• BMB Reports
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• 제37권2호
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• pp.148-152
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• 2004

A new molecular-baiting method was studied by retrieving targeted gene fragments from an oligonucleotide microarray bait after hybridization. To make the microarray bait, 70-mer oligonucleotides that were designed to specifically represent the SSA1 gene of Saccharomyces cerevisiae were printed on the slide. Samples of the Saccharomyces cerevisiae mRNA were extracted and labeled by the RD-PCR (Restriction Display PCR) method using the Cy5-labelled universal primer, then applied for hybridization. The sample fragments that hybridized to the microarray were stripped, and the eluted cDNAs were retrieved and cloned into the pMD 18-T vector for transformation, plasmid preparation, and sequencing. BLAST searching of the GenBank database identified the retrieved fragments as being identical to the SSA1 gene (from 2057-2541bp). A new method is being established that can retrieve the sample fragments using an oligo-microarray-bait.

• 식물병연구
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• 제23권1호
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• pp.65-68
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• 2017

2단계의 nested PCR 방법을 이용하여 보리 및 벼 재배 토양에서 Barley yellow mosaic virus (BaYMV)를 검출하였다. BaYMV 분절 RNA1 외피단백질 영역의 특이 프라이머로 1차 PCR을 하고 내부서열로부터 작성된 프라이머로 2차 PCR을 실시하여 확보된 372 bp의 PCR 산물이 BaYMV 외피단백질 영역과 98%-100% 염기서열이 일치하여 BaYMV를 검출할 수 있음을 확인하였다. 이 결과는 토양으로부터 BaYMV 검출에 관한 최초의 보고이며 토양전염성 바이러스의 정확한 진단과 예찰에 적용될 수 있을 것으로 생각한다.

• 한국임상수의학회지
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• 제14권2호
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• pp.177-184
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• 1997

Canine parvovirus(CPV) is a very highly contagious virus causing hemorrhagic enteritis and myocarditis mainly in young dogs. The diseases were first recognized in 1978, and then spread throughout the world by 1980. The main source of the infection seems to be the feces of infected dogs, at the same time feces are suitable materials for detection of virus in the enteric form exactly for the same reasons. Recently, a new technique of in vitro DNA amplification, Known as the polymerase chain reaction (PCR), has been widely applied to clinical viral diagnosis because of its sensitivity, specificity and rapidity. In this research, we attemped to set up the PCR for the detection of CPV in fecal samples and conformed the canine parvpviral enteritis by PCR. To increase the sensitivity and specificity of a PCR, the nested PCR (two-step PCR) was performed. We also surveyed the contamination status of CPV in the research using fecal specimen was highly sensitive and specific. Of the 100 fecal specimens suspected canine parvoviral enteritis, 45 fecal specimens were positive in HA test, 64 fecal specimens were positive in the first PCR, and 87 fecal specimens were positive in the second PCR. CPV contamination status of animal clinics and breeding centers was serious, wo hygienic management of environment in which dogs are reared is required. The nested PCR described here seems to be a rapid, sensitive and specific for the detection of canine parvovirus.

• Biotechnology and Bioprocess Engineering:BBE
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• 제5권5호
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• pp.327-331
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• 2000

The application of LFH-PCR(long flanking homology region-PCR) for Bacillus subtilis gene disruption is presented. Without plasmid- or phage-vector construction, only by PCR, based on a DNA sequence retrieved from B. subtilis genome data base, kanamycin resistance gene was inserted into two genes of B. subtilis involved in sporulation, spoIIIE and spoIIIG. The effect of gene disruption on subtilisin expression was examined and the sporulation frequency of two mutants was compared to that of the host strain. For this purpose, only 2 or 3 rounds of PCR were required with 4 primers. We first demonstrated the possibility of LFH-PCR for rapid gene disruption to characterize an unknown functional gene of B. subtilis or other prokaryote in the genomic era.

• 식물병연구
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• 제18권4호
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• pp.298-303
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• 2012

토마토황화잎말림바이러스(Tomato yellow leaf curl virus; TYLCV)는 온실가루이(Bemisia tabaci)에 의해서 영속전염되는 DNA 바이러스로 토마토에 발생하는 가장 중요한 병 중 하나이다. 우리나라에서 TYLCV는 2008년 최초로 보고된 이래 급속하게 전국적으로 확산되어 토마토 생산에 심각한 경제적 손실을 일으키고 있다. 토마토 생산과정에서 TYLCV의 확산을 최소화하기 위해 바이러스의 조기진단이 매우 중요하다. 본 연구에서는 바이러스의 신속진단을 위해 초고속 정밀 PCR 진단기술을 개발하였으며, 이는 마이크로칩을 기반으로 하여 $5{\mu}l$의 시료만으로 PCR을 수행할 수 있도록 고안된, 휴대가 가능할 정도의 소형 GenSpector$^{TM}$ TMC-1000 PCR 기기를 이용한 새로운 기술이다. 본 연구에서 개발된 초고속 정량 PCR을 이용하였을 때 TYLCV 진단을 위한 30 cycle의 PCR과 용융점분석(melting curve analysis)에 15분 이내의 시간이 소요되었으며, GenSpector$^{TM}$ TMC-1000 PCR을 이용한 초고속 정밀진단 기술은 향후 TYLCV의 대발생을 모니터링하는데 유용하게 사용될 수 있을 것으로 생각한다. 본 연구결과는 GenSpector$^{TM}$ TMC-1000 PCR기반의 초고속정량 PCR 기술을 이용한 식물 바이러스의 진단기술 개발로는 최초의 보고이다.

• 미생물학회지
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• 제47권1호
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• pp.87-91
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• 2011

본 연구에서는 분말 식품에서 real-time PCR과 배지배양법을 사용하여 Cronobacter spp.를 검출하는 방법이 비교검증 되었다. 조제분유, 이유식, 미숫가루에 Cronobacter를 인위적으로 접종시킨 후, 식품공전의 방법에 따라 멸균증류수와 Enterobacteriaceae enrichment (EE) broth에서 각각 1, 2차 증균배양 하였으며, Druggan-Forsythe-Iversen에 선택배양하여 Cronobacter를 검출하였다. Real-time PCR은 멸균증류수 및 EE broth에서 1 ml을 채취한 후 DNA를 추출하여 시행하였다. 실험결과 모든 식품에서 배지배양법과 real-time PCR간에는 통계학적 유의차가 존재하지 않았다(p>0.05). 한편 모든 실험회차에서 real-time PCR 수행 시, 1차 증균액인 멸균증류수에서의 양성검출율이 2차 증균액인 EE broth에서보다 높았는데, 이는 2차 증균액 내의 구성성분 중 일부분이 real-time PCR의 반응을 저해했기 때문으로 사료된다. 연구결과를 종합해 볼 때, 1차 증균 후, real-time PCR을 통해 Cronobacter를 검출하는 방법은 정확한 민감도를 보이면서도 시간과 노동력을 절감할 수 있는 효과적인 방법으로 사료된다.

• 환경생물
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• 제22권2호
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• pp.329-335
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• 2004

To develop a biomarker for the monitoring of the contamination of estrogenic endocrine disrupters in the aquatic environment, reverse transcription -polymerase chain reaction (RT-PCR) analysis of vitellogenin (Vg) mRNA expression was optimized in Bombina orientalis, a Korean red bellied toad species. Based on partial cDNA sequences of both Vg and beta actin genes of B. orientalis, specific primers for RT-PCR of Vg and beta actin mRNAs were developed. Semiquantitative RT-PCR of the Vg mRNA in liver was optimized using a beta actin mRNA as an internal control in both sexes. In female RT-PCR using $1\;\mu{g}$ of the liver cDNA resulted in a linear increment in the PCR product of Vg from 18 to 34 cycles of amplification. In male, on the contrary, the RT- PCR product was first detected at 30 cycles of amplification and a linear increment was observed from 30 to 40 cycles of amplification, suggesting that male B. orientalis expresses minute amount of Vg mRNA which is a $2^{-12}$ equivalent of female. In conclusion, the optimized protocol for semiquantitative RT-PCR analysis of Vg mRNA level in B. orientalis male liver will be useful for the environmental monitoring the xenoestrogen contamination in the freshwater environment in Korea.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제20권12호
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• pp.1887-1894
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• 2007

In this paper, a rapid and reliable gene-targeted species-specific polymerase chain reaction (PCR) technique based on a two-step process was established to identify bifidobacteria in dairy products. The first step was the PCR assay for genus Bifidobacterium with genus specific primers followed by the second step, which identified the species level with species-specific primer mixtures. Ten specific primer pairs, designed from nucleotide sequences of the 16-23S rRNA region, were developed for the Bifidobacterium species including B. angulatum, B. animalis, B. bifidum, B. breve, B. catenulatum, B. infantis, B. longum, B. minimum, B. subtile, and B. thermophilum. This technique was applied to the identification of Bifidobacterium species isolated from 6 probiotic products, and four different Bifidobacterium spp. (B. bifidum, B. longum, B. infantis, and B. breve) were identified. The findings indicated that the 16S-23S rDNA gene-targeted species-specific PCR technique is a simple and reliable method for identification of bifidobacteria in probiotic products. PCR combined with Denaturing Gradient Gel Electrophoresis (DGGE) for identification of the bifidobacteria was also evaluated and compared with the gene-targeted species-specific technique. Results indicated that for fermented milk products consistency was found for both species-specific PCR and PCR-DGGE in detecting species. However, in some lyophilized products, the bands corresponding to these species were not visualized in the DGGE profile but the specific PCR gave a positive result.

• 생명과학회지
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• 제27권1호
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• pp.67-71
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• 2017

부저병이란 Paenibacillus larvae감염에 의하여 꿀벌 유충의 괴사를 유도하는 질병이다. 우리나라에서는 2008년 봄, 국내에 처음으로 대량 발병 사례가 보고되었으며, 지속적인 2차 피해로 큰 후유증을 앓고 있다. 본 연구에서는 부저병을 효율적으로 관리할수 있는 진단방법을 조사하고자 하였다. 따라서 부저병의 원인균인 P. larvae에서 특이적으로 발현되고 있는 유전자들을 동정하고자 하였으며, 이 유전자들은 주로 부저병균의 독성을 유발하는 것으로 알려진 Toxin1, Toxin2A & 2B, SplA, CBP49, SevA&SevB 들이다. 이들은 1차 PCR 에서는 검출하기 어려웠지만, 2차 nested PCR방법을 이용하여 검출이 용이함을 알 수 있었다. 한편 여러가지 식물 추출물을 혼합한 배지에서 부저병균을 배양하였을 때, 부저병균의 성장저해와 일치하게 우리가 검증한 유전자들의 발현이 감소하는 것을 알 수 있었다. 이러한 결과들은 부저병 원인균의 특이 유전자들은 향후 PCR진단마커로서 활용 가능성이 있을 것으로 사료된다.

• 식물병연구
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• 제11권1호
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• pp.48-55
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• 2005

Cylindrocarpon destructans는 인삼 및 수목에 뿌리썩음병을 일으키는 토양 전염병 식물병원균이다. 신속 정확한 검출 가능성을 알아보기 위하여 종 특이적인 primer와 nested PCR 기법을 활용하여 인삼 유묘로부터 뿌리썩음 병균 C. destructans로 2차 PCR증폭을 실시한 결과 병원성이 확인된 C.destructans에서만 400bp의 종특이적 증폭산물을 얻을 수 있었다. 종 특이성 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 인삼뿌리썩음병균 DNA에 대한 반응 민감도는 최저 약 1fg으로 나타나 단 몇 개의 포자만 존재해도 검출이 가능하였다. 또한, nested PCR 기법은 실제 이병토양에 심었을 경우에도 C.destructans 에 감염된 인삼 유묘로부터만 정확하게 병원균을 검출해 내었다. 종특이적 primer 와 nested PCR 기법을 이용한 본 연구 결과는 실제 재배농가에서 인삼 경작시 뿌리썩음병 진단에 매우 유용하게 활용될 수 있을 것으로 판단된다.