• 대한미생물학회지
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• 제34권5호
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• pp.453-459
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• 1999

Astrovirus is frequently associated with diarrhea in children. It can not be readily isolated by cell culture, and an electronmicroscope is usually used for detection of this agent. Recently in 1995 a combined method of reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was designed for easier detection of astrovirus, which is based on the conserved sequence in 3'-end of genomes of the 7 known serotypes of human astrovirus. As of yet there has not been any report of astrovirus data in Korea using the RT-PCR methods. The purpose of this study was to detect astrovirus incidence, severity of symptoms, seasonal variation and co infection rate with rotavirus in Korean children inpatients with diarrhea. Fecal specimens from 61 young children hospitalized with gasteroenteritis Korea from Jan. 1996 through Mar. 1997. They were examined for astroviurs infection by RT-PCR method. Results are as follows:1. Astrovirus was detected at 9.8% (6/61) from fecal specimens of children with severe diarrhea by EIA using monoclonal antibody coated plates. 2. Astorvirus was detected at 29.5% (18/61) from fecal specimens of children with severe diarrhea by RT-PCR. 3. The age of the 18 children affected by astrovirus ranged from 2 monthes to 7 years with mean of 3.0 years. 4. Mean hospital stay of the 18 children was 6.1 days. 5. Five (27.8%) astrovirus RT-PCR positive strains were confirmed in November and in December, respectively out of 18 specimens in total. 6. Astrovirus coinfection with rotavirus type G1 was confirmed in 15/16 specimens (93.8%), and with type G2 was in 1/16 specimens (6.3%).

• 농업과학연구
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• 제47권1호
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• pp.173-182
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• 2020

Human Astrovirus (HuAstV), known as a waterborne virus, is a group IV positive-sense single-stranded RNA that belongs to Astroviridae. The first outbreak of HuAstV was reported in England in 1975. HuAstV can exist not only among clinical patients but also in various water environments, such as water for agriculture and vegetables. For diagnosis of HuAstV from water samples, a polymerase chain reaction (PCR) system has been developed. However, the PCR-based diagnostic method has problems in field application, such as reaction time, sensitivity and specificity. For this reason, in this study we developed the loop-mediated isothermal amplification assay (LAMP) system, aimed specifically at HuAstV. Three prepared LAMP primer sets were tested by specificity, non-specificity and sensitivity; one LAMP primer set was selected with optimum reaction temperature. The developed LAMP primer set reaction conditions were confirmed at 62℃, and detection sensitivity was 1 fg/μL. In addition, restriction enzyme HaeIII (GG/CC) was introduced to confirm that the LAMP reaction was positive. As a result, selected LAMP primer set was 100 - 1000 times more specific, rapid, and sensitive than conventional-nested PCR methods. For verification of the developed LAMP assay, twenty samples of cDNA from groundwater samples were tested. We expect that the developed LAMP assay will be used to diagnose HuAstV from various samples.

• 대한의생명과학회지
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• 제27권4호
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• pp.255-263
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• 2021

Human Astrovirus (HuAstV) is an important gastrointestinal pathogen that is frequently reported worldwide. Monitoring of contaminated groundwater has been suggested since HuAstV is transmitted through the fecal-oral route. This study developed a test method based on conventional reverse transcription (RT)-nested polymerase chain reaction (PCR) that involves SL^® non-specific reaction inhibitor for unknown non-specific amplification taking place in the groundwater environment. An optimal method for detecting HuAstV in groundwater sample through analysis and comparison against conventionally reported method was also suggested. The developed method enabled the production of nested PCR amplicon of 630 nt, which is a sufficient length for similarity analysis based on sequencing and genotyping. Amplicons suspected to be HuAstV were amplified in two out of the twenty groundwater samples collected in Korea, presenting 99.77% and 99.73% similarity against HuAstV 1 strain lhar/2011/kor (JN887820.1) in sequencing, respectively. These amplicons were identified as HuAstV 1.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제55권3호
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• pp.77-82
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• 2012

Human astrovirus (HAstV) is a major cause of acute diarrhea among children, resulting in outbreaks of diarrhea and occasionally hospitalization. Improved surveillance and application of sensitive molecular diagnostics have further defined the impact of HAstV infections in children. These studies have shown that HAstV infections are clinically milder (diarrhea, vomiting, fever) than infections with other enteric agents. Among the 8 serotypes of HAstV identified, serotype 1 is the predominant strain worldwide. In addition to serotype 1, the detection rate of HAstV types 2 to 8 has increased by using newly developed assays. HAstV is less common compared with other major gastroenteritis viruses, including norovirus and rotavirus; however, it is a potentially important viral etiological agent with a significant role in acute gastroenteritis. A better understanding of the molecular epidemiology and characteristics of HAstV strains may be valuable to develop specific prevention strategies.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제9권2호
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• pp.139-146
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• 2006

목 적: Human astrovirus (HAstV)는 전세계적으로 영아 연령에서 중요한 위장관염의 중요 병원체로 알려지고 있지만 국내에서 HAtV 감염의 유병률에 대한 연구는 드문 편이다. 이에 저자들은 분자 유전학적 방법을 이용하여 위장관염으로 입원한 5세 이하의 소아에서 HAstV의 유병률과 유전형을 알아보기 위하여 본 연구를 시행하였다. 방 법: 2004년 2월부터 2005년 1월까지 12개월간 인제의대 상계백병원 소아과에 급성 위장관염으로 입원한 5세 이하의 소아에게서 수집된 대변 검체 812건을 대상으로 하였다. 대변 검체에 대해서 enzymeimmunoassay(EIA) 또는 RT-PCR을 이용하여 rotavirus, enteric adenovirus와 norovirus 감염여부를 진단하였다. HAstV 특이적인 시발체를 이용하여 RTPCR을 시행한 다음 염기서열 분석을 시행하였다. 결 과: 총 812건의 검체에서 rotavirus 양성률은 16.9% (138/812), norovirus 양성률은 11.5% (94/812), adenovirus 양성률은 4.0% (33/812)였다. HAstV의 유병률은 RT-PCR 방법에 의해 4.0% (33/812)였다. HAstV 양성인 환아의 연령은 생후 12개월 미만 82.0%, 1~2세 미만 6.0%, 2~3세 미만 6.0%, 3~5세 이하가 6.0%였다. HAstV의 월별 분포는 각각 4월 3건, 5월 5건, 6월 4건, 8월 12건, 9월 4건, 10월 2건, 11월 2건, 12월 1건으로 8월에 가장 높은 발생률을 보였다. 염기서열 분석이 가능하였던 HAstV 양성 검체 22건 중에서 유전형-1이 20건, 유전형-8이 2건이었다. 결 론: 2004년 2월부터 2005년 1월까지 12개월간 급성 위장관염으로 입원한 소아에서 HAstV 감염 유병률은 4.0%였으며, 영아기 연령에서 주로 발생하였다. 국내 HAstV 감염의 정확한 역학적 특성을 파악하기 위해서는 장기간에 걸친 추가 연구가 필요할 것으로 생각된다.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제27권2호
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• pp.95-103
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• 2024

Purpose: Diarrhea is one of the leading causes of mortality in children living in developing countries. The etiology of acute diarrhea in each healthcare center varies depending on place, time, and population. This study aimed to identify pathogen patterns in human immunodeficiency virus (HIV)-infected and non-HIV children suffering from acute diarrhea, using multiplex real time reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR), in an Indonesian tertiary hospital. Methods: This cross-sectional study was conducted at Dr. Cipto Mangunkusumo National Hospital from March 2019 to April 2020. Results: The study showed that multiplex RT-PCR results were positive in 58.9% of the specimens, with more positive results in HIV-infected children than in non-HIV-infected children (70% vs. 54.7%). Altogether 72 enteropathogens were detected from all specimens. Enteropathogens in non-HIV children with acute diarrhea consisted of bacteria (70.6%) and viruses (29.4%) with a predominance of enteroaggregative Escherichia coli (25.4%), followed by Campylobacter spp. (11.8%), enteropathogenic E. coli (9.8%), Norovirus GII (7.8%), and Clostridium difficile (7.8%). Enteropathogens in HIV-infected children consisted of viruses (57.1%), bacteria (28.6%), and parasites (14.3%) comprising Norovirus GII (24%), Cryptosporidium spp. (14.3%), Campylobacter spp. (14.3%), Norovirus GI (14.3%), and Astrovirus (14.3%). Cryptosporidium spp. was the only parasite found in this study and was found only in HIV-infected children. In non-HIV children with acute diarrhea, most pathogens were invasive bacteria, while in HIV-infected children, more viral and parasite infections occurred, primarily caused by opportunistic pathogens. Conclusion: The pattern of enteropathogens can help clinicians determine further examinations and appropriate empirical antimicrobial therapy for the patient.

• 한국식품과학회지
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• 제53권1호
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• pp.1-11
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• 2021

본 논문에서는 최근 10년간(2010-2019년) 바이러스에 의한 식중독 통계 및 바이러스 검출법과 제어법에 대한 자료를 정리하여 나타냈다. 국내에서 지난 10년 동안 바이러스에 의해 발생한 식중독 사고 488건 중 94.9%가 노로바이러스에 의한 것으로 확인되어 노로바이러스가 국내에서 가장 주요한 식중독 바이러스로 생각된다. 노로바이러스를 검출하는 방법으로는 PCR을 이용한 방법이 주로 보고되고 있으며 현재(2020년 12월) 식품 공전에 등록된 방법(고시 제 2010-45호)에 따라 전기 영동을 기반으로 한 one-step RT PCR 및 semi-nested PCR 방법이 널리 이용되고 있다. 또한 최근 DNA sequencing 기술이 발달됨에 따라서 검출된 바이러스의 서열을 분석하여 이미 보고된 바이러스의 서열과 비교한 논문들이 많이 보고되었다. 이 외에도 real-time PCR을 적용한 논문들도 보고되고 있으며 앞으로는 전기 영동을 실시하는 conventional PCR을 대신하여 신속하게 정량 검출이 가능한 realtime PCR의 활용이 늘어날 것으로 생각한다. 기타 바이러스의 검출에 있어서도 역시 PCR을 활용한 방법이 주로 보고되고 있으며 multiplex PCR을 활용하여 여러 종류의 바이러스를 동시에 검출하고자 하는 노력이 이루어지고 있다. 더 나아가서, 자기 면역력 분리와 퀀텀닷 분석 방법 등을 이용한 신속 검출법이 제시되고 있어 앞으로 여러 식품에 오염된 바이러스를 현장에서 신속분리 및 검출하는데 이용할 수 있을 것으로 전망된다. 한편, 노로바이러스는 실험실에서 배양하기가 어렵기 때문에 노로바이러스 제어 연구는 대체재를 이용한 방법들이 주를 이루었다. 옴 가열을 포함한 여러 종류의 열처리와 초고압, 오존, 감마선, 광펄스 등의 비가열 처리를 이용하여 노로바이러스의 저감 정도를 살펴본 연구들이 최근 보고되었다. 일반적으로 물이나 완충용액보다는 식품 샘플에서 바이러스의 저감 정도가 낮게 관찰되었는데 식품 matrix가 이러한 물리적 처리에 간섭 효과를 나타내기 때문으로 생각되며 이를 극복하기 위해서는 여러 물리적, 화학적 처리를 조합하여 처리할 필요가 있다. 기타 바이러스 제어 연구에 있어서는 열, 광펄스, 고압력 등의 물리적 처리와 더불어 살균제(sanitizer)를 적용한 논문들이 보고되고 있으며 식중독 바이러스의 저감 메커니즘에 대한 체계적인 연구가 수행되고 있는 것을 확인하였다. 여러 물리적, 화학적 처리에 대해서 식중독 바이러스가 저항성을 갖는 이유와 사멸되는 메커니즘을 정확하게 이해한다면 추후 여러 식품에서의 바이러스에 대한 안전성을 확보하는데 도움이 될 것으로 사료된다.

• 대한영상의학회지
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• 제81권6호
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• pp.1412-1423
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• 2020

목적 본 연구는 신생아 경련 환자에서 구조적 이상이나 대사로 인한 원인이 없으면서, 확산강조영상에서 미만성 대뇌 백질의 이상을 보이는 경우의 임상적 소견과 영상 소견의 특징을 기술하고자 한다. 대상과 방법 2008년 11월에서 2017년 2월 사이에 경련에 대한 평가를 위해 56명의 생후 1주 미만의 신생아가 뇌 자기공명영상을 시행하였다. 이중 33명을 제외한 23명중, 13명에서 확산강조영상에서 미만성 대뇌 백질 이상을 보였다. 내원 시 임상 소견, 자기공명영상 소견, 추적검사 결과에 대해 후향적으로 분석하였다. 결과 확산제한을 보인 13명의 환아는 모두 만기 분만 환아였다. 대변 바이러스 검사를 시행한 10명 중 6명은 로타바이러스, 한 명은 아스트로 바이러스가 검출되었다. 확산 제한은 대뇌 백질, 시상, 중뇌에 걸쳐 다양하게 분포하였다. 결론 신생아 경련 환자에서 구조적 이상이나 대사로 인한 원인이 없으면서, 확산강조영상에서 미만성 대뇌 백질의 이상을 보이는 경우, 로타바이러스가 검출되는 경우가 흔히 있었다. 따라서 이러한 임상적, 영상의학적 소견을 보일 때, 바이러스 감염과 관련된 뇌증의 가능성을 고려할 필요가 있을 것으로 판단된다.