• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제17권7호
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• pp.897-902
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• 2004

PSMC5 subunit, which belongs to the 26S proteasomal subunit family, plays an important role in the antigen presentation mediated by MHC class I molecular. Full-length cDNA of porcine PSMC5 was isolated using the in silico cloning and rapid amplification of cDNA ends (RACE). Amino acid was deduced and the primary structure was analyzed. Results revealed that the porcine PSMC5 gene shares the high degree of sequence similarity with its mammalian counterparts at both the nucleotide level and the amino acid level. The RT-PCR was performed to detect the porcine PSMC5 expression pattern in seven tissues and the result showed that high express level was observed in spleen, lung, marrow and liver while the low express level was in muscle. The full-length genomic DNA sequence of porcine PSMC5 gene was amplified by PCR and the genomic structure revealed that this gene was comprised by 12 exons and 11 introns. Best alignment of the cDNA and genomic exon DNA sequence presents 4 mismatches and this information potentially bears further study in gene polymorphisms.

• Reproductive and Developmental Biology
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• 제29권1호
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• pp.9-13
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• 2005

본 연구는 젖소(Holstein종)의 mtDNA D-loop 영역 염기변이 다형성과 경제형질간의 관련성을 분석하기 위하여 수행하였다. 젖소의 mtDNA D-loop 영역에서 단일염기의 치환에 의해 총 35개의 polymorphic site가 확인되었다. 그중 주요 Polymorphic site의 염기변이 빈도는 106, 169, 16057, 16231 및 16255 지역에서 높은 빈도의 염기치환이 검출되었다. 169 지역은 A가 G로 염기치환이 일어났고 그 빈도는 0.555로 높게 나타났으며 염기치환에 의한 산유량 효과는 1259.6 kg(P<0.05)로 나타났다. 유지방과의 관계를 분석한 결과 16118 지역은 A가 G로 치환되는 빈도가 0.02로 검출되었으며, 16135 지역은 T가 C로 치환되는 빈도가 0.02로 검출되었고, 16302 지역은 G가 A로 치환되는 빈도가 0.04로 검출되었다. 이 지역들이 유지방에 미치는 변이 효과는 - 156, - 118.15 및 - 67.77 kg(P<0.1)으로 나타났다. 본 연구에서 검출한 젖소 mtDNA내 D-loop 영역의 염기서열 변이 빈도와 유량, 유지방과의 연관성 분석 결과 등은 젖소집단의 유전적 변이성 추정과 좀 더 다양한 경제형질과의 관련성 분석으로 다양한 유전적 지표인자 발굴에 도움이 될 것이며 이를 통해 분자유전학적 기법을 이용한 젖소의 육종전략을 확립하는데 기초 자료가 되는 것은 물론 분자육종학적인 연구에 기초 자료로서 유용하게 활용할 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Animal Science and Technology
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• 제46권5호
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• pp.729-734
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• 2004

본 연구는 한우의 mtDNA D-loop 영역 염기 변이가 산유량에 미치는 효과를 검증하기 위하여 수행하였다. 젖소의 mtDNA D-loop 영역에서 단일염기의 치환이 20 개의 지역에서 확인되었다. 그중 8, 169, 16042, 16051, 16057, 16093, 16119, 16122, 16209, 16255, 16302 bp 지역에서 높은 빈도의 염기치환이 검출되었다. 16119bp 지역에서는 T가 C로 치환된 빈도가 0 .138로 검출되었으며, 이 위치에서의 염기치환에 의한 산유량 효과는 -1.61 (p<0.1)로 나타났다. 16185bp 지역에서의 염기치환에 의한 산유량 효과는 3.557(p<0.05)로 나타났으며 G가 A로 치환된 빈도는 0.063로 나타났다. 본 연구에서 검출한 한우 다유계통 집단의 mtDNA내 D- loop 영역의 염기서열 변이 빈도와 유량과의 연관성분석 결과 등은 한우 집단의 유전적 변이성 추정과 좀 더 다양한 경제형질과의 관련성 분석으로 다양한 유전적 지표인자 발굴에 도움 될 것이며 이를 통해 분자유전학적 기법을 이용한 한우의 육종 전략을 확립하논데 기초 자료가 되는 것은 물론 우려나라 고유 품종인 한우의 유전자원 보존과 분자육종학적인 연구에 기초 자료로서 유용하게 활용 할 수 있을 것으로 기대된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제7권2호
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• pp.157-159
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• 1997

A 340-bp chitin synthase gene(CHS) fragment was cloned from the genomic DNA of Pyricularia oryzae using a PCR process with two primer DNAs corresponding to highly conserved sequences within fungal CHS genes. The entire DNA nucleotide sequences of the cloned DNA fragment were determined and analyzed. The amino acid sequences deduced from the nucleotide sequence of the amplified DNA fragment showed 86% homology to that of the Aspergillus fumigatus CHSE gene (9). Using this PCR-amplified DNA, about 2.3 kb of including the PCR fragment of CHSE gene was cloned from genomic library.

• Genomics & Informatics
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• 제16권4호
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• pp.27.1-27.6
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• 2018

The non-coding DNA in eukaryotic genomes encodes a language that programs chromatin accessibility, transcription factor binding, and various other activities. The objective of this study was to determine the effect of the primary DNA sequence on the epigenomic landscape across a 200-base pair of genomic units by integrating 127 publicly available ChromHMM BED files from the Roadmap Genomics project. Nucleotide frequency profiles of 127 chromatin annotations stratified by chromatin variability were analyzed and integrative hidden Markov models were built to detect Markov properties of chromatin regions. Our aim was to identify the relationship between DNA sequence units and their chromatin variability based on integrated ChromHMM datasets of different cell and tissue types.

• 한국식물병리학회지
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• 제12권4호
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• pp.389-394
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• 1996

도열병균, Magnaporthe grisea, 균주간의 유전적 유연관계를 분석하고 그들의 유전에 관한 '기본 정보를 얻고자 DNA polymorphism 분석을 실시하였다. 기주가 다른 도열병 균주들이 공시되었고 cloning에 의해 벼 도열병균 KJ201레이스 균주로부터 생성된 임의 선발 genomic clone들이 공시균주들간의 polymorphism을 밝히기 위해 사용되었던 바 그중 repectitive sequence를 보유한 repeated copy clone 하나가 선발되었다. Clone pMJ6에 의해 밝혀진 repetitive sequence는 Southern hybridization시 벼 분리균주에는 약 30개, 다른 기주 분리균에도 20∼33개의 밴드를 형성하였다. 반면 피 분리균주에는 단지 두 개의 밴드만을 나타내 분리기주가 다른 균주간에 뚜렷한 polymorphism이 존재하였으며 parsimony 분석에서도 역시 아주 먼 cluster를 형성하여 피 분리균은 다른 기주 분리균과 유전적으로 상당히 먼 것으로 추정되었다. 공시균의 genomic DNA를 HindIII로 처리했을 때 pMJ6에 의한 밴드양상은 공시균을 EcoRI으로 처리했을 때의 MGR probe의 밴드 양상과 유사하여 이 repeated copy clone이 도열병균주간의 유전적 유연관계를 분석하는데 MGR 못지않게 유용할 것으로 보인다.

• 한국양식학회지
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• 제21권3호
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• pp.139-145
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• 2008

성게의 형태학적 분류는 그것의 형질적 변이에 의하여 어려움이 많다. 본 연구에서는 말똥성게, 둥근성게, 보라성게, 분홍성게와 동해안에서 포획된 미확인 성게 4종의 형태형질 비교와 계통유연관계를 조사하였다. 성게의 생식소로부터 genomic DNA를 분리한 후, PCR 방법을 통하여 mitochondrial 12S rDNA 유전자의 염기서열을 분석하였다. 둥근성게과의 말똥성게, 둥근성게, 만두성게과의 보라성게, 주발성게과의 분홍성게의 mitochondrial 12S rDNA의 염기서열은 미확인 성게종들의 그것과 85.9-93.9%의 상동성을 나타내었다. 한편, 미확인 성게종들은 새치성게의 mitochondrial 12S rDNA의 일부 염기서열과 99.8%의 높은 상동성을 보였으며, 각 개체의 mitochondrial 12S rDNA를 통한 분자계통수 분석에 의해서 미확인 성게들은 새치성게의 형태적 변이로 판단된다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제9권4호
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• pp.404-413
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• 1999

Methanopyrus kandleri is a hyperthermophilic methanogen that represents one of the most heat-resistant organisms: the maximum growth temperature of M. kandleri is $110^{\circ}C$. A random sequence analysis of the genomic DNA of M. kandleri has been performed to obtain genomic information. More than 200 unique sequence tags were obtained and compared with the sequences in the GenBank and PIR databases. About 30% of the analyzed tags showed strong sequence similarity to previously identified genes involved in various cellular processes such as biosynthesis, transport, methanogenesis, or metabolism. When statistics relating to the frequency of codons were examined, the sequenced open reading frames showed highly biased codon usage and a high content of charged amino acids. Among the identified genes, a homologue of the catalytic subunit of carbon monoxide dehydrogenase (CODH) that reduces $CO_2$ to CO was cloned and sequenced in order to examine its detailed gene structure. The cloned gene includes consensus promoters. The amino acid sequence of the cloned gene shows a strong homology with the CODH genes from methanogenic Archaea, especially in the presumed binding sites for Fe-S centers.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제17권6호
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• pp.945-951
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• 2007

DNA-DNA hybridization has been established as an important technology in bacterial species taxonomy and phylogenetic analysis. In this study, we analyzed how the efficiency with which the genomic DNA from one species hybridizes to the genomic DNA of another species (DNA-DNA hybridization) in microarray analysis relates to the similarity between two genomes. We found that the predicted DNA-DNA hybridization based on genome sequence similarity correlated well with the experimentally determined microarray hybridization. Between closely related strains, significant numbers of highly divergent genes (>55% identity) and/or the accumulation of mismatches between conserved genes lowered the DNA-DNA hybridization signal, and this reduced the hybridization signals to below 70% for even bacterial strains with over 97% 16S rRNA gene identity. In addition, our results also suggest that a DNA-DNA hybridization signal intensity of over 40% indicates that two genomes at least shared 30% conserved genes (>60% gene identity). This study may expand our knowledge of DNA-DNA hybridization based on genomic sequence similarity comparison and further provide insights for bacterial phylogeny analyses.

• Animal cells and systems
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• 제3권1호
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• pp.69-72
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• 1999

A tandemly repeated DNA sequence was identified and characterized y the combined RAPD and FISH data from a total genomic DNA of Welsh onion (Allium fistulosum). A clone containing this repeating sequence was selected and sequenced. This repeating unit of 314 bp inserted into pAf 072 contained 54.1% adenine and thymine residues, and showed the primer sequence used, 5'-GAAACGGGTG-3', in both terminals of the sequence. Fluorescence in situ hybridization using this tandemly repeated sequence as a probe indicated that the detected sites were coincident with the major C-banded constitutive heterochromatin in the terminal regions of both arms of all 6 chromosomes.