• Genomics & Informatics
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• 제16권4호
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• pp.28.1-28.6
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• 2018

Due to the increasing interest in synonymous codons, several codon bias-related terms were introduced. As one measure of them, the tRNA adaptation index (tAI) was invented about a decade ago. The tAI is a measure of translational efficiency for a gene and is calculated based on the abundance of intracellular tRNA and the binding strength between a codon and a tRNA. The index has been widely used in various fields of molecular evolution, genetics, and pharmacology. Afterwards, an improved version of the index, named specific tRNA adaptation index (stAI), was developed by adapting tRNA copy numbers in species. Although a subsequently developed webserver (stAIcalc) provided tools that calculated stAI values, it was not available to access pre-calculated values. In addition to about 100 species in stAIcalc, we calculated stAI values for whole coding sequences in 148 species. To enable easy access to this index, we constructed a novel web database, named STADIUM (Species-specific tRNA adaptive index compendium). STADIUM provides not only the stAI value of each gene but also statistics based on pathway-based classification. The database is expected to help researchers who have interests in codon optimality and the role of synonymous codons. STADIUM is freely available at http://stadium.pmrc.re.kr.

• KSII Transactions on Internet and Information Systems (TIIS)
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• 제14권11호
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• pp.4310-4330
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• 2020

With the continuous emergence of new applications and cyberattacks and their frequent updates, the need for automatic protocol reverse engineering is gaining recognition. Although several methods for automatic protocol reverse engineering have been proposed, each method still faces major limitations in extracting clear specifications and in its universal application. In order to overcome such limitations, we propose an automatic protocol reverse engineering method using a two-pathway model based on a contiguous sequential pattern (CSP) algorithm. By using this model, the method can infer both command-oriented protocols and non-command-oriented protocols clearly and in detail. The proposed method infers all the key elements of the protocol, which are syntax, semantics, and finite state machine (FSM), and extracts clear syntax by defining fine-grained field types and three types of format: field format, message format, and flow format. We evaluated the efficacy of the proposed method over two non-command-oriented protocols and three command-oriented protocols: the former are HTTP and DNS, and the latter are FTP, SMTP, and POP3. The experimental results show that this method can reverse engineer with high coverage and correctness rates, more than 98.5% and 99.1% respectively, and be general for both command-oriented and non-command-oriented protocols.

• The Journal of Asian Finance, Economics and Business
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• 제9권8호
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• pp.1-6
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• 2022

This paper uses the gravity model estimated by the random effect method to analyze the factors affecting Vietnam's coffee export turnover for the period 2007-2020 major markets according to statistics from the General Statistics Office and the General Department of Customs. Coffee export turnover was collected from the General Statistics Office, General Department of Customs, and Vietnam Cacao Coffee Association. The authors calculated the price of coffee based on output and export value from data on coffee export turnover; the authors calculated the economic gap based on population and Gross Domestic Product data (reference: geographic distance metrics on the website: http://www.distancefromto.net/countries.php) and other data was collected based on the databases of the Food and Agriculture Organization of the United Nations, the International Monetary Fund, and World Bank organizations. The results of the study show that from 2007 to 2020, the factors of Vietnam's export price of coffee, geographical distance, Gross Domestic Product of the importing country and Gross Domestic Product of Vietnam, the population of Vietnam, the economic gap between Vietnam and the importing country, the openness of the economy, all have an impact on Vietnam's coffee export turnover. Finally, some conclusions about the policy's impact are made based on the empirical results of the paper.

• 한국수자원학회:학술대회논문집
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• 한국수자원학회 2020년도 학술발표회
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• pp.186-186
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• 2020

본 연구에서는 IPCC (Intergovernmental Panel on Climate Change) 6차 평가보고서(6th Assessment Report, AR6)에서 제시한 새로운 온실가스 경로(SSP, Shared Socioeconomic Pathways)에 따라 산출된 전지구 기후변화 시나리오를 이용하여 제주도의 미래 강수량 변화를 살펴보고자 한다. 기상청에서 운영하는 기후정보포털(http://www.climate.go.kr/)에서는 6가지 기상요소(평균기온, 최고기온, 최저기온, 강수량, 상대습도, 풍속 등)에 대하여 SSP 시나리오 자료를 제공하고 있다. SSP 시나리오는 SSP1-2.6 저탄소 시나리오(사회 불균형의 감소와 친환경 기술의 빠른 발달로 기후변화 완화, 적응능력이 좋은 지속성장가능 사회경제 구조)와 SSP5-8.5 고탄소 시나리오(기후정책 부재, 화석연료 기반 성장과 높은 인적 투자로 기후변화 적응능력은 좋지만 완화능력이 낮은 사회경제 구조)로 구분되어 제공되고 있다. 또한, 현재의 기후 상태를 모의하는 historical period (1850-2014) 자료와 미래의 기후상태를 모의한 future period (2015-2100) 자료가 있으며, 월별(momthly), 연간(yearly) 자료의 형태로 제공된다. 본 연구를 통하여 새로운 SSP 시나리오를 이용한 제주도 강수량의 미래 변화를 정량적으로 분석하였고, 기후변화에 능동적인 대책을 수립하는데 도움이 될 것으로 판단된다.

• Bioinformatics and Biosystems
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• 제1권2호
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• pp.99-102
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• 2006

BLAST(Basic Local Alignment Search Tool)는 서열 데이터베이스 탐색을 위하여 가장 많이 사용되는 프로그램이다. 전체 서열간의 최적 글로벌 정렬을 수행하는 대신에 지역적 유사성이 있는 부분을 찾아 서열 짝짓기를 수행하는 특징을 갖는다. 일반적인 연구자들은 서열 상동성 검색을 위해 NCBI에 접속하여 웹 브라우저를 통해 온라인으로 BLAST를 수행하게 되는데, 이 경우 사용자 각각의 네트워크 환경이나 입력할 데이터양에 따른 검색속도의 지연 및 제한 등과 같은 여러 문제에 부딪히게 되고, 또한 보안유지가 필요한 서열 데이터의 유출 가능성이 존재한다. 그러므로 대량의 서열 데이터에 대하여 빠르고 안전하게 BLAST 상동성 검색이 가능한 Local BLAST 검색 시스템의 필요성이 증대되고 있다. 본 연구에서는 NCBI의 Genbank에서 공개된 동물의 발현 유전자 단편들(ESTs)에 대한 데이터를 이용하여 소, 돼지, 닭, 등의 경제형질과 연관된 유용 유전자만을 추출하여 이들만으로 구성된 새로운 데이터베이스를 구축하였고, 또한 이들을 사용할 수 있는 새로운 검색시스템을 개발하였다 자체 제작한 Perl script를 사용하여 필요한 데이터를 축종별로 추출 하여 새로운 DB를 구축하였으며 이 속에는 소의 경우 650,046개, 돼지의 경우 368,120개, 닭의 경우 693,005개의 발현 유전자 단편들(ESTs)이 포함된다. 또한 이들 DB 분석이 가능한 Local Animal BLAST Web 검색시스템(http://bioinfo.kohost.net)을 고성능 병렬 PC Cluster 시스템과 연동하도록 자체 구축함으로써 본 시스템이 보다 효율적인 생물정보학 연구수행이 기여할 것으로 기대된다.

• 한국패류학회지
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• 제30권4호
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• pp.429-431
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• 2014

본 연구를 통하여 연체동물 전용 BLAST 서버 (Version II)가 웹주소 http://www.malacol.or.kr/blast에 구축되었다. 연체동물을 대상으로 하는 연구에 있어 필요한 정보를 매우 빠르게 얻을 수 있었다. 본 시스템을 사용하여 앞으로도 많은 연구가 진행되어지길 바라며, 아울러 많은 연체동물 연구자들에게 많은 도움이 되리라고 사료된다.

• 한국HCI학회논문지
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• 제10권1호
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• pp.5-17
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• 2015

최근 다양한 공공데이터가 개방되고 있으며, 적절한 데이터 마이닝과 시각화 알고리즘을 통해 일반 시민에게 서비스 되고 있다. 이를 통해 정부와 지방자치단체는 공공 정책의 투명성과 효율성을 널리 알릴 수 있을 뿐 아니라, 일반 사용자들이 개방된 공공데이터를 재가공하여 서비스함으로써 관련 산업의 성장을 이끌고 있다. 공공데이터의 최종 사용자는 일반 시민이기 때문에, 누구나 손쉽게 이해할 수 있도록 공공데이터를 적절히 시각화하는 것이 무엇보다 중요하다. 본 연구에서는 공공데이터 비주얼라이제이션의 중요성을 널리 알리기 위해, 일반 국민이 관심을 가질만한 공공데이터로 UN 회원국의 투표 데이터를 고려한다. 외교와 교육 목적으로 그 활용 가치가 높고 데이터를 쉽게 얻을 수 있는 장점이 있다. 또한 적절한 데이터 마이닝과 시각화 과정을 거친다면, 일반 사용자들이 유엔 회원국 간의 투표 성향에 대한 통찰력을 쉽게 얻을 수 있다. 유엔 투표 데이터를 시각화하기 위해서는, 회원국 간의 투표성향 유사도를 측정하고, 이를 바탕으로 소셜 그래프를 구현한다. 그리고 그래프 레이아웃 알고리즘을 적용하여 그래프를 화면에 렌더링 하게 된다. 기존 방법을 이용하여 소셜 그래프를 비주얼라이제이션 할 경우에 그래프의 복잡도가 증가하여 유엔 회원국 간의 투표성향을 파악하는데 큰 어려움이 있다. 이러한 문제를 개선하기 위해, 본 논문에서는 친구 매칭(Friend-Matching), 친구-라이벌 매칭(Friend-Rival Matching), 버블힙(Bubble Heap) 알고리즘들을 차례로 제안한 다. 제안된 알고리즘을 바탕으로, 기존 그래프 비주얼라이제이션을 개선하여 일반 사용자들이 손쉽게 유엔 회원국 간의 투표성향과 관련된 특정 패턴이나 통찰력을 얻는데 큰 도움을 줄 것이다. 또한 웹에서 동작하는 프로토타입을 구현하여, 누구나 방문하여 테스트를 할 수 있다. 웹 페이지 주소: http://datalab.kunsan.ac.kr/politiz/un/

• Journal of Hospice and Palliative Care
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• 제14권3호
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• pp.152-162
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• 2011

목적: 본 연구는 우리나라 호스피스 간호 연구 동향을 알아보기 위해 시도되었다. 방법: 본 연구의 대상은 1985년부터 2009년까지 24년 동안 발표된 국내 호스피스 간호 관련 논문 총 183편으로 간호학위논문 62편과 비학위논문으로서 학술지에 게재된 논문 121편이었다. 본 분석대상 논문은 한국교육학술정보원에서 제공하는 학술정보서비스(http://www.riss.kr)를 이용하여 호스피스(완화) 간호, 말기(암)환자의 핵심어를 조합하여 검색하였다. 검색결과 호스피스 관련 국내 학위논문과 대한간호학회지, 아동간호학회지, 정신간호학회지, 성인간호학회지, 병원간호사회지, 행정간호학회지, 종양간호학회지, 한국 호스피스 완화의료학회지, 호스피스 학술지, 호스피스 논집 등에 게재된 논문들을 대상으로 하였고, 학위논문 중 학술지에 게재된 것은 학술지를 분석대상으로 하였다. 단, 종설과 인터넷으로 원문수집이 불가능한 논문은 제외하였다. 결과: 호스피스 간호 관련 논문 수가 급증하였고, 연구설계 유형은 양적연구가 질적연구보다 월등하게 많았다. 분석대상 논문에서 도출된 주요어는 5개 영역에서 총 74개가 도출되었고, 총 225개의 주요어를 사용하였다. 자료수집시 윤리적 고려는 서면동의가 많았고, IRB를 통과한 연구가 극소수이며, 다학제간 연구 지원금은 점차 증가하였다. 결론: 결론적으로 말기암환자의 간호문제나 현상을 연구하기 위해서는 조사연구보다는 질적연구 방법의 접근이 많이 필요하고, 연구개념도 삶의 질과 더불어 죽음의 질에 대한 연구가 필요하며, 중재연구에 있어서는 말기암환자의 가장 큰 문제로 대두되고 있는 통증완화, 기타 주요 신체간호, 그리고 보완대체요법에 관한 간호연구가 더 필요하다고 본다. 또한 간호학 연구를 넘어 다학제적 팀 연구가 더 많이 수행되어야 하며, 마지막으로 아동호스피스에 관한 연구가 매우 미비한데, 이에 관한 연구가 더 시행되어야함을 제안한다.

• 한국산학기술학회논문지
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• 제19권3호
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• pp.278-290
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• 2018

본 연구는 2007년부터 10년 동안 발표된 국내 학위논문과 학회지 논문 중 학술정보서비스(http://www.riss.kr)에서 결혼이주여성의 임신 출산에 관련된 연구(74편)를 대상으로 하였다. 연구동향 분석은 학문분야, 연구설계, 주요 주제 및 중재 연구에 사용된 결과 변수에 의해 분석되었다. 74편의 논문 중 학위논문은 28편(38.6%), 학회지는 46편(61.4%)으로 조사 되었으며, 이중 37편(50.0%)은 간호학에서 수행되었다. 양적 연구의 경우 45편(60.8%), 질적 연구가 29편(39.2%)으로 질적 연구가 상대적으로 더 적은 편이었고, 양적 연구 중 가장 많이 사용된 연구 설계는 서술적 연구가 22편(29.9%)으로 대부분을 차지하였다. 주요 개념은 간호의 패러다임인 간호, 환경, 건강, 인간 영역으로 분류하였고, 네 가지에 속하지 않은 것은 기타로 분류하여 분석하였다. 대부분의 연구 주제는 건강 영역인 사회 심리 측면이었으며, 다음은 인간 영역 순이었다. 8편의 중재 연구 분석에서 7편은 산욕기 결혼이주여성을 대상으로 하고 있었고, 나머지 1편은 산욕기 결혼이주여성과 신생아를 대상으로 하고 있었다. 가장 빈번하게 측정 된 결과 변수는 적응에 대한 중재에서 양육과 관련된 모성역할 수행자신감, 지지, 지식에 대한 내용이었다. 연구 유형별 연구 설계에서는 양적 연구가 질적 연구 보다 더 많은 비중을 차지하고 있었으며, 양적 연구에서도 실험연구 보다는 서술적 연구가 주를 이루고 있었다. 실험연구의 경우에서도 연구의 대상자가 임신과 출산을 경험한 결혼이주여성만을 대상으로 한 연구가 대부분을 차지하고 있었다. 이에 향후 연구에서는 결혼이주여성 뿐 아니라 그들의 가족을 포함한 새로운 간호중재프로그램을 개발하고 제공하는 것이 필요할 것이라 사료된다.

• 한국농림기상학회지
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• 제17권4호
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• pp.290-305
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• 2015

필지단위 재해발생 가능성을 적절한 대응방안과 함께 재배농가에게 농장 맞춤형으로 전달할 수 있는 '농업기상재해 조기경보 시스템'의 실용성과 운영 효율성을 높이기 위하여 현업 서비스 시스템을 국립농업과학원에 구축하여 2014년도 10월부터 2015년 3월까지의 시범 서비스 운영기간 동안 현장 적용을 위한 개선, 서비스 안정화 단계를 거쳤다. 현업 서비스 시스템은 섬진강 하류 유역(행정구역상 광양시 일부, 하동군 일부, 구례군 일부)의 약 470 자원농가와 950 여필지를 서비스 대상으로 하였다. 자원농가에게 필지 단위 사전경보를 개별 문자로 통보하는 시스템과 해당 지자체가 관내 현황을 시각적으로 파악할 수 있는 분포형 사전 경보시스템(웹 GIS 기반) 형식의 투 트랙(Two track) 시스템으로 구성되었다. 1차 연구대상지역인 섬진강 하류에 대하여 현업 서비스는 2015년 3월 2일부터 개별 문자통보를 개시하였으며 온라인 홈페이지는 2015년 4월부터 인터넷 주소(http://www.agmet.kr)로 운영을 시작하였다. 현재는 농장 날씨정보, 농장 재해정보, 전국기상위험, 전국기상특보, 문자서비스를 제공하고 있으며 연구가 진행되는 2017년까지 서비스 대상지역 확대, 서비스 컨텐츠 확대, 서비스 품질 개선 등의 연구활동과 함께 지속적으로 유지될 것이다.