• BMB Reports
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• 제47권6호
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• pp.330-335
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• 2014

Turnip yellow mosaic virus (TYMV) is a spherical plant virus that has a single 6.3 kb positive strand RNA as a genome. In this study, RNA1 sequence of Flock house virus (FHV) was inserted into the TYMV genome to test whether TYMV can accommodate and express another viral entity. In the resulting construct, designated TY-FHV, the FHV RNA1 sequence was expressed as a TYMV subgenomic RNA. Northern analysis of the Nicotiana benthamiana leaves agroinfiltrated with the TY-FHV showed that both genomic and subgenomic FHV RNAs were abundantly produced. This indicates that the FHV RNA1 sequence was correctly expressed and translated to produce a functional FHV replicase. Although these FHV RNAs were not encapsidated, the FHV RNA having a TYMV CP sequence at the 3'-end was efficiently encapsidated. When an eGFP gene was inserted into the B2 ORF of the FHV sequence, a fusion protein of B2-eGFP was produced as expected.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제29권11호
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• pp.1790-1798
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• 2019

Flock House virus (FHV), an insect RNA virus, has a bipartite genome. FHV RNA1 can be packaged in turnip yellow mosaic virus (TYMV) as long as the FHV RNA has a TYMV sequence at the 3'-end. The encapsidated FHV RNA1 has four additional nucleotides at the 5'-end. We investigated whether the recombinant FHV RNA1 could replicate in mammalian cells. To address this issue, we prepared in vitro transcribed FHV RNAs that mimicked the recombinant FHV RNA1, and introduced them into baby hamster kidney (BHK) cells. The result showed that the recombinant FHV RNA1 was capable of replication. An eGFP gene inserted into the frame with B2 gene of the FHV RNA1 was also successfully expressed. We also observed that eGFP expression at the protein level was strong at 28℃ but weak at 30℃. Sequence analysis showed that the 3'-ends of the RNA1 and RNA3 replication products were identical to those of the authentic FHV RNAs. This indicates that FHV replicase correctly recognized an internally-located replication signal. In contrast, the 5'-ends of recombinant FHV RNA1 frequently had deletions, indicating random initiation of (+)-strand synthesis.

• 한국임상수의학회지
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• 제23권2호
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• pp.105-110
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• 2006

2003년 5월부터 2005년 11월까지 산란계의 전염성기관지염(IB) 예찰 프로그램에 등록한 농장에 대한 역학조사에서 얻은 자료에 근거하여 IB 감염을 확인할 수 있는 모형을 구축하기 위하여 16개의 입력 뉴런, 3 개의 은닉 뉴런, 1개의 출력 뉴런으로 구성된 3층 인공신경망 모형을 개발하였다. 총 86개의 계군 중 77개는 훈련자료에 할당하고 나머지 9개는 검정자료로 무작위로 할당하여 back-propagation algorithm으로 신경망 훈련을 수행하였다. 입력 뉴런은 산란계군의 특성, 사양관리, 계군의 크기 등 16개의 역학조사 항목을 사용하였으며 출력 뉴런은 IB 감염의 유무로 투입하였다. 훈련된 신경망을 검정자료에 적용하여 민감도와 특이도를 산출하였으며 진단의 정확도는 receiver operating characteristic (ROC) 곡선을 사용하여 곡선 밑의 면적(AUC)을 계산하여 평가하였다. 입력 뉴런의 특성과 훈련모수를 변경하면서 다양한 신경망을 구성하였으며 최적의 신경망으로 확인된 IBV_D1 신경망의 경우 훈련자료에 대하여 77건 중 73건을 올바르게 판단하여 94.8%의 정확도를 보였다. 민감도와 특이도는 각각 95.5% (42/44, 95% CI, 84.5-99.4)와 93.9% (31/33, 95% CI, 79.8-99.3)로 나타났다. 훈련된 신경망을 검정자료에 적용하여 ROC 곡선을 작성한 결과 AUC는 전체의 94.8% (SE=0.086, 95% CI 0.592-0.961)를 차지하는 우수한 모형으로 나타났다. ROC 곡선에서 기준을 0.7149 이상으로 판단할 때 진단의 정확도가 88.9%로 가장 높았으며 100%의 민감도를 달성하였다. 이러한 민감도와 특이도에서 44%의 IB 유병률을 가정할 때 IBV_D1 모형은 80%의 양성예측도와 100%의 음성예측도를 보였다. 이러한 소견에 근거할 때 본 연구에서 구축한 신경망 모형은 산란계군에서 IB의 존재를 확인하기 위한 목적에 성공적으로 응용될 수 있을 것으로 판단되었다.