• 한국유전체학회:학술대회논문집
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• 한국유전체학회 2005년도 The 14th Korea Genome Conference
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• pp.46-46
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• 2005

• 한국유전체학회:학술대회논문집
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• 한국유전체학회 2005년도 The 14th Korea Genome Conference
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• pp.83-83
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• 2005

• 한국유전체학회:학술대회논문집
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• 한국유전체학회 2005년도 The 14th Korea Genome Conference
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• pp.84-84
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• 2005

• 한국유전체학회:학술대회논문집
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• 한국유전체학회 2003년도 The 12th Korea Genome Conference
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• pp.49.2-49.2
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• 2003

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권3호
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• pp.295-300
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• 2004

본 연구는 도체성적을 보유하고 있는 제 31차, 32차 한우 후보종모우 집단 228두를 선발하여 DNA를 분리 정제 후 exon 2에 위치한 bovine leptin gene 염기서열 가운데 특정 염기서열을 갖는 2좌위의 primer를 합성하여 PCR 수행 후 PCR-product를 이용하여 2 종류의 제한효소 Kpn 2 I, Msp I 으로 반응시킨 후 두 가지 형태의 대립 유전자를 검정하여 경제형질과의 관련성을 분석하였다. PCR-RFLP를 통하여 얻어진 leptin gene의 유전자형 빈도는 Kpn2 I의 경우 C 유전자 빈도(0.25)보다 T 유전자 빈도(0.75)가 높게 나타났으며 Msp I으로 처리한 경우 M 유전자 빈도(0.35)보다 m 유전자 빈도(0.65)가 높게 나타났다. 통계적 분석을 통하여 각 유전자형에 대한 경제형질과의 관련성을 분석한 결과 제한효소 Kpn2 I으로 처리한 경우 도체율에서 CT 유전자형과 CC 유전자형 사이에 유의적 차이가 나타났으며(P < 0.05), Msp I의 경우 도체중 Mm 유전자형과 mm 유전자형 사이에 통계적 유의성이 나타났다(P < 0.05).

• 한국식품과학회지
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• 제35권4호
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• pp.591-597
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• 2003

국내에서 시판되는 감자와 수입 감자스낵류로부터 상용 DNA 추출 kit 및 CTAB-phenol/chloroform 추출법등을 이용하여 시료특성에 따른 genomic DNA를 추출방법을 선정하고 PCR 정성검사를 실시하였다. 생감자의 경우 STE 용액으로 과량의 전분을 제거한 다음 DNA를 추출한 경우 순도 높은 DNA를 추출할 수 있었으며 상용 추출 kit를 이용한 경우 lysis buffer와 함께 ${\alpha}-/{\beta}$-amylase를 각각 또는 혼합으로 처리하거나 추출된 DNA 용액에 마지막 단계에서 효소를 처리한 시료군에서 고순도의 DNA를 추출할 수 있었으며, 효소 처리군에서는 ${\alpha}-/{\beta}$-amylase를 혼합으로 처리한 경우에 DNA 추출수율이 높았다. 냉동가공감자의 경우 silica-coated bead법을 이용하여 효소를 처리한 경우와 CTAB-페놀 클로로포름 처리군에서 DNA가 추출되었다. 또한, 각 방법으로 추출한 DNA에 대하여 감자의 내인성 유전자인 Pss 프라이머를 사용하여 PCR을 한 결과 모든 시료에서 추출된 DNA에 대하여 내부표준유전자 증폭산물이 검출되었다. 고도의 가공처리를 거친 수입 감자스낵(fabricated potato chips)과 냉동가공 감자(frozen fried potato) 등은 계면활성제인 CTAB(cetyl trimethyl ammonium bromide)과 페놀-클로로포름 혼합액을 이용하여 추출하고 이를 template로 하여 PCR 증폭을 실시하였다. 그 결과, Fig. 8에 제시한 바대로 감자의 내인성 유전자인 Pss 특이적 산물인 216bp의 산물이 냉동감자가공품과 감자칩에서 검출되었으며 재조합유전자인 New leaf plus 유래의 증폭산물(234bp)와 New lear Y유래의 증폭산물(225bp)는 검출되지 않았다. 본 실험의 결과 시료의 가공특성과 적용한 추출 kit 및 방법에 따라 genomic DNA 순도 및 추출수율이 크게 차이가 났으며 이것이 결국 PCR 결과에 의음성 혹은 의양성 등에 영향을 미치게 될 것으로 판단된다. 또한, 동일한 DNA추출방법에 의해서도 DNA가 추출되지 않은 경우가 있어서 동일한 시료에서 2회 반복 추출하는 것이 의음성결과를 피할 수 있는 방법으로 판단된다.

• 한국균학회지
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• 제27권1호통권88호
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• pp.20-26
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• 1999

우리나라에서 자생하는 송이버섯의 구분 방법으로 제조된 OPO-2 primer을 사용할 때 송이에게만 특이적인 band가 나타났다. 그리고 제한효소 처리와 dot blot의 결과에서 이들 특이적인 DNA절편은 송이 genomic DNA에서 한개의 copy만 존재하는 것으로 나타났으며, 다른 외생균근 버섯의 DNA에서는 발견되지 않았다. 또한, 이들 DNA 절편의 염기서열을 분석한 결과 770bps로 나타났다. 이러한 유전자의 정보를 이용한 NCBI Blast 염기서열 분석에서 높은 상동성을 갖는 유전자는 발견할 수가 없었고, 단백질서열 분석에서도 거의 동일하게 나타났다. 따라서 translation통한 아미노산 서얼분석에서 이들 DNA절편의 유전자는 단백질에 관한 유전자이라기 보다는 다른 정보와 관련된 유전자로 생각되어진다.

• Animal cells and systems
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• 제5권2호
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• pp.153-156
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• 2001

A key aspect of genomic research in the “post-genome era”is to associate sequence variations with heritable phenotypes. The most common variations in the human genome are single nucleotide polymorphisms (SNPs) that occur approximately once in every 500 to 1,000 bases. Although analyzing the phenotypic outcome of these SNPs is crucial to facilitate large-scale association studies of genetic diseases, detection of SNPs from an extended number of human DNA samples is often difficult, labor-intensive and time-consuming. Recent development in SNP detection methods using DNA microarrays and mass spectrophotometry has allowed automated high throughput analyses, but such equipments are not accessible to many scientists. In this study, we demonstrate that a simple PCR-based method using primers with a mismatched base at the 3'-end provides a fast and easy tool to identify known SNPs from human genomic DNA in a regular molecular biology laboratory. Results from this PCR amplification of specific alleles (PASA) analysis efficiently and accurately typed the Q576R polymorphism of human IL4 receptor from the genomic DNAs of 29 Koreans, including 9 samples whose genotype could not be discerned by the conventiona1 PCR-SSCP (single strand conformation polymorphism) method. Given the increasing attention to disease-associated polymorphisms in genomic research, this alternative technique will be very useful to identify SNPs in large-scale population studies.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제47권1호
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• pp.25-33
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• 2019

Lactobacillus rhamnosus BFE5264, isolated from a Maasai fermented milk product ("kule naoto"), was previously shown to exhibit bile acid resistance, cholesterol assimilation, and adhesion to HT29-MTX cells in vitro. In this study, we re-annotated and analyzed the previously reported complete genome sequence of strain BFE5264. The genome consists of a circular chromosome of 3,086,152 bp and a putative plasmid, which is the largest one identified among L. rhamnosus strains. Among the 2,883 predicted protein-coding genes, those with carbohydrate-related functions were the most abundant. Genome analysis of strain BFE5264 revealed two consecutive CRISPR regions and no known virulence factors or antimicrobial resistance genes. In addition, previously known highly variable regions in the genomes of L. rhamnosus strains were also evident in strain BFE5264. Pairwise comparison with the most studied probiotic strain L. rhamnosus GG revealed strain BFE5264-specific deletions, probably due to insertion sequence-mediated recombination. The latter was associated with loss of the spaCBA pilin gene cluster and exopolysaccharide biosynthetic genes. Comparative genomic analysis of the sequences from all available L. rhamnosus strains revealed that they were clustered into two groups, being within the same species boundary based on the average nucleotide identities. Strain BFE5264 had a sister group relationship with the group that contained strain GG, but neither ANI-based hierarchical clustering nor core-gene-based phylogenetic tree construction showed a clear distinctive pattern associated with the isolation source, implying that the genotype alone cannot account for their ecological niches. These results provide insights into the probiotic mechanisms of strain BFE5264 at the genomic level.

• Journal of Veterinary Science
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• 제25권4호
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• pp.42.1-42.12
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• 2024

Importance: Bovine mastitis, predominantly associated with gram-positive Staphylococcus aureus, poses a significant threat to dairy cows, leading to a decline in milk quality and volume with substantial economic implications. Objective: This study investigated the incidence, virulence, and antibiotic resistance of S. aureus associated with mastitis in dairy cows. Methods: Fifty milk-productive cows underwent a subclinical mastitis diagnosis, and the S. aureus strains were isolated. Genomic DNA extraction, sequencing, and bioinformatic analysis were performed, supplemented by including 124 S. aureus genomes from cows with subclinical mastitis to enhance the overall analysis. Results: The results revealed a 42% prevalence of subclinical mastitis among the cows tested. Genomic analysis identified 26 sequence types (STs) for all isolates, with Mexican STs belonging primarily to CC1 and CC97. The analyzed genomes exhibited multidrug resistance to phenicol, fluoroquinolone, tetracycline, and cephalosporine, which are commonly used as the first line of treatment. Furthermore, a similar genomic virulence repertoire was observed across the genomes, encompassing the genes related to invasion, survival, pathogenesis, and iron uptake. In particular, the toxic shock syndrome toxin (tss-1) was found predominantly in the genomes isolated in this study, posing potential health risks, particularly in children. Conclusion and Relevance: These findings underscore the broad capacity for antibiotic resistance and pathogenicity by S. aureus, compromising the integrity of milk and dairy products. The study emphasizes the need to evaluate the effectiveness of antibiotics in combating S. aureus infections.