• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제31권2호
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• pp.280-289
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• 2021

Genetic markers currently used for the discrimination of Lactobacillus delbrueckii subspecies have low efficiency for identification at subspecies level. Therefore, our objective in this study was to select novel genetic markers for accurate identification and discrimination of six L. delbrueckii subspecies based on pangenome analysis. We evaluated L. delbrueckii genomes to avoid making incorrect conclusions in the process of selecting genetic markers due to mislabeled genomes. Genome analysis showed that two genomes of L. delbrueckii subspecies deposited at NCBI were misidentified. Based on these results, subspecies-specific genetic markers were selected by comparing the core and pangenomes. Genetic markers were confirmed to be specific for 59,196,562 genome sequences via in silico analysis. They were found in all strains of the same subspecies, but not in other subspecies or bacterial strains. These genetic markers also could be used to accurately identify genomes at the subspecies level for genomes known at the species level. A real-time PCR method for detecting three main subspecies (L. delbrueckii subsp. delbrueckii, lactis, and bulgaricus) was developed to cost-effectively identify them using genetic markers. Results showed 100% specificity for each subspecies. These genetic markers could differentiate each subspecies from 44 other lactic acid bacteria. This real-time PCR method was then applied to monitor 26 probiotics and dairy products. It was also used to identify 64 unknown strains isolated from raw milk samples and dairy products. Results confirmed that unknown isolates and subspecies contained in the product could be accurately identified using this real-time PCR method.

• 한국축산식품학회지
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• 제23권3호
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• pp.269-277
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• 2003

한국인 모유중 미생물을 분리 및 동정하여 미생물의 분포를 파악함으로써 영 유아의 건강에 대한 안정성을 확보하고자 하였다. 건강한 한국인 149명의 산모로부터 비유기간을 고려하여 유즙기에 의한 수집과 손에 의한 수집방법에 따라 모유를 나누어 미생물의 동정을 실시하였다. 유즙기로 수집한 경우 일반세균수는 평균 2.33${\times}$$10^4$ cfu/mL이구 손으로 착유시는 평균 7.83${\times}$$10^3$ c려/mL로서 유즙기를 이용하여 착유한 경우 평균 9.80${\times}$$10^2$∼3.06${\times}$$10^4$ cfu/mL 많이 존재하였으며, 대장균군 또한 유즙기를 이용하여 착유할 경우 평균9.36${\times}$$10^3$∼8.57${\times}$$10^4$ cfu/mL 많이 존재하는 것으로 나타났다. 반면에 유산균수는 평균 8.63${\times}$$10^2$∼7.64${\times}$$10^4$ cfu/mL로서 기계착유와 손착유 방법에 따른 차이점이 없었다. 일반세균의 동정은 산모로부터 수집된 모유를 Standard plate count agar를 이용하여 콜로니의 형태학적 특성에 따라 5가지 형태로 나누어 100개군으로 분리하였으며, Microbial Identification System(MIDI)을 이용하여 일반세균군을 동정한 결과, 휴 13개 균종으로 분포하고 있었으며, 그 중 Staphylococcus속이 7가지의 아종으로 전체 일반세균의 81% (1.07${\times}$$10^4$ cfu/mL)로서 가장 많이 존재하고 있는 것으로 나타났다. 그 밖에 Mcrococcus속, Bacillus속, Providencia속, Pseudomonas속, Yersinia속 및 Acinetobacter속이 각각 1종씩 검출되었다. 유산균의 동정은 BCP agar를 이용하여 콜로니의 형태학적 특성에 따라 6가지 형태로 나누어 36개군의 유산균군을 분리하였다. 그리고 Bergey's Manual 및 API 50CH system을 이용하여 생리적 및 생화학적 동정을 실시한 결과, 총 7개 균종으로 분포하고 있었으며, Lactobacillus brevis 균주간 전체 유산균중 50.9% (4.72${\times}$$10^4$ cfu/mL)로서 가장 많이 존재하고 있는 것으로 나타났다. 그 밖에 Lactobacillus curvatus, Lactobacillus delbrueckii subsp. lactis, Lactobacillus acidophiiu 등 85.1%(7.89x$10^4$ cfu/mL)가 간균으로 분포하고 있었으며 구균으로는 Leuconostoc lactis와 Streptococcus salivarius subsp. thermophilus가 총 14.9% (1.39${\times}$$10^4$ cfu/mL)분포하고 있는 것으로 동정되었다.