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Fine mapping of qBK1, a major QTL for bakanae disease resistance in rice

  • Ham, Jeong-Gwan;Cho, Soo-Min;Kim, Tae Heon;Lee, Jong-Hee;Shin, Dongjin;Cho, Jun-Hyun;Lee, Ji-Yoon;Yoon, Young-Nam;Song, You-Chun;Oh, Myeong-Kyu;Park, Dong-Soo
    • 한국작물학회:학술대회논문집
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    • 한국작물학회 2017년도 9th Asian Crop Science Association conference
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    • pp.92-92
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    • 2017
  • Bakanae disease is one of the most serious and oldest problems of rice production, which was first described in 1828 in Japan. This disease has also been identified in Asia, Africa, North America, and Italy. Germinating rice seeds in seed boxes for mechanical transplantation has caused many problems associated with diseases, including bakanae disease. Bakanae disease has become a serious problem in the breeding of hybrid rice, which involves the increased use of raising plants in seed beds. The indica rice variety Shingwang was selected as resistant donor to bakanae disease. One hundred sixty nine NILs, YR28297 ($BC_6F_4$) generated by five backcrosses of Shingwang with the genetic background of susceptible japonica variety, Ilpum were used for QTL analysis. Rice bakanae disease pathogen, CF283, was mainly used in this study and inoculation and evaluation of bakanae disease was performed with the method of the large-scale screening method developed by Kim et al. (2014). SSR markers evenly distributed in the entire rice chromosomes were selected from the Gramene database (http://www.gramene.org), and the polymorphic markers were used for frame mapping of a $BC_5F_5$ resistant line. Here, we developed 168 near-isogenic rice lines (NILs, $BC_6F_4$) to locate a QTL for resistance against bakanae disease. The lines were derived from a cross between Shingwang, a highly resistant variety (indica), and Ilpum, a highly susceptible variety (japonica). The 24 markers representing the Shingwang allele in a bakanae disease-resistant NIL, YR24982-9-1 (parental line of the $BC_6F_4$ NILs), were located on chromosome 1, 2, 7, 8, 10, 11, and 12. Single marker analysis using an SSR marker, RM9, showed that a major QTL was located on chromosome 1. The QTL explained 65 % of the total phenotype variation in $BC_6F_4$ NILs. The major QTL designated qBK1 was mapped in 91 kb region between InDel15 and InDel21. The identification of qBK1 and the closely linked SSR marker, InDel18, could be useful for improving rice bakanae disease resistance in marker-assisted breeding.

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단일 페이지 AJAX 애플리케이션을 위한 템플릿 기반 웹 애플리케이션 재공학 기법 (Reengineering Template-Based Web Applications to Single Page AJAX Applications)

  • 오재원;최현철;임승호;안우현
    • 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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    • 제1권1호
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    • pp.1-6
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    • 2012
  • 템플릿 기반 웹 애플리케이션(TWA)은 웹 페이지들의 공통부분을 단일 코드 파일(템플릿)로, 각 페이지에 특화된 부분은 별도의 파일로 관리한다. HTTP 요청이 발생하면 이 두 종류 파일을 동적으로 조합하여 웹 페이지를 생성한다. 이를 통해 사용자에게 일관된 UI을 제공하며 코드 중복을 제거해 유지보수성을 향상시킨다. 그러나 TWA는 사용자의 요청 시 현재 페이지에서 바뀌어야 할 부분이 일부지만 페이지 전환이 이루어져 갱신이 불필요한 데이터까지 전송되고 처리되는 문제가 있다. 본 논문은 Java 기반 TWA를 대상으로 이 문제를 해결한다. 제안 기법은 페이지 전환을 제거하기 위해 HTML에 있는 하이퍼링크를 AJAX를 이용하는 JavaScript 이벤트 핸들러로 변환한다. 또한 갱신에 필요한 데이터만 반환하기 위해 JSP, Servlet 코드에서 템플릿 전송 코드를 제거한다. 따라서 이 기법은 페이지 전환으로 발생하는 네트워크와 CPU 부하를 감소시키며, 비동기적인 페이지 업데이트로 사용자의 체감 성능을 향상시킨다. 성능 검증을 위해 전형적인 TWA를 대상으로 이 기법을 적용하였다. 성능 측정 결과 기존 TWA보다 응답시간을 최대 87% 개선하였다.

영가철 및 철환원균을 이용한 2가 산화철 매질에 의한 TCE 제거 연구 - 모델수립 (Trichloroethylene Treatment by Zero-Valent Iron and Ferrous Iron with Iron-Reducing Bacteria - Model Development)

  • 배연욱;김두일;박재우
    • 대한환경공학회지
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    • 제30권11호
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    • pp.1146-1153
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    • 2008
  • 본 연구에서는 지하수 내 투수성 반응벽체(permeable reactive barrier, PRB)의 TCE 처리에 관한 모델링을 수행하여 trichloroethylene (TCE)의 농도, 컬럼의 단위 부피당 철 매질의 질량, 철환원균(iron-reducing bacteria, IRB)의 농도에 대하여 각각의 유기적인 관계를 고찰하였다. 1차원 이송 확산 반응 방정식을 MATLAB을 이용하여 이송, 확산, 그리고 분해 반응 등을 컬럼의 길이, 실험 수행 시간에 따라 모델하였으며, 유한차분법(finite differential method, FDM)으로 수치해를 구하였다. 영가철 및 2가 산화철은 TCE에 의한 반응항과 철환원균에 의한 반응 항으로 나누어서 식을 정리했다. TCE 주입농도는 10 mg/L로 설정하여 영가철 및 2가 산화철에 의한 각각의 관계를 모델링했다. 또한, 철환원균 농도와 산화철 환원 모델을 통해 철환원균의 농도에 따른 산화철 환원 효율을 해석했고, 이것이 전체 TCE 분해에 어떤 영향을 주는지 모델로 나타냈다. 영가철 컬럼에서는 TCE 제거 효율이 60시간에서 235시간 동안 99% 이상을 나타냈고, 1,365시간 이후에 1% 이하로 떨어졌다. 2가 산화철 컬럼의 경우 TCE와 반응을 시작한 210시간 이후에 평형을 이루었고, 85.3%의 일정한 제거 효율을 나타냈다. 모델의 결과에 따르면, 철환원균에 의한 2가 산화철의 경우 영가철보다 TCE 제거 효율이 떨어지지만 더 높은 제거수명을 가질 수 있는 것으로 나타났다.

아토피 피부염의 한의학적 치료에 대한 연구 동향 -대한한방소아과학회지를 중심으로- (Research Trends of the Traditional Korean Medicine Treatment for Atopic Dermatitis -Based on the Journal of Pediatrics of Korean Medicine-)

  • 김기영;이진용
    • 대한한방소아과학회지
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    • 제31권1호
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    • pp.25-42
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    • 2017
  • Objectives The goal of this review was to investigate clinical, experimental and literature studies of Korean medicine on atopic dermatitis (AD) of Korean children in Korean medicine literature, seeking for the better research methods for more effective treatments. Methods Electronic investigations were practiced on AKOP (The Association of Korean Oriental Pediatrics, http://www.akop.or.kr) to collect theses which were published by J Pediatr Korean Med. The key word 'Atopy' was used for searching to ensure that every related thesis was collected. The publication date was limited from 1996 to 2016. The selected literatures were assessed mainly according to distributions of study type, publication year, scale, treatment and its efficacy. Results 55 papers were selected from 59 studies. In these collected 55 related theses, there were 29 experimental studies (52.73%), 18 clinical studies (32.73%), 8 review studies (14.55%). In the 29 experimental studies, there were 20 studies (68.97%) using NC/Nga mouse as subjects. The mite antigen was used to trigger AD by 8 studies (27.59%). The studies have been utilizing DNCB and DNFB instead of mite antigen since 2011. All the experimental studies showed that the Korean medicine was effective in AD. In total 18 clinical studies, 3 studies (16.67%) were case reports, only 1 thesis (5.56%) was conducted by case control study and the rest were case series studies. 7 studies (38.89%) of 18 studies diagnosed AD according to Hanifin and Rajka's diagnostic criteria (1980), only 1 study (5.56%) according to the Korean standard and the rest 10 studies (55.56%) didn't mention diagnostic criteria. 12 clinical studies (66.67%) showed efficacy in treating AD. There were 10 studies (55.56%) only employing internal treatments and 1 thesis (5.56%) didn't mention the exact prescription. Naesowhajungtang-kamibang, Saenghyeoryunbue-um were used 3 times (16.67%) as the internal medicine respectively. 5 theses (27.78%) were combined with acupuncture therapy. Hegu (LI4), Sanyinjiao (SP6) were used in 4 theses, and Taichong (LR3), Quchi (LI11), Zusanli (ST36) in 3 theses. The number of acupoints chosen from The Spleen meridian of Foot-Taiyin was the largest. There were 8 review theses. 2 were about the foreign oriental medicine, 3 were about the external medicine or external treatment methods, and 3 other studies were about severity scoring systems, the methodological study in the latest clinical study, overview for pattern and results of herbal medicine-derived AD clinical researches. Conclusions The experimental studies and clinical studies showed the effectiveness of Korean medicine treatments. However, this study still needs improving by conducting more comparative studies and using better research methods, in order to find more effective treatments to improve clinical efficacy.

비만에 대한 국내 의학계의 최근 연구 동향 분석 -대한비만학회지를 중심으로- (An Analysis of Domestic Medicine Study Tendency on Obesity -Focused on The Korean Journal of Obesity-)

  • 김두희;신우석;김동환;정연재;임한빛;박원형;차윤엽
    • 한방비만학회지
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    • 제13권1호
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    • pp.1-9
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    • 2013
  • Objectives: This study was performed to analyze the recent trend of the studies about obesity in medicine and to provide background for futher studies. Methods: All of the article were selected in "The Korean Journal of Obesity". Search were conducted through "http://kosso.or.kr" with the search word "obesity". Collected articles were classified into clinical study, experimental study, literary study, case report. Results: One hundred eighty four studies were included and analyzed in terms of study design, subject, intervention, period, obesity index and so on. The numbers of clinical studies, literary studies, experimental studies, case reports were respectively 143 (77.7%), 26 (14.1%), 2 (1.1%) and 7 (3.8%). In clinical studies, observational studies were 112 (78.3%) and intervention studies were 31 (21.7%). And most of sample sizes were more than 100 and less than 499. Body mass index, waist circumstance, body fat percent were major criteria of clinical study. Most of the subjects on obesity were about relation with another disease or experimental results and diagnosis. According to classification by the kinds of intervention, diet, exercise, drug, behavior were respectively 22, 18, 8, and 8. More than fourty percent of intervention studies were studied for 12 weeks. Conclusions: To improve the quality of Korean Medicine study for obesity, we need to recruiting big sample size and activate randomized clinical trial.

백두대간에 인접한 각화산 일대의 식물 분포 연구 (The Flora of Mt. Gakhwasan Adjacent to the Baekdudaegan)

  • 변준기;허태임;이동혁;이준우;박병주;김영수;김현탁;신승택
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2018년도 추계학술대회
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    • pp.44-44
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    • 2018
  • 경상북도 봉화군에 위치한 각화산(1,177m)은 태백산맥에서 소백산맥으로 갈라지는 기점을 이루는 산으로 구령산, 청옥산, 옥석산 등과 함께 백두대간 일대의 중요한 산으로 인식된다. 특히 각화산은 조선왕조실록을 보관했던 태백산 사고지터(사적 제 348호)를 품고 있는 역사적인 장소이기도 하다. 본 연구는 각화산 일대 관속식물의 분포상을 파악하고자 2017년 5월부터 2018년 9월까지 진행되었다. 연구 결과 조사지 내 관속식물은 92과 291속 413종 4아종 38변종 6품종으로 총 461분류군이 확인되었다. 이는 경상북도 관속식물 1,684분류군(Korea National Arboretum, 2016)의 27.4%, 한반도 관속식물 4,499분류군(Korea National Arboretum, 2018; Http://www.nature.go.kr/kpni/)의 10.2%에 해당되는 것으로 분석되었다. 각화산 일대의 주요 식물 가운데 한국특산식물은 12분류군(할미밀망, 진범, 처녀치마, 지리대사초 등)이 확인되었고, 산림청 지정 희귀식물은 VU등급(꼬리진달래, 노랑무늬붓꽃) 2분류군, LC등급(너도바람꽃, 쥐방울덩굴, 도깨비부채) 3분류군으로 총 5분류군의 희귀식물이 분포하는 것으로 조사되었다. 또한, 식물구계학적 특정식물 IV등급 5분류군, III등급 13분류군, II등급 21분류군, I 등급 25분류군이 확인되었고, 외래식물은 총 24분류군으로 도시화지수(%) 6.8%, 귀화율은 5.2%에 해당되는 것으로 분석되었다. 조사된 식물의 유용성 분석 결과, 식용식물 348분류군(75.5%), 섬유용식물 1분류군(0.2%), 약용식물 기분류군(15.4%), 관상용식물 18분류군(3.9%), 목초용식물 102분류군(22.1%) 목재용식물 14분류군(3.0%) 등으로 확인되었다. 본 연구 결과물은 각화산의 식물 현황을 제시함과 동시에 생태축으로 연결된 백두대간 일대의 효율적인 관리 및 보전 방안을 마련하기 위한 기초자료로 활용 될 것이라 기대한다.

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봉화군 갈방산 일대의 식물 분포 연구 (The Flora of Mt. Galbangsan in Bonghwa-gun)

  • 변준기;이동혁;허태임;이준우;박병주;김영수;김현탁;신승택
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2018년도 추계학술대회
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    • pp.45-45
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    • 2018
  • 경상북도 봉화군에 위치한 갈방산(712m)은 백두대간 옥석산(1,244m)에서 분기한 문수지맥의 산지 가운데 하나다. 본 연구는 갈방산 일대 관속식물의 분포상을 파악하고자 2017년 5월부터 2018년 9월까지 진행되었다. 연구 결과 92과 265속 373종 4아종 44변종 5품종으로 총 426분류군의 관속식물이 조사지에서 확인되었다. 이는 경상북도 관속식물 1,684분류군(Korea National Arboretum, 2016)의 25.3%, 한반도 관속식물 4,499분류군(Korea National Arboretum, 2018; Http://www.nature.go.kr/kpni/)의 9.5%에 해당되는 것으로 분석되었다. 갈방산 일대의 주요 식물 가운데 한국특산식물은 11분류군(키버들, 병꽃나무, 처녀치마 등)이 확인되었고, 산림청 지정 희귀식물은 VU등급(세잎승마) 1분류군, LC등급(도깨비부채, 태백제비꽃) 2분류군으로 총 3분류군의 희귀식물이 분포하는 것으로 조사되었다. 또한, 식물구계학적 특정식물 V등급 1분류군, IV등급 2분류군, III등급 10분류군, II등급 16분류군, I 등급 23분류군이 확인되었고, 외래식물은 총 22분류군으로 도시화지수(%) 6.3%, 귀화율은 5.2%에 해당되는 것으로 분석되었다. 조사된 식물의 유용성 분석 결과, 식용식물 345분류군(81%), 섬유용식물 4분류군(0.9%), 약용식물 85분류군(20.0%), 관상용식물 18분류군(4.2%), 목초용식물 109분류군(25.6%) 목재용식물 15분류군(3.5%) 등으로 확인되었다. 요컨대 갈방산 일대의 식물 현황을 제시함으로써 본 연구 결과물이 갈방산 일대의 희귀특산식물과 유용식물의 보전 및 활용 방안을 마련하기 위한 기초자료로 활용 될 것이라 기대한다.

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Platycarya strobilacea S. et Z. Extract Has a High Antioxidant Capacity and Exhibits Hair Growth-promoting Effects in Male C57BL/6 Mice

  • Kim, Eun Jin;Choi, Joo Yeon;Park, Byung Cheol;Lee, Bog-Hieu
    • Preventive Nutrition and Food Science
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    • 제19권3호
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    • pp.136-144
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    • 2014
  • This is an Open Access article distributed under the terms of the Creative Commons Attribution Non-Commercial License (http://creativecommons.org/licenses/by-nc/3.0) which permits unrestricted non-commercial use, distribution, and reproduction in any medium, provided the original work is properly cited. This study was conducted to evaluate the effects of Platycarya strobilacea S. et Z. (PSE) extract on mouse hair growth and to determine the mechanism of action of PSE. PSE was purchased and its antioxidant activities, such as electron donating ability, total polyphenol content, and flavonoid content were tested. Toxicity during topical treatment was determined by the CCK-8 assay, a cell viability test. Fifteen 4-week-old male C57BL/6 mice were assigned to receive one of three treatments: dimethyl sulfoxide (negative control), minoxidil (positive control) or PSE. Test materials were topically applied to the shaved dorsal skin of each mouse daily for 3 weeks. After 21 days, we observed skin tissue hair follicle morphology and length, mast cell number, and stem cell factor (SCF) expression using hematoxylin and eosin (H&E), toluidine blue, and immunohistochemical staining, respectively. Furthermore, the expression of cytokines involved in hair growth [i.e., insulin-like growth factor (IGF)-1, keratinocyte growth factor (KGF), and transforming growth factor (TGF)-${\beta}1$] was determined by PCR. PSE was found to have very high antioxidant activity. The cell viability rate of PSE-treated mice was markedly higher than that of mice in the control group. We also observed an increase in hair follicle length, strong SCF staining, and a decrease in mast cell number in the PSE group. In addition, PSE-treated mice had higher IGF-1 and KGF expression and lower TGF-${\beta}1$ expression than mice in the minoxidil-treated group. These results suggest that topical application of PSE promotes hair growth by intensifying SCF, suppressing mast cell production, and increasing hair growth-promoting cytokine expression.

당귀사역가오수유생강탕의 문헌적 고찰 (Literature Review on Danggwisayeokgaohsuyusaenggang-tang)

  • 이용현;선승호;정종진;박정수;고호연;정기용;차윤엽;송윤경;김태훈;홍성인;최유경;고성규;임은미;박종형;전찬용
    • 동의생리병리학회지
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    • 제28권1호
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    • pp.1-8
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    • 2014
  • The purpose of this study is to review the literature on Danggwisayeokgaohsuyusaenggang-tang. The classic literature review was carried out using "http://www.theqi.com". The journal search was performed using MEDLINE, EMBASE, National Digital Science Links(NDSL), OASIS, Korean studies Information Service system(KISS), RISS, China National Knowledge Infrastructure(CNKI), Japan Science and Technology information Aggreator, Electronic(J-STAGE) from search engine's opening day to November 2013. Searching key words were the various combination of "Danggwisayeokgaohsuyusaenggang-tang", "Danggwisayeok", "Danggwi", "ohsuyu", "saenggang". The inclusion criteria was all kinds of journals except for review, essay, and experiment study. 40 classic literatures and 37 journals(1 chinese randomized controlled trial, 25 chinese case studies, 1 Korean case study, and 10 japanese case studies) were selected finally. The literatures and journals reported that Danggwisayeokgaohsuyusaenggang - tang was used to treat diverse types of diseases with coldness of hands and feet.

십자화과 작물 종자에서 종자전염 세균 및 바이러스 동시 검출을 위한 One-step Multiplex RT-PCR 방법 (One-step Multiplex RT-PCR Method for Simultaneous Detection of Seed Transmissible Bacterium and Virus Occurring on Brassicaceae Crop Seeds)

  • 정규식;소은희
    • 식물병연구
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    • 제17권1호
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    • pp.52-58
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    • 2011
  • 우리나라에서 주로 재배되는 십자화과 작물(상추, 콜라비, 무, 배추, 양배추)의 종자 전염 병원균 중에서 세균성 병원균 Xanthomonns campestris pv. campestris(Xcc)와 바이러스 병원균 Lettuce Mosaic Virus(LMV)를 종자에서 동시검출하기 위한 One-step multiplex RT-PCR을 개발하였다. 각각의 병원균을 특이적으로 증폭시키는 병원균 검출용 프라이머 2종(Xcc-F/R, LMV-F/R)을 primerblast 프로그램을 이용하여 제작하였고 이들 프라이머 세트는 프라이머간 또는 병원균 cDNA간의 간섭없이 특이적으로 타겟 병원균만을 검출하였다. PCR을 이용한 병원균의 검출 최소 민감도는 1 ng이었다. 십자화과 작물중에서 유통 중인 콜라비 10품종, 상추 50품종, 무 20품종, 배추 20품종 그리고 양배추 20품종에 대한 종자 감염 병원균 검출을 위한 One-step multiplex RT-PCR 수행 결과, LMV는 전체 120품종 중에서 39품종에서 검출되었고, Xcc는 2개 품종에서 검출되었다. 그리고 50품종의 상추 종자 시료 중에 8품종의 시료에서 LMV와 Xcc가 동시 검출되었다.