• 제목/요약/키워드: Open coding

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Brevibacterium ammoniagenes의 30S 리보좀 단백질 S1을 코드하는 유전자의 염기서열 (Nucleotide Sequence of the Putative Gene Encoding 30S Ribosomal Protein S1 from Brevibacterium ammoniagenes)

  • 윤기홍;이미성;오영필;최정호
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.147-151
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    • 2000
  • Brevibacterium ammoniagenes 염색체상에서 phosphotrans-ferase system의 glucose permease를 코드하는 ptsG 유전자와 인접한 지역의 염기서열을 결정한 결돠 1,467 nucleo-tides로 구성된 1개의 open reading frame(ORF)이 발견되었고 이것은 489 아미노산 잔기로 구성되는 단백질을 코드하는 것으로추정된다. 이러한 ORF로부터 추정된 단백질의 아미노산 잔기배열을 분석한 결과 30S 리보좀을 구성하는 단백질중의 하나인 S1과 상동성이 높은 것으로 나타났는데 특히 Mycobacterium tuberculosis M. leprae와 Srepto-myces coelicola의 S1단백질의 아미노산 잔기배열과 각각 83%, 74%m, 77%의 매우 높은 상동성을 보였으며 Escherichia coli의 것과도 약 40%의 상동성을 보였다 이로보아 B.ammoniagenes 염색체상에서 ptsG 유전자와 인접한 지역에 존재하는 ORF는 리보좀 단백질 S1의 유전자로 추정된다. 또한 이들은 염색체상에서 동일한 방향으로 판독되며 S1의 유전자가 ptsG의 위 지역으로 266 nucleotides 떨어져 존재하고 있다.

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마늘유래 Cytochrome P450 유전자의 변이 분석 (Genetic Variation of Cytochrome P450 Genes in Garlic Cultivars)

  • 권순태
    • 한국자원식물학회지
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    • 제24권5호
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    • pp.584-590
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    • 2011
  • 의성종 마늘의 유묘로부터 상처(wound)에 특이적으로 발현되는 cytochrome P450 유전자군의 하나인 P450-Esg cDNA를 탐색하였다. P450-Esg는 1,419 bp의 open reading frame(ORF)을 가지고 473개의 아미노산을 가진 polypeptide를 코딩하는 것으로 나타났다. 국내와 몽골로부터 수집한 12개의 재배종으로 부터 P450-Esg 유사 유전자의 염기서열을 비교한 결과 시작코돈(ATG)에서 472~510 bp 및 1,210~1,240 bp 부위의 염기에서 재배종간에 차이를 보이는 염기서열을 다수 확인하였다. cDNA 1,210~1,240 bp의 부위는 P450 유전자에서 공통적으로 알려진 heme binding domain으로, 각 지역에서 수집된 재배종은 염기서열뿐만 아니라 아미노산 서열에 있어서도 특이적인 변이를 보였다. cDNA 472~510 bp 부위에서 코딩하는 13개 아미노산의 서열은 12개 재배종에서 모두 동일하였으나, 13개 아미노산 중 7개에서 재배종 마다 각각 다른 DNA 염기로 코딩하는 단일 염기다형성(single nucleotide polymorphism)을 보이는 서열을 확인하였다. 이 결과는 다양하게 존재하는 국내외 마늘 재배종을 구분하는 marker로 사용될 것이며, 외국산 마늘에 대한 유전적 우선권을 확보하는 수단으로 사용될 것이다.

Bacillus circulans 유래 cellulolytic xylanase 유전자(bglBC2)의 염기서열 결정 및 분석 (Nucleotide Sequence of Cellulolytic Xylanase Gene (bglBC2) from Bacillus circulans)

  • 김지연
    • 미생물학회지
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    • 제42권1호
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    • pp.67-72
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    • 2006
  • 클로닝된 Bacillus circulans ATCC21367 유래 cellulolytic xylanase 유전자(bglBC2)의 염기서열을 결정 분석하였다. 본 유전자는 1,224 bp의 407개 아미노산을 암호하는 open reading frame (ORF)으로 구성되어 있었으며 염기서열로부터 산출된 유전자의 분자량은 45 kDa으로 효소의 SDS-PAGE로부터 측정된 분자량과 일치하였다. ATG 개시 코돈의 9bp 위쪽에 Shine-Dalgarno (SD) 서열로 추정되는 5'-AAAGGAG-3' 서열이 확인되었고 그 상단에 promoter로 추정되는 -35 서열(TTTACA)과 -10 서열(TATACT)이 위치하고 있었으며, 이는 B. subtilis promoter consensus sequence와 유사하였다. 한편, 이 효소의 아미노산 서열은 이미 보고된 B. circulans KSM-N257의 alkaline $endo-\beta-1,4-glucanase$와는 97%, B. circulans WL-12의 $endo-\beta-1,3-1,4-glucanase$와는 75%, Bacillus sp. KSM-330의 $endo-\beta-1,4-glucanase$ (cellulase)와는 45%의 유사성을 나타내었다. 또한 bglBCS 염기서 열의 정보를 GenBank에 등록하였으며 등록번호는 Ar269256이다.

자연환기량과 포그분무량 조절에 의한 온실 온습도의 동시제어 기법 연구 (A Study on the Control of the Temperature and Relative Humidity in Greenhouse by Adjusting the Amount of Natural Ventilation and Fog Spray Quantity)

  • 김영복;성현수;황승재;김현태;유찬석
    • 한국태양에너지학회 논문집
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    • 제36권5호
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    • pp.31-50
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    • 2016
  • To develope a greenhouse fog cooling system to control the temperature and relative humidity simultaneously to the target value, a theoretical analysis and experiments were done. The control process includes the measuring of environmental variables, setting and coding of the water and heat balance equations to maintain the target temperature and relative humidity in greenhouse, calculating of the open level of the greenhouse roof window that governs the natural ventilation and spray water quantity, and operating of the motor to open/close the roof window and pump to spray for water. The study results were shown to be very good because the average air temperature in the greenhouse was kept to be about $28.2^{\circ}C$ with the standard deviation of about $0.37^{\circ}C$ compared to the target temperature of $28^{\circ}C$ and the average relative humidity was about 75.2% compared to the target relative humidity was 75% during the experiments. The average outside relative humidity was about 41.0% and the average outside temperature was $27.2^{\circ}C$ with the standard deviation of about $0.54^{\circ}C$. The average solar intensity in the greenhouse was 712.9 W. The wind velocity of outside greenhouse was 0.558 m/s with the standard deviation of 0.46 m/s.

한국에서 분리된 전염성 조혈괴저 바이러스의 non-virion (NV) 단백질의 유전자 클로닝 및 바이러스 증식에서의 역할 (Cloning of the non-virion (NV) of a Korean Isolate of Infectious Hematopoietic Necrosis and Identification of the Role of the NV in IHNV Replication)

  • 문창훈;조화자;윤원준;박정재;박정민;김현주;도정완;이주양;임채렬
    • 미생물학회지
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    • 제36권2호
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    • pp.103-108
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    • 2000
  • 한국에서 분리된 전염성 조혈괴저바이러스(infectious hematopoietic necrosis virus, IHNV)인 IHNV-PRT의 non-viron(NV)단백질을 암호화하고 있는 cDNA를 클로닝하여 이들의 염기서열을 분석하였다. NV는 336bpzmrl의 open reading frame을 포함하였으며 이로부터 111개의 아미노산 서열을 외국에서 분리된 IHNV들과 비교 분석한 결과 90-95%의 상동성을 보였다. 이러한 사실은 INHV의 NV단백질 유전자들은 IHNV의 strain에 관계없이 매우 보존되어 있음을 나타내준다. Northern blotting을 사용하여 NV의 발현을 측정한 결과 감염 후 20 시간분터 발현이 증가함을 확인 힐수 있었다. NV가 바이러스의 증식에 필요한지의 여부를 확인하기 위하여 바이러스 유전자의 antisense DNA를 사용하여 바이러스 증식 억제에 관한 실험을 수행하였다. Glycoprotein (G)의 antisense DNA를 처리한 경우 바이러스의 증식이 거의 억제된 반면 NV에 대한 antisense DNA를 처리한 경우 바이러스 증식에 거의 변화가 없었다. 이로부터 배양중인 세포가 있어서 NV는 증식에 필수적이지 않은 것으로 판단된다.

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기하 수업에서 중등 수학교사가 경험한 공학도구 사용의 어려움에 대한 근거이론적 탐색 (An Exploratory Study with Grounded Theory on Secondary Mathematics Teachers' Difficulties of Technology in Geometry Class)

  • 전수경;조정수
    • 대한수학교육학회지:수학교육학연구
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    • 제24권3호
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    • pp.387-407
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    • 2014
  • 본 연구는 중등 수학교사들이 공학도구를 사용하는데 겪는 어려움을 심층적으로 이해하기 위해 Strauss & Corbin(2001)의 근거이론 방법을 이용하였다. 2014년 1월 여덟 개 지역에서 실시된 공학도구 활용 연수에서 연구 참여에 동의한 중등 수학교사 178명이 연구 대상으로 참여하였고, 자료는 개방형 설문조사를 통해 수집되었다. 자료 분석은 근거이론 방법에 따라 개방코딩, 축코딩, 선택코딩의 순서로 이루어졌다. 연구 결과 교사들은 공학도구 사용에서 새로운 학습과 변화에 의한 저항을 경험하며, 공학도구에 관한 지식과 공학도구에 대한 인식이 상호작용하여 저항을 감소시키는데 영향을 미치는 것으로 나타났다. 공학도구의 사용은 '접근-저항-비수용적 사용-수용'의 단계를 거치며, 공학도구를 사용하는데 어려움을 겪는 교사는 '접근불가, 수용거부, 사용중단, 수용'의 네 가지 유형으로 나타났다. 이러한 결과는 공학도구 사용의 어려움을 겪는 교사를 이해하는데 새로운 관점을 제공하며, 교사교육에도 새로운 시사점을 제공한다.

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딥러닝 프레임워크의 비교: 티아노, 텐서플로, CNTK를 중심으로 (Comparison of Deep Learning Frameworks: About Theano, Tensorflow, and Cognitive Toolkit)

  • 정여진;안성만;양지헌;이재준
    • 지능정보연구
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    • 제23권2호
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    • pp.1-17
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    • 2017
  • 딥러닝 프레임워크의 대표적인 기능으로는 '자동미분'과 'GPU의 활용' 등을 들 수 있다. 본 논문은 파이썬의 라이브러리 형태로 사용 가능한 프레임워크 중에서 구글의 텐서플로와 마이크로소프트의 CNTK, 그리고 텐서플로의 원조라고 할 수 있는 티아노를 비교하였다. 본문에서는 자동미분의 개념과 GPU의 활용형태를 간단히 설명하고, 그 다음에 logistic regression을 실행하는 예를 통하여 각 프레임워크의 문법을 알아본 뒤에, 마지막으로 대표적인 딥러닝 응용인 CNN의 예제를 실행시켜보고 코딩의 편의성과 실행속도 등을 확인해 보았다. 그 결과, 편의성의 관점에서 보면 티아노가 가장 코딩 하기가 어렵고, CNTK와 텐서플로는 많은 부분이 비슷하게 추상화 되어 있어서 코딩이 비슷하지만 가중치와 편향을 직접 정의하느냐의 여부에서 차이를 보였다. 그리고 각 프레임워크의 실행속도에 대한 평가는 '큰 차이는 없다'는 것이다. 텐서플로는 티아노에 비하여 속도가 느리다는 평가가 있어왔는데, 본 연구의 실험에 의하면, 비록 CNN 모형에 국한되었지만, 텐서플로가 아주 조금이지만 빠른 것으로 나타났다. CNTK의 경우에도, 비록 실험환경이 달랐지만, 실험환경의 차이에 의한 속도의 차이의 편차범위 이내에 있는 것으로 판단이 되었다. 본 연구에서는 세 종류의 딥러닝 프레임워크만을 살펴보았는데, 위키피디아에 따르면 딥러닝 프레임워크의 종류는 12가지가 있으며, 각 프레임워크의 특징을 15가지 속성으로 구분하여 차이를 특정하고 있다. 그 많은 속성 중에서 사용자의 입장에서 볼 때 중요한 속성은 어떤 언어(파이썬, C++, Java, 등)로 사용가능한지, 어떤 딥러닝 모형에 대한 라이브러리가 잘 구현되어 있는지 등일 것이다. 그리고 사용자가 대규모의 딥러닝 모형을 구축한다면, 다중 GPU 혹은 다중 서버를 지원하는지의 여부도 중요할 것이다. 또한 딥러닝 모형을 처음 학습하는 경우에는 사용설명서가 많은지 예제 프로그램이 많은지 여부도 중요한 기준이 될 것이다.

Cloning and Sequence Analysis of a Levansucrase Gene from Rahnella aquatilis ATCC15552

  • Kim, Hyun-Jin;Yang, Ji-Young;Lee, Hyeon-Gye;Cha, Jae-Ho
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제11권4호
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    • pp.693-699
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    • 2001
  • An intracellular levansucrase gene, lscR from Rahnella aquatilis ATCC 15552, was cloned and its nucleotide sequence was determined. Nucleotide sequence analysis of this gene revealed a 1,238 bp open reading frame coding for a protein of 415 amino acids. The levansucrase was expressed by using a T7 promoter in Escherichia coli BL21 (DE3) and the enzyme activity was detected in the cytoplasmic fraction. The optimum pH and temperature of this enzyme for levan formation was pH 6 and $30^{\circ}C$, respectively. The deduced amino acid sequence of the lscR gene showed a high sequence similarity (59-89%) with Gram-negative levansucrses, while the level of similarity with Gram-positive enzymes was less than 42%. Multiple alignments of levansucrase sequences reported from Gram-negative and Gram-positive bacteria revealed seven conserved regions. A comparison of the catalytic properties and deduced amino acid sequence of lscR with those of other bacterial levansucrases strongly suggest that Gram-negative and Gram-positive levansucrases have an overall different structure, but they have a similar structure at the active site.

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저탄소 녹색성장을 위한 스마트그리드의 확산전략: 근거이론 접근법 (Strategies of Diffusing Smart Grids for Low-carbon Green Growth: Grounded Theory Approach)

  • 주재훈;김련화
    • 한국정보시스템학회지:정보시스템연구
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    • 제22권1호
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    • pp.225-248
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    • 2013
  • Korean government has been implementing a smart grid testbed in Jeju Island for the low-carbon green growth. As smart grids are in the early stage of their diffusion, strategic guidelines and related measures are needed to spread them successfully. In general, the successful diffusion of new technologies or new products are mostly determined in its early stages. With the introduction of smart grids, the electricity market paradigm will be transformed into user-oriented from provider-oriented. Thus, a study on the diffusion of smart grids from the perspective of users is necessary. This paper examines factors affecting the adoption and diffusion of smart grids from users' perspectives and provide strategic guidelines for diffusing the smart grid. Researchers conducted in-depth interviews with 41 people who have been already using smart grids in the Jeju testbed. Semi-structured interviews were used to collect data. The interviews were recorded on a digital voice recorder memory and subsequently transcribed verbatim. A total of 133 pages of transcripts were obtained from about 10 hours interviews. 97 concepts, 47 sub-categories and 19 categories were identified through open coding of grounded theory. We suggested a paradigm model for diffusing smart grids and total of seven propositions as strategic guidelines.

미국 내 한국 이민자 자녀의 교육을 위한 사회적 자본 (Social Capital for Korean Immigrant Children's Education in the U.S.)

  • 박원순;윤영순
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제15권4호
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    • pp.2074-2084
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    • 2014
  • 대부분의 이민자들은 새로운 언어와 문화에 익숙하지 않기 때문에 미국의 한국 이민자 자녀들에게는 사회적 자본이 절실하다. 그러나 이민자 부모들과 그 자녀들은 학교 안팎에서 사회 관계망을 형성하는데 제한적일 수밖에 없다. 이 연구를 위해 연구자들은 개방적 심층면담과 근거이론에 기반한 자료의 코딩과 분석과 같은 질적연구 방법을 사용하였다. 연구 결과 한국 이민자 부모들이 동족 관계망을 형성해 교육적 정보를 획득하고 교육적 의사결정을 내린다는 것을, 그리고 영어가 이러한 교육적 의사결정에 중요한 영향을 미치는 것이 밝혀졌다.