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Plant Virome Analysis by the Deep Sequencing of Small RNAs of Fritillaria thunbergii var. chekiangensis and the Rapid Identification of Viruses

  • Chen, Lu-xi;Pan, Hang-kai;Tao, Yu-tian;Yang, Dang;Deng, Hui-min;Xu, Kai-jie;Chen, Wen-bin;Li, Jun-min
    • The Plant Pathology Journal
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    • 제38권5호
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    • pp.533-540
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    • 2022
  • Thunberg fritillary (Fritillaria thunbergii), a perennial used in traditional Chinese herbal medicine, is a members of the family Liliaceae. The degeneration of germplasm is a severe problem in the production of Fritillaria thunbergii var. chekiangensis. However, no information about viral infections of F. thunbergii var. chekiangensis has been reported. In this study, we sequenced the small RNAs of F. thunbergii var. chekiangensis from leaves and bulbs, and viruses were identified using a phylogenetic analysis and BLAST search for sequence. In addition, multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR) was used to rapidly detect viruses in this variety. Our study first reported that five viruses infected F. thunbergii var. chekiangensis. Among them, fritillary virus Y (FVY), lily mottle virus (LMoV), Thunberg fritillary mosaic virus (TFMV), and hop yellow virus (HYV) had been reported in F. thunbergii, while apple stem grooving virus was first reported in the genus Fritillaria. A multiplex RT-PCR method was developed to rapidly test the four viruses FVY, LMoV, TFMV, and HYV in F. thunbergii var. chekiangensis. Our results provide a better understanding of the infection of F. thunbergii var. chekiangensis by viruses and a basic reference for the better design of suitable control measures.

LG AdvansureTM Malaria P.f./P.v. real-time QPCR의 말라리아 진단 유용성 (Evaluation of the LG AdvansureTM Malaria P.f./P.v. real-time QPCR for the Diagnosis of Malaria)

  • 이혜진;김하늬;유병준;김장수;김명한;임채승;이갑노
    • Laboratory Medicine Online
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    • 제1권2호
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    • pp.100-104
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    • 2011
  • 배경: 말라리아는 국내에서 여전히 유행하고 있는 감염질환이다. 현재까지 말라리아의 진단에는 혈액도말검사의 검경법이 표준방법으로 되어 있으나 혈중 원충 농도가 낮을 경우에 예민도가 떨어지고 판독하기까지 많은 시간이 소요된다. 본 연구자들은 최근 개발된 LG AdvansureTM Malaria P.f./P.v. real-time QPCR (LG 생명과학)의 수행능력을 평가하고자 한다. 방법: 고려대학교 안산병원에 내원한 173명의 검체를 사용하였다. 고전적인 검경법으로 말라리아로 진단받았던 73명의 환자와 100명의 건강인을 대상으로 하여 LG AdvansureTM Malaria P.f./P.v. real-time QPCR를 시행하였고 그 결과를 비교하였다. 또한 말라리아 양성 혈액을 정상 혈액으로 10배로 배수 희석하여 검출 한계를 설정하였다. 결과: 총 73명의 환자 중 혈액도말 검사상 70명이 삼일열 말라리아로 진단받았으며 중합효소연쇄반응검사상 69명(98.6%)이 양성률을 보였다. 또한 혈액도말 검사상 열대열 원충이 발견되었던 3명(100%)의 경우 중합효소연쇄반응 검사상 모두 양성 결과였다. 본 중합효소연쇄반응 키트의 경우 μL당 0.1개의 원충까지 검출할 수 있는 높은 예민도를 보였다. 결론: LG AdvansureTM Malaria P.f./P.v. real-time QPCR 검사는 민감도와 특이도가 높았으며 원충의 농도가 매우 낮을 경우에도 검출할 수 있어 말라리아 감염의 진단에 유용할 것으로 생각한다.