• 제목/요약/키워드: GitHub

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Hybrid Fungal Genome Annotation Pipeline Combining ab initio, Evidence-, and Homology-based gene model evaluation

  • Min, Byoungnam;Choi, In-Geol
    • 한국균학회소식:학술대회논문집
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    • 한국균학회 2018년도 춘계학술대회 및 임시총회
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    • pp.22-22
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    • 2018
  • Fungal genome sequencing and assembly have been trivial in these days. Genome analysis relies on high quality of gene prediction and annotation. Automatic fungal genome annotation pipeline is essential for handling genomic sequence data accumulated exponentially. However, building an automatic annotation procedure for fungal genomes is not an easy task. FunGAP (Fungal Genome Annotation Pipeline) is developed for precise and accurate prediction of gene models from any fungal genome assembly. To make high-quality gene models, this pipeline employs multiple gene prediction programs encompassing ab initio, evidence-, and homology-based evaluation. FunGAP aims to evaluate all predicted genes by filtering gene models. To make a successful filtering guide for removal of false-positive genes, we used a scoring function that seeks for a consensus by estimating each gene model based on homology to the known proteins or domains. FunGAP is freely available for non-commercial users at the GitHub site (https://github.com/CompSynBioLab-KoreaUniv/FunGAP).

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오픈소스 기반의 실습용 SIC/XE 컴퓨터 시뮬레이터의 구현 (Implementation of Open Source-based SIC/XE Computer Simulator for Educational Laboratory)

  • 김주현;김현아;문봉교
    • 한국정보처리학회:학술대회논문집
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    • 한국정보처리학회 2017년도 추계학술발표대회
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    • pp.2-5
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    • 2017
  • 기존의 어셈블러는 시각적으로 불편하고 사용자 편의를 위한 기능을 제공하지 않으며 최신의 컴퓨터와의 호환성 문제가 있었다. 이러한 문제점들의 해결책으로 나온 SIC/XE 어셈블러 시뮬레이터 오픈 소스를 GitHub에서 클론하여 분석하고 테스트하였다. 본 논문에서는 오픈 소스 SIC/XE 어셈블러 시뮬레이터의 다양한 오류를 분석하고 이를 수정하였다. 또한 리터럴 테이블, 심볼 테이블, 목적코드 및 오류 메시지의 시각화를 통해 기존의 SIC/XE 어셈블러 시뮬레이터를 개선시켜 사용자 편의를 높인 학습용 SIC/XE 어셈블러 시뮬레이터를 구현하였다.

The role of openness in open collaboration: A focus on open-source software development projects

  • Lee, Saerom;Baek, Hyunmi;Oh, Sehwan
    • ETRI Journal
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    • 제42권2호
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    • pp.196-204
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    • 2020
  • Open-source software development projects are well suited for exploring new ideas and acquiring knowledge from developers outside of the project. In this paper, we examine the impact of external developers on innovation in open-source software development from the perspective of organizational learning theory. We examine the roles of external and internal developers, who "explore" and "exploit," respectively, on the innovation performance of 17 691 open-source software development projects whose data is stored in the GitHub platform. The results indicate that a multifaceted strategy, in which the exploitation successfully supports the exploration, is most effective for their success. The results also indicate that the role of exploration decreases after the release of the software.

A bivariate extension of the Hosking and Wallis goodness-of-fit measure for regional distributions

  • Kjeldsen, Thomas Rodding;Prosdocimi, Ilaria
    • 한국수자원학회:학술대회논문집
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    • 한국수자원학회 2015년도 학술발표회
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    • pp.239-239
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    • 2015
  • This study presents a bivariate extension of the goodness-of-fit measure for regional frequency distributions developed by Hosking and Wallis [1993] for use with the method of L-moments. Utilising the approximate joint normal distribution of the regional L-skewness and L-kurtosis, a graphical representation of the confidence region on the L-moment diagram can be constructed as an ellipsoid. Candidate distributions can then be accepted where the corresponding the oretical relationship between the L-skewness and L-kurtosis intersects the confidence region, and the chosen distribution would be the one that minimises the Mahalanobis distance measure. Based on a set of Monte Carlo simulations it is demonstrated that the new bivariate measure generally selects the true population distribution more frequently than the original method. An R-code implementation of the method is available for download free-of-charge from the GitHub code depository and will be demonstrated on a case study of annual maximum series of peak flow data from a homogeneous region in Italy.

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Sensitivity study of parameters important to Molten Salt Reactor Safety

  • Sarah Elizabeth Creasman;Visura Pathirana;Ondrej Chvala
    • Nuclear Engineering and Technology
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    • 제55권5호
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    • pp.1687-1707
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    • 2023
  • This paper presents a molten salt reactor (MSR) design parameter sensitivity study using a nodal dynamic modelling methodology with explicitly modified point kinetics equation and Mann's model for heat transfer. Six parameters that can impact MSR safety are evaluated. A MATLAB-Simulink model inspired by Thorcon's 550MWth MSR is used for parameter evaluations. A safety envelope was formed to encapsulate power, maximum and minimum temperature, and temperature-induced reactivity feedback. The parameters are perturbed by ±30%. The parameters were then ranked by their subsequent impact on the considered safety envelope, which ranks acceptable parameter uncertainty. The model is openly available on GitHub.

PBTI 웹사이트 설계 및 구현 (Design and Implementation of Web Site PBTI)

  • 임도영;유승재;전소현;황예하;주용완;최재홍;이준동
    • 한국컴퓨터정보학회:학술대회논문집
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    • 한국컴퓨터정보학회 2023년도 제67차 동계학술대회논문집 31권1호
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    • pp.213-215
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    • 2023
  • 본 논문은 "PBTI"라 명명한 웹사이트를 설계하고 구현한다. 요즘 유행하는 성격 유형 설문조사인 MBTI에서 영감을 받아 피부타입과 퍼스널 컬러를 검사할 수 있는 온라인 쇼핑몰 웹사이트를 제작하게 되었다. 체계적이고 다양한 질문을 통해 사용자들의 피부타입을 검사하고 해당 피부타입 결과에 따른 상품을 추천해주는 알고리즘이 탑재되어 사용자에 맞는 상품을 추천해준다. PBTI의 이러한 기능들은 다른 온라인 뷰티쇼핑몰과 극명한 차별점을 만들고, 쇼핑몰 매출을 크게 증대시킬 것으로 기대한다. 데이터베이스를 구축하기 위해 오라클을 이용하였고, 웹페이지를 구현하기 위해 스프링을 이용하였으며 팀원들과의 협업을 위해 깃허브를 사용하였다.

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오픈 소스 프로젝트를 위한 도커 기반 버전 관리 기법 (A scheme of Docker-based Version Control for Open Source Project)

  • 이용전;임성락
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제17권2호
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    • pp.8-14
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    • 2016
  • 오픈 소스 프로젝트가 다수의 개발자들에 의해 진행될 때 동일한 파일에 대한 여러 버전을 관리해 주는 버전 관리 시스템은 매우 유용한 도구로 사용되고 있다. 그러나 대부분의 기존 버전 관리 시스템들(SVN, Git 등)은 소스 코드 혹은 문서의 변경 이력을 주로 관리하고 있기 때문에 개발 환경의 변경이 발생할 때마다 개발자마다 직접 변경해야 하는 불편함이 있다. 이러한 불편함을 해소하기 위하여 본 논문에서는 오픈 소스 프로젝트를 위한 버전 관리 기법을 제시한다. 제시한 기법의 기본 개념은 컨테이너 방식의 가상화 도구인 도커를 이용하여 개발 환경을 포함한 이미지를 생성하고 이를 새로운 버전으로 관리한다. 제시한 기법의 기능적 타당성을 검토하기 위하여 서로 다른 OS(우분투12.04, 센트OS7)를 사용하는 호스트에 도커를 구축한 후 개발 환경의 변경 이력이 포함된 버전 관리를 실험하고 기존 버전 관리 시스템들과 비교 평가하였다. 그 결과 제시한 기법은 오픈 소스 프로젝트를 위한 편리한 버전 관리 기법이 될 수 있을 것으로 보인다.

네트노그라피를 이용한 공개 소프트웨어의 개발 및 확산 패턴 분석에 관한 연구 - 자바스크립트 프레임워크 사례를 중심으로 - (Tracing the Development and Spread Patterns of OSS using the Method of Netnography - The Case of JavaScript Frameworks -)

  • 강희숙;윤인환;이희상
    • 경영과정보연구
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    • 제36권3호
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    • pp.131-150
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    • 2017
  • 본 연구의 목적은 공개 소프트웨어(Open Source Software, 이하 OSS)가 운영 기간 내 주변의 행위자들과 관계를 수립하는 동안 OSS의 개발 및 확산 패턴을 확인하는 것으로, OSS 참여자들의 변화 패턴을 조사하기 위해 OSS 통과시간을 기반으로 그 변화 양상을 추적할 수 있는 온라인 데이터와 네트노그라피 방법을 이용하였다. 이를 위해 대표적인 OSS 자바스크립트 프레임워크인 jQuery, MooTools, YUI 등 이상 세 가지 사례에 대하여 블로그, 웹 서치와 함께 GitHub 공개 API(Application Programming Interface)로 수집된 데이터를 활용하였다. 본 연구에서는 OSS 변형 과정의 변화 패턴을 분류하기 위하여 행위자-네트워크 이론의 전환(translation) 과정을 적용하였으며, 관찰된 OSS 변형 과정을 살펴보면 다음과 같다. 먼저, '프로젝트 개시' 단계에서 소스 코드, 프로젝트 책임자 및 관계자, 내부 참여자 등과 같은 세 가지 유형의 OSS 관련 행위자들을 확인하였고, 그들 사이의 관계성을 개념화 하였다. 이후 프로젝트 책임자가 최초로 프로젝트를 착수하는 '프로젝트 성장' 단계는 관계자들에 의해 소스 코드가 유지 보수되는 과정을 통해 개선된다. 마지막으로 OSS는 홍보 활동을 통해 참여자들의 관찰기를 갖고, 소스 코드 사용을 통해 학습기를 거친 사용자가 본격적으로 등장함으로써 '참여자의 도약' 단계로 진입한다. 이 시기에는 기업과 외부 관계자들도 출현하는 모습도 살펴볼 수 있다. 본 연구결과는 OSS 참여자들이 OSS를 선택하는데 있어 홍보 과정의 중요성을 강조하고, OSS의 급속한 개발속도가 오히려 참여자의 출현을 지연시키는 구축 효과(crowding-out effec)가 발생하는 것을 확인하였다. 본 연구는 행위자-네트워크 이론을 토대로 주요 OSS 사례를 네트노그라피를 활용하여 종단적인 관점에서 분석함으로써 OSS의 발전 과정을 일반화시키기 위한 노력을 시도했다는 점에서 학술적인 의의가 있으며, OSS가 지배적인 위치에 오르기 위한 단계별 영향 요인, 세부적인 변화 양상 등을 확인함으로써 OSS 개발자와 관리자들에게 다양한 시사점을 제공할 것으로 기대된다.

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개방형협업 참여자의 지식창출·지식공유 구조와 혁신 성과: 오픈소스 소프트웨어 개발 커뮤니티를 중심으로 (The Impact on Structures of Knowledge Creation and Sharing on Performance of Open Collaboration: Focus on Open Source Software Development Communities)

  • 구경모;백현미;이새롬
    • 지식경영연구
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    • 제18권4호
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    • pp.287-306
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    • 2017
  • This research focus on the effect of developers' participation structure in knowledge creation and knowledge sharing activities in open source software development projects. Based on preferential selection theory, hypotheses of relationship between a developers' concentration of knowledge creation/sharing activities and collaboration performance was derived. To verify the hypotheses, we use the Gini coefficient in the commit contribution of the developers (knowledge creation) and the centralization index in the repository issue network (knowledge sharing network). Using social network analysis, this paper calculates centralization index from developers in the issue boards in each repository based on data from 837 repositories in GitHub, a leading open source software development platform. As a result, instead of all developers creating and sharing knowledge equally, only a few of developers creating and sharing knowledge intensively further improve the performance of the open collaboration. In other words, a few developers predominantly providing commit and actively responding to issues raised from other developers enhance the project performance. The results of this study are expected to be used by developers who manage open source software project as a governance strategy, which could improve the performance of open collaboration.

국가별 오픈소스 소프트웨어 개발자의 네트워크 특성이 개방형 협업 성과에 미치는 영향 : 약한 연결 이론을 중심으로 (Differences across countries in the impact of developers' collaboration characteristics on performance : Focused on weak tie theory)

  • 이새롬;백현미;이의준
    • 한국정보시스템학회지:정보시스템연구
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    • 제29권2호
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    • pp.149-171
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    • 2020
  • Purpose With the advent of the 4th Industrial Revolution, related technologies such as IoT, big data, and artificial intelligence technologies are developing through not only specific companies but also a number of unspecified developers called open collaboration. For this reason, it is important to understand the nature of the collaboration that leads to successful open collaboration. Design/methodology/approach We focused the relationship between the collaboration characteristics and collaboration performance of developers who participating in open source software development, which is a representative open collaboration. Specifically, we create the country-specific network and draw the individual developers characteristics from the network such as collaboration scope and collaboration intensity. We compare and analyze the characteristics of developers across countries and explore whether there are differences between indicators. We develop a Web crawler for GitHub, a representative OSSD development site, and collected data of developers who located at China, Japan, Korea, the United States, and Canada. Findings China showed the characteristics of cooperation suitable for the form of weak tie theory, and consistent results were not drawn from other countries. This study confirmed the necessity of exploratory research on collaboration characteristics by country considering that there are differences in open collaboration characteristics or software development environments by country.