• Journal of Microbiology and Biotechnology
• /
• 제17권2호
• /
• pp.262-270
• /
• 2007

Of the twelve lytic bacteriophages recovered from five different fermenting cucumber tanks that were inoculated with Pediococcus sp. LA0281, a lytic phage, ${\phi}ps05$, was characterized in the present study. The plaques were mostly clear and round-shaped on the lawn of starter strain, indicating lytic phage. Overall appearance indicated that it belongs to the Siphoviridae family or Bradley's group B1, with a small isometric head and a flexible noncontractile tail with swollen base plate. The average size was found to be 51.2 nm in head diameter and 11.6 nm wide ${\times}$ 129.6 nm long for the tail. The single-step growth kinetics curve showed that the eclipse and the latent period were 29 min and 34 min, respectively, and an average burst size was calculated to be 12 particles per infective center. The optimum proliferating temperature ($35^{\circ}C$) was slightly lower than that of cell growth ($35\;to\;40^{\circ}C$). The structural proteins revealed by SDS-PAGE consisted of one main protein of 33 kDa and three minor proteins of 85, 58, and 52 kDa. The phage genome was a linear double-stranded DNA without cohesive ends. Based on the single and double digestion patterns obtained by EcoRI, HindIII, and SalI, the physical map was constructed. The overall size of the phage genome was estimated to be 24.1 kb. The present report describes the presence of a lytic phage active against a commercial starter culture Pediococcus sp. LA0281 in cucumber fermentation, and a preliminary study characterizes the phage on bacterial successions in the process of starter-added cucumber fermentation.

• The Plant Pathology Journal
• /
• 제23권1호
• /
• pp.13-21
• /
• 2007

Sweet potato feathery mottle virus(SPFMV) is one of the most prevalent viruses infecting sweet potatoes and occurs widely in sweet potato cultivating areas in Korea. To assess their genetic variation, a total of 28 samples infected with SPFMV were subjected to restriction fragment length polymorphism(RFLP) analysis using DNAs amplified by RT-PCR with specific primer sets corresponding to the coat protein(CP) region of the virus. The similarity matrix by UPGMA procedure indicated that 28 samples infected with SPFMV were classified into three groups based on the number and size of DNA fragments by digestion of CP-encoding regions with 7 enzymes including SalI, AluI, EcoRI, HindIII, FokI, Sau3AI, and DraI bands. Four primer combinations out of 5 designed sets were able to differentiate SPFMV and sweet potato virus G infection, suggesting that these specific primers could be used to differentiate inter-groups of SPFMV. Sequence analysis of the CP genes of 17 SPFMV samples were 97-99% and 91-93% identical at the intra-group and inter-groups of SPFMV, respectively. The N-terminal region of the CP is highly variable and examination of the multiple alignments of amino acid sequences revealed two residues(residues 31 and 32) that were consistently different between SPFMV-O and SPFMV-RC.

• Journal of Microbiology
• /
• 제43권4호
• /
• pp.331-336
• /
• 2005

The objective of this study was to assess the strain-specificity of a DNA probe, Fu12, for Fusobacterium nucleatum subsp. nucleatum ATCC $25586^T$ (F. nucleatum ATCC $25586^T$), and to develop sets of strain-specific polymerase chain reaction (PCR) primers. Strain-specificity was tested against 16 strains of F. nucleatum and 3 strains of distinct Fusobacterium species. Southern blot hybridization revealed that the Fu12 reacted exclusively with the HindIII-digested genomic DNA of F. nucleatum ATCC $25586^T$. The results of PCR revealed that three pairs of PCR primers, based on the nucleotide sequence of Fu12, generated the strain-specific amplicons from F. nucleatum ATCC $25586^T$. These results suggest that the DNA probe Fu12 and the three pairs of PCR primers could be useful in the identification of F. nucleatum ATCC $25586^T$, especially with regard to the determination of the authenticity of the strain.

• 생명과학회지
• /
• 제5권3호
• /
• pp.105-116
• /
• 1995

To investigate genomic changes in c-myc gene by a chemical carcinogen, human lymphoblast NC-37 cells were exposed to benzo(a)pyrene(BP) and dimethylbenzanthracene(DMBA), and the c-myc gene expression was evaluated by Northern and Southern blot hybridization techniques. The results are as follows: When the genomic DNA of NC-37 cells exposed to several concentrations(1.25, 2.5 and 5ug/ml) of BP concentration. However, the c-myc gene was most significantly enhanced with 2.5ug/ml of BP. The expressions of c-myc gene in NC-37 cells was stimulated by BP and DMBA. Addition of TPA reduced the gene expression BP-treated cells, whereas it enhanced the gene expression in DMBA-treated cells. The expression of c-H-ras gene was slightly increased by treatment with BP and DMBA alone and in combination with TPA, however the magnitude of increase was not significantly different between each other. The expressions of c-myc c-H-ras genes in Burkitt's lymphoma cells were greater than those in NC-37 cells. When the DNA extracted from NC-37 cells exposed to various concentrations of BP were amplified by polymerase chain reaction using a primer set containing c-myc exon I, the amplified products were of the same size in all groups. To evaluate the BP toxicity in E.coli to which human c-myc gene-cloned pBR322 vector was inserted, Southern blot hybridization was conducted on c-myc genes digested with EcoRI/HindIII and Smal/Xbal restriction enzymes, and observing that in 2 ug/ml BP-treated cells a 3.5kb fragment was generated in addition to 1.3kb fragment which can be observed in normal cells. Direct nucleotide sequence analysis of polymerase chain reaction products showed a mutation of G$\longrightarrow$A transition at the Smal recognition site.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제16권5호
• /
• pp.369-373
• /
• 1988

Bacillus licheniformis ATCC 27811의 염색체 DNA를 분리하며 제한효소인 EcoRI으로 부분절단하고, 동일 효소로 절단한 plasmid pBR322에 ligation 시킨 뒤 E. coli HB 101에 형질전환시켜 alpha-amylase 형질을 보여주는 균주를 선별하였다. 선별된 형질전환체로부터 alpha-amylase를 분리하며, 원 균주인 Bac. licheniformis가 생산하는 alpha-amylase와 pH 및 온도특성을 비교하며 모균주와 같은 성질을 가졌음을 확인하였다. 재조합체 DNA로부터 얻은 Insert는 대략 3.1kb 정도였고, HindIII, ClaI, PstI, SalI Site를 한개씩 가지고 있었다.

• Journal of Applied Biological Chemistry
• /
• 제53권1호
• /
• pp.1-7
• /
• 2010

xylA 프로모터는 대장균의 xylose 대사에 관여하는 xylose 오페론 상의 중요한 프로모터이다. 이 프로모터는 xylose에 의해 강하게 조절을 받는다고 알려져 있다. 이러한 특징은 새로운 발현 백터를 구축하는데 충분한 조건을 갖추고 있다고 생각된다. 본 연구에서는 이러한 xylose에 의해 유도 되는 발현벡터를 구축하기 위하여 600 bp의 xylA 프로모터를 증폭하여 pUC18의 AatII와 HindIII 사이에 삽입하여 pXA600을 구축하였다. 또한 조절단백질인 XylR의 영향을 조사하기 위하여 xylR 유전자를 삽입하여 pXAR600을 구축하였다. 발현의 강도를 측정하기 위하여 3,048 bp의 lacZ유전자를 xylA 프로모터의 하류에 연결하여 pXA600-lacZ와 pXAR600-lacZ를 구축하고 대장균 JM109에 형질전환시켰다. 구축된 pXA600-lacZ와 pXAR600-lacZ는 LB 배지에서 배양하였을 때 xylose 유도하에서 각각 1,641 unit와 2,304 unit의 $\beta$-galactosidase 활성을 보였으며, DM 배지상에서 배양했을 때 xylose 유도 시 각각 6,282 unit와 9,320 unit의 $\beta$-galactosidase 활성을 보였다. 또한 왜래 유전자의 발현 가능성을 확인하기 위하여 S. thermocyaneoviolaceus의 내열성 xylanase를 코딩하는 xynA 유전자를 실제로 구축된 pXA600과 pXAR600에서 발현을 확인하여 pXA600 및 pXAR600이 새로운 xylose 유도성 발현벡터로서의 사용 가능성을 확인하였다.

• 대한소아치과학회지
• /
• 제28권1호
• /
• pp.129-141
• /
• 2001

우식치아의 교합면과 정상치아의 교합면에서 균을 채취한 결과, 우식치아의 교합면에서는 $3.43\times10^5$ CFU, 정상치아의 교합면에서는$3.43\times10^3$ CFU가 MSB 배지상에서 검출되었다. API test를 이용하여 당발효 및 생화학적 성상을 관찰한 결과, 우식치면에서 분리된 세균은 20종 모두 S. mutans였으나, 건강한 치면에서는 2개의 세균만 S. mutans로 동정되었다. 우식치면과 정상치면에서 분리된 균주 S. mutans SM1과 S. mutans SM2는 $\alpha-galactosidase$ 활성을 제외하곤 당발효 및 생화학적 성상이 모두 일치하였다. 증식에 있어서, 두 균주 모두 pH 5.5에서 증식이 가장 활발하였고, 자당의 농도는 SM1은 20%일 때 SM2는 5%일 때 최대 증식을 보였다. SM1은 배지의 $CaCl_2$농도가 16mM, KCl농도가 160mM, $MgCl_2$농도가 6.4mM 이었을 때 증식이 가장 활발하였고, SM2는 $CaCl_2$ 농도가 16mM, KCl 농도가 40mM, $MgCl_2$ 농도가 6.4mM 이었을때 증식이 가장 활발하였다. Sodium bicarbonate 완충액과 Sodium phosphate 완충액의 경우, SM1과 SM2 모두 1mM에서 증식이 활발하였다. Tris 완충액의 경우, SM1은 1mM에서, SM2는 10mM에서 증식이 활발하였다. Potassium phosphate 완충액의 경우, SM2는 농도가 증가함에 따라 증식이 억제된 반면, SM1은 100mM 까지는 농도가 증가할수록 증식이 활발하였다. SM1과 SM2의 염색체를 추출한 후 Primer gtfB-F961과 gtfC-R5574를 사용하여 gtf 유전자를 PCR 한결과, 4.6kb의 단일 band를 얻었고 이 band를 분리하여 제한효소로 처리한 결과, EcoR I 처치시 S. mutans GS-5, SM1과 SM2모두 약 0.8kb와 3.8kb의 DNA절편을 보여 같은 양상을 나타냈고, Hind III 처치시 GS-5와 SM1은 잘리지 않았고, SM2의 경우 2.4kb, 1.8kb, 400bp의 3조각의 절편으로 나뉘어 SM1과 SM2의 gtf 유전자의 상사성이 관찰되었다. BamH I처치시 SM1과 SM2는 4조각의 절편으로 절단되어 같은 양상을 보였고, GS톤의 경우는 3조각의 절편으로 절단되었다. Kpn I, Sma I, Xho I 그리고 Pst I에는 절단되지 않았다.

• 미생물학회지
• /
• 제42권2호
• /
• pp.89-94
• /
• 2006

본 연구는 치주질환 병인론 연구에 빈번히 사용되는 Prevotella intermedia ATCC 49046 균주를 특이적으로 검출 및 동정할 수 있는 PCR primer를 개발하기 위하여 시행하였다. P. intermedia ATCC 49046 유전체 DNA를 추출하고, Hind III 제한효소를 이용하여 무작위 클로닝법으로 유전체 DNA 절편을 얻었다. Southern blot 분석법을 이용하여 DNA 절편의 특이성을 조사하였고, chain termination 법을 이용하여 핵산염기서열을 결정하였다. 이를 바탕으로 PCR primer를 설계하고, P. intermedia ATCC 49046에 대한 균주 특이성 및 검출 한계(민감도)를 조사하였다. Southern blot 분석 결과 Pig6 DNA probe는 서양인에서 분리 동정된 P. intermedia 균주와만 hybridization하였고, 한국인에서 분리 동정된 P. intermedia균주들과는 반응이 없었다. Pig6 DNA probe는 813 bp의 핵산염기로 구성되어 있었으며, 이를 바탕으로 설계된 Pig6-F3와 Pig6-R3 primer 쌍에 의해서는 서양 균주에 특이적인 PCR산물이 증폭되었다. Pig6-60F와 Pig6-770R primer 쌍에 의해서는 P. intermedia ATCC 49046 유전체 DNA에서만 특이적인 PCR 산물이 증폭되었다. 두 가지 primer 쌍들 각각에 대한 P. intermedia 유전체 DNA량의 검출 한계를 알아보기 위한 민감도실험 결과 두가지 primer 쌍들 모두 4 pg (약2000마리)까지 검출 가능하였다. 이상의 연구결과를 종합하면, Pig6-60F와 Pig6-770R primer쌍은 P. intermedia ATCC 49046을 균주 특이적으로 동정할 수 있어, 이 균주의 보존적 측면에서 유용하게 이용될 수 있을 것으로 사료된다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제17권6호
• /
• pp.600-605
• /
• 1989

Escherichia coli 내에서 프로모터활성을 보이는 Zymomonas mobilis 유래의 유전자 절편을 분리하고 특성을 분석하였다. 프로모터 탐색용 벡터인 pCMT215는 promoter activity가 없는 pMT21의 HinIII 위치에 pYEJ001의 클로람페니콜 아세틸전이 효소유전자를 함유한 0.7-kb HindIII 조각을 접합시켜 제조하였다. E. mobilis의 chromosomal DNA를 Sau3AI으로 부분절단하여 pCMT215에 도입한 후, 이를 이용하여 대장균을 형질전환시킨 결과 14개의 형질전환주가 선별되었다. 이들은 30-750 $\mu$g/$m\ell$ 농도의 chloramphenicol에 내성을 보였으며 클로닝된 유전자조각의 크기는 0.1-1.5Kb였다. 이 가운데 5개의 염기서열을 분석해 본 결과 일반적인 프로모터의 염기서열과 많은 유사점이 발견되었는데, 대장균의 프로모터인 -35 또는 -10 지역과의 부분적인 일치와 A 또는 T 염기가 풍부한 지역과 연속적인 A 또는 T 염기배열, 그리고 회문형태의 염기서열 등이 발견되었다. 또한 대장균 내에서의 프라이머 연장실험결과 Z. mobilis로부터 유래된 DNA조각에서 전사의 시작이 4-170 염기의 거리를 두고 두 곳 또는 여러 곳에서 일어남을 알 수 있었다.

• 한국응용곤충학회지
• /
• 제35권1호
• /
• pp.58-65
• /
• 1996

RAPD-PCR(Random Amplified Polymorphic DNAs-Polymerase Chain Reation) 기법에 누에의 유전적 변이 분석을 위한 첫 단계로 다양한 GC함량을 갖는 random primer에 의해서 증폭되는 DNA 단편의 양상 및 증폭도를 비교하였다. RAPD-PCR을 위한 random primer의 증폭도는 GC함량에 의해서 상당히 영향을 받음이 분석되었다. 특히, 50% GC 함량을 갖는 primer는 그 증폭도에 따라서 4가지의 그룹으로 DNA단편이 증폭되었으며 〔bad amplification (75.5%), poor amplification (11.1%), good and excellent amplification(11.1%)〕, primer의 GC 함량이 증가할수록, 휠씬 더 좋은 증폭도를 보여주었다. 그러나, 40% GC 함량을 갖는 primer에 의해서는 어떤 증폭산물도 관찰되지 않았다. PCR을 수행하기 전에 6가지의 제한효소(BamHI, HindIII, Xbal, HaeIII, MspI, Rsal)를 사용하여 누에 genomic DNA를 처리하여 이를 주형 DNA로 하여 RAPD-PCR을 수행한 결과, 유전적 마커의 생산에 대한 효율이 증가함을 알 수 있었다. 이상의 결과를 종합해 볼 때 60%이상의 GC함량을 갖는 random primer와 전처리한 주형 DNA의 사용은 여러 가지 다른 누에 계통의 동정 및 연관군 지도작성에 따른 경비 및 시간을 줄이는데 효율적이라고 사료된다.