• Food Science and Biotechnology
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• 제17권4호
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• pp.888-891
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• 2008

Twenty-three fungal strains were isolated from meju that had originated from the Sunchang province, the famous location for making fermented soybean foods in Korea. The restriction fragment length polymorphism (RFLP) of the internal transcribed spacer (ITS) region of the rDNA (ITS-RFLP) was applied to differentiate the isolated fungal strains. First, the ITS region by polymerase chain reaction (PCR) with specific primers was amplified and then cleaved the products with different restriction enzymes. Cleavage of the amplified fragments with the restriction enzymes AluI, HaeIII, HhaI, and TaqI revealed extensive polymorphisms. The ITS-RFLP results highly correlated with ITS sequence analysis. All of the 23 fungal strains were classified into 5 groups by ITS-RFLP analysis. Aspergillus oryzae was the major fungal strain isolated from Sunchang meju (12 out of 23), while Aspergillus fumigatus was the next most frequently isolated strain (7 out of 23). In contrast, it was found that Fusarium asiaticum, Aspergillus sydowii, and Arthrinium sp. were the minor fungal strains in meju.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제54권4호
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• pp.255-265
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• 2012

본 연구는 PCR-RFLP 기법으로 칡소의 모색 발현에 관련된 MC1R 유전자형을 분석하고, 칡소 유전자형에 따른 모색 발현 양상을 가계와 교배조합을 통하여 연구함으로써 칡소에서 호반모의 발현 비율을 증가시키는 번식 체계를 확립하고자 수행하였다. 전라북도축산위생연구소에서 사육중인 칡소 중에서 부계 또는 모계를 알고 있는 가계가 형성된 칡소로부터 혈액 또는 정자에서 genomic DNA를 추출한 후 MC1R 유전자를 증폭하였다. 증폭된 PCR product를 Msp I 제한효소로 절단하고 전기영동한 후 칡소 개체별 유전자형을 확인하였고, 이 외에도 칡소의 모색 양상과 비경의 흑색침착 정도에 따른 모색 발현 비율을 조사하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 칡소의 모색 발현 양상은 전신호반모가 61.67%로 가장 높았고 흑모는 5.00%로 가장 낮았으며 황모는 16.67%, 부분(약반신)과 부분(일부) 호반모는 각각 8.33%로 같은 분포 양상을 보였다. 칡소의 비경 침착 양상은 3단계와 4단계가 비슷한 비율로 높았고, 다음이 2단계, 5단계, 1단계의 순이었다. 칡소의 비경에 따른 모색 발현 양상은 비경 침착이 3단계와 4단계인 칡소에서는 전신 호반모의 비율이 다른 모색 보다 높았고, 비경 침착이 1단계인 칡소는 그 중에서 황모가 80.00% (4/5)로 나타났으며, 비경 침착이 5단계인 칡소에서는 다른 단계에서 발현되지 않았던 흑모의 비율이 37.50%를 나타냈다. 칡소에는 $E^+E^+$, $E^+e$, ee 유전자형과 한우에는 ee, $E^+e$ 유전자형이 존재하였다. 칡소 MC1R 유전자형은 $E^+e$이 65.00%로 가장 높았고 $E^+E^+$은 33.33%이었고 ee도 1두로 1.67%이었다. 유전자형에 따른 모색 발현 양상을 보면, $E^+E^+$과 $E^+e$에서는 전신 호반모의 비율이 가장 높게 나타났고 ee는 황모를 나타냈다. 칡소의 가계 분석을 통한 모색 발현 양상을 조사한 결과, 부(Sire)의 유전자형이 $E^+e$ 이고 모(Dam)의 유전자형이 $E^+E^+$ 이면서 부모의 모색이 모두 전신호반모일 경우 자손의 모색은 100.00% 전신호반모였고, 부(Sire)의 유전자형이 $E^+E^+$ 이고 모(Dam)의 유전자형이 $E^+e$이면서 부모의 모색이 모두 전신호반모일 경우도 자손에서 모색의 44.44%가 호반모의 비율을 보여 두 가지의 교배조합의 경우가 자손의 전신호반모 비율을 높이는 최적의 교배 조합으로 보여진다. 이 연구의 결과를 이용하여 칡소로 판정받을 수 있는 가장 중요한 요소인 호반모의 발현비율을 증가시키는 번식 체계를 칡소 사육농가에 제시할 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국균학회지
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• 제25권1호통권80호
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• pp.46-67
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• 1997

1985년부터 1993년까지 장원도 일대에서 채집한 20균주와 외부에서 분양 받은 6균주를 대상으로 교배실험, PCR-RFLP 분석, 그리고 RAPD분석을 통해 상호 유연 관계를 알고자 하였다. 교배실험에서는 A. gallica 6균주, A. ostoyae 5균주, A. tabescens 2균주만이 친화성을 나타내었다. A8(KNU-250)균주는 A. gallica와 A. ostoyae에 모두 친화성을 나타내어 배양적 특징과 유사한 결과가 나타났다. rDNA의 IGS영역의 PCR-RFLP분석에서 A. mellea와 A. ostoyae 각 균주들 간의 유사도는 1.000으로 100%의 상동성을 보여주었다. A. tabescens는 $0.919{\sim}0.974$로 높은 유사성을 나타냈다. A. gallica는 $0.619{\sim}1.000$의 유사도로 나타났다. A19와 A22균주는 고립된 한 집단으로 나타났으며 유사도는 1.000으로 100% 상동성을 보였고, 다른 집단과의 유사도가 $0.051{\sim}0.108$로 10% 미만의 상동성을 나타내고 있다. RAPD분석을 통한 A. mellea의 유사도는 $0.983{\sim}1.000$으로 상동성이 높게 나타났으며, A. ostoyae도 $0.994{\sim}1.000$으로 높은 상동성을 보여 주었다. A. tabescens의 균주간의 유사도는 $0.594{\sim}0.953$으로 나타났으며, A. gallica는 $0.280{\sim}0.733$의 유사도를 나타내 균주간의 변이가 나타난 것으로 생각된다. 특히, A19, A22균주가 다른 집단과 거리가 먼 한 집단으로 나타났는데 그들 간의 유사도는 0.921로 92%의 상동성을 보였고, 다른 4개 집단과의 유사도가 $0.012{\sim}0.069$로 7% 미만의 상동성을 나타내고 있다. 본 실험에서 분류된 Armillaria속균은 5종으로 4종은 각각 이미 알려진 종으로 A. mellea, A. ostoyae, A. tabescens, A. gallica로 동정되었고 남은 1종은 미기록종이라고 생각된다.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제3권2호
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• pp.209-216
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• 1999

목적 : 신성 요붕증(Nephrogenic diabetes insipidus, NDI)은 바소프레신(arginine vasoporessin, AVP)에 대한 신세뇨관의 저항성으로 인하여 요농축의 장애를 특징으로 하는 드문 유전성 질환이다. 반성유전형 신성 요붕증은 바소프레신 V2수용체(AVPR2)의 장애에 기인하며, NDI 환자에서 지금까지 다양한 AVPR2의 돌연변이가 보고되었다. 저자들은 임상적으로 반성 유전형 신성 요붕증으로 진단된 가계에서 AVPR2 유전자의 돌연변이를 발견하기 위하여 분자유전학적 검사를 실시하였다. 방법 : 대상환자의 백혈구에서 추출한 DNA로 AVPR2유전자를 polymerase chain reaction-single strand conformational polymorphism(PCR-SSCP)분석하여 이상이 발견된 부분은 클론닝하여 염기서열을 분석하였다. 같은 PCR 산물을 Hae III로 처리하여 PCR-RFLP(restriction fragement length polymorphism) 분석을 하였다. 결과 : AVPR2 유전자를 PCR-SSCP 분석하였을 때 PCR 산물의 정상인과 이동거리의 차이가 발견되어 환아에서 돌연변이가 있고 환아의 어머니는 보인자임을 예측하였고, 염기서열을 분석하여 675번째 염기 A가 G로 치환됨으로 tryptophan이 cysteine으로 바뀌는 R202C 점돌연변이를 발견하였다. 같은 PCR 산물을 PCR-RFLP 분석을 하였을 때 돌연변이로 인한 Hae III의 인지부위의 상실을 확인하였고 환아의 어머니가 이종접합보유자 (heterozygote)임을 확인하였다. 결론 : 저자들은 임상적으로 신성 요붕증으로 확인된 환아와 어머니의 V2 수용체 유전자를 분석하여 R202C 돌연변이를 확인하였다. 신성 요붕증은 진단이 지연되면 성장장애, 정신박약과 사망을 초래할 수 있는 심각한 질환이나, 태생기 또는 신생아기에 진단하면 후유증을 예방할 수 있으므로 조기진단 및 보인자 발견에 분자유전학적 진단 방법을 적극 활용하여야 하겠다.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
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• 제22권4호
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• pp.303-311
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• 2002

This study evaluated the concentrations of urinary metabolites of polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs) in industrial waste incineration workers. The effect of genetic polymorphisms of xenobiotic metabolism enzymes on urinary concentration of PAH metabolites was assessed. And, aromatic DNA adduct levels were also determined in total white blood cells. Fifty employees were recruited from a company handling industrial wastes located in Ansan, Korea: non-exposed group (n=21), exposed group (n=29). Sixteen ambient PAHs were determined by GC/MSD (NIOSH method) from personal breathing zone samples of nine subjects near incinerators. Urinary 1-hydroxypyrene glucuronide (1-OHPG), a major pyrene metabolite, was assayed by synchronous fluorescence spectroscopy after immunoaffinity purification using monoclonal antibody 8E11 (SFS/IAC). Multiplex PCR was used for genotyping for GSTMI/TI and PCR-RFLP for genotyping of CYP1A1 (MspI and Ile/Val). PAH-DNA adducts in peripheral blood WBC were measured by the nuclease P1-enhanced postlabeling assay. Smoking habit, demographic and occupational information were collected by self-administered questionnaire. The range of total ambient PAH levels were 0.00-7.00 mg/㎥ (mean 3.31). Urinary 1-OHPG levels were significantly higher in workers handling industrial wastes than in those with presumed lower exposure to PAHs (p=0.006, by Kruskal-Wallis test). There was a statistically significant dose-response increase in 1-OHPG levels with the number of cigarettes consumed per day (Pearson correlation coefficient=0.686, p<0.001). Urinary 1-OHPG levels in occupationally exposed smoking workers were highest compared with non-occupationally exposed smokers (p=0.053, by Kruskal-Wallis test). Smoking and GSTMI genotype were significant predictors for log-transformed 1-OHPG by multiple regression analysis (overall model R²=0.565, p<0.001), whereas smoking was the only significant predictor for log-transformed aromatic DNA adducts (overall model R²=0.249, p=0.201). Aromatic DNA adducts was also a significantly correlation between log transferred urinary 1-OHPG levels (pearson's correlation coefficient=0.307, p=0.04). However, the partial correlation coefficient adjusting for Age, Sex, and cigarette consumption was not significant (r=0.154, p=0.169). The significant association exists only in individuals with the GSTMI null genotype (pearsons correlation coefficient=0.516, p=0.010; partial correlation coefficient adjusting for age, sex, and cigarette consumption, r=0.363, p=0.038). Our results suggest that the significant increase in urinary 1-OHPG in the exposed workers is due to higher prevalence of smokers among them, and that the association between urinary PAH metabolites and aromatic DNA adducts in workers of industrial waste handling may be modulated by GSTMI genotype. There results remain to be confirmed in future larger studies.

• 미생물학회지
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• 제34권4호
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• pp.194-199
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• 1998

한강의 본류와 만나는 탄천과 중랑천에서 16S rDAN를 증폭하고 부분적인 염기서열 분석을 통하여 한강의 세균 다양성을 결정하였다. 총 27개의 클론을 분리하였으며 RFLP를 이용하여 7개의 group으로 나누었다. 탄천의 15개 클론은 4개의 group으로 나뉘어졌으며 가장 많은 클론을 포함하는 group(HT-1 클론)은 class Proteobacteria의 ${\delta}$-subdivision에 속하는 Acrobacter cryaerophilius와 높은 유사도를 보였으며, 다른 두 group(HT-6과 HT-9 클론)은 모두 clas Cytophagales에 속하였다. 중랑천의 12개의 클론은 3개의 group으로 나뉘어졌으며 가장 많은 클론을 보이는 group(HJ-1 클론)은 class Proteobacteria의 ${\alpha}$-subdivision에 속하는 Sphingomonas sp. 와 높은 유사도를 나타내었다. 전체적으로는 Proteobateria(alpha, beta and delta subdivision), Cytophagales와 Actinomycetales가 검출되었다.

• Animal Bioscience
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• 제36권9호
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• pp.1350-1356
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• 2023

Objective: This study was conducted to investigate polymorphisms of the melanocortin-4 receptor (MC4R) and insulin like growth factor 2 (IGF2) genes and to evaluate the growth traits affected by such polymorphisms in Thai native (Kradon) pigs. Methods: Blood samples and productive data from 91 Kradon pigs were collected. DNA was extracted and quantified, the IGF2 and MC4R genes were amplified, and the polymerase chain reaction (PCR) produces were digested using the PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) technique. Genotyping was performed, and the association between genotypes and growth traits on the birth and weaning weights were evaluated. Results: The IGF2 intron7 g.162G>C variations in Kradon pigs were found in three genotypes: i) GG, ii) GC, and iii) CC. The GG genotype frequency was the highest followed by the GC and CC genotypes. The frequencies of the G and C alleles were 0.703 and 0.297, respectively. The MC4R genotype was found in only one genotype (GG). The IGF2 gene pattern was not associated with birth weight traits, whereas the IGF2 gene pattern was related to the weaning weight trait in Kradon pigs. Pigs with the CC and GC genotypes had higher weaning weights than ones with the GG genotype (p<0.001). Conclusion: Thai native Kradon pigs with the CC and GC genotypes of the IGF2 gene have higher weaning weights than pigs with the GG genotype.

• Toxicological Research
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• 제20권1호
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• pp.49-53
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• 2004

The genetic basis of hypertension is complex, and has been considered to be associated with the dopamine D2 receptor gene (DD2R). Because association studies using the candidate gene approach may provide important clues regarding the pathogenesis of hypertension and establish basis for further study, we performed the association study on the relationship between genetic polymorphisms in the DD2R gene and hypertension in Koreans. Eighty nine patients with hypertension and 86 age-matched subjects with normal blood pressure were enrolled. Genomic DNA was extracted from peripheral blood leukocytes. PCR-RFLP analysis was performed to detect the three polymorphic Taq I sites in the DD2R gene. There were no significant differences in genotype, allele and haplotype distributions of any polymorphisms in the DD2R gene between two groups, respectively (P>0.05), although significant linkage disequilibriums among these polymorphic sites were detected by pair-wise analysis (P<0.05). Therefore, our negative result suggest that the three Taq I RFLPs in the DD2R gene were not significantly associated with hypertension in Koreans.

• 한국균학회지
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• 제33권2호
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• pp.98-102
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• 2005

2003년부터 2005년 사이에 한국의 두릅나무에 심각한 역병이 발생하였다. 감염된 두릅나무와 토양으로부터 병원균이 분리되었으며, 이 균은 배양적인 그리고 형태적인 특징 및 병원성 검증 실험에 의해 P. cactorum(Lebert&Cohn) J. Schrt.으로 동정되었다. 이 균은 뚜렷한 돌출형이고, 둥근 난형모양의 탈락성 유주포자낭의 특정으로 다른 역병균으로부터 형태적으로 구분되었다. 최적의 생장 온도는 V8 배지와 Oat meal 배지에서의 $25^{\circ}C$이었다. PCR을 통해 ITS rDNA 영역의 약 900 bp의 길이가 증폭되었으며, 세 가지 효소인 Alu I, Msp I, Taq I을 이용한 PCR-RFLP 분석 결과를 PhytID 의 데이터베이스에서 분석한 결과 형태적인 그리고 배양적인 특징에 의한 결과와 일치했다.

• BMB Reports
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• 제37권4호
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• pp.493-502
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• 2004

The genetic diversity and species-diagnostic markers in the introduced apple snail, Pomacea canaliculata and in the native Thai apple snails; Pila ampullacea, P. angelica, P. pesmei, and P. polita, were investigated by restriction analysis of COI and are reported for the first time. Twenty-one composite haplotypes showing non-overlapping distributions among species were found. Genetic heterogeneity analysis indicated significant differences between species (P < 0.0001) and within P. pesmei (P < 0.0001) and P. angelica (P < 0.0004). No such heterogeneity was observed in Pomacea canaliculata (P > 0.0036 as modified by the Bonferroni procedure), P. ampullacea (P = 0.0824-1.000) and P. polita (P = 1.0000). A neighbor-joining tree based on genetic distance between pairs of composite haplotypes differentiated all species and indicated that P. angelica and P. pesmei are closely related phylogenetically. In addition, the 16S rDNA of these species was cloned and sequenced. A species-specific PCR for P. canaliculata was successfully developed with a sensitivity of detection of approximately 50 pg of the target DNA template. The amplification of genomic DNA (50 pg and 25 ng) isolated from the fertilized eggs, and juveniles (1, 7, and 15 d after hatching) of Pomacea canaliculata was also successful, and suggested that Pomacea canaliculata and Pila species can be discriminated from the early stages of development.