• Journal of Microbiology
• /
• 제44권6호
• /
• pp.649-654
• /
• 2006

A standard type II polyketide synthase (PKS) gene cluster was isolated while attempting to clone the biosynthetic gene for lipstatin from Streptomyces toxytricini NRRL 15,443. This result was observed using a Southern blot of a PstI-digested S. toxytricini chromosomal DNA library with a 444 bp amplified probe of a ketosynthase (KS) gene fragment. Four open reading frames [thioesterase (TE), $\beta$-ketoacyl systhase (KAS), chain length factor (CLF), and acyl carrier protein (ACP)], were identified through the nucleotide sequence determination and analysis of a 4.5 kb cloned DNA fragment. In order to confirm the involvement of a cloned gene in lipstatin biosynthesis, a gene disruption experiment for the KS gene was performed. However, the resulting gene disruptant did not show any significant difference in lipstatin production when compared to wild-type S. toxytricini. This result suggests that lipstatin may not be synthesized by a type II PKS.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제31권2호
• /
• pp.117-123
• /
• 2003

공시균인 Saccha. erythraea IFO 13426으로부터 VB-C에 의한 erythromycin 생산 유도능이 시사된 바 있으므로, 공시균으로부터 VB-C와 특이적으로 결합하는 autoregulators 및 receptor gene을 탐색하여, EM의 생산 조절 기구를 규명하고자 하였다. 탐색의 일환으로 기존의 Streptomyce속 receptor gene의 공통배열을 primer로 이용하여 PCR을 수행하였고, 예상 크기인 120bp의 단편을 pUC19 vector에 ligation하여 E. coli DH5$\alpha$에 형질전환한 후, plasmid를 분리하여 BamHI을 처리하여 2% agarose gel에 전기영동한 결과, pUC19 (2.7kbp)외에 receptor gene PCR 산물이 120bp위치에 존재하는 것을 확인하였다. 형질전환된 plasmid로 PCR을 수행하여 염기배열을 결정한 후 해석한 결과 Streptomyces sp. 유래의 receptor gene과 유사함을 확인하였다. 따라서 Saccha. erythraea IFO 13426에는 항생물질인 erythromycin의 생산에 관여한다고 추정되는 autoregulator receptor protein을 코드하는 유전자가 존재할 것으로 예상되어 120 bp의 PCR product를 probe로 이용하여 Southern 및 colony hybridization을 통하여 3.2 kbp의 SacI 단편을 가지는 plasmid(pESG)를 제작하였고, 이를 sequencing한 결과, autoregulator receptor protein 유전자가 KpnI과 SalI을 포함하는 영역에 존재한다는 것을 알 수 있었으며 이를 EsgR이라 명명하였다. 유전자 해석 결과, EsgR은 205개의 아미노산으로 구성되어 있으며, 이는 기존의 autoregulator receptor proteins과 비교시 30%이상의 상동성을 나타내었으며, 기존의 autoregulator receptor prorein들이 하부의 항생물질 생합성 유전자들의 제어를 위해 보유하고 있는 helix-turn-helix DNA binding motif를 EsgR이 보유하고 있는 점에서, EsgR은 Saccha. erythraea가 보유하는 autoregulator receptor protein을 code하는 유전자로 추정되었다.

• 대한수의학회지
• /
• 제43권3호
• /
• pp.477-483
• /
• 2003

Molecular diagnostic techniques have been used to identify porcine epidemic diarrhea virus (PEDV), a causative agent of acute enteritis in swine, but they were difficult to be petformed and time-consuming. To detect PEDV in a rapid and easy way, we developed biotinylated cDNA probe for N gene encoding the nucleoproteins of PEDV. Formalin-fixed and paraffin-embedded tissues from 24 naturally infected pigs were used for the experiment. The ISH produced a positive reaction in all cases. When intestinal tissues were hybridized with PEDV probe, strong signals were seen in the villus enterocytes of the jejunum and ileum. Hybridization signals were also found in the duodenum from one pig and in colon from dnother. In conclusion, ISH with a biotinylated cDNA probe was provided to be a useful diagnostic method for detecting PEDV effectively in routinely processed tissue sections.

• 한국작물학회지
• /
• 제38권3호
• /
• pp.275-282
• /
• 1993

본 연구는 한국 옥수수의 $\alpha$-amylase의 유전자 클로닝을 주된 목표로 하여 수행되었다. 이를 위하여 여러 식물체의 $\alpha$-amylase 염기서열로 부터 잘 보존된 부분을 참고로 oligonucleotlde probe 및 PCR primer를 설계, 합성하고, 옥수수의 유묘로부터 전체 RNA를 분리하여 northern blot analysis를 통하여 확인한 다음, 이로부터 첫 번째 가닥 cDNA를 만든 후, 여기서 얻은 RNA : DNA hybrid를 주형으로 한 polymerase chain reaction을 통하여 길이 가 약 500bp되 는 PCR 산물을 얻었다. 이를 클로닝하기 위해 pUC19을 클로닝 백터로 사용하여 재조합 플라스미드인 $\ulcorner$pZM$\alpha$'$\lrcorner$를 만들었다. 합성 probe를 이용, Southern blot analysis한 결과, $\ulcorner$pZM$\alpha$'$\lrcorner$가 옥수수 mRNA로 부터 증폭된 DNA의 일부분을 갖고 있음을 확인하였으며, 그 길이는 PCR 산물과 같은 500bp가량 되는 것으로 나타났다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제15권2호
• /
• pp.116-121
• /
• 1987

Enterobacter agglomerans의 질소고정유전자에 대한 연구가 보고된 바가 없으므로 이 질소고정유전자의 특성을 연구할 목적으로 국내 논의 흙에서 분리한 질소고정활성을 갖는 E. agglomerans NFB-264의 질소고정유전자를 cloning 하였다. E. agglomerans NFB-264의 total DNA를 Hind III로 절단하여 부분적으로 pBR 322에 연결하여 Escherichia coli K060에 도입한 후 negative selection 및 colony hybridization 방법으로 형질전환미생물을 선별하였다. 형질전환미생물로부터 recombinant plasmid인 pNEL10과 pNES20을 얻었다. pNEL 10은 nif Q-X probe DNA와 hybridization 되는 12Mdal의 삽입외래 DNA를 함유하였으며, pNES20은 nif NE와 nif YK probe DNA와 hybridization 되는 5 Mdal의 외래 DNA가 삽입되어 있었다.

• 한국미생물·생명공학회지
• /
• 제26권6호
• /
• pp.562-565
• /
• 1998

Nisin-producing and nisin resistant L. lactis subsp. lactis ATCC7962 harbored six plasmids. To find a plasmid containing a nisin resistant gene, these plasmids were transformed into L lactis LM0230 of plasmid-free and nisin sensitive strain. After screening on nisin selection media containing nisin (150 $\mu\textrm{g}$/$m\ell$), several nisin resistant transformants were obtained and the level of nisin resistance was very similar to that of wild type L lactis subsp. lactis ATCC7962. A 26.5 kb plasmid, named as pCS100, which confers resistance to nisin, was identified in transformants. The pCS100 was digested with EcoRI and Southern blot hybridization was done with nisI probe to localize the nisin resistant gene. A 4 kb EcoRI fragment showed a strong positive signal, and it was cloned into pBluescript for the potential selection marker.

• Plant Resources
• /
• 제7권2호
• /
• pp.116-122
• /
• 2004

We tried to isolating a noble gene from cucumber library with heterogeneouse RNA probe labeled DIG of Arabidopsis PIN3 gene. Two kinds of RNA probes which had no significant homology each others, were designed from the 5'- and 3'- prime nucleotides of the AtPIN3 gene. In the first and second screenings of the cDNA library of cucumber with the probes, two positive clones were identified with specific duplicate signals. However, we isolated cDNA fragments homologous with putative nucleases from Nicotiana, Arabidopsis, Cordialis, and Oryza sativa, there was no significant homology with any other PIN family genes.

• Journal of Microbiology
• /
• 제37권4호
• /
• pp.218-223
• /
• 1999

Legionella pneumophila, the cause of Legionnaires disease, is able to survive intracellularly in eukaryotic cells such as monocytes, macrophages, and protozoan organisms. During protein biosynthesis, the rph gene encodes ribonuclease (RNase) PH which functions as a phosphorolytic nuclease that removes nucleotides following the CCA terminus of tRNA and as a nucleotidyl-transferase which adds nucleotides to the ends of RNA molecules by usingnucelside diohosphates as substrates. In this sutdy, the rph gene was screened in pUC19 library employing a DNA probe which was constructed from PCR based on a consensus pattern of multiple alignment of RNas PH. The encoded protein consists of 235 amino acid residues with a calculated molecular weight of 26,112 Daltons. The RNase PH signature domains are completely conserved.

• 한국어병학회지
• /
• 제7권2호
• /
• pp.95-103
• /
• 1994

미꾸라지의 성장호르몬 유전자를 분리하기 위하여 미꾸라지의 cDNA library를 준비하였다. total RNA는 미꾸라지의 뇌하수체로부터 얻었으며 oligo (dT)-coupled magnetic bead를 이용하여 total RNA로부터 mRNA를 순수분리하였다. 정제된 mRNA는 cDNA를 합성하기 위한 기질로 사용하였으며, 합성된 cDNA는 EcoRV/Smal으로 절단된 pBlueKS+ plasmid vector에 삽입하였다. 모든 ligation 반응용액을 E. coli, JM109 균주에 형질전환을 유도하였으며 형질전환 효율을 최대화시키기 위하여 전기천공법을 이용하였다. 얻어진 모든 형질전환주들을 DIG로 표지된 Tilapia의 성장호르몬 유전자를 이용하여 고밀도 colony hybridization 에 의하여 검색하였다. 양성반응을 나타내는 10개의 형질전환주를 분리하여 2차 colony hybridization 및 southern hybridization에 의하여 성장호르몬 유전자가 cloning 되었음을 확인하였다. 10 개의 형질전환주 중 하나인 pCGH1을 probe로 사용한 Tilapia 성장 호르몬 유전자의 염기서열과 비교분석하였으며 53.2%의 유사성을 나타냄을 확인하였다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
• /
• 제50권3호
• /
• pp.334-342
• /
• 2001

배 경 : rpoB 유전자 돌연변이는 rifampicin 내성결핵의 96-98%에서 발견된다. 실험실 검사에서는 rpoB 유전자가 다제내성결핵의 지표로서 빠른 진단에 사용될 수 있음이 보고되었으나 임상적 적용에 대해서는 아직 국내 및 외국에도 보고가 없는 실정이다. 연구 방법 : 서울중앙병원에서 1998 년 6월부터 2000년 7월 까지 LiPA법을 이용하여 rpoB유전자 돌연변이분석이 시행된 33명 환자에서 후향적으로 의무기록을 조사하였다. 환자의 임상상, 약제 감수성, 그리고 LiPA 검사 결과를 비교 분석하였다. 전통적인 약제감수성 결과를 표준으로 하여 LiPA 검사 결과와 비교하였으며 양 검사결과가 불일치하는 경우에 rpoB 유전자 염기서열분석을 시행하였다. 연구결과 : 평균 나이는 $42{\pm}19$세이고, 남녀비는 24 : 9 이었다. rpoB 유전자 검사 요청 시간으로부터 결과 보고까지 평균 시간은 $5.2{\pm}2.6$일 이었다. rpoB 유전자 검사 결과는 약제 감수성 결과보다 평균시간은 $56{\pm}35$일 빠르게 보고되었다. 감수성 결과가 얄려진 33명 중 28(85%)명에서는 유전자 검사와 동일한 결과를 보였고, 5명은(15%) 반대 결과를 보였다. 반대 결과를 보인 5명에서 염기서열 분석을 하였을 때, 3예에서 약물 감수성 결과가 오류였을 가능성이 있고, 나머지 2예는 LiPA 검사결과가 오류였을 가능성이 있다. 치료 약 선택에 도움을 준 경우가 28예(85%) 있었다. 결 론 : LiPA 방법을 이용한 rpoB 유전자 검사는 임상에서도 다수에서 다제내성을 신속하고 정확하게 진단할 수 있었고, 치료약 선택에 도움을 주었다. 하지만 현재의 시점에서 LiPA 방법이 기존의 도말 및 배양검사를 완전히 대치할 수는 없고 임상상, 도말 및 배양검사결과와 종합하여 보조적으로 사용하면 도움이 될 것으로 사료되었다.