제거하는 것은 고품질 돼지고기 생산 및 국내 양돈산업의 경쟁력 향상에 매우 중요한 과제라고 할 수 있다. 따라서, 본 연구는 PCR-RFLP 및 PCR-SSCP 기법을 이용하여 PSE 돈육을 생산 하는 PSS 돼지 유전자 진단기술을 개발하고 이를 이용한 국내 종돈 및 교잡 비육돈의 PSS 유전자형 출현빈도를 파악하고자 수행하였다. 돼지 PSS의 원인이 되는 RYR 유전자의 단일염기 돌연변이 (RYR1 C1843T)를 포함하는 DNA 영역을 PCR로 증폭한 후 RFLP 및 SSCP 기법을 이용하여 분석한 결과 동형접합체의 정상 개체(N/N), 이형접합체의 잠재성 개체(N/n)그리고 열성의 돌연변이 유전자를 동형접합체 상태로 갖는 PSS 감수성 개체(n/n)에 각각 특이적인 RFLP 및 SSCP 유전자형이 검출되어 PSS 저항성, 잠재성 및 감수성 개체의 정확한 판별이 가능하였다. 돼지 주요 품종 집단내 PSS유전자형 출현빈도를 조사한 결과 Landrace는 PSS저항성 개체가 57.1%, 잠재성 개체가 35.7%그리고 PSS 감수성 개체의 출현 비율은 7.1%로 분석되었고 L. Yorkshire는 82.5, 15.8 및 1.7%, Duroc은 95.2, 4.8 및 0.0%로 각각 조사되었다. 비육용 교잡돈은 정상 개체가 72.0%, 잠재성 개체가 22.7% 그리고 PSS 감수성 개체는 5.3%였다. 특히, PCR-SSCP 기법을 이용한 RYR1 유전자 돌연변이 검출 방법은 보다 신속 간편하면서도 상대적으로 분석비용이 저렴한 정확성이 높은 PSS 돼지 진단기술로서 대규모 돼지집단 검색이나 RFLP 방법으로 판정이 불확실한 시료의 재검에 효율적으로 이용할 수 있을 것으로 판단된다.

• 대한미생물학회지
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• 제34권5호
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• pp.491-500
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• 1999

A recent study showed that comparative sequence analysis of rpoB DNAs could reveal natural relationships in genus Mycobacterium [J Clin Microbial. 37 (6). 1999]. rpoB DNAs showed interspecies variation and intraspecies conservation. Based on these data, we developed polymerase chain reaction-single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) protocols which enable species differentiation in genus Mycobacterium. When this assay was applied to 24 clinical isolates identified as M. avium complex (MAC) by biochemical test, these were successfully differentiated into M. avium and M. intracellulare. These results were concordant with those obtained by 16s rDNA analysis. It is the first report that PCR-SSCP analysis of rpoB DNA could be used for species differentiation of MAC strains.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제29권3호
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• pp.315-320
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• 2016

Porcine beta-defensin-1 (PBD-1) gene plays an important role in the innate immunity of pigs. The peptide encoded by this gene is an antimicrobial peptide that has direct activity against a wide range of microbes. This peptide is involved in the co-creation of an antimicrobial barrier in the oral cavity of pigs. The objective of the present study was to detect polymorphisms, if any, in exon-1 and exon-2 regions of PBD-1 gene in Large White Yorkshire (LWY) and native Ankamali pigs of Kerala, India. Blood samples were collected from 100 pigs and genomic DNA was isolated using phenol chloroform method. The quantity of DNA was assessed in a spectrophotometer and quality by gel electrophoresis. Exon-1 and exon-2 regions of PBD-1 gene were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and the products were subjected to single strand conformation polymorphism (SSCP) analysis. Subsequent silver staining of the polyacrylamide gels revealed three unique SSCP banding patterns in each of the two exons. The presence of single nucleotide polymorphisms (SNPs) was confirmed by nucleotide sequencing of the PCR products. A novel SNP was found in the 5'-UTR region of exon-1 and a SNP was detected in the mature peptide coding region of exon-2. In exon-1, the pooled population frequencies of GG, GT, and TT genotypes were 0.67, 0.30, and 0.03, respectively. GG genotype was predominant in both the breeds whereas TT genotype was not detected in LWY breed. Similarly, in exon-2, the pooled population frequencies of AA, AG, and GG genotypes were 0.50, 0.27, and 0.23, respectively. AA genotype was predominant in LWY pigs whereas GG genotype was predominant in native pigs. These results suggest that there exists a considerable genetic variation at PBD-1 locus and further association studies may help in development of a PCR based genotyping test to select pigs with better immunity.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권6호
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• pp.911-916
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• 2003

돼지 Duroc 품종의 mitochondria DNA D-loop전체 유전자를 증폭하기 위하여 많은 동물에서 고도로 상동성이 높은 tRNA-Pro와 tRNA-Phe 염기서열 일부를 이용하여 oligonucleotide primer를 제작하였다. 그 결과 Duroc 품종의 D-loop 전체 유전자는 1,145 base pairs 였으며, 그 중간위치에 10bp의 Sus Scrofa-specific sequence (TACACGTGCG)가 10개 존재하고 있었다. 돌연변이 검출을 위하여 가장 변이가 심한 지역을 primer 제작하여 345 bp의 DNA 단편을 증폭하였으며, Single Stranded Conformation Polymorphism(SSCP) 분석은 8% polyacrylamide gel에서 200 V, 16시간 전기영동하여 ethidium bromide (EtBr)로 10분간 염색하여 UV image analyzer로 관찰하였다. 그 결과 두 개의 서로 다른 밴드유형을 관찰하였으며, 21개 부위에서 염기서열 변이가 관찰되었다. 이러한 결과는 유전적 다양성 변이를 검출하는데 SSCP 분석이 유용한 도구라고 사료된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제15권10호
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• pp.1395-1397
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• 2002

The tyrosinase gene was selected as a candidate for uncovering genetic mechanism causing 'black ear' coat color in rabbits. A PCR-SSCP detection method was established for the $881^A{\rightarrow}881^G$ mutation located in the central region of the tyrosinase gene between the CuA and CuB binding region signatures, and this was confirmed by sequencing and alignment. Fully consistent associations between the SNP and 'black ear' coat color were observed by analysis in a "black ear" pedigree and on 61 unrelated individuals. This SNP can serve as a molecular marker for use in "back ear" wool rabbit breeding.

• Journal of Microbiology
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• 제34권3호
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• pp.236-240
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• 1996

Rifampin is the most powerful drug for treating leprosy and tuberculosis today. It inhibits initiation and elongation of RNA transcription by binding to $\beta$-subunit of RNA polymerase, leading to kill mycobacteria. We isolated one variant strain of Mycobacterium leprae from 24 Korean leprosy patients who are less susceptible to rifampin or have suffered from relapse by polymerase chain reaction and single strand conformation polymorphism (PCR-SSCP) of the rpoB gene. Direct sequencing of the rpoB region of M. leprae variant revealed missense mutations which altered the amino acids sequenceof RpoB to Ser-464, Arg-465, Arg-467 and Ala-468. This is the first finding on rpoB gene mutation of M. leprae from Korean patients ; moreover the mutant type was found to be different from the previously reported cases in other countries.