• 생명과학회지
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• 제25권9호
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• pp.970-975
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• 2015

본 연구는 mtDNA cytochrome b (cyt b) 유전자의 염기변이를 동정하고 이를 토대로 백한우의 계통유전학적 유연관계를 파악하기 위하여 실시하였다. 백한우 14두에 대한 mtDNA cyt b 유전자 전체서열 내에서 염기의 삽입/결실변이 없이 1개의 silent mutation이 동정되었고, 2개의 haplotype으로 분류되었다. 14두 중 13두가 major haplotype인 H1에 포함되었으며, 나머지 1두는 칡소와 같은 haplotype에 속하였다. Haplotype 다양성지수 및 염기변이율은 각각 0.143, 0.00013으로, 기존에 보고된 한국 재래소 및 중국소 품종들보다 현저히 낮게 나타났다. 한국, 일본, 중국 및 유럽 소 품종과의 유전적 유연관계를 확인하기 위해서 Dxy 유전거리 산출 및 neighbor-joining tree를 작성하였다. 2개의 group (A, B)으로 분류되었으며, 백한우는 B. taurus 계열인 A group에 포함되었다. Dxy유전거리 산출 결과, 백한우는 흑우(0.00018) 및 Yanbian (0.00021) 품종과 가까운 유연관계를 보였다. 이상의 결과를 종합해보면, 모계유전특성에 기초하여 백한우는 칡소, 흑우 및 Yanbian과 유전적으로 높은 연관성을 보였다. 이러한 결과는 백한우의 효율적인 관리 및 지속가능한 활용을 위한 중요한 자료로 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제42권2호
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• pp.71-75
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• 2004

To determine the molecular phylogenie location of Plagiorchis muris, 28S D1 ribosomal DNA (rDNA) and mitochondrial cytochrome C oxidase subunit I (mtCOI) were sequenced and compared with other trematodes in the family Plagiorchiidae. The 28S D1 tree of P. muris was found to be closely related to those of P. elegans and other Plagiorchis species. And, the mtCOI tree also showed that P. muris is in a separate clade with genus Glypthelmins. These results support a phylogenie relationship between members of the Plagiorchiidae, as suggested by morphologic features.

• Animal Systematics, Evolution and Diversity
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• 제13권2호
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• pp.73-81
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• 1997

한국산 조류 중 박새속(genus Parus)에 속하는 4종 Parus major wladiwostokensis (박새), P. ater amurensis(진박새), P. palustrius hellmayri(쇠박새) 및 P. varius varius(곤줄 박이)를 대상으로 이들의 계통적 유연관계를 구명하기 위하여 mtDNA분석을 실시하였다. 6 base를 인지하는 10개의 제한효소를 처리하여 얻어진 mtDNA의 크기는 16.6~17.0Kb였으며 Pst I과 Pvu II는 종간 차이가 뚜렷하였다. 각 종간의 절편양상을 비교하여 Parus속의 종 간 분화정도를 비교한 결과 P. m. wladiwostokensis와 P. a. amurensis의 유전적 근연관계 가 가장 가까웠고(p=0.073, F=0.294) P. a. amurensis와 P. v. varius는 비교적 현저한 유전 적 차이를 보였다.(p=0.119, F=0.143). Brown 등 (1979)의 공식을 이용하여 박새속 4종의 분 화시기를 추정한 결과 이들은 후기 선신세(Pliocene)와 초기 홍적세(Pleistocene) 사이에 분 화된 것으로 추정되었다.

• 한국패류학회지
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• 제10권1호
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• pp.27-37
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• 1994

한국산 담수 또아리물달팽이과(Planorbidae)에 속하는 또아리물달팽이(Gyraulus convexiusculus),수정또아리물달팽이(Hippeutis cantori) 및 배꼽또아리물달팽이(Segmentina hemisphaerula)3종에 대한 종간 유전적 변이와 이들 상호간의 분류학적 유연 관계를 생화학적 측면에서 밝히고자 하였다. 즉, 모계유전으로 자손에 유전되고 있는 미토콘드리아 DNA(mitochondrial DNA; mt DNA)의 변이를 보기위하여 제한효소(restriction enzyme)를 처리하고 잘라진 mtDNA절편들을 상호 비교하는 restriction fragmint length polymorphism(RFLP)기법을 응용하였다. 본 실험에서 10개의 제한효소 중 CIa I, Dra I, Eco RI, Hin dIII, Kpn I및 pst I의 6개 제한효소에서 좋은 결과를 얻어 종간의 공통절편(shated fragmints)을 비교하였고, 염기분화율(nucleotide divergince rate)을 각각 측정하였다. 미토콘드리아 DNA 크기(genome size)는 또아리물달팽이가 12.08 kb, 수정또아리물달팽이가 14.4 kb, 그리고 배꼽또아리물달팽이가 12.93 kb로 관찰되었다. 염기분화율(p)는 또아리물달팽이/수정또아리물달팽이 군에서 p=12.7%, 배꼽또아리물달팽이와 상기 2종군 사이의 염기분화율은 P=56.6%여서 배꼽 또아리물달팽이류는 타 2종보다 그 분화율이 매우 높음을 알 수 있었다. 이상의 결과로 보아 분류군(taxa)의 mtDNA 변이에 의한 RELP기법이 앞으로 한국산 담수 패류 연구에 널리 응용될 수 있음이 확인되었다.

• 생명과학회지
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• 제18권3호
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• pp.422-425
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• 2008

Membrane-type 1 matrix metalloproteinase (MT1-MMP) is a membrane-associated zinc-dependent endoproteinase involved in extracellular matrix remodeling. MT1-MMP hydrolyzes ECM proteins like collagen and is involved in cancer cell migration and metastasis. Caveolins are integral membrane proteins and play a role in formation of caveolae, specialized membrane microdomains involved in clathrin-independent endocytosis. Recombinant MT1-MMP was transiently expressed in PANC-1 cells. Cells expressing recombinant MT1-MMP were able to hydrolyze collagen and migrate on collagen coated trans-well. Both subjacent collagen degradation and the cell migration conferred by recombinant MT1-MMP were inhibited by co-transfection of plasmids containing caveolin-1 cDNA. The results support that MT1-MMP is localized in lipid raft of the membrane and MT1-MMP activities in invasive cells could be inhibited by caveolin.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제39권2호
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• pp.161-170
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• 2001

We conducted both the small subunit ribosomal DNA (SSU rDNA) polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) and mitochondrial (mt) DNA RFLP analyses for a genetic characterization of Acanthamoeba isolates from contact lens storage cases of students in Seoul, Korea. Twenty-three strains of Acanthamoeba from the American Type Culture Collection and twelve clinical isolates from Korean patients were used as reference strains. Thirty-nine isolates from contact lens storage cases were classified into seven types (KA/LS1 , KA/LS2, KA/LS4, KA/LS5, KA/LS7 KA/LS18, KA/LS31). Four types (KA/LS1 , KA/LS2, KA/LS5, KA/LS18) including 33 isolates were regarded as A. castellanii complex by riboprints. KA/LS1 type was the most predominant (51.3%) in the present survey area, followed by KA/LS2 (20.9%), and KA/LSS (7.7%) types. Amoebae of KA/LS1 type had the same mtDNA RFLP and riboprint patterns as KA/E2 and KA/E12 strains, clinical isolates from Korean keratitis patients. Amoebae of KA/LS2 type had the identical mtDNA RFLP patterns with A. castellanii Ma strain, a corneal isolate from an American patient as amoebae of KA/LS5 type, with KA/E3 and KA/E8 strains from other Korean keratitis patients. Amoebae of KA/LS 18 type had identical patterns with JAC/E1, an ocular isolate from a Japanese patient. Three types , which remain unidentified at species level, were not corresponded with any clinical isolate in their mtDNA RFLP and riboprint patterns. Out of 39 isolates analyzed in this study, mtDNA RFLP and riboprint patterns of 33 isolates (84.6%) were identical to already known clinical isolates, and therefore, they may be regarded as potentially keratopathogenic. These results suggest that contact lens wearers in Seoul should pay more attention to hygienic maintenance of contact lens storage cases for the prevention of Acanthamoeba keratitis.

• 한국축산식품학회지
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• 제28권3호
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• pp.276-282
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• 2008

우리나라는 전 세계 녹용의 약 80% 이상을 소비하고 있는 양록 대국이나 최근 국내 녹용시장에서의 녹용 둔갑판매 및 불법유통 현상이 문제점으로 대두되고 있다. 따라서 본 연구는 녹용의 종 감별 기술을 개발하고자 현재 국내에서 유통되고 있는 러시아산 원용, 북미산 대록, 국산화용, 중국산 깔깔이 및 알래스카산 순록 등 5종의 대표적인 녹용들을 대상으로 종간 염기서열 변이성이 매우 높은 유전자로 알려져 있는 mt DNA내 cytochrome b 및 D-loop 유전자 영역의 염기서열 분석 및 종간 변이성 비교분석을 수행하였다. 각 녹용시료에서 mt DNA를 분리하고 cytochrome b와 D-loop유전자의 특정 영역을 포함하는 primer를 설계 합성하고 PCR로 증폭한 후 DNA 증폭산물의 염기서열을 분석하여 종간 유전정보의 동일성 여부를 비교한 결과 녹용 종간에 명확한 차이를 보이는 염기서열 부위가 검출되었고 이러한 종간 염기배열 차이에 근거하여 녹용의 종 감별이 가능하였다. 또한, mt DNA cytochrome b유전자에서 종간 특이적 염기서열을 인지하는 두 종류의 제한효소(NlaIV 및 TaqI)을 이용한 PCR-RFLP 기법으로 녹용으로 인정되지 않는 순록의 종 특이적 RFLP 분자표지를 검출하였고 이를 이용하여 녹용과 순록간의 종 판별이 가능하였다. 한편, D-loop 유전자의 특정 영역 염기서열 분석기법을 이용하여 시중에서 러시아산 원용으로 유통되고 있는 녹용 절편 32개를 무작위표본 추출하여 녹용의 종 감별을 조사한 결과 러시아산 원용으로 인정되는 것은 62.5%에 불과하였고 나머지는 중국산 마록(25.0%)과 엘크 및 순록의 아종으로 추정되는 시료도 일부 검출되었다. 따라서 본 연구를 통해 사슴 녹용 mt DNA 유전자의 염기서열 유전정보 변이 차이를 이용한 염기서열 분석법과 특정 제한효소(NlaIV 및 TaqI)를 이용한 PCR-RFLP 기법은 녹용의 과학적인 종 감별과 이를 바탕으로 녹용 원산지의 추정도 가능할 것으로 기대된다.

• Childhood Kidney Diseases
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• 제16권2호
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• pp.73-79
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• 2012

목적: 일부 사구체 질환 그리고 말기 신부전 환자를 대상으로 한 연구들에서 특정 부위의 돌연변이와 deletion 그리고 미토콘드리아 DNA copy 수 등이 예후적인 경과와 관련이 있다는 주장이 제기되었다. 연구자들은 소아 IgA 신병증 환자를 대상으로 혈소판을 이용한 미토콘드리아 DNA 전체 염기서열 분석을 실시하였다. 방법: 인제의대 부산백병원 소아청소년과에서 신생검을 실시하여 IgA 신병증으로 확진된 7명의 환자를 대상으로 하였다. 대상 환아들은 동반된 전신질환이 없고 가족력상 신장질환이 없는 경우로 국한 하였다. 신생검 당시 혈청 크레아티닌 치와 사구체 여과율은 모두에서 정상 범위였으며, 각각의 연령 대에 정상 범위의 혈압을 보였다. 환자의 성별은 남자 4명 여자 3명 이었다. 환자들은 단백뇨의 정도에 따라 두 군으로 분류하였다. 결과: 신생검 당시 환자들의 평균 나이는 $11.5{\pm}2.2$세 였으며 최종 추적검사 당시의 나이는 평균 $17.9{\pm}3.2$세 였다. 환자들의 평균 추적관찰 기간은 평균 $7.8{\pm}3.1$년 이었다. 환자들은 입원당시 단백뇨의 정도에 따라 2군으로 분류하였다. 1군은 입원당시 단백뇨가 동반되지 않았던 환자들이며 2군은 신증후군의 임상 양상을 보인 환자들이었다. 최종 추적 관찰 당시 양군의 혈청 크레아티닌 치, BUN은 모두 정상 범위였다. 혈청 알부민 치는 2군에서 $3.7{\pm}0.6g/dL$로 1군의 $4.7{\pm}0.2g/dL$에 비해 유의하게 낮았으며(P=0.0241), 혈청 콜레스테롤치는 2군에서 $222.7{\pm}35.7mg/dL$로 1군의 $148.3{\pm}29.1mg$ 보다 유의하게 높았다(P=0.0283). 24시간 채집뇨상의 총단백량도 2군에서 $1,466.0{\pm}742.5\;gm$으로 1군의 $122.5{\pm}48.1\;gm$에 비해 유의하게 높았다(P=0.0135). 단회 소변을 이용한 단백/크레아티닌 비는 2군에서 $1.8{\pm}1.6$으로 1군의 $0.2{\pm}0.2$에 비해 높았으나(P=0.0961), 통계적인 유의성은 없었다. 2명의 환자에서 8,272-8,281(CCCCCTCTA) 부위 염기서열 누락을 관찰되었다. 단백뇨 정도에 따라 분류한 두군 모두에서 각각 한명씩 염기 서열의 누락이 있었다. 누락된 부위는 미토콘드리아 유래 발현되는 단백질 서열 등에 관련 없는 비부호화부위(non coding region) 이었다. 8,272-8,281 부위를 제외한 미토콘드리아 DNA 염기서열은 모두 정상이었다. 결론: 소아 IgA 신병증에서도 mtDNA common deletion이 증명됨으로해서 향후 소아 IgA 신병증에서 미토콘드리아의 기능 이상이 진행성 임상적 경과에 어떠한 영향을 미칠 수 있는 지에 대한 추가 연구가 필요하다고 생각한다.

• Animal cells and systems
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• 제13권3호
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• pp.323-329
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• 2009

We analyzed partial sequences of cytochrome b (cyt-b), a mitochondrial DNA (mtDNA) gene, to determine the genetic relationships between six horsehead fish species: Branchiostegus japonicus, Branchiostegus albus, Branchiostegus auratus, Branchiostegus argentatus, Branchiostegus wardi, and an unidentified Branchiostegus species. The specimens were collected in Korea, China, Japan, and Vietnam. We compared their molecular phylogenetic relationships inferred from mtDNA cyt-b sequences with an osteological analysis. The unidentified species, B. sp., was similar to B. albus in terms of the lack of triangular silver-white dot at the posterior region of eyes (vs. large one present in B. japonicus), but was also similar to B. japonicus in terms of the presence of a straight-shaped first hemal spine (vs. a curve-shaped hemal spine in B. albus). Analysis of the mtDNA cyt-b sequences indicated that the smallest estimated sequence divergence was between the B. japonicus and B. sp. (0.70-0.94%), whereas the largest difference was between B. auratus and B. argentatus (23.06-23.36%). Both the maximum parsimony and maximum likelihood trees showed that the B. sp. was closely clustered with B. japonicus, and that B. auratus was most distant from the other species. When comparing the osteological characters, UPGMA tree showed that the B. japonicus and B. sp. were the most closely clustered species, and B. auratus was the most distantly clustered fish relative to the other species. The shape of the nasal, otolith and first hemal spine was informative for distinguishing B. auratus from the other species. These osteological differences were consistent with the differences in mtDNA.

• Molecules and Cells
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• 제23권3호
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• pp.379-390
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• 2007

We sequenced and characterized the complete mitochondrial genome of the Japanese fish tapeworm D. nihonkaiense. The genome is a circular-DNA molecule of 13607 bp (one nucleotide shorter than that of D. latum mtDNA) containing 12 protein-coding genes (lacking atp8), 22 tRNA genes and two rRNA genes. Gene order and genome content are identical to those of the other cestodes reported thus far, including its congener D. latum. The only exception is Hymenolepis diminuta in which the positions of trnS2 and trnL1 are switched. We tested a PCR-based molecular assay designed to rapidly and accurately differentiate between D. nihonkaiense and D. latum using species-specific primers based on a comparison of their mtDNA sequences. We found the PCR-based system to be very reliable and specific, and suggest that PCR-based identification methods using mtDNA sequences could contribute to the study of the epidemiology and larval ecology of Diphyllobothrium species.