Phase transition is not unique to solid state systems or homogeneous molecular systems but it is also observed in highly heterogeneous biological systems. Phase transition and phase separation in cells are recently being found to be central to many biological functions by temporarily and locally controlling the storage and exchange of certain proteins and RNAs. There are also clues suggesting them to be playing pivotal roles in the spatial organization of chromosomes into topological domains and its time-dependent control. Here we introduce early efforts to explain at the molecular level how the spatiotemporal organization of chromosomes are programmed and modulated by the sequence and chemical modifications of the DNA. Continuing works may provide a physical framework to understand the molecular level control of chromosome structure and dynamics that determine the epigenetic state and the fate of the cells.
1. Introduction : Molecular diffusion of small molecules in polymers plays an important role in many areas where polymers are acting as barriers, and in separation processes, such as selective diffusion. Different applications of polymers have different requirements on their transport properties. Therefore, reliable predictions of diffusion coefficients for small molecules in polymeric materials could be a useful tool to design appropriate materials. For many years, the theories based on free-volume concepts have been widely used to correlate and predict diffusion behavior in polymer/solvent systems. In the theory derived by Vrentas and Duda, the empty space between molecules that is available for molecular transport, referred to as hole free-volume, is being redistributed. Molecular transport will occur only when a free-volume of sufficient size appears adjacent to a molecule and the molecule has enough energy to jump into this void. The diffusive jump is considered complete when the void left behind is closed before the molecule returns to its original position. In this paper, the Vrentas-Duda free-volume theory is presented and the methods to estimate free-volume parameters for predicting polymer/ solvent diffusion coefficients are described in detail.
Arabi, Mohammad Imad Eddin;Al-Shehadah, Eyad;Jawhar, Mohammad
The Plant Pathology Journal
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제26권3호
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pp.260-263
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2010
Scald, caused by Rhynchosporium secalis has been the major yield-reducing factor for barley production during the last decade. In this study, pathogenic groups of R. secalis were identified to obtain a global picture of the assembly of isolates involved in Syrian populations which is essential for the development of scald-resistant barley cultivars. To identify a number of pathogenic groups, 49 isolates collected over ten years from major barley growing areas in Syria were evaluated on five differential barley genotypes. Genotypes presented a continuous range of response from highly susceptible to moderately resistant, but none were immune to the disease. A cluster analysis placed isolates in six distinct differential pathogenic groups. Mean disease rating of 39.24% was the separation point between avirulent and virulent reactions. Isolate Rs46 exhibited distinct differential virulence patterns associated with high frequency across all genotypes. Hence, the data presented here provides crucial information for future selection of isolates to develop durable barley scald resistance.
Goo, Hyung Seo;Kim, In Ho;Ha, SeongYong;Cho, Dae Myeong;Rhim, Ji Won;Nam, SangYong
Korean Membrane Journal
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제6권1호
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pp.30-36
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2004
The gas permeation performance of commercially available polyetherimide (Ultem$\^$/) is simulated by means of molecular dynamics methods. By the observation of trajectory, long distance hopping of gas molecules is needed to transverse from top to bottom of membrane. Two possibilities mechanism of diffusion phenomena through glassy polymers can be issued. Diffusion coefficients were calculated by Einstein relation equation. In solubility simulation, the value of the constants C'$\_$H/ and b for O$_2$ at 300 K were calculated. The diffusion and solubility coefficient of He for PEI were simulated in this simulation work. the permeability coefficient is 9.88 Barrer. This value is closed to experimental value of 9.4 Barrer.
Yogesh, K.M. Popat;Ganguly, B.;Brahmbhatt, H.;Bhattacharya, A.
Macromolecular Research
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제16권7호
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pp.590-595
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2008
The pressure driven membrane process has been a breakthrough in the removal of pollutants from drinking water. These experiments examined the removal of chlorophenol compounds from water using low pressure membranes. The removal performance of the membranes was based primarily on size exclusion. Apart from size exclusion, the polarity and pKa of the compounds also influences the membrane performance. The molecular size and dipole moments of the respective molecules were calculated using a quantum chemical method. The rejection of pollutants also followed the same trend as salt rejection by the membranes.
A molecular-thermodynamic model is developed for the salt-induced protein precipitation. The protein molecules interact through four intermolecular potentials. An equation of state is derived based on the statistical mechanical perturbation theory with the modified Chiew's equation for the fluid phase, Young's equation for the solid phase as the reference system and a perturbation based on the protein-protein effective two body potential. The equation of state provides an expression for the chemical potential of the protein. In a single protein system, the phase separation is represented by fluid-fluid equilibria. The precipitation behaviors are simulated with the partition coefficient at various salt concentrations and degree of pre-aggregation effect for the protein particles. In a binary protein system, we regard the system as a fluid-solid phase equilibrium. At equilibrium, we compute the reduced osmotic pressure-composition diagram in the diverse protein size difference and salt concentrations.
Thermal fusion bonding is a method to enclose open microchannels fabricated on polymer chips for use in lab-on-a-chip (LOC) devices. Polymethyl methacrylate (PMMA) is utilized in various biomedical-microelectromechanical systems (bio-MEMS) applications, such as medical diagnostic kits, biosensors, and drug delivery systems. These applications utilize PMMAs biochemical compatibility, optical transparency, and mold characteristics. In this paper, we elucidate both the conformational entanglement of PMMA molecules at the contact interfacial regime, and the qualitative nature of the thermal fusion bonding phenomena through systematic molecular dynamics simulations.
A new method for the simultaneous determination of low molecular weight amines and quaternary ammonium ions based on the separation by IC with a suppressor and the detection by MS with ESI has been developed. The method has been applied to the analysis of a mixture containing tetramethylammonium ion, tetraethylammonium ion, tetrapropylammonium ion, triethanolamine, trimethylamine and triethylamine. The constituents were separated by isocratic elution using an IonPac CS17 column, a cation-exchange column, and detected by conductivity and mass spectrometry. The newly developed method for the six components demonstrated that the repeatability in terms of relative standard deviation for three measurements was in the range of 0.1-0.5 %. The detection limits were between 0.2 and $0.9{\mu}g/mL$ by the IC/ESI-MS.
불포화폴리에스터/폴리비닐아세테이트 semi-IPN의 경화과정 중 경화속도와 상분리 확산속도의 상호관계 속에서 형성되는 상분리 모폴로지를 광산란 및 열분석 장치를 이용하여 연구하였다. 열경화성 고분자의 경화과정 중 열가소성 고분자의 확산에 기인한 물성의 변화를 측정하였고, 상분리를 수반하는 경화과정에서의 활성화에너지의 변화를 Flynn-Wall method를 이용하여 구하였다. 반응에 의하여 나타나는 상분리현상은 경화과정 중 다양한 상분리 거동을 나타내게 되는데, 폴리비닐아세테이트가 10 wt%일 경우에는 반응도중에 상분리가 일어나지 않고 냉각 후 상온에서 nucleation & growth 거동과 유사한 형태로 상분리가 발생하였고, 11.65 wt% 이상에서는 반응도중 spinodal decomposition으로 사료되는 상분리가 발생하였다. 또한 상분리현상이 경화속도에 영향을 미친 것을 활성화에너지의 변화거동으로부터 확인하였으며, 온도변화에 따라 총산란량을 측정하였고 이로부터 확산에 의한 상분리 속도 R(${\beta}_m$)를 비교하였다.
대두유의 탈취 증류분으로 부터 토코폐롤과 스테롤을 분리해내기 위하여 분자 증류법, 용매추출법, 화학처리법 등을 이용하였으며 최종 산물로 토코폐롤 농축물과 스테롤 결정을 얻었다. 용매추출법의 경우, 얻어진 토코폐롤의 순도와 회수율은 각각 21.2%와 28.3%였으며 스테롤의 순도와 회수율은 각각 69.2%와 2.6%였다. 화학처리법의 경우, 토코폐롤의 순도와 회수율은 11.8%와 76.4%였으며 스테롤의 순도와 회수율은 85.1%와 34.3%였다. 한편 분자증류법의 경우 토코폐롤의 순도와 회수율은 45%와 68%였으며 스테롤의 순도와 회수율은 각각 49.3% 57%로 나타났다. 또한 얻어진 토코폐롤 농축물을 HPLC로 비교하였다. 이 연구의 결과로 분자증류법이 실험한 다른 방법보다 더 효과적임을 알았다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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