• 제목/요약/키워드: Fine-Tuning

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Mutation Analysis of Synthetic DNA Barcodes in a Fission Yeast Gene Deletion Library by Sanger Sequencing

  • Lee, Minho;Choi, Shin-Jung;Han, Sangjo;Nam, Miyoung;Kim, Dongsup;Kim, Dong-Uk;Hoe, Kwang-Lae
    • Genomics & Informatics
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    • 제16권2호
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    • pp.22-29
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    • 2018
  • Incorporation of unique barcodes into fission yeast gene deletion collections has enabled the identification of gene functions by growth fitness analysis. For fine tuning, it is important to examine barcode sequences, because mutations arise during strain construction. Out of 8,708 barcodes (4,354 strains) covering 88.5% of all 4,919 open reading frames, 7,734 barcodes (88.8%) were validated as high-fidelity to be inserted at the correct positions by Sanger sequencing. Sequence examination of the 7,734 high-fidelity barcodes revealed that 1,039 barcodes (13.4%) deviated from the original design. In total, 1,284 mutations (mutation rate of 16.6%) exist within the 1,039 mutated barcodes, which is comparable to budding yeast (18%). When the type of mutation was considered, substitutions accounted for 845 mutations (10.9%), deletions accounted for 319 mutations (4.1%), and insertions accounted for 121 mutations (1.6%). Peculiarly, the frequency of substitutions (67.6%) was unexpectedly higher than in budding yeast (~28%) and well above the predicted error of Sanger sequencing (~2%), which might have arisen during the solid-phase oligonucleotide synthesis and PCR amplification of the barcodes during strain construction. When the mutation rate was analyzed by position within 20-mer barcodes using the 1,284 mutations from the 7,734 sequenced barcodes, there was no significant difference between up-tags and down-tags at a given position. The mutation frequency at a given position was similar at most positions, ranging from 0.4% (32/7,734) to 1.1% (82/7,734), except at position 1, which was highest (3.1%), as in budding yeast. Together, well-defined barcode sequences, combined with the next-generation sequencing platform, promise to make the fission yeast gene deletion library a powerful tool for understanding gene function.

깊이 및 컬러 영상을 이용한 실내환경의 3D 복원 (3D Reconstruction of an Indoor Scene Using Depth and Color Images)

  • 김세환;우운택
    • 한국HCI학회논문지
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    • 제1권1호
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    • pp.53-61
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    • 2006
  • 본 논문에서는 다시점 카메라를 이용하여 실내환경의 3D 복원을 위한 새로운 방법을 제안한다. 지금까지 다양한 양안차 추정 알고리즘이 제안되었으며, 이는 활용 가능한 깊이 영상이 다양함을 의미한다. 따라서 본 논문에서는 일반화된 다시점 카메라로 여러 방향에서 획득된 3D 점군을 이용한 실내환경 복원 방법을 다룬다. 첫 번째, 3D 점군들의 시간적 특성을 기반으로 변화량이 큰 3D 점들을 제거하고, 공간적 특성을 기반으로 주변의 3D 점을 참조하여 빈 영역을 채움으로써 깊이 영상 정제 과정을 수행한다. 두 번째, 연속된 두 시점에서의 3D 점군을 동일한 영상평면으로 투영하고 수정된 KLT (Kanade-Lucas-Tomasi) 특징 추적기를 사용하여 대응점을 찾는다. 그리고 대응점간의 거리 오차를 최소화함으로써 정밀한 정합을 수행한다. 마지막으로, 여러 시점에서 획득된 3D 점군과 한 쌍의 2D 영상을 동시에 이용하여 3D 점들의 위치를 세밀하게 조절함으로써 최종적인 3D 모델을 생성한다. 제안된 방법은 대응점을 2D 영상 평면에서 찾음으로써 계산의 복잡도를 줄였으며, 3D 데이터의 정밀도가 낮은 경우에도 주변화소와의 상관관계를 이용함으로써 효과적으로 동작한다. 또한, 다시점 카메라를 이용함으로써 수 시점에서의 깊이 영상과 컬러 영상만으로도 실내환경에 대한 3D 복원이 가능하다. 제안된 방법은 네비게이션 뿐만 아니라 상호작용을 위한 가상 환경 생성 및 Mediated Reality (MR) 응용 분야에 활용될 수 있다.

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한국 현대시에 수용된 마르크 샤갈 그림 - 김영태 시집 "유태인 사는 마을의 겨울" 김춘수 시 "샤갈의 마을에 내리는 눈" 이승훈 시집 "시집 샤갈$\lcorner$에 수용된 샤갈의 그림세계 (Mark Chagall's Paintings Transferred into Contemporary Korean Poems: Youngtae Kim's Anthology, Winter in the Village of Jews, Chunsoo Kim's "Snow Falling on the Village of Chagall," and Sunghun Lee's Anthology, Poetic Anthology of Chagall)

  • 윤호병
    • 인문언어
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    • 제1권1호
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    • pp.141-157
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    • 2001
  • In his discussion of some desirable tuning points in comparative literary studies, Henry H. H. Remark has emphasized the importance of literary approach to other forms of art. Understanding the significance of such a method of comparative literature, the present study focusses on three contemporary Korean poets who have transferred Mark Chagall′s paintings into their poetry: Youngtae Kim, Chunsoo Kim, and Sunghun Lee. They are usually evaluated as surrealist/modernist in our literary circles. In transforming Chagall′s paintings into his poems, Youngtae Kim has incorporated a variety of surrealist mosaic techniques such as montage and collage. The resultant peculiarity of his poetry makes it hard to lay bare the correspondence or similarities between his poetic world and the world of Chagall′s artistry. It is nonetheless possible to see how Kim, as a poet and painter, had interpreted Chagall′s world with a bird′s-eye view of it. Chunsoo Kim′s "Snow Falling on the Village of Chagall" relates specially to one of Chagall′s paintings, "I and My Village." The present study has taken notice of this correlation in sorting out some basic elements of poetic transfiguration. One of the techniques employed in the poem under discussion is that of juxtaposing the Russian village of Chagall and the Korean village the poet visualizes, with the effect of putting two national traditions in contrast. A reading of the poem reveals that it is not so much the result of a detailed analysis of the painting as a revival of its lingering impression as a whole. In Sunghun Lee′s poetry, surrealist techniques are again a hallmark. But his method of transferring the images of the paintings into his poems falls somewhere between those of Youngtae Kim′s and Chunsoo Kim′s: it is akin to the ′bird′s-eye method′ of the former and shares the impressionistic touch with the latter, but at the same time Lee is analytical by disposition and opts for concrete descriptions. ′Love,′ ′farm,′ and ′time′ are the keywords that are brought under discussion in the present study. There is a growing demand in the current international comparative literary studies for broadening the area of comparative literature. This study hopes to be a small contribution to endorsing the importance of comparative approach to fine arts.

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Donor-π-Acceptor Type Diphenylaminothiophenyl Anthracene-mediated Organic Photosensitizers for Dye-sensitized Solar Cells

  • Heo, Dong Uk;Kim, Sun Jae;Yoo, Beom Jin;Kim, Boeun;Ko, Min Jae;Cho, Min Ju;Choi, Dong Hoon
    • Bulletin of the Korean Chemical Society
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    • 제34권4호
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    • pp.1081-1088
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    • 2013
  • Two new metal-free organic dyes bridged by anthracene-mediated ${\pi}$-conjugated moieties were successfully synthesized for use in a dye-sensitized solar cell (DSSC). A N,N-diphenylthiophen-2-amine unit in these dyes acts as an electron donor, while a (E)-2-cyano-3-(thiophen-2-yl)acrylic acid group acts as an electron acceptor and an anchoring group to the $TiO_2$ electrode. The photovoltaic properties of (E)-2-cyano-3-(5-((10-(5-(diphenylamino)thiophen-2-yl)anthracen-9-yl)ethynyl)thiophen-2-yl)acrylic acid (DPATAT) and (E)-2-cyano-3-(5'-((10-(5-(diphenylamino)thiophen-2-yl)anthracen-9-yl)ethynyl)-2,2'-bithiophen-5-yl)acrylic acid (DPATABT) were investigated to identify the effect of conjugation length between electron donor and acceptor on the DSSC performance. By introducing an anthracene moiety into the dye structure, together with a triple bond and thiophene moieties for fine-tuning of molecular configurations and for broadening the absorption spectra, the short-circuit photocurrent densities ($J_{sc}$), and open-circuit photovoltages ($V_{oc}$) of DSSCs were improved. The improvement of $J_{sc}$ in DSSC made of DPATABT might be attributed to much broader absorption spectrum and higher molecular extinction coefficient (${\varepsilon}$) in the visible wavelength range. The DPATABT-based DSSC showed the highest power conversion efficiency (PCE) of 3.34% (${\eta}_{max}$ = 3.70%) under AM 1.5 illumination ($100mWcm^{-2}$) in a photoactive area of $0.41cm^2$, with the $J_{sc}$ of $7.89mAcm^{-2}$, the $V_{oc}$ of 0.59 V, and the fill factor (FF) of 72%. In brief, the solar cell performance with DPATABT was found to be better than that of DPATAT-based DSSC.

어성초 (Houttuynia cordata) 추출물을 장기간 투여한 점농어 (Lateolabrax maculatus)에서 조직내 quercitrin 잔류 농도 (Tissue concentrations of quercitrin in spotted sea bass (Lateolabrax maculatus) after extended feeding with fish mint (Houttuynia cordata) extract)

  • 박수진;배준성;이채원;박관하
    • 한국어병학회지
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    • 제31권2호
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    • pp.115-122
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    • 2018
  • 어성초에서 발견되는 다양한 활성성분 중 강력한 항산화작용인 있는 quercitrin의 존재로 인해 건강식품이나 천연물의약품으로의 활용 목적으로 각광 받아 왔다. 본 연구에서는 어성초 추출물을 점농어의 사료에 첨가하여 장기간 급이함으로써, 가식부에 잔류하는 quercitrin으로 인해 식품의 가치를 높일 수 있는지 하는 가능성에 대한 연구를 수행하였다. 점농어에 어성초 추출물을 0.1, 0.5 및 1.0%의 수준으로 1개월간 급이하면 quercitrin이 hepatopancreas>muscle>serum의 순으로 잔류한다. 한편 Quercitrin을 순수물질 상태로 점농어, 틸라피아, 랫드 및 마우스에 20 mg/kg로 단회 경구 투여하고 48시간 후 조직내의 quercitrin 농도를 측정하면 점농어와 틸라피아에서는 어성초 추출물을 투여한 것과 동일한 잔류 농도 패턴을 보이지만 시험한 두 종의 포유동물에서는 liver>serum>muscle의 순으로 잔류 농도가 관찰된다. 이 결과로부터, quercitrin의 어류 가식부 근육내에서 발견된 상대적으로 높은 축적성은 기능성식품의 생산 측면에서 유리한 패턴의 특성으로 생각된다. 한편 최고 농도인 어성초 1.0%의 1개월간 투여 후 점농어의 성장에서 유의한 수준의 저해가 관찰되었으며 동시에 이 농도에서 간장 손상지표인 혈청내 효소의 변화도 관찰되었다. 결론적으로 어성초는 기능성 수산식품의 개발에 활용할 수 있는 가능성을 제시하지만 이때 어류에서 독성이 나타나지 않는 수준의 농도로 제한하는 것이 현명한 것으로 보인다.

광우병 위기 이후 도입된 유럽연합의 식품안전정책에 대한 평가 : 사회후생 및 정치경제적 관점 (An Evaluation on the Food Safety Policy of the EU after Mad Cow Disease Crisis : Social Welfare and Political Economic Perspective)

  • 박경석
    • 국제지역연구
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    • 제22권3호
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    • pp.255-292
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    • 2018
  • 이 논문의 목적은 1990년대 발생한 광우병 위기 이후 유럽연합이 식품안전을 강화하기 위해 도입한 정책을 사회후생 및 정치경제적 관점에서 평가하는 것이다. 2002년 일반식품법 도입 이후 입법화된 식품안전과 관련된 공동체 법규들의 주요 특징은 모든 회원국이 반드시 지켜야하는 동시에 식품산업 전반에 적용되는 수평적 규제라는 것이다. 역선택 문제를 해결하거나 식품소비 시 발생하는 부정적 외부효과를 줄이기 위한 식품안전규제는 관련 식품 분야의 구체적인 수요 및 비용 조건에 따라 미세 조정되어야한다는 이론적 연구들에 비추어 볼 때 2002년 이후 강화된 식품안전관련 공동체 법규는 사회후생의 관점에서 과규제된 것이다. 본 연구에서는 정치경제적 관점을 택하여 유럽연합 회원국 정부들뿐만 아니라 식품가공 및 유통업자, 소비자, 농축산업자 등 다양한 이해집단이 공동체 식품안전 규제들을 수용하게 된 배경을 설명하고, 이 규제들이 비회원국, 특히 개발도상국 생산자들에게 보호주의적이었다는 것을 보여준다. 유럽연합의 설립목적이 기본적으로 단일시장을 형성하여 공동의 경제적 이득을 추구하는 것이라면 지나치게 제한적인 식품안전규제의 부정적 영향을 줄이기 위한 정책적 조치가 필요하다.

변화 주목 기반 차량 흠집 탐지 시스템 (Change Attention-based Vehicle Scratch Detection System)

  • 이은성;이동준;박건희;이우주;심동규;오승준
    • 방송공학회논문지
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    • 제27권2호
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    • pp.228-239
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    • 2022
  • 본 논문에서는 카셰어링 서비스(car sharing service)에서 차량 상태 무인 검수를 위한 흠집 탐지 딥 러닝 모델을 제안한다. 기존의 차량 상태 검수 시스템은 대여 전, 후 사진에서 각각 흠집을 탐지하는 딥 러닝 모델과 탐지된 두 흠집 영상을 수작업으로 대조하여 새롭게 발생한 흠집을 탐색하는 두 단계로 구성되어 있다. 따라서 수동작업이 필요한 두 단계 모델을 한 단계로 줄이는 무인 흠집 탐지 모델을 위성영상에서 변화를 탐지하는 딥 러닝 모델에 전이 학습을 적용하여 구축한다. 그리고 광택 처리된 자동차 표면의 휘도가 비등방성이고 비전문가인 이용자가 일반 카메라로 촬영하기 때문에 정반사(specular reflection)가 흠집 탐지 성능에 크게 영향을 미친다. 따라서 정반사광으로 발생하는 오탐지를 감소시키기 위하여 정반사광 성분을 제거하는 전처리 과정을 적용한다. 이용자가 휴대폰 카메라로 촬영한 데이터에 대해 제안하는 시스템은 주관적인 측면과 정밀도(precision), 재현율(recall), F1, Kappa 척도면에서 각각 67.90%, 74.56%, 71.08%, 70.18%로서 높은 일치도를 보인다.

멀티모달 딥 러닝 기반 이상 상황 탐지 방법론 (Anomaly Detection Methodology Based on Multimodal Deep Learning)

  • 이동훈;김남규
    • 지능정보연구
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    • 제28권2호
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    • pp.101-125
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    • 2022
  • 최근 컴퓨팅 기술의 발전과 클라우드 환경의 개선에 따라 딥 러닝 기술이 발전하게 되었으며, 다양한 분야에 딥 러닝을 적용하려는 시도가 많아지고 있다. 대표적인 예로 정상적인 데이터에서 벗어나는 값이나 패턴을 식별하는 기법인 이상 탐지가 있으며, 이상 탐지의 대표적 유형인 점 이상, 집단적 이상, 맥락적 이중 특히 전반적인 상황을 파악해야 하는 맥락적 이상을 탐지하는 것은 매우 어려운 것으로 알려져 있다. 일반적으로 이미지 데이터의 이상 상황 탐지는 대용량 데이터로 학습된 사전학습 모델을 사용하여 이루어진다. 하지만 이러한 사전학습 모델은 이미지의 객체 클래스 분류에 초점을 두어 생성되었기 때문에, 다양한 객체들이 만들어내는 복잡한 상황을 탐지해야 하는 이상 상황 탐지에 그대로 적용되기에는 한계가 있다. 이에 본 연구에서는 객체 클래스 분류를 학습한 사전학습 모델을 기반으로 이미지 캡셔닝 학습을 추가적으로 수행하여, 객체 파악뿐만 아니라 객체들이 만들어내는 상황까지 이해해야 하는 이상 상황 탐지에 적절한 2 단계 사전학습 모델 구축 방법론을 제안한다. 구체적으로 제안 방법론은 ImageNet 데이터로 클래스 분류를 학습한 사전학습 모델을 이미지 캡셔닝 모델에 전이하고, 이미지가 나타내는 상황을 설명한 캡션을 입력 데이터로 사용하여 학습을 진행한다. 이후 이미지와 캡션을 통해 상황 특질을 학습한 가중치를 추출하고 이에 대한 미세 조정을 수행하여 이상 상황 탐지 모델을 생성한다. 제안 방법론의 성능을 평가하기 위해 직접 구축한 데이터 셋인 상황 이미지 400장에 대해 이상 탐지 실험을 수행하였으며, 실험 결과 제안 방법론이 기존의 단순 사전학습 모델에 비해 이상 상황 탐지 정확도와 F1-score 측면에서 우수한 성능을 나타냄을 확인하였다.

자연어 처리 모델을 활용한 블록 코드 생성 및 추천 모델 개발 (Development of Block-based Code Generation and Recommendation Model Using Natural Language Processing Model)

  • 전인성;송기상
    • 정보교육학회논문지
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    • 제26권3호
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    • pp.197-207
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    • 2022
  • 본 논문에서는 코딩 학습 중 학습자의 인지 부하 감소를 목적으로 자연어 처리 모델을 이용하여 전이학습 및 미세조정을 통해 블록 프로그래밍 환경에서 이미 이루어진 학습자의 블록을 학습하여 학습자에게 다음 단계에서 선택 가능한 블록을 생성하고 추천해 주는 머신러닝 기반 블록 코드 생성 및 추천 모델을 개발하였다. 모델 개발을 위해 훈련용 데이터셋은 블록 프로그래밍 언어인 '엔트리' 사이트의 인기 프로젝트 50개의 블록 코드를 전처리하여 제작하였으며, 훈련 데이터셋과 검증 데이터셋 및 테스트 데이터셋으로 나누어 LSTM, Seq2Seq, GPT-2 모델을 기반으로 블록 코드를 생성하는 모델을 개발하였다. 개발된 모델의 성능 평가 결과, GPT-2가 LSTM과 Seq2Seq 모델보다 문장의 유사도를 측정하는 BLEU와 ROUGE 지표에서 더 높은 성능을 보였다. GPT-2 모델을 통해 실제 생성된 데이터를 확인한 결과 블록의 개수가 1개 또는 17개인 경우를 제외하면 BLEU와 ROUGE 점수에서 비교적 유사한 성능을 내는 것을 알 수 있었다.

한국어 자연어생성에 적합한 사전훈련 언어모델 특성 연구 (A Study of Pre-trained Language Models for Korean Language Generation)

  • 송민채;신경식
    • 지능정보연구
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    • 제28권4호
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    • pp.309-328
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    • 2022
  • 본 연구는 자연어처리의 분석목적과 추론데이터 성격에 적합한 한국어 사전훈련 언어모델의 특성을 실증분석했다. 이를 위해 자연어생성이 가능한 대표적 사전훈련 언어모델인 BART와 GPT 모델을 실험에 사용했다. 구체적으로 한국어 텍스트를 BART와 GPT 모델에 학습한 사전훈련 언어모델을 사용해 문서요약 생성 성능을 비교했다. 다음으로 추론데이터의 특성에 따라 언어모델의 성능이 어떻게 달라지는지 확인하기 위해 6가지 정보전달성과 4가지 창작물 유형의 한국어 텍스트 문서에 적용했다. 그 결과, 모든 문서유형에서 인코더와 디코더가 모두 있는 BART의 구조가 디코더만 있는 GPT 모델보다 더 높은 성능을 보였다. 추론데이터의 특성이 사전훈련 언어모델의 성능에 미치는 영향을 살펴본 결과, KoGPT는 데이터의 길이에 성능이 비례한 것으로 나타났다. 그러나 길이가 가장 긴 문서에 대해서도 KoGPT보다 KoBART의 성능이 높아 다운스트림 태스크 목적에 맞는 사전훈련 모델의 구조가 자연어생성 성능에 가장 크게 영향을 미치는 요소인 것으로 나타났다. 추가적으로 본 연구에서는 정보전달성과 창작물로 문서의 특징을 구분한 것 외에 품사의 비중으로 문서의 특징을 파악해 사전훈련 언어모델의 성능을 비교했다. 그 결과, KoBART는 어미와 형용사/부사, 동사의 비중이 높을수록 성능이 떨어진 반면 명사의 비중이 클수록 성능이 좋았다. 반면 KoGPT는 KoBART에 비해 품사의 비중과 상관도가 낮았다. 이는 동일한 사전훈련 언어모델이라도 추론데이터의 특성에 따라 자연어생성 성능이 달라지기 때문에 다운스트림 태스크에 사전훈련 언어모델 적용 시 미세조정 외에 추론데이터의 특성에 대한 고려가 중요함을 의미한다. 향후 어순 등 분석을 통해 추론데이터의 특성을 파악하고, 이것이 한국어 생성에 미치는 영향을 분석한다면 한국어 특성에 적합한 언어모델이나 자연어생성 성능 지표 개발이 가능할 것이다.