• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제20권8호
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• pp.1243-1250
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• 2010

A cDNA encoding a cysteine protease inhibitor (CPI) was isolated from the cDNA library of clamworm Perinereis aibuhitensis Grube. The deduced amino acid sequence analysis showed that the protein had 51%, 48%, and 48% identity with Zgc:153129 from Danio rerio, cystatin B from Theromyzon tessulatum, and the ChainA, stefin B tetramer from Homo sapiens, respectively. The gene was cloned into the intracellular expression vector pET-15b and expressed in Escherichia coli. The recombinant CPI (PA-CPI) was purified by affinity chromatography on Ni-charged resin and ion-exchange chromatography on DEAE-Sepharose FF. The relative molecular mass of PA-CPI was 16 kDa as deduced by SDS-PAGE. Activity analysis showed that the recombinant protein could inhibit the proteolytic activity of papain. A constitutive and secretive expression vector was also constructed, and the cDNA encoding CPI was subcloned into the vector for extracellular expression. Western blotting analysis results showed that the PA-CPI was secreted into the medium. Bioassay demonstrated that E. coli DH5${\alpha}$ harboring pUC18ompAcat-CPI showed a significant difference in mortality to the Asian longhorned beetle Anoplophora glabripennis compared with untransformed E. coli DH5${\alpha}$ and control.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제22권8호
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• pp.1091-1101
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• 2009

In an attempt to understand the biochemical mechanism for the synthesis of the anabolic steroid, 19-nortestosterone, produced by prepubertal boar testes and its physiological role, normalized complementary DNA (cDNA) from boar testes was generated. DNA sequencing of 2,016 randomly selected clones yielded 794,116 base pairs of high quality nucleotide sequence. Computer-assisted assembly of the nucleotide sequence of each clone resulted in 423 contigs and 403 singletons including several genes for steroidogenic enzymes and molecules related to steroid metabolism. Analysis of gene expression pattern by use of the presently-fabricated cDNA microarray identified a number of genes that were differentially expressed during the postnatal development period in boar testes. Two genes of unknown function were identified to be highly expressed in the testis of 2-weeks-old neonatal boar. In addition, the sequencing of open reading frames of these genes revealed their homology with human alpha hemoglobin and Homo sapiens hypothetical LOC643669, transcript variant 1. Moreover, the transcripts of these genes were also detected in porcine muscle and adipocytes, in addition to Leydig cells of pigs.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권11호
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• pp.1673-1679
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• 2008

In order to study the biological function of gapdh gene in yak, and prove whether the gapdh gene was a useful intra-reference gene that can be given an important role in molecular biology research of yak, the cDNA sequence encoding glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase from yak was cloned by the RT-PCR method using gene specific PCR primers. The sequence results indicated that the cloned cDNA fragment (1,008 bp) contained a 1,002 bp open reading frame, encoding 333 amino acids (AAs) with a molecular mass of 35.753 kDa. The deduced amino acids sequence showed a high level of sequence identity to Bos Taurus (99.70%), Xenopus laevis (94.29%), Homo sapiens (97.01%), Mus musculus (97.90%) and Sus scrofa (98.20%). The expression of yak's gapdh gene in heart, spleen, kidney and brain tissues was also detected; the results showed that the gapdh gene was expressed in all these tissues. Further analysis of yak GAPDH amino acid sequence implied that it contained a complete glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase active site (ASCTTNCL) which ranged from 148 to 155 amino acid residues. It also contained two conserved domains, a NAD binding domain in its N-terminal and a complete catalytic domain of sugar transport in its C-terminal. The phylogenetic analysis showed that yak and Bos taurus were the closest species. The prediction of secondary structures indicated that GAPDH of yak had a similar secondary structure to other isolated GAPDH. The results of this study suggested that the gapdh gene of yak was similar to other species and could be used as the intra-reference to analyze the expression of other genes in yak.

• Molecules and Cells
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• 제45권6호
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• pp.388-402
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• 2022

Malignant meningiomas often show invasive growth that makes complete tumor resection challenging, and they are more prone to recur after radical resection. Invasive meningioma associated transcript 1 (IMAT1) is a long noncoding RNA located on Homo sapiens chromosome 17 that was identified by our team based on absolute expression differences in invasive and non-invasive meningiomas. Our studies indicated that IMAT1 was highly expressed in invasive meningiomas compared with non-invasive meningiomas. In vitro studies showed that IMAT1 promoted meningioma cell invasion through the inactivation of the Krüppel-like factor 4 (KLF4)/hsa-miR22-3p/Snai1 pathway by acting as a sponge for hsa-miR22-3p, and IMAT1 knockdown effectively restored the tumor suppressive properties of KLF4 by preserving its tumor suppressor pathway. In vivo experiments confirmed that IMAT1 silencing could significantly inhibit the growth of subcutaneous tumors and prolong the survival period of tumor-bearing mice. Our findings demonstrated that the high expression of IMAT1 is the inherent reason for the loss of the tumor suppressive properties of KLF4 during meningioma progression. Therefore, we believe that IMAT1 may be a potential biological marker and treatment target for meningiomas.

• Genomics & Informatics
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• 제20권3호
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• pp.35.1-35.9
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• 2022

Microsatellites or simple sequence repeats are motifs of 1 to 6 nucleotides in length present in both coding and non-coding regions of DNA. These are found widely distributed in the whole genome of prokaryotes, eukaryotes, bacteria, and viruses and are used as molecular markers in studying DNA variations, gene regulation, genetic diversity and evolutionary studies, etc. However, in vitro microsatellite identification proves to be time-consuming and expensive. Therefore, the present research has been focused on using an in-house built java pipeline to identify, analyse, design primers and find related statistics of perfect and compound microsatellites in the seven complete genome sequences of coronavirus, including the genome of coronavirus disease 2019, where the host is Homo sapiens. Based on search criteria among seven genomic sequences, it was revealed that the total number of perfect simple sequence repeats (SSRs) found to be in the range of 76 to 118 and compound SSRs from 01 to10, thus reflecting the low conversion of perfect simple sequence to compound repeats. Furthermore, the incidence of SSRs was insignificant but positively correlated with genome size (R² = 0.45, p > 0.05), with simple sequence repeats relative abundance (R² = 0.18, p > 0.05) and relative density (R² = 0.23, p > 0.05). Dinucleotide repeats were the most abundant in the coding region of the genome, followed by tri, mono, and tetra. This comparative study would help us understand the evolutionary relationship, genetic diversity, and hypervariability in minimal time and cost.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권5호
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• pp.736-742
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• 2017

Objective: Experiments were conducted to clone the sequence of Wild Argali short palate, lung and nasal epithelium clone 1 (SPLUNC1) cDNA, and to lay the foundation for further study the biological function of Wild Argali SPLUNC1. Methods: The complete sequence of Wild Argali SPLUNC1 cDNA was generated by rapid amplification of cDNA ends. The entire coding sequence was inserted into the pPIC9K vector and expressed in Pichia pastoris (P. pastoris) GS115. The recombinant SPLUNC1 protein was detected by Western blot and purified by $Ni^{2+}$ chelate affinity chromatography. The test of effect of the protein on Mycoplasma ovipneumoniae (MO) was performed with real-time polymerase chain reaction. Results: The Wild Argali SPLUNC1 cDNA was 1,076 bp with an open reading frame of 768 bp, which encoded a 26.49 kDa protein composed of 255 amino acids. Its amino acid sequence shared 98.4%, 96.9%, 94.5%, 90.2%, 80.8%, 78.4%, 78.3%, 72.5%, 72.3%, 68.8% identity with those of SPLUNC1 cDNA from Ovis aries (accession no. NP_001288334.1), Capra hircus (accession no. XP_005688516.1), Pantholops hodgsonii (accession no. XP_005979709.1), Bos taurus (accession no. NP_776851.1), Felis catus (accession no. XP_006929910.1), Homo sapiens (accession no. NP_001230122.1), Sus scrofa (accession no. NP_001005727.1), Chinchilla lanigera (accession no. NP_001269294.1), Mus musculus (accession no. NP_035256.2), and Rattus norvegicus (accession no. NP_742028.1), respectively. The recombinant protein corresponded to the expected molecular mass of 25.47 kDa as judged by sodium dodecyl sulfate-polyacrylamide gel electrophoresis, and it was detected in the supernatant of P. pastoris, and it could be purified. The results from the test of inhibition effect of argali recombinant SPLUNC1 protein on MO showed that the product could inhibit MO very well (p<0.01). Conclusion: The amino acid sequence of Wild Argali SPLUNC1 was different from other organisms. The recombinant SPLUNC1 protein has good biological activity.

• 한국정보과학회논문지:컴퓨팅의 실제 및 레터
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• 제15권4호
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• pp.284-288
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• 2009

단백질 상호작용의 예측 및 실험 결과가 대용량으로 배포되면서 바이오 정보 기술 연구자들은 생명체 내의 단백질 상호작용 네트워크를 구성하기 위해 노력하여 왔다. 일반적으로 대용량의 상호작용 데이터들은 많은 오류를 포함한다고 알려져 있으나, 최근 단백질의 물리 화학적 특성 및 구조를 기반으로 한 방법들이 실제 실험과 병행되어 고화질(High resolution)의 결과를 제공하게 되면서, 특정 종에 대한 단백질 상호작용 네트워크가 점차 완성되고 있다. 그러나, 단순 물리적 링크 수준의 단백질 상호작용 네트워크만으로는 특정 병원체의 발병 메커니즘 규명 등과 같은 응용분야의 활용에 한계가 있다. 본 논문에서는 실험을 통하여 보고된 신호 전달 경로(signaling transduction pathway)를 이용하여 단백질 기능 간의 관계를 방향성이 있는 그래프로 표현한 단백질 기능 흐름 모델을 제시한다. 제안하는 모델은 Gene Ontology에서 정의된 molecular function을 정점(vertex)으로 가지고 이들 사이의 관계를 간선(edge)으로 표현함으로써 특정 기능의 전이를 살펴볼 수 있다. 이러한 기능 흐름 모델은 수 만개의 정점(vertex)으로 구성된 단백질 상호작용 네트워크에서 의미 있는 경로를 추출하는 데에 제약 혹은 참조 조건으로 사용될 수 있어 향후 활용도가 클 것으로 기대한다. 평가는 KEGG에서 제공되는 11개의 인간 신호 전달 경로 각각에 대하여 대상 경로를 제외한 나머지로부터 생성된 모델과의 크론바하 알파 계수(Cronbach's alpha)를 측정하였고(${\alpha}=0.67$), 총 1023개의 흐름 중 ${\alpha}=0.6$ 이상의 신뢰도에 대하여 총 765개의 흐름을 가지는 기능 흐름 모델을 최종 구성하였다.

• Radiation Oncology Journal
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• 제19권3호
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• pp.245-251
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• 2001

목적 : K562 세포를 대상으로 PTK inhibitor (herbimycinA와 genistein)에 의한 방사선 유도 apoptosis의 변화에 따른 관련 유전자를 탐색하고자 하였다. 대상 및 방법 : K562 세포는 $2\times10^5\;cells/mL$의 비율로 준비하여 대수증식기로 성장한 세포를 각각의 실험조건에 따라 처리하여 사용하였다. 방사선 조사는 6-MV X-Ray 10 Gy (Clinac 1800C, Varian, USA)를 $200\~300\;cGy/min$의 선량율로 상온에서 일정하게 조사하였다. Herbimycin A (HMA, Calbiochem, UK)와 genistein (Calbiochem, UK)은 dimethylsulfoxide (DMSO, Sigma, UK)에 녹여서 각각 1 mM과 10 mM의 농축용액으로 조제한 각각 250 nM과 $25\;{\mu}M$의 최종농도로 처리하였다. 내성 변화의 조절에 관여하는 유전자를 찾고자 PCR-select cDNA subtractive hybridization을 실시하여 128개의 차별 발현되는 clones을 재선별하였다. DNA sequencing을 통하여 염기서열을 분석하였으며, GenBank database를 이용하여 이미 밝혀진 유전자들과의 상동성을 비교하였다. 상동성을 갖는 clone을 확인하여 이를 probe로 사용하여 방사선 단독조사한 실험군과 방사선과 HMA 또는 genistein을 동시 처리한 실험군들간의 mRNA 발현의 차이를 Northern hybridization을 통하여 확인하였다. 결과 : homo sapiens Smad6 유전자와 $95\%$의 상동성을 갖는 clone을 확인하였다. 이를 probe로 사용하여 방사선 단독 조사한 실험군과 방사선과 HMA 또는 genistein을 동시 처리한 실험군들간의 mRNA 발현의 차이를 비교 분석한 결과, 방사선과 genistein을 동시 처리한 실험군의 mRNA 발현이 방사선 단독 조사한 실험군과 방사선과 HMA를 처리한 실험군들에 비하여 현저히 높았다. 결론 : Smad6와 방사선에 의해 유도되는 apoptosis의 억제에 관한 연관성을 보고한 문헌은 없으나, Smad6가 일부세포에서 apoptosis를 억제한다는 보고들과, 본 연구에서 관찰한 genistein에 의한 방사선에 의해 유도되는 apoptosis의 억제에서 그 발현이 두드러지게 증가한 점 등을 미루어 보아 방사선에 의하여 유도된 apoptosis의 억제 및 방사선 내성의 조절에도 관여할 것으로 생각된다.

• 기독교교육논총
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• 제64권
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• pp.51-79
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• 2020

본 연구는 코로나-19 팬데믹 시대에 사회적 약자들과 함께 하는 기독교교육을 추구하기 위해 수행된 연구이다. 코로나-19는 생태계를 파괴하고 착취한 인간의 탐욕으로 야기한 인재이다. 무차별적으로 번져가는 전 지구적 전염병이 창궐하는 시기에 우리는 이기적인 자기중심성을 극복하여 어려움을 겪으며 애통해 하는 이웃과 함께 해야 한다. 더욱이 코로나 시대와 포스트 코로나 시대에 인류가 어떻게 서로를 도와 생존할 수 있을지 모색하여야 한다. 무엇보다 국가와 인종과 경제적 능력 사이에 너무나도 큰 차별이 존재하고 있고 결국 자본주의의 극단적인 차별이 사회와 국가 전반에 나타나고 있는 것 또한 문제다. 코로나-19가 침투했을 때 확진율은 큰 차이가 없었으나 사망률은 가진 자와 덜 가진 자 사이에 큰 차이를 보였다. 평소에 덜 가짐으로 인하여 삶이 힘든 사람들이 바이러스의 공격을 막아내고 물리치는 일에 훨씬 더 취약하다는 점이 결과적으로 드러나고 있는 것이 안타깝지만 오늘의 현실이다. 거시적으로는 기후변화 및 생태환경에 대한 주의를 기울이고, 미시적으로는 지구상의 거의 모든 나라에 존재하는 빈부, 성별, 인종, 장애 유무, 국적의 격차에 따라 엄청난 차별을 받으며 살아가는 수많은 사회적 약자에 대한 구체적인 관심이 필요하다. 사회적 약자들의 현실을 파악하기 위하여 백신 불평등에 대한 담론, 장애인의 필요에 대한 담론, 인종별 피해 정도의 상이함에 대한 담론, 양극화와 디스토피아에 대한 담론, 교육적 불평등에 대한 담론 등을 코로나19 시대에 사회적 약자들의 당면한 현실로 다루었다. 그리고 사회적 약자와 함께 하는 기독교교육을 위해 다섯 가지를 제시하였다. 1. 예수님의 제자로서 세상의 건강한 시민으로서 살게 돕기 위해 가정과 교회가 함께 하는 기독교교육 교재 '해피투게더'를 대안으로 제안하였고, 2. 아스머와 슈바이쳐의 연구 분석을 통해 인류의 상호의존성과 상호책임성을 강화하는 공적 신앙의 계발에 대해 다루었으며, 3. 학습자의 분별력 증진을 위해 비판적 미디어 리터러시 교육에 대한 폴 길스터의 담론을 분석하였고, 4. 피조물의 제자리를 찾기 위한 기독교교육 생태계를 복원을 위한 호모 사피엔스의 역할을 구약학자 강사문의 석의(釋義)적 시각으로 다루었으며, 5. 최종적으로 약한 자의 친구로 살게 하는 우정신앙을 품어 온전성을 추구하는 기독교교육적 정신 제안하기 위해 파커 파머의 온전성에 대한 글과 크리스틴 폴의 우정신학을 분석하여 제안하였다. 유일무이한 삶의 잣대인 성경 말씀 위에 터한 기독교교육자들이 코로나19 팬데믹 시대에 염두에 두어야 할 소명은 굶주리고, 헐벗으며, 갈 곳이 없고, 병에 걸려도 치료제 주사를 맞지 못하여 결국 죽어갈 수밖에 없게 될 나그네와 같은 이웃을 내 형제로 친구로 알고 섬기며 돌보는 우정 신학을 굳건히 세워 사고와 실천이 어우러지는 삶을 추구해 나아가야 한다. 그럼으로써 사회적 약자를 위하여 어떤 일을 하는 것에 그치지 않고 사회적 약자들과 함께 애통해 하며 작은 것부터 실천하고자 하는 기독교교육 정신과 방안을 제안하였다.