서로 다른 11주의 Bacillus coagulans와 13종의 Bacillus 속 14주를 deoxyribonucleic acid(DNA)-DNA hybridization method에 의해서 분류학적인 연구를 하였다. 사용한 B. coagulans 11주중 6주는 흙에서(일본 오사까교외) 분리했고, 나머지 5주는 ATCC, IFO에서 authentic strains을 얻어서 사용했다. 사용된 B. coagulans는 Bergey's Manual(8th ed)에 의거 Gordon씨들의 방법으로 동정한 결과 B. coagulans로서 확인되었다. 이렇게 동정된 B. coagulans을 분자 생물학적 차원에서 지금까지의 Conventional taxonomic study와의 관계를 연구하기 위해서 사용한 11주의 B. coagulans중 ATCC 7070을 $^3$H labeled input 즉 standard로 해서 사용했을 때 B. coagulans 내의 intraspecific DNA homology indexes는 76% 이상으로 나타났다. 이와같은 발견은 Bergey's Manual에 의거한 conventional taxonomic study의 결과와 잘 일치하고 있었음으로 새로 분리한 6주와 authentic sources로부터 받은 5주는 같은 group의 B. coagulans라는 사실을 입증해 주었다. 그리고 B. coagulans와 다른 species의 Bacillus 속 즉 B. pumilus(168), B. licheniformis (IFO 12107), B. pumilus(IFO12110), B. firmus(ATCC 14575), B. lentus(ATCC 10840), B. circulans(ATCC 4513), B.macelans(ATCC 8244), B.polymyxa, (ATCC 842), B.sphaericus(ATCC 14577), B.brevis(ATCC 8246, IFO 12334), B.laterosporus(ATCC 64), B. pantothenticus(ATCC 14576) interspecific DNA homology indexes가 각각 2~4%을 보임으로써 B. coagulans는 molecular level면에서 이들 Bacillus 속과는 상동성 관계가 적음을 나타내었다. 반면에 B. coagulans(ATCC 7050)와 E. coli(F-12)와의 상동성은 1%이하였다.
Kim, Kyoung-Min;Park, Chung-Berm;Choi, Ae-Jin;Choy, Jin-Ho;Oh, Jae-Min
Bulletin of the Korean Chemical Society
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제32권7호
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pp.2217-2221
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2011
We investigated the selective deoxyribonucleic acid (DNA) adsorption on layered double hydroxide (LDH) nanoparticles via studying the interaction between positively charged LDH nanoparticle as adsorbent and negatively charged adsorbates such as methyl orange (MO), fluorescein (FL), and DNA strands. The size controlled LDH $(Mg_{0.78}Al_{0.22}(OH)_2(CO_3)_{0.11}{\cdot}mH_2O)$ was prepared by conventional coprecipitation method, followed by the hydrothermal treatment. According to the adsorption isotherms, the adsorbed amounts of MO and FL were similar, however, that of DNA were much larger. The adsorption behaviors were well fitted to Freundlich adsorption model. The concentration dependent adsorption behavior on LDH surface was described in order to verify the selective DNA separation ability. The result showed that the LDH has advantages in selective adsorption of DNA competing with single molecular anions.
Graphene is a good candidate for the future nano-electronic materials because it has excellent conductivity, mobility, transparency, flexibility and others. Until now, most graphene researches are focused on the nano electronic device applications, however, biological application of graphene has been relatively less reported. We have fabricated a deoxyribonucleic acid (DNA) conjugated graphene field-effect transistor (FET) and measured the electrical transport characteristics. We have used graphene sheets grown on Ni substrates by chemical vapour deposition. The Raman spectra of graphene sheets indicate high quality and only a few number of layers. The synthesized graphene is transferred on top of the substrate with pre-patterned electrodes by the floating-and-scooping method [1]. Then we applied adhesive tapes on the surface of the graphene to define graphene flakes of a few micron sizes near the electrodes. The current-voltage characteristic of the graphene layer before stripping shows linear zero gate bias conductance and no gate operation. After stripping, the zero gate bias conductance of the device is reduced and clear gate operation is observed. The change of FET characteristics before and after stripping is due to the formation of a micron size graphene flake. After combined with 30 base pairs single-stranded poly(dT) DNA molecules, the conductance and gate operation of the graphene flake FETs become slightly smaller than that of the pristine ones. It is considered that DNA is to be stably binding to the graphene layer due to the ${\pi}-{\pi}$ stacking interaction between nucleic bases and the surface of graphene. And this binding can modulate the electrical transport properties of graphene FETs. We also calculate the field-effect mobility of pristine and DNA conjugated graphene FET devices.
가잠(용체), 멧뚜기 2종 및 지주 1종에서 각각 정소를 적출하여 DNA를 순수분리하고 DNA염기를 정량분석하여 다음과 같은 결과를 얻었다. (1) 가잠(용체) 및 멧뚜기 류의 정소 DNA의 A+T/G+C 비는 각각 1.72, 1.67로서 이 염기화는 게(해)정소 DNA의 그것과 거의 같고 새우의 것과는 다르다. (2) 지주정소 DNA의 A+T/G+C 비는 1.57로서 게(해)와 비슷하다. (3) 곤충 및 지주 정소 DNA에서 methylcystosine을 발견못하였다.
Psudomonad DNA와 Xanthomonad DNA의 cross-hybridization이 결과는 pseudomonas putida, pseudomonas fluorescens와 psudomonas compestri's var.pelargonii로의 DNA는 그 分子내의 상당한 범위의 공통된 부분을 가지고 있음을 암시한다. 이러한 공통부분의 존재는 두 종류의 DNA 사이의 hydridization으로 미리 선택된 부분을 세번째의 DNA와 hybrid를 형성시킴으러써 증명하였다. 이러한 실험결과에 의하여 위의 세 pseudomonad DNA는 약 50%의 공통부분을 서로 가지고 있다는 것을 알 수 있었다. 이 공통부분의 DNA 는 염색체 내의 DNA의 전체적인 염기 조성과 비슷한 조성을 가지고 있다. 그러므로 %(G+C)의 진화적 변천은 검출할 수 없다. 박테리아의 DNA의 분자량은 2.4 ${\times} 10^9$ daltons 임이 측정되었다. 따라서 putida-fluorescens-pelargonii 공통부분의 DNA는 약 2,000 cistrons를 함유하고 있으며, p. putida와 p. pfluorescens는 1,300 cistrons이 더 많으며 Xanthomonad는 적어도 1,000cistrons 을 더 함유하고 있다.
서로 다른 11주의 Bacillus coagulans와 13종의 Bacillus 속 14주를 deoxyribonucleic acid (DNA) -DNA hybridization method에 의해서 분류학적인 연구를 하였다. 사용한 B. coagulans 11주종 6주는 흙에서(일본 오사까교회) 분리했고 나머지 5주는 ATCC, IFO에서 authentic strains을 얻어서 사용했다. 사용된 B. coagulans는 Bergey's Manual(8 thed)에 의거 Grodon씨들의 방법으로 동정한 결과 B. coagulans로서 확인되었다.(중략)
Nucleic scids transfer the genetic information for serving a central biological purpose. The nucleic acids are polymers of nucleotides and they are mainly ribonucleic acid(RNA) and deoxyribonucleic acid(DNA). The nucleotides are stoichiometrically composed of five-carbon sugars, nitrogeneous bases, and phosphoric acids. The chemistry of nucleic acids and characteristics of different genomes are decribed for further study. Most of DNA genomes tend to be circular including bacterial genomes and eukaryotic mitochondrial DNA. Eukaryotic chromosomes in cells, in contrast, are generally linear. The ends of linear chromosomes are called telomeres. The genomes of different species, such as mammals, plants, invertebrates can be compared with the chromosome ends. The telomeric complex allows cells to distinguish the random DNA breaks and natural chromosomal ends. The very ends of chromosomes cannot be replicated by any ordinary mechanisms. The shortening of telomeric DNA templates in semiconservative replication is occurred with each cell division. The short telomere length is critically related to aging, tumors and dieases.
The effect of phosphorus nutrition on the content of deoxyribonucleic acid(DNA), ribonucleic acid(RNA), crude protein and plant growth of soybean plant(Glycine max, Merr.) was studied. Yields of the above-and under-ground parts of the soybean plant in terms of dry weight, the amounts of crude protein, RNA and DNA continued to increase with increasing phosphorus supply. The amounts of RNA and crude protein were highest in the leaf tissues where most intensive growth was taking place. The relationships among DNA, RNA, crude protein and plant growth appeared to consist of the central dogma which has immortalized, while DNA in plant tissue was subject to charges cuased by external environmental facters such as phosphorus nutrition.
Degradation of deoxyribonucleic acid(DNA) and ribonucleic acid(RNA) by cell-free extract of mixed rumen protozoa of buffalo rumen was investigated. DNA was observed to be degraded rapidly during an initial incubation period of 2 hr with simultaneous appearance of degradation products. RNA on the other hand recorded a rapid degradation during an initial incubation period of 1 hr. RNA degradation products appeared upto an incubation period of 2 hr. DNA was observed to degrade into oligo- and mononucleotides. pyrimidine nucleosides, purine nucleoside adenosine and bases xanthine, hypoxanthine and thymine. Degradation products of RNA comprised of pyrimidine nucleosides, purine nucleoside, adenosine and bases xanthine, hypoxanthine and uracil besides oligo- and mononucleotides.
The human genomic deoxyribonucleic acid(DNA) was extracted from the pulp, dentin of 22 teeth by clelex, phenol methods. Samples of the tooth-derived DNA were amplified by polymerase chain reaction(PCR), electrophosed for sex determination by detection of X-Y homologus amelogenin gene and D1S80 locus detection The following results have been achieved. 1. Chelex and phenol method are effective to sex determination in the pulp and dentin 2. Chelex method is not suitable for detection of D1S80 locus. 3. Concentration and purity of DNA for teeth using chelex method is lower than using phenol method. From the above investigation, chelex method is simple, rapid for sex determination, but it is not suitable for detection of VNTRs.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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