• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2001.10a
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• pp.165-196
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• 2001

DNA chip 또는 microarray는 다수의 유전자 또는 유전자 조각을 (보통 수천내지 수만 개)칩상에 고정시켜 놓고 DNA hybridization 반응을 이용하여 유전자들의 발현 양상을 분석할 수 있는 기술이다. 이러한 high-throughput기술은 예전에는 생각하지 못했던 여러가지 분자생물학의 문제에 대한 해답을 제시해 줄 수 있을 뿐 만 아니라, 분자수준에서의 질병 진단, 신약 개발, 환경 오염 문제의 해결 등 그 응용 가능성이 무한하다. 이 기술의 실용적인 적용을 위해서는 DNA chip을 제작하기 위한 하드웨어/웻웨어 기술 외에도 이러한 데이터로부터 최대한 유용하고 새로운 지식을 창출하기 위한 bioinformatics 기술이 핵심이라고 할 수 있다. 유전자 발현 패턴을 데이터마이닝하는 문제는 크게 clustering, classification, dependency analysis로 구분할 수 있으며 이러한 기술은 통계학과인공지능 기계학습에 기반을 두고 있다. 주로 사용된 기법으로는 principal component analysis, hierarchical clustering, k-means, self-organizing maps, decision trees, multilayer perceptron neural networks, association rules 등이다. 본 세미나에서는 이러한 기본적인 기계학습 기술 외에 최근에 연구되고 있는 새로운 학습 기술로서 probabilistic graphical model (PGM)을 소개하고 이를 DNA chip 데이터 분석에 응용하는 연구를 살펴본다. PGM은 인공신경망, 그래프 이론, 확률 이론이 결합되어 형성된 기계학습 모델로서 인간 두뇌의 기억과 학습 기작에 기반을 두고 있으며 다른 기계학습 모델과의 큰 차이점 중의 하나는 generative model이라는 것이다. 즉 일단 모델이 만들어지면 이것으로부터 새로운 데이터를 생성할 수 있는 능력이 있어서, 만들어진 모델을 검증하고 이로부터 새로운 사실을 추론해 낼 수 있어 biological data mining 문제에서와 같이 새로운 지식을 발견하는 exploratory analysis에 적합하다. 또한probabilistic graphical model은 기존의 신경망 모델과는 달리 deterministic한의사결정이 아니라 확률에 기반한 soft inference를 하고 학습된 모델로부터 관련된 요인들간의 인과관계(causal relationship) 또는 상호의존관계(dependency)를 분석하기에 적합한 장점이 있다. 군체적인 PGM 모델의 예로서, Bayesian network, nonnegative matrix factorization (NMF), generative topographic mapping (GTM)의 구조와 학습 및 추론알고리즘을소개하고 이를 DNA칩 데이터 분석 평가 대회인 CAMDA-2000과 CAMDA-2001에서 사용된cancer diagnosis 문제와 gene-drug dependency analysis 문제에 적용한 결과를 살펴본다.

• The Korean Journal of Nuclear Medicine
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• v.38 no.1
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• pp.21-29
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• 2004

Purpose: Much evidence suggests long-term cigarette smoking alters coronary vascular endothelial response. On this study, we applied nonnegative matrix factorization (NMF), an unsupervised learning algorithm, to CO-less $H_2^{15}O-PET$ to investigate coronary endothelial dysfunction caused by smoking noninvasively. Materials and methods: This study enrolled eighteen young male volunteers consisting of 9 smokers $(23.8{\pm}1.1\;yr;\;6.5{\pm}2.5$ pack-years) and 9 nonsmokers $(23.8{\pm}2.9 yr)$. They do not have any cardiovascular risk factor or disease history. Myocardial $H_2^{15}O-PET$ was performed at rest, during cold ($5^{\circ}C$) pressor stimulation and during adenosine infusion. Left ventricular blood pool and myocardium were segmented on dynamic PET data by NMF method. Myocardial blood flow (MBF) was calculated from input and tissue functions by a single compartmental model with correction of partial volume and spillover effects. Results: There were no significant difference in resting MBF between the two groups (Smokers: 1.43 0.41 ml/g/min and non-smokers: $1.37{\pm}0.41$ ml/g/min p=NS). during cold pressor stimulation, MBF in smokers was significantly lower than 4hat in non-smokers ($1.25{\pm}0.34$ ml/g/min vs $1.59{\pm}0.29$ ml/gmin; p=0.019). The difference in the ratio of cold pressor MBF to resting MBF between the two groups was also significant (p=0.024; $90{\pm}24%$ in smokers and $122{\pm}28%$ in non-smokers.). During adenosine infusion, however, hyperemic MBF did not differ significantly between smokers and non-smokers ($5.81{\pm}1.99$ ml/g/min vs $5.11{\pm}1.31$ ml/g/min ; p=NS). Conclusion: in smokers, MBF during cold pressor stimulation was significantly lower compared wi4h nonsmokers, reflecting smoking-Induced endothelial dysfunction. However, there was no significant difference in MBF during adenosine-induced hyperemia between the two groups.

• Journal of KIISE:Software and Applications
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• v.36 no.3
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• pp.179-186
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• 2009

This paper proposes a target speech extraction which restores speech signal of a target speaker form noisy convolutive mixture of speech and an interference source. We assume that the target speaker is known and his/her utterances are available in the training time. Incorporating the additional information extracted from the training utterances into the separation, we combine convolutive blind source separation(CBSS) and non-negative decomposition techniques, e.g., probabilistic latent variable model. The nonnegative decomposition is used to learn a set of bases from the spectrogram of the training utterances, where the bases represent the spectral information corresponding to the target speaker. Based on the learned spectral bases, our method provides two postprocessing steps for CBSS. Channel selection step finds a desirable output channel from CBSS, which dominantly contains the target speech. Reconstruct step recovers the original spectrogram of the target speech from the selected output channel so that the remained interference source and background noise are suppressed. Experimental results show that our method substantially improves the separation results of CBSS and, as a result, successfully recovers the target speech.