• 제목/요약/키워드: Genetic evaluation

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스카른 잠두 광체 예측을 위한 아연-연 광상 성인의 재검토 (Re-evaluation of Genetic Environments of Zinc-lead Deposits to Predict Hidden Skarn Orebody)

  • 최선규;최부갑;안용환;김태형
    • 자원환경지질
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    • 제42권4호
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    • pp.301-314
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    • 2009
  • 태백산 광화대는 Zn Pb W Fe Cu Mo Ag Au와 같은 금속이 다량 수반되는 국내에서 가장 중요한 광화대로서 다양한 광상유형이 배태되고 있다. 이러한 광상 유형은 스카른 광상, 열수교대 광상, 중열수 맥상 광상, 칼린 광상으로 시 공간적 측면에서 반암형 광화작용과 밀접한 연관성을 보이고 있다. 태백산 광화대에서 천부 마그마-열수시스템은 고태평양 판의 북서 방향의 섭입과 관련된 불국사 화성활동(약 $110{\sim}50\;Ma$)과 연계되어 있다. 특히 국내에서 대표적인 아연-연 스카른 광상인 제2연화, 신예미, 울진 광상과 열수교대 광상인 장군 광상 그리고 중간 혼합형(스카른/열수교대 혼합형)에 속하는 제1연화 광상을 대상으로 금속비, 광물조합 및 생성환경을 비교하여, 광화유체의 진화에 따른 특성을 검토하였다. 이러한 광상 유형의 금속비는 관계 화강암체의 근원물질로부터 온도 하강에 따라 중간형 황 조건에서 저황 조건으로 변화하는 정출환경을 시사하고 있으며, 다금속 광화작용시 각 광산별 공간적 근접성에 기인한 유체의 진화단계 차이를 반영하고 있다.

차세대염기서열 및 현미경 분석을 통한 저어새의 토사물 내 먹이생물 분석 (Analyzing Vomit of Platalea minor (Black-faced Spoonbill) to Identify Food Components using Next-Generation Sequencing and Microscopy)

  • 김현정;이택견;정승원;권인기;유재원
    • 환경생물
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    • 제36권2호
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    • pp.165-173
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    • 2018
  • 저어새의 먹이생물을 파악하기 위해 2010년 6월부터 2014년 6월까지 인천 남동유수지에서 저어새의 토사물 시료를 채집하여 현미경 관찰 및 차세대염기서열(NGS) 기법으로 분석하였다. 저어새의 먹이생물은 어류, 갑각류, 다모류, 곤충류로 구성되어 있었으며, 주로 저어새는 어류와 갑각류를 섭이하는 것으로 나타났다. 최우점 먹이생물은 풀망둑(Acanthogobius hasta)이었으며, 이 외에도 길게(Macrophthalmus abbreviates), 징거미새우류(Macrobrachium sp.), 칠게(Macrophthalmus japonicus), 각시흰새우(Exopalaemon modestus), 참갯지렁이(Neanthes japonica)가 우점 먹이생물로 출현하였다. 이들 먹이생물은 번식지 인근지역인 송도갯벌과 시화호에서 흔히 발견되며, 저어새는 채식지로써 이들 지역에 대한 의존도가 높을 것으로 판단된다. 현미경과 NGS로 분석한 일부 먹이생물에서 차이를 보였는데, 이는 토사물 내 먹이생물은 저어새의 위 내에서 분해되어 현미경 분석을 통한 형태학적 분류 특징을 찾기 어려웠던 반면, NGS 분석은 유전자를 통해 분류가 가능하기 때문에 형태학적 분석의 결과보다 높은 종 다양성을 보인 결과이다.

한우 씨수소의 근교계수와 유효집단크기의 추정 (Estimation of Inbreeding Coefficients and Effective Population Size in Breeding Bulls of Hanwoo (Korean Cattle))

  • 당창권;이중재;김내수
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제53권4호
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    • pp.297-302
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    • 2011
  • 본 연구는 지금까지 보증 및 후보씨수소로 선발된 씨수소에 대하여 연도별 평균 근교 및 혈연계수를 추정하고 씨수소의 유효집단크기를 추정하여 현재 한우개량 체계의 문제를 도출하여 발전된 대안을 제시하고자 실시하였다. 분석에 이용된 자료는 한우개량사업소로부터 1983년부터 2008년까지 1,128두의 당 후대검정 씨수소자료와 한국종축개량협회로부터 3,760두에 대한 혈통자료를 받아 이용하였다. 보증 및 후보씨수소의 평균 근교계수는 0.04에서 0.97%의 분포로 추정되었으며, 평균 혈연계수는 0.10에서 6.82%의 분포로 추정되었다. 유효집단 크기는 1983년부터 2008년까지 26년간 평균 근교비율을 이용하였을 때 220두로 추정되었다. 근교수준은 최근 2년간 급격히 증가하였고, 평균 혈연계수 역시 점차 증가하는 추세이다. 유효집단크기도 최근 5년의 근교비율로 추정하였을 때 47두로 작게 추정되었다. 보증씨수소 선발시 후대검정우의 도체성적에 의한 유전능력평가 자료의 활용뿐만 아니라, 근교 및 혈연계수를 고려하고 한우의 유전적 다양성의 보존과 근교를 피하기 위하여 현행의 보증씨수소 두수를 증가시켜 유효집단크기를 높여야 될 필요성이 있다고 사료된다.

Marker Assisted Selection-Applications and Evaluation for Commercial Poultry Breeding

  • Sodhi, Simrinder Singh;Jeong, Dong Kee;Sharma, Neelesh;Lee, Jun Heon;Kim, Jeong Hyun;Kim, Sung Hoon;Kim, Sung Woo;Oh, Sung Jong
    • 한국가금학회지
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    • 제40권3호
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    • pp.223-234
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    • 2013
  • Poultry industry is abounding day by day as it engrosses less cost of investment per bird as compared to large animals. Poultry have the most copious genomic tool box amongst domestic animals for the detection of quantitative trait loci (QTL) and marker assisted selection (MAS). Use of multiple markers and least square techniques for mapping of QTL affecting quality and production traits in poultry is in vogue. Examples of genetic tests that are available to or used in industry programs are documented and classified into causative mutations (direct markers), linked markers in population-wide linkage disequilibrium (LD) with the QTL (LD markers), and linked markers in population wide equilibrium with the QTL (LE markers). Development of genome-wide SNP assays, role of 42 K, 60 K (Illumina) and 600 K (Affymetrix$^{(R)}$ Axim$^{(R)}$) SNP chip with next generation sequencing for identification of single nucleotide polymorphism (SNP) has been documented. Hybridization based, PCR based, DNA chip and sequencing based are the major segments of DNA markers which help in conducting of MAS in poultry. Economic index-marker assisted selection (EI-MAS) provides platform for simultaneous selection for production traits while giving due weightage to their marginal economic values by calculating predicted breeding value, using information on DNA markers which are normally associated with relevant QTL. Understanding of linkage equilibrium, linkage dis-equilibrium, relation between the markers and gene of interest are quite important for success of MAS. This kind of selection is the most useful tool in enhancing disease resistance by identifying candidate genes to improve the immune response. The application of marker assisted selection in selection procedures would help in improvement of economic traits in poultry.

다이어그리드 구조물-스마트 제어장치의 다목적 통합 최적화 (Multi-objective Integrated Optimization of Diagrid Structure-smart Control Device)

  • 김현수;강주원
    • 한국전산구조공학회논문집
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    • 제26권1호
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    • pp.69-77
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    • 2013
  • 초고층 건물의 구조설계시 풍하중에 의한 횡방향 변위를 적절한 값 이내로 줄이는 것이 가장 중요한 문제 중에 하나이다. 이를 위해서 추가적인 감쇠기 및 진동제어장치를 사용하는 방법이 일반적으로 고려되고 있다. 이 때 일반적으로 구조물의 특성은 변화없이 추가되는 제어장치에 대해서만 최적설계를 수행하게 된다. 본 연구에서는 구조물과 스마트 제어장치의 다목적 통합 최적화를 통하여 추가되는 스마트 제어장치로 인하여 구조물의 물량을 줄일 수 있는 가능성을 검토하였다. 이를 위하여 다이어그리드 구조시스템이 적용된 60층 초고층 건물을 예제 구조물로 선택하였고, 인공 풍하중에 대한 풍응답을 검토하였다. 스마트 제어장치로는 TMD에 MR 감쇠기를 설치한 스마트 TMD를 사용하였다. 구조물의 응답과 구조물량 및 제어장치의 용량을 동시에 줄이는 것이 필요하므로 본 연구에서는 다목적 유전자알고리즘을 적용하였다. 수치해석결과 제어성능목표를 만족시키면서 구조물의 물량과 제어장치의 용량을 적절하게 줄일 수 있는 다양한 설계 최적안을 얻을 수 있었다.

Genotoxicity Study of Bojungchisup-tang, an Oriental Herbal Decoction-in Vitro Chromosome Aberration Assay in Chinese Hamster Lung Cells and In Vivo Supravital-Staining Micronucleus Assay with Mouse Peripheral Reticulocytes

  • Ryu, Jae-Chun;Kim, Kyung-Ran;Kim, Hyun-Joo;Youn, Ji-Youn;Myung, Seung-Woon;Kim, Gyu-Hyung;Lee, Myeong-Jong;Chang, Il-Moo
    • Archives of Pharmacal Research
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    • 제21권4호
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    • pp.391-397
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    • 1998
  • The toxicity evaluation of oriental herbal drugs is of great concern at present. Bojungchisup-tang (BCST, in Korean), a decocted medicine of oriental herbal mixture, is now well used in clinic at oriental hospitals for the treatment of edema of several diseases in practice. However, the toxicity of the oriental herbal decocted medicines such as genetic toxicity is not well defined until now. In this respect, to clarify the genetic toxicity of BCST, in vitro chromosome aberration assay with Chinese hamster lung (CHL) fibroblasts and in vivo supravital micronucleus assay with mouse peripheral reticulocytes were performed in this study. In the chromosome aberration assay, we used 5,000 $\mu\textrm{g}$/ml BCST as maximum concentration because no remarkable cytotoxicity in CHL cells was observed both in the presence and absence of S-9 metabolic activation system. No statistical significant differences of chromosome aberrations were observed in CHL cells treated with 5,000, 2,500 and 1,250 $\mu\textrm{g}$/ml BCST for 6 hour both in the presence and absence of S-9 metabolic activation. However, very weak positive result (6.5-8.0% aberration) of BCST was obtained in the absence of S-9 metabolic activation system at 5,000 $\mu\textrm{g}$/ml BCST when treated for 24 hour, i.e. 1.5 normal cell cycle time. And also, in vivo clastogenicity of BCST was studied by acridine orange-supravital staining micronucleus assay using mouse peripheral reticulocytes. We used 2,000 mg/kg as the highest oral dose in this micronucleus assay because no acute oral toxicity of BCST was observed in mice. The optimum induction time of micronucleated reticulocytes (MNRETS) was determined as 36 hours after oral administration of 2,000 mg/kg BCST. No significant differences of MNRETs between control and BCST treatment groups were observed in vivo micronucieus assay. From these results, BCST revealed very weak positive result in chromosome aberration assay in vitro with CHL cells and no clastogenicity in micronucieus assay in vivo.

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체세포점수와 홀스타인 유방형질간의 관계 (Relationship of Somatic Cell Score and Udder Type Traits of Holstein Cattle)

  • 최태정;서강석;김시동;박병호;최재관;윤호백;나승환;손삼규;권오섭;조광현
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제50권3호
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    • pp.285-292
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    • 2008
  • 본 연구는 국제적인 경쟁력을 갖기 위한 젖소개량방법으로 체세포를 활용하는 방법을 모색하고자 선형심사 자료에서 유방염에 관련된 형질을 이용하여 새로운 선발지수를 개발하기 위한 단계로 국내 젖소집단의 체세포점수 분포와 변화추이를 분석해보고 연령, 분만계절, 비유단계의 환경효과를 구명하고 유방관련 형질과의 유전상관과 유전력을 구하여 기초자료로 활용하고자 본 연구를 진행하였다. 분석은 유우군 능력검정을 통하여 2000년부터 수집된 자료를 이용하였고 자료는 1산차 기록을 갖는 10,929개체의 290,144 검정일 기록과 37,723개의 유방형질 기록을 이용하였다. 분석에 이용된 유방형질은 전유방붙음성, 뒷유방높이, 뒷유방너비, 유방깊이, 앞유두길이의 형질이며 체세포 점수간의 표현형상관과 유전상관을 구하고 분산성분을 추정하였으며 개체모형을 이용하여 표현형상관과 유전상관을 분석하였다. 분석에 이용된 모형은 개체모형으로 DF-REML방식을 이용하여 추정하였고 유방깊이와 앞유두길이의 유전력은 0.23, 0.22로 체세포점수의 유전력은 0.08로 분석되었다. 유방형질과 체세포점수간의 표현형상관은 -0.03~-0.06으로 낮게 나타났으며 높은 유방붙음성을 갖을수록 낮은 체세포점수를 보였다. 체세포점수와 유방깊이, 체세포점수와 앞유두길이의 유전상관은 부의 상관을 보였다.

자색고구마를 이용한 민속주의 제조 및 생리 기능성 (Manufacture and Physiological Functionality of Korean Traditional Liquor by Using Purple-fleshed Sweet Potato)

  • 한규흥;이주찬;이가순;김재호;이종수
    • 한국식품과학회지
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    • 제34권4호
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    • pp.673-677
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    • 2002
  • 자색고구마를 이용한 새로운 고부가가치의 전통민속주를 개발하기 위하여 먼저 알콜 발효 조건을 검토하였다. 20%의 중자 자색고구마를 함유한 덧밥에 누룩을 10% 첨가하고 Saccharomyces cerevisiae를 이용하여 제조한 주모를 첨가한 후 $25^{\circ}C$에서 15일간 발효시켰을 때 가장 많은 15.4%의 에탄올이 생성되었다. 그러나 10% 자색고구마를 첨가하여 $25^{\circ}C$에서 10일 발효시켰을 때도 약 14.8%의 에탄올이 생성되어 경제적 측면에서 이 조건을 발효 최적 조건으로 하였다. 위의 발효조건으로 중자 자색고구마를 각각 5%, 10%, 20%, 50%, 75% 첨가하여 민속주를 제조한 다음 관능검사를 실시한 결과 중자 자색고구마를 10% 첨가하여 제조한 PSP-10 자색고구마 민속주가 기호도가 제일 높았고 색상도 적색${\sim}$분홍색으로 우수하여 이들 알콜 생성량과 기호도를 종합하여 PSP-10 자색고구마 발효주를 최종 자색고구마 민속주로 선정하였고, 선정된 민속주의 생리 기능성을 측정한 결과 혈전 용해활성과 전자공여능 및 tyrosinase 저해활성 등이 다른 자색고구마 발효주와 자색고구마 wine보다 우수하였다.

Comparison of agronomic characteristics of colored soybean landraces and selection of useful genetic resources

  • Choi, Yu Mi;Hyun, Do-Yoon;Lee, Sukyeung;Yoon, Hyemyeong;Lee, Myung-Chul;Oh, Sejong;Ko, Ho-Cheol;Rho, Nayoung;Hur, On-Sook
    • 한국자원식물학회:학술대회논문집
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    • 한국자원식물학회 2019년도 춘계학술대회
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    • pp.41-41
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    • 2019
  • This study was conducted to compare the agronomic traits of well-known colored native soybean germplasms. Recently, we are increasingly interested in colored as various functional ingredient of soybeans have revealed. We used a total of 396 soybean genetic resources, consisting of ten "Seonbijabikong", 110 "Jyinunikong", 276 "Seoritaekong". We sowed on 10th June 2018 at the field of Nongsaensmyeongro in Jeonju city. The average number of days to flowering, days to maturing and days to growth of colored soybean were 53, 84 and 136 days, respectively. Days to flowering of "Seonbijabikong" were ranged from 41 to 50 days with an average 48 days, those of "Jyinunikong" were ranged from 39 to 72 days with an average 52 days. Days to flowering of "Seoritaekong" were ranged from 35 to 63 days with an average 54 days, which were earlier in "Seonbijabikong", and similar with "Seoritaekong" and "Jyinunikong". Days to growth of "Seonbijabikong" were ranged from 125 to 137 days with an average 132 days, those of "Jyinunikong" were ranged from 91 to 144 days with an average 130 days and those of "Seoritaekong" were ranged from 99 to 150 days with an average 139 days. they were shortest in "Jyinunikong" and longest in "Seoritaekong". The distribution of maturity period was from 6th September to 5th November. The maturity period was as early as September and yields were more than 100g per plant, which were all three accessions(IT161905, IT162602, IT269617), "Seoritaekong". They would be useful as breeding materials of colored soybean with early maturity. The 100-seed weight is important characteristics that distinguish the usage of soybeans. "Seoritaekong" and "Seonbijabikong" have large seed characteristics for cooking with rice, "Jyinunikong" has small seed it for medicine. The average 100 seed weight was 35.0g of "Seonbijabikong", 30.8g of "Seoritaekong" and 13.4g of "Jyinunikong", respectively. As for seed coat lust, the ratio of dull was as high as 100% of "Seonbijabikong" and 91% of "Seoritaekong", that of shiny was as high as 77% of "Jyinunikong". Cotyledon color of "Seonbijabikong" were all yellow, that of "Seoritaekong" were 94% of green. The other name of "Seoritaekong" is "Sokcheong", which means that cotyledon color is green. Therefore if cotyledon color of Seoritaekong is not green, it might be misidentified. In the future, we will increase the utilization through evaluation of functional component such as isoflavones and anthocyanins of colored soybean landraces.

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The first Korean case with Floating-Harbor syndrome with a novel SRCAP mutation diagnosed by targeted exome sequencing

  • Choi, Eun Mi;Lee, Dong Hyun;Kang, Seok Jin;Shim, Ye Jee;Kim, Heung Sik;Kim, Joon Sik;Jeong, Jong In;Ha, Jung-Sook;Jang, Ja-Hyun
    • Clinical and Experimental Pediatrics
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    • 제61권12호
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    • pp.403-406
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    • 2018
  • Floating-Harbor syndrome is a rare autosomal dominant genetic disorder associated with SRCAP mutation. To date, approximately 50 cases of Floating-Harbor syndrome have been reported, but none have been reported in Korea yet. Floating-Harbor syndrome is characterized by delayed bony maturation, unique facial features, and language impairment. Here, we present a 6-year-old boy with a triangular face, deep-set protruding eyes, low-set ears, wide nose with narrow nasal bridge, short philtrum, long thin lips, clinodactyly, and developmental delay that was transferred to our pediatric clinic for genetic evaluation. He showed progressive delay in the area of language and cognition-adaption as he grew. He had previously undergone chromosomal analysis at another hospital due to his language delay, but his karyotype was normal. We performed targeted exome sequencing, considering several syndromes with similar phenotypes. Library preparation was performed with the TruSight One sequencing panel, which enriches the sample for about 4,800 genes of clinical relevance. Massively parallel sequencing was conducted with NextSeq. An identified variant was confirmed by Sanger sequencing of the patient and his parents. Finally, the patient was confirmed as the first Korean case of Floating-Harbor syndrome with a novel SRCAP (Snf2 related CREBBP activator protein) mutation (c.7732dupT, p.Ser2578Phefs*6), resulting in early termination of the protein; it was not found in either of his healthy parents or a control population. To our knowledge, this is the first study to describe a boy with Floating-Harbor syndrome with a novel SRCAP mutation diagnosed by targeted exome sequencing in Korea.