• 대한화학회지
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• 제51권2호
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• pp.178-185
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• 2007

펜타실 구조와 유사한 제올라이트형 결정성 보로실리케이드를 수증기 쪼임법으로 제조하였다. 실제 여러 종류의 서로 다른 붕소화합물 원료를 사용하여 만든 다양한 조성의 Na2O.SiO2.B2O3.TBA2O 겔을 건조시켜 얻은 무정형 분말을 수열합성 분위기에서 수증기를 쪼임으로써 펜타실 구조를 갖는 보로실리케이트 제올라이트를 합성하였다. 이때 MFI와 MEL 구조가 90:10의 비율을 혼합되어 있는 새로운 중간구조 물질이 얻어 졌다. 본 연구로부터, 젖어 있는 반응성 고체상 물질이 수증기와 높은 pH 분위기에서 결정화가 이루어짐을 확인하였다. X-선 회절법으로 분석한 결과 생성물은 우수한 결정성을 가질뿐만 아니라 독특한 촉매적 성질을 보일것으로 예상되는 구조를 갖는다. 또한 반전중심을 갖는 MFI 구조의 펜타실 층이 규칙적으로 쌓이는 모양을 보이지만 이는 MEL 구조의 거울상 층으로 이루어진 결함에 의해 방해된다. 생성물은 77 K 질소흡착법에 의하면 미세기공 부피가 0.160 cc/g 로서 순수한 MFI 구조 물질이 갖는 0.119 cc/g 보다 더 크며, 비교적 넓은 비표면적(~600 m2/g)을 보인다. 적외선 스펙트럼에서는 900.75 cm-1에서 흡수띠를 보이는데, 이는 붕소가 결정성 실리케이트의 사면체 구조내에 위치함을 뜻한다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권9호
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• pp.1319-1326
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• 2007

Fructose-1,6-bisphosphatase (FBP1) is a key regulatory enzyme of gluconeogenesis that catalyzes the hydrolysis of fructose-1,6-bisphosphate to generate fructose-6-phosphate and inorganic phosphate. Deficiency of fructose-1, 6-bisphosphatase is associated with fasting hypoglycemia and metabolic acidosis. The enzyme has been shown to occur in bacteria, fungi, plants and animals. The bovine FBP1 gene was cloned and characterized in this study. The full length (1,241 bp) FBP1 mRNA contained an open reading frame (ORF) encoding a protein of 338 amino acids, a 63 bp 5' untranslated region (UTR) and a 131 bp 3' UTR. The bovine FBP1 gene was 89%, 85%, 82%, 82% and 74% identical to the orthologs of pig, human, mouse, rat and zebra fish at mRNA level, and 97%, 96%, 94%, 93% and 91% identical at the protein level, respectively. This gene was broadly expressed in cattle with the highest level in testis, and the lowest level in heart. An intronic single nucleotide polymorphism (SNP) (A/G) was identified in the $5^{th}$ intron of the bovine FBP1 gene. Genotyping of 133 animals from four beef breeds revealed that the average frequency for allele A (A-base) was 0.7897 (0.7069-0.9107), while 0.2103 (0.0893-0.2931) for allele B (G-base). Our preliminary association study indicated that this SNP is significantly associated with traits of Average Daily Feed Intake (ADFI) and Carcass Length (CL) (p<0.01). In addition, the FBP1 gene was assigned on BTA8 by a hybrid radiation (RH) mapping method.

• 대한임상검사과학회지
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• 제47권2호
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• pp.83-89
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• 2015

결핵(Mycobacterium tuberculosis, MTB) 감염은 아직까지 전 세계에서 높은 유병률과 사망의 주요 원인이 되고 있으며 비정형 결핵(nontuberculous mycobacteria, NTM)은 최근 후천성 면역결핍증(AIDS)이나, 종양, 이식 등으로 면역력이 저하된 환자들의 임상 검체에서 분리빈도가 증가함에 따라 분리 균주의 임상적 의의가 중요시 되고 있다. 이에 항산균 염색을 이용한 객담 도말검사는 결핵균과 비정형 결핵균을 구별할 수 없다는 제한점이 있고, 균 분리배양검사는 시간이 오래 걸린다는 단점이 있어, 본 연구에서는 이러한 제한점을 가진 기존의 검사법을 대신하여 분자생물학적 방법인 중합효소 연쇄반응(polymerase chain reaction, PCR)을 이용하여 균 분리배양 검사와 비교하여 보았다. Mycobacteria를 동정하는데 항산균 염색과 3% ogawa 배지를 이용하였고, 균 분리배양 후 M. tuberculosis를 확인하기 위해서 niacin test를 실시한 결과 집락의 DNA를 추출하여 PCR후 동정된 M. tuberculosis와 niacin 양성이 일치함을 확인할 수 있었다. 또, 이 실험에서 항산성균 염색이 2+ 이상인 객담검체와 집락검체 각각에서 DNA를 추출하여 결핵균을 동정하는 방법으로 M. tuberculosis complex에 특징적으로 존재하는 insertion sequence (IS) 6110의 특정부위인 547 bp와 285 bp 부분을 증폭한 two-tube nested polymerase chain reaction을 시행하였고, 비정형 결핵균 동정법으로는 mycobacteria에 공통적으로 존재하는 rpoB 유전자 중 일부인 360 bp 부분을 증폭한 후, 제한효소 Msp I을 첨가 PCR-restriction fragment length polymorphism (RFLP)을 시행하였으며, 결핵균과 비정형 결핵균 모두 동정율에 거의 차이가 없었다. 1+인 경우는 객담검체에서 PCR한 결과가 31.2%에서 집락검체의 PCR한 결과 93.7%까지 결핵균과 비정형결핵균의 동정율이 높아졌고, trace인 경우 객담검체에서 PCR 결과가 2%에서 집락검체에서 PCR한 결과가 97.9%까지 결핵균과 비정형 결핵균의 동정율을 높일 수 있었다. 이 실험에서 항산성균 염색 1+이하 일때 객담검체와 집락검체로 PCR을 실시하면 결핵균과 비정형 결핵균의 동정율에 차이가 있고, 배양만으로는 결핵균의 동정은 가능하지만 비정형 결핵균의 동정이 가능하지 않으므로 배양검사와 PCR 검사 모두를 병행하므로써 보다 신속하고 정확한 검사결과를 내는데 도움 될 것이다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제38권1호
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• pp.77-86
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• 2011

Alcohol dehydrogenase (E.C.1.1.1.1) is an enzyme present in higher plants involved in the anaerobic fermentation pathway that catalyzes the reduction of pyruvate to ethanol, resulting in continuous $NAD^+$ regeneration. It also plays an important role in many plant developments including tolerance to anoxia condition. Here, a cDNA clone encoding alcohol dehydrogenase (ADH) was isolated from Chinese cabbage (Brassica rapa) seedlings. The gene named Bradh1 had a total length of 1,326 bp that contains a single open reading frame of 1,140 bp. The predicted protein consists of 379 amino acid residues with a calculated molecular mass of 41.17 kDa. Expression pattern analysis revealed a tissue-specific expressing gene in different tissues and strongly expressed in the shoot, roots and seeds of Chinese cabbage. Agrobacterium transformation of full-length cDNA Bradh1 into rice Gopumbyeo showed high efficiency. Furthermore, induction of ADH in transgenic rice enhanced tolerance to anaerobiosis stresses and elevated mRNA transcripts. The overexpression of Bradh1 in rice increases germination under anaerobiosis stresses, implying the possibility of developing new varieties suited for direct seeding or flood-prone rice field.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제45권5호
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• pp.679-688
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• 2003

본 연구는 재래돼지와 랜드레이스를 기초축으로 한 F$_2$ 354두에 대해 Leptin receptor와 연관되어있는 초위성체 표지인자를 이용하여 그 다형성을 조사하고 돼지의 성장형질, 도체형질, 육질형질과 그 유전자형간의 연관성을 구명코자 실시하였다. F$_2$ 354두로부터 얻어진 총 대립유전자는 255bp, 259bp 261bp, 263bp, 265bp, 267bp로써 총 6가지 형태로 나타났다. 집단 내에서 6개의 대립유전자들은 19가지의 유전자형 조합을 나타내었고 가장 많이 나타난 유전자형은 CE형 (261bp/265bp)으로 전체의 20.0%를 차지하였고 다음으로 CC(261/261)와 EE(265/ 265)가 각각 10.1%와 9.6%로 나타났으며 AC(255/261)와 EF(265/267)은 각각 1두에서만 관찰되었다. 각 유전자형간 12주령 체중이 고도의 유의성을 가지고 있었고 (P〈0.001), 3주령 체중(P〈0.05)과 30주령 체중(P〈0.01)에서도 유의성을 보였다. 특히, 성장초기와 달리 12주령 이후 돼지의 증체율은 급증하게 되고 각 개체간의 증체량에 대한 변이가 커지게 되는 것으로 나타났다. 3, 5, 12, 30주령 체중에서 DD(263/263), DF(263/267)형은 항상 상위를 나타내는 유전자형들로 나타났다. 특히 263bp 대립유전자를 가지고 있는 유전자형에 있어서 증체량에 대한 영향력이 크게 나타났다. 각 유전자형간 도체지방과 전단력도 유의성을 가지고 있었고 (P〈0.001), 등지방층 두께에서도 유의성을 보였다(P〈0.05). 그러나 근내지방함량에 대해서는 LEPR 유전자형들의 영향을 미치지 못하는 것으로 나타났다. 등지방층 두께와 도체지방에 대한 최상위 값을 갖는 유전자형은 두 형질 모두 DF (263/267)형으로 나타났다. 반면, 등지방층 두께에서 최하위 값을 갖는 유전자형은 AB (255/259), BE (259/265), AE(255/265) 순으로 나타났고, 도체지방에서는 AB(255/259), DD (263/263), AE(255/ 265) 순으로 나타났다. 특히 255, 259, 265bp 대립유전자를 갖는 개체들은 두 형질에 있어서 부의 상관관계를 갖는 것으로 판단되어진다. 전단력의 평균값이 각각 4.59kg/$cm^3$과 4.52kg/$cm^3$인 DD(263/263), BB(259/259)가 등심근육의 연도를 저하시켰고 반대로 DF(263/267) 유전자형을 갖은 개체는 더 좋은 연도를 나타내었다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.135.2-136
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• 2003

To characterize plasmids in Xanthomonu axonopodis pv. glycines, we isolated plasmids pAG1 from the strain AG1 and pXAG81 and PXAG82 from the strain Bra, respectively, and sequenced three plasmids. The size of plasmids, pAG1, pXAG81, and pXAG82 was 15,149-base pairs (bp), 26,727-bp, and 1,496-bp, respectively Fifteen and twenty six possible open reading frames (ORFs) were present in pAG1 and pXAG81, respectively. Only one ORF homologous to a rep gene of Xylella fastidiosa was present in pXAG82. pAG1 contained genes homologous to avrBs3, tnpA, tnpR, repA, htrA, three parA genes, M.XmaI, R.XmaI, and six hypothetical proteins. pXAG81 contained genes homologous to avrBs3, tnpA, tnpR, repA, htrA, two parA genes, pemI, pemK, mobA, mobB, mobC, mobD, mobE, trwB, traF, traH, ISxac2, and eleven hypothetical proteins. Based on DNA sequence analysis, we presume that pXAG81 is a conjugal plasmid. Interestingly, we found 0.5-kb truncated avirulence gene similar to aurXacE3 on the right border of avrBs3 homolgs of pAG1 and pXAG81. Two hundred twenty five isolates were analyzed to find aurBS3 or tra gene homologs by Southern hybridization. The numbers of avrBs3 homolog varied from 3 in AG1 to 8 in AG166. Two hundred seventeen isolates appeared to can conjugative plasmids (pXAG81 type), and thirty eight isolates appeared to carry non-conjugative plamids (pAGl type). This indicated that aurBs3 gene homologs might be spread by conjugation in X. axonopodis pv. glycines.

• Molecules and Cells
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• 제22권3호
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• pp.314-322
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• 2006

The whole mitochondrial genome (14,915 nt) of Pollicipes mitella (Crustacea, Maxillopoda, Cirripedia, Thoracica) was sequenced and characterized. It is the shortest of the 31 completely sequenced crustacean mitochondrial genomes, with the exception of a copepod Tigriopus japonicus (14,628 nt). It consists of the usual 13 protein-coding genes, 22 tRNA genes, 2 rRNA genes, and 1 relatively short non-coding region (294 nt). The thoracican cirripeds apart from Megabalanus volcano have the same arrangement of protein-coding genes as Limulus polypemus, but there are frequent tRNA gene translocations (at least 8). Some interesting translocation features that may be specific to the thoracican cirriped lineage are as follows: 1) trnK-trnQ lies between the control region and trnI, 2) trnA-trnE lies between trnN and trnS1, 3) trnP lies between ND4L and trnT, and 4) trnY-trnC lies between trnS2 and ND1. In P. mitella there are two trnL genes (L1 and L2) in the typical crustacean positions (ND1-L1-LrRNA and CO1-L2-CO2). The present result is compared and discussed with the other three cirriped mitochondrial genomes from one pedunculate (Pollicipes polymerus) and two sessiles (Tetraclita japonica and M. volcano) published so far. Mitochondrial protein phylogenies reconstructed by the BI and ML algorithms show that the thoracican Cirripedia is monophyletic (BPP 100/BP 100) and associated with Remipedia (BPP 98/BP 35). In addition, Oligostraca, including Ostracoda, Branchiura, and Pentastomida, is a monophyletic group (BPP 99/BP 68), and is basal to all the other examined arthropods. Remipedia + Cirripedia appears as an independent lineage within Arthropoda, apart from Thoracopoda (Malacostraca, Branchiopda, and Cephalocarida). The Thoracopoda is paraphyletic to Hexapoda. The present result suggests that the monophylies of Crustacea and Maxillopoda should be reconsidered.

• 한국산림과학회지
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• 제112권4호
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• pp.554-560
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• 2023

불법 목재 유통을 막기 위해 DNA를 활용한 수종 및 원산지 식별이 이루어지고 있지만, 목재의 물리·화학적 특성 때문에 양질의 DNA를 얻기 어렵다. 본 연구에서는 목재 DNA 추출 수율과 polymerase chain reaction (PCR) 성공률에 목재 조직의 나이가 영향을 미치는지 알아보기 위하여, 국내 주요 수종인 소나무 원목에서 DNA를 추출하여, 목재의 나이테 생성 시기와 추출 DNA 농도(ng/μl) 및 순도(A260/A280) 그리고 PCR 성공률(%)의 관계를 확인하였다. 분석 결과, 나이테가 형성층으로부터 멀어질수록, 즉 오래 전에 생성된 목재일수록, 추출한 DNA의 농도와 순도는 유의하게 감소하였다. 증폭 길이가 짧은 trnM-trnV(285 bp) 영역과 rpoC1(298 bp) 영역의 경우 PCR 증폭 성공률이 100 %였으나, rbcL(1.3 kb) 영역의 경우 66.67 %였고 30년보다 오래된 조직에서는 모두 증폭에 실패하였다. 시간이 지남에 따라 목재 세포의 사멸과 함께 양질의 DNA가 파괴되어 DNA 농도, 순도, PCR 성공률이 감소한 것으로 판단된다. 본 연구 결과는 향후 목재를 활용한 수종 동정 등에 유용하게 활용될 것으로 기대된다.

• 한국어류학회지
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• 제23권1호
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• pp.10-20
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• 2011

한반도 고유종인 묵납자루(Acheilognathus signifer)로부터 metallothionein(MT) 유전자를 분리하고 그 유전자 구조와 발현 특징을 분석하였다. 묵납자루 MT cDNA는 20개의 시스테인(cysteines)을 포함한 60개의 아미노산을 암호화하고 있었고, 이들 시스테인 잔기들의 위치는 잉어목 어류에서 잘 보전되어 있었다. 묵납자루 MT 유전자는 3개의 exon과 2개의 intron으로 구성되어 있었으며 intron영역은 A/T조성 빈도가 높았다. 생물정보 분석법을 통해 묵납자루 MT 유전자의 프로모터 영역은 중금속 조절 빛 스트레스/면역관련 조절에 관련한 다양한 전사 조절인자들의 부착 위치들이 보유하고 있는 것으로 예측되었다. Real-time RT-PCR 분석법을 이용한 묵납자루 MT mRNA의 조직 별 발현 수준을 조사한 결과, 난소와 장 조직에서의 발현 수준이 가장 높았으며 성장과 근욕 조직에서의 발현 수준이 가장 낮은 것으로 확인되었다. 구리를 이용한 중금속 노출 실험(구리 농도 $0.5\;{\mu}M$을 이용, 48 시간 동안 침지 처리)을 통하여 간 조직에서 MT mRNA 발현이 가장 많이 유도되었고(3.5배 이상), 비장, 신장 및 아가미에서도 유의적인 발현양의 증가(1.5~2.5배)가 관찰되었다. 그러나 뇌 및 장 조직에서는 MT 발현양의 변화가 없었다. 본 연구 결과는 향후 멸종위기 고유종인 묵납자루의 중금속 관련 스트레스 연구에 유용한 기초 자료를 제공할 수 있으리라 기대된다.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제11권4호
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• pp.337-343
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• 2006

Trimethylamine dehydrogenase (TMADH, EC 1.5.99.7), an iron-sulfur flavoprotein that catalyzes the oxidative demethylation of trimethylamine to form dimethylamine and formaldehyde, was purified from Methylophaga sp. strain SK1. The active TMADH was purified 12.3-fold through three purification steps. The optimal pH and temperature for enzyme activity was determined to be 8.5 and $55^{\circ}C$, respectively. The $V_{max}\;and\;K_m$ values were 7.9 nmol/min/mg protein and 1.5 mM. A genomic DNA of 2,983 bp from Methylophaga sp. strain SK1 was cloned, and DNA sequencing revealed the open reading frame (ORF) of the gene coding for TMADH. The ORF contained 728 amino acids with extensive identity (82%) to that of Methylophilus methylotrophus $W_3A_1$.