Objective : This study investigated whether pyrosequencing can be used to determine the methylation status of the MGMT promoter as a clinical biomarker using relatively old archival tissue samples of glioblastoma. We also examined other prognostic factors for survival of glioblastoma patients. Methods : The available study set included formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissue from 104 patients at two institutes from 1997 to 2012, all of which were diagnosed histopathologically as glioblastoma. Clinicopathologic data were collected by review of medical records. For pyrosequencing analysis, the PyroMark Q96 CpG MGMT kit (Qiagen, Hilden, Germany) was used to detect the level of methylation at exon 1 positions 17-39 of the MGMT gene, which contains 5 CpGs. Results : Methylation of the MGMT promoter was detected in 43 (41.3%) of 104 samples. The average percentage methylation was $14.0{\pm}16.8%$ overall and $39.0{\pm}14.7%$ for methylated cases. There was no significant pattern of linear increase or decrease according to the age of the FFPE block (p=0.687). In multivariate analysis, age, performance status, extent of surgery, method of adjuvant therapy, and methylation status estimated by pyrosequencing were independently associated with overall survival. Additionally, patients with a high level of methylation survived longer than those with low methylation (p=0.016). Conclusion : In this study, the status and extent of methylation of the MGMT promoter analyzed by pyrosequencing were associated with overall survival in glioblastoma patients. Pyrosequencing is a quantitative method that overcomes the problems of MSP and a simple technique for accurate analysis of DNA sequences.
Research of thyroid cancer, liver cancer, and lung cancer has been reported in Korea. However microRNA research of multiple myeloma has never been reported. Hence we intended to confirm whether microRNA can be utilized as a diagnostic marker to patients of multiple myeloma. We also intended to evaluate whether microRNA can be detected in paraffin-embedded tissue (FFPE). This research was conducted targeting 8 samples from patients of multiple myeloma who do not have any other diseases, and 2 control samples. From January 2010 to July 2012, we selected miR-15a, miR-16, miR-21, miR-181a and miR-221 as microRNA target genes. It was decided that for a sample to be significant, the results should show values more than 1.5 or less than -1.5. Our findings of fold change were highly significant in miR-15a with a value of 37.5% (3/8). From these studies, we learned that miR-15a is useful with westerners. miR-221, on the other hand, shows conflicts with westerners, so more research will be needed in this area. In addition, it was confirmed that microRNA can be detected in paraffin embedded tissue (FFPE).
Although associations between thioredoxin interacting protein (TXNIP) and cancers have been recognized, the effects of TXNIP on non-small cell lung cancer (NSCLC) prognosis remained to be determined in detail. In addition, while hypoxia is a key characteristic of tumor cell growth microenvironment, the effect of hypoxia on TXNIP expression is controversial. In this study, formaldehyde fixed and paraffin embedded (FFPE) samples of 70 NSCLC patients who underwent resection between January 2010 and December 2011 were obtained. Evaluation of TXNIP and hypoxia inducible factor-$1{\alpha}$ ($HIF-1{\alpha}$) protein expression in FFPE samples was made by immunohistochemistry. By Kaplan-Meier method, patients with high TXNIP expression demonstrated a significantly shorter progression free survival (PFS) compared with those with low TXNIP expression (18.0 months, 95%CI: 11.7, 24.3 versus 23.0 months, 95%CI: 17.6, 28.4, P=0.02). High TXNIP expression level was also identified as an independent prognostic factor by Cox regression analysis (adjusted hazard ratio: 2.46; 95%CI: 1.08, 5.56; P=0.03). Furthermore, TXNIP expression was found to be significantly correlated with $HIF-1{\alpha}$ expression (Spearman correlation=0.67, P=0.000). To further confirm correlations, we established a tumor cell hypoxic culture model. Expression of TXNIP was up-regulated in all three NSCLC cell lines (A549, SPC-A1, and H1299) under hypoxic conditions. This study suggests that hypoxia induces increased TXNIP expression in NSCLC and high TXNIP expression could be a poor prognostic marker.
Park, Sung-Bae;Park, Heechul;Bae, Jinyoung;Lee, Jiyoung;Kim, Ji-Hoi;Kang, Mi Ran;Lee, Dongsup;Park, Ji Young;Chang, Hee-Kyung;Kim, Sunghyun
Biomedical Science Letters
/
v.25
no.4
/
pp.426-430
/
2019
Currently, molecular diagnostic assays based on nucleic acid amplification tests have been shown to effectively detect mycobacterial infections in various types of specimen, however, variable sensitivity was shown in FFPE samples according to the kind of commercial kit used. The present study therefore used automated PCR-reverse blot hybridization assay (REBA) system, REBA Myco-ID HybREAD 480®, for the rapid identification of Mycobacterium species in various types of human tissue and compared the conventional one-tube nested-PCR assay for detecting Mycobacterium tuberculosis (MTB). In conventional nested-PCR tests, 25 samples (48%) were MTB positive and 27 samples (52%) were negative. In contrast, when conducted PCR-REBA assay, 11 samples (21%) were MTB positive, 20 samples (39%) were NTM positive, 8 samples (15%) were MTB-NTM double positive, and 13 samples (25%) were negative. To determine the accuracy and reliability of the two molecular diagnostic tests, the one-tube nested-PCR and PCR-REBA assays, were compared with histopathological diagnosis in discordant samples. When conducted nested-PCR assay, 10 samples (59%) were MTB positive and seven samples (41%) were negative. In contrast, when conducted PCR-REBA test, three samples (17%) were MTB positive, 10 samples (59%) were NTM positive and four samples (24%) were negative. In conclusion, the automated PCR-REBA system proved useful to identify Mycobacterium species more rapidly and with higher sensitivity and specificity than the conventional molecular assay, one-tube nested-PCR; it might therefore be the most suitable tool for identifying Mycobacterium species in various types of human tissue for precise and accurate diagnosis of mycobacterial infection.
Background: Papillary thyroid cancer or papillary thyroid carcinoma (PTC) is the most common thyroid cancer. The fact that it occasionally occurs in women aged 30-40 years old suggests that genetic alterations are involved its genesis. Recently, activator mutations in BRAF gene have been relatively frequently discovered. Materials and Methods: In this study, we tested 63 DNA samples from PTC patients to identify the V600E mutation frequency in the Ahvaz population. DNA was isolated from formalin fixed paraffin-embedded (FFPE) PTC tumor tissues. Genotyping was performed by PCR-RFLP and confirmed by direct DNA sequencing of a subset of PCR products. PCR-RFLP data were reported as genotype frequencies and percentages. Results: Forty nine out of 63 patients (77.8%) had a mutated heterozygote form while 14 (22.2%) showed normal genotype but none demonstrated a mutant homozygote genotype. The frequency of V600E mutation was significantly high in PTC patients. Conclusions: These findings support involvement of V600E mutations in PTC occurrence in Iran. Assessment of correlations between BRAF V600E mutations and papillary thyroid cancer progression needs to be performed.
Purpose: This study aimed to analyze G3BP1 and VEZT expression profiles in patients with gastric cancer, and examine the possible relationship between the expressions of each gene and clinicopathological factors. Materials and Methods: Expression of these genes in formalin-fixed paraffin embedded (FFPE) tissues, collected from 40 patients with gastric cancer and 40 healthy controls, was analyzed. Differences in gene expression among patient and normal samples were identified using the GraphPad Prism 5 software. For the analysis of real-time polymerase chain reaction products, GelQuantNET software was used. Results: Our findings demonstrated that both VEZT and G3BP1 mRNA expression levels were downregulated in gastric cancer samples compared with those in the normal controls. No significant relationship was found between the expression of these genes and gender (P-value, 0.4835 vs. 0.6350), but there were significant changes associated with age (P-value, 0.0004 vs. 0.0001) and stage of disease (P-value, 0.0019 vs. 0.0001). In addition, there was a direct relationship between VEZT gene expression and metastasis (P-value, 0.0462), in contrast to G3BP1 that did not demonstrate any significant correlation (P-value, 0.1833). Conclusions: The results suggest that expression profiling of VEZT and G3BP1 can be used for diagnosis of gastric cancer, and specifically, VEZT gene could be considered as a biomarker for the detection of gastric cancer progression.
Background: The cancer progression of oral leukoplakia is an important watchpoint in the follow-up observation of the patients. However, potential malignancies of oral leukoplakia cannot be estimated by histopathologic assessment alone. We evaluated genetic abnormalities at the level of copy number variation (CNV) to investigate the risk for developing cancer in oral leukoplakias. Materials and Methods: The current study used 27 oral leukoplakias with histological evidence of dysplasia. The first group (progressing dysplasia) consisted of 7 oral lesions from patients with later progression to cancer at the same site. The other group (non-progressing dysplasia) consisted of 20 lesions from patients with no occurrence of oral cancer and longitudinal follow up (>7 years). We extracted DNA from Formalin-Fixed Paraffin-Embedded (FFPE) samples and examined chromosomal loci and frequencies of CNVs using Taqman copy number assays. Results: CNV frequently occurred at 3p, 9p, and 13q loci in progressing dysplasia. Our results also indicate that CNV at multiple loci-in contrast to single locus occurrences-is characteristic of progressing dysplasia. Conclusions: This study suggests that genetic abnormalities of the true precancer demonstrate the progression risk which cannot be delineated by current histopathologic diagnosis.
Vulva cancer is rare among all gynecological cancer worldwide, including Thailand, and mainly affects older women. Persistent high risk type infection of human papillomavirus (HPV) is the one important factor for developing cancer. In this study, we focused on HPV DNA investigation and type-specific distribution of HPV in 25 formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) samples collected from Thai women with vulva cancer histologically confirmed by the National Cancer Institute, Thailand, during 2003-2011. HPV DNA detection and genotyping were undertaken with polymerase-chain reaction and enzyme-immunoassay using GP5+/bio6+ consensus specific primers and digoxigenin-labeled specific oligoprobes, respectively. Human ${\beta}$-globin genes was used as the internal control. Our results showed that 44% (11/25) of all vulva cancer samples were HPV-positive. All of them are high risk HPV type infection, detected as single (63.64%, 7/11) and/or double infections (4/11, 36.36%). HPV 16 was the most common type identified in vulva cancer, followed by HPV 35, 33, 18 and 58. In conclusion, this study presented that HPV-16 is observed at the highest frequency in this cancer, similar to cervical cancer, with HPV 18 being less frequent. Although the sample size was small and could not represent overall incidence and prevalence in Thai women, these preliminary data for vulva cancer are of interest since they reinforce the necessity for HPV screening or vaccination in Thailand.
Although culture is the gold standard method to identify mycobacteria, its use in tuberculous lymphadenitis (TBL) is limited due to formalin fixation of the submitted specimens. We evaluated the performance of quantitative real-time PCR (q-PCR) for Mycobacterium Tuberculosis (MTB) in granulomatous lymphadenitis using formalin-fixed paraffin-embedded (FFPE) tissues. From 2000 to 2010, a total number of 117 cases of lymph node samples with granulomatous inflammation which were surgically removed and fixed in formalin were studied. Hematoxylin & Eosin (H&E) and Ziehl-Neelsen-stained (ZN) slides were reviewed. qPCR using Real TB-Taq$^{(R)}$ was performed for all cases to identify Mycobacterium tuberculosis. Thirteen non-tuberculous lymphadenopathy cases were used as negative control. Cervical lymph nodes were more frequently affected (60%, 70/117) than other sites. ZN stain for acid fast bacilli was positive in 19 (16.24%) cases. qPCR for tuberculosis was positive in 92 (78.63%) cases. Caseous necrosis was found in 103 (88.03%) cases. While the ZN stain and qPCR were both negative in all control cases, the qPCR showed a significantly higher positive rate (78.63% vs. 16.24%) compared to ZN stain in histologically diagnosed TBL. Quantitative real-time PCR proves to be more sensitive than ZN stain for diagnosis of tuberculous lymphadenitis.
Ab Mutalib, Nurul-Syakima;Lee, Learn-Han;Cheah, Yoke-Kqueen
Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
/
v.15
no.21
/
pp.9071-9075
/
2014
Background: microRNAs are small non-coding RNA that control gene expression by mRNA degradation or translational inhibition. These molecules are known to play essential roles in many biological and physiological processes. miR-205 may be differentially expressed in head and neck cancers; however, there are conflicting data and localization of expression has yet to be determined. Materials and Methods: miR-205 expression was investigated in 48 cases of inflammatory, benign and malignant tumor tissue array of the neck, oronasopharynx, larynx and salivary glands by Locked Nucleic Acid in situ hybridization (LNA-ISH) technology. Results: miR-205 expression was significantly differentially expressed across all of the inflammatory, benign and malignant tumor tissues of the neck. A significant increase in miR-205 staining intensity (p<0.05) was observed from inflammation to benign and malignant tumors in head and neck tissue array, suggesting that miR-205 could be a biomarker to differentiate between cancer and non-cancer tissues. Conclusions: LNA-ISH revealed that miR-205 exhibited significant differential cytoplasmic and nuclear staining among inflammation, benign and malignant tumors of head and neck. miR-205 was not only exclusively expressed in squamous epithelial malignancy. This study offers information and a basis for a comprehensive study of the role of miR-205 that may be useful as a biomarker and/or therapeutic target in head and neck tumors.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.