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단백질 서열정렬 정확도 예측을 위한 새로운 방법 (A new method to predict the protein sequence alignment quality)

이민호;정찬석;김동섭
- Bioinformatics and Biosystems
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- 제1권1호
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- pp.82-87
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- 2006
현재 가장 많이 사용되는 단백질 구조 예측 방법은 비교 모델링 (comparative modeling) 방법이다. 비교 모델링 방법에서의 정확도를 높이기 위해서는 alignment의 정확도 역시 매우 필수적으로 필요하다. 비교 모델링 과정 중의 fold-recognition 단계에서 alignment의 정확도에 의해 template을 고르는 방법은 단지 가장 비슷한 template을 선택하는 방법에 비해 주목을 받지 못하고 있다. 최근에는 두 가지의 alignment에 사이의 shift 정보를 바탕으로 한 shift score라는 수치가 alignment의 성능을 표현하기 위해서 개발되었다. 우리는 더 정확한 구조 예측의 첫걸음이 될 수 있는 shift score를 예측하는 방법을 개발하였다. Shift score를 예측하기 위해 support vector regression (SVR)이 사용되었다. 사전에 구축된 라이브러리 안의 길이가 n 인 template과 구조를 알고 싶은 query 단백질 사이의 alignment는 n+2 차원의 input 벡터로 변환된다. Structural alignment가 가장 좋은 alignment로 가정되었고 SVR은 query 단백질과 template 단백질의 structural alignment과 profile-profile alignment 사이의 shift score를 예측하도록 training 되었다. 예측 정확도는 Pearson 상관계수로 측정되었다. Training 된 SVR은 실제의 shift score와 예측된 shift score 사이에 0.80의 Pearson 상관계수를 갖는 정도로 예측하였다.
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유역유출 변화에 따른 도암댐 저수지 수질 영향 예측 (Prediction of Water Quality Effect of Watershed Runoff Change in Doam Reservoir)

노희진;김정민;김영도;강부식
- 대한토목학회논문집
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- 제33권3호
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- pp.975-985
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- 2013
본 연구에서는 도암댐 유역을 대상으로 유역모형과 호소 및 하천모형의 연계를 통해 통합모델링시스템을 구축하였다. 국내 기후 특성상 하절기에 집중되는 강우로 인해 댐의 건설은 홍수조절, 용수확보 및 전력생산 등의 목적에 있어서 불가피하다. 특히 이러한 목적의 댐 형태가 하천과 하천 사이에 위치할 경우에는 연계된 구간을 하나의 유역으로 보고 이를 통합적으로 모의 및 관리 할 수 있는 시스템이 필요하다. 본 연구에서는 도암댐 유역을 대상으로 유역모형인 SWAT 모형을 구축하고 저수지 및 하천의 수리 및 수질 모의를 위해 EFDC-WASP 모형을 구축하였다. 또한 현재 도암댐 상부에서 시범가동 중인 수질개선장치 효율이 반영된 시나리오를 모의하여 통합모델링시스템의 적용성을 검토하였다.
https://doi.org/10.12652/Ksce.2013.33.3.975 인용 PDF KSCI

Models for Scheduling Individual Jet Aircraft

Yang, Hong-Suk
- International Journal of Quality Innovation
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- 제10권2호
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- pp.19-27
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- 2009
This paper considers the short term fleet scheduling problem as described by Keskinocak and Tayur (1998). Fleet scheduling may directly affect the service quality of fractional jet aircraft business. The contributions of this paper are two: (i) we show how their model is easily implemented in a standard modeling language, LINGO, and (ii) an alternate formulation is given which is expected to perform better on large, difficult problems.
PDF KSCI