• 제목/요약/키워드: Delta sequence

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Cloning and Characterization of the Tetracycline Resistant Gene, tetB, from Vibrio parahaemolyticus

  • Kang, Min-Seung;Park, Kun-Ba-Wui;Hwang, Hye-Jin;Bae, Hyang-Nam;Lim, Keun-Sik;Eom, Sung-Hwan;Kim, Young-Mog
    • Fisheries and Aquatic Sciences
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    • 제12권1호
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    • pp.24-28
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    • 2009
  • A tetracycline resistant Vibrio parahaemolyticus, capable of growing on TCBS medium containing tetracycline, was isolated from cultivated fishes. A gene responsible for the tetracycline resistance was cloned from chromosomal DNA of the V. parahaemolyticus strain using Escherichia coli KAM3, which lacks major multi-drug efflux pumps (${\Delta}acrB$) as host cells. The nucleotide sequence and homology analysis revealed an open reading frame (ORF) for tetracycline resistance protein (TetB). In order to characterize the antibiotic resistance of TetB originated from the V. parahaemolyticus strain, the gene was sub cloned into plasmid pSTV28. The resulting plasmid was designated as pSTVTetB and transformated into E. coli KAM3. E. coli KAM3 cells harboring the recombinant plasmid pSTVTetB are able to grow on plates containing tetracycline and oxytetracycline but not doxycycline, indicating that the tetB gene confers the tetracycline- and oxytetracycline-resistance to the host cell.

현수교의 경관설계 방법과 시점장 (Landscape Design Method and View Point Field of Suspension Bridges)

  • 양승현;김창환;한재익
    • 한국조경학회지
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    • 제29권2호
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    • pp.50-60
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    • 2001
  • 교량설계에 있어서는 교량의 기능과 안전성, 경제성 등 구조 광학적인 면을 고려하여 설계하게 되는데 최근에는 교량의 경관설계에 관해서도 많은 관심을 갖고 있다. 그러나, 국내에선 교량의 구조적인 측면에서의 연구는 활발하게 이루어지고 있으나 교량의 경관설계에 대한 연구는 거의 이루어지고 있지 않다. 따라서, 본 연구의 목적은 교량의 구조 공학적인 판단과 경관 공학적인 판단에 의해서 교량 형식을 결정하는 방법과 선호도가 높은 현수교의 시점장을 분석하는데 있다. 교량형식을 결정하는 방법은 기초설계단계에서 Seen 경관을 고려하여 교량의 유형을 결정하고, 교량의 구조적인 정.동역학적 검토와 Seen경관.Sequence 경관 등을 고려하여 교종의 형식을 결정하게 되는 각 단계별 설계조건에 따른 교량설계 방법을 흐름도로 제시하였다. 또한, 현수교의 시점장의 범위를 정량적으로 나타내기 위해서 교량전체에 대한 시선입사각, 가까운 쪽의 주탑에 대한 시선입사각, 가까운 쪽 주탑의 외관 크기에 대한 연직시각, 교량전체가 시야에 들어올 수 있는 수평시각 등을 주시실험 자료와 Professional 현수교의 사진에 의한 구조형태의 비율 등을 측정하여 분석 교차한 결과 교량전체에 대한 시선입사각 $\alpha$=(15$\pm$7.5)$^{\circ}$, 가까운 쪽의 주탑에 대한 시선입사각 V=(30$\pm$7.5)$^{\circ}$, 가까운 쪽 주탑의 외관 크기에 대한 연직시각 18$^{\circ}$$\leq$$\delta$27$^{\circ}$, 교량전체가 시야에 들어올 수 있는 수평시각 $\theta$$\leq$60$^{\circ}$의 시점장을 얻을 수 있었다.

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Physical Dimensions of Planet-hosting Stars

  • Bach, Kiehunn;Kang, Wonseok
    • 천문학회보
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    • 제44권1호
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    • pp.85.1-85.1
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    • 2019
  • Accurate estimation of the masses, the ages, and the chemical abundances of host stars is crucial to understand physical characteristics of exo-planetary systems. In this study, we investigate physical dimensions of 94 planet-hosting stars based on spectroscopic observation and stellar evolutionary computation, From the high resolution echelle spectroscopy of the BOES observation, we have analysed metallicities and alpha-element enhancements of host stars. By combining recent spectro-photometric observations, stellar parameters are calibrated within the frame work of the standard stellar theory. In general, the minimum chi-square estimation can be strongly biased in cases that stellar properties rapidly changes after the terminal age main-sequence. Instead, we adopt a Bayesian statistics considering a priori distribution of stellar parameters during the rapid evolutionary phases. we determine a reliable set of stellar parameters between theoretical model grids. To overcome this statistical bias, (1) we adopt a Bayesian statistics considering a priori distribution of stellar parameters during the rapid evolutionary phases and (2) we construct the fine model grid that covers mass range ($0.2{\sim}3.0M_{\odot}$) with the mass step ${\Delta}M=0.01M_{\odot}$, metallicities Z = 0.0001 ~ 0.04, and the helium and the alpha-element enhancement. In this presentation, we introduce our calibration scheme for several hosting stars.

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동중국해 북부대륙붕에 발달한 니질 퇴적체의 탄성파 연구 (A Seismic Study on Muddy Sediment Deposits in the Northern Shelf of the East China Sea)

  • 최동림;이태희;유해수;임동일;허식;김광희
    • 자원환경지질
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    • 제38권6호
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    • pp.633-642
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    • 2005
  • 동중국해 북부 대륙붕에 발달한 후기 홀로세 니질 퇴적체의 분포양상과 층서의 발달 특성을 밝히기 위해 고해상도 Chirp 탄성파 단면 자료를 이용하여 분석하였다. 고해상 탄성파 단면도상에서 음향기반암(기저 경계면 B)위에 2개의 퇴적층서(Unit 1과 2)가 나타나며 이들은 침식 경계면(중간 반사면 M)으로 경계된다. 하위 퇴적층서 Unit 1은 음향학적으로 평행 또는 준평행 반사층리와 수로 충진 퇴적상이 나타난다. 상위 퇴적층서 Unit 2는 반투명 내부 퇴적상과 7m 이하 퇴적두께의 렌즈형태로 발달해 있다. 시퀀스 층서분석으로부터 이들 퇴적층서는 마지막 저해수준 이후 형성되었다. 해침 퇴적체(Unit 1)는 최후 빙기동안 형성된 층서 경계면위에 바로 분포한다. 해침 퇴적체는 침식곡의 염하구 환경하에서 하천, 델타, 그리고 조간대 환경의 복합 퇴적물로 구성된다. 해침 퇴적체 바로 위는 침식 저지형의 최대 범람면이 나타난다. 최대 범람면위에 발달한 고해수준 퇴적체(Unit 2)은 저지대를 충진하는 니질 퇴적체로 구성된다. 니질 퇴적체는 제주도 남쪽 약 140km 떨어진 곳에 마치 태풍 같은 모양의 원형 형태로 수심 약 60-90m 사이에 집중적으로 발달해 있다. 이 퇴적체의 분포 면적과 부피는 각각 약 $3,200km^2$와 약 $10.7\times1109m^3$이다. 니질 퇴적체의 기원은 고황하와 양자강에서 배출된 부유퇴적물의 혼합기원으로 해석된다. 원형의 분포형태는 북부 동중국해에 발달한 반시계 방향의 와류 순환계로 인해 형성된 것으로 판단된다.

Bacillus sp. J105 유래 β-lactamase 유전자의 cloning 및 E. coli 내에서의 발현 분석 (Cloning of the β-Lactamase Gene from Bacillus sp. J105 and Analysis of Its Expression in E. colis Cells)

  • 강원대;임학섭;서민정;김민정;이혜현;조경순;강병원;서권일;최영현;정영기
    • 생명과학회지
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    • 제18권11호
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    • pp.1592-1599
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    • 2008
  • $\beta$-Lactam계 항생물질에 강한 내성을 가지는 균주 Bacillus sp. J105가 생산하는 $\beta$-lactamase의 유전자를 E. coli DH5$\alpha$에 cloning하였다. Cosmid vector pLAFR3을 이용하여, Sau3AI 으로 부분 분해한 chromosomal DNA와 BamHI으로 처리한 pLAFR3을 ligation하였다. In vitro packaging kit를 사용하여 E. coli에 형질도입 하였으며 $\beta$-lactamase양성 clone주를 획득하였다. 이 recombinant plasmid ($\beta$-lac+)를 pACYC184 (4.2kb) vector를 사용하여 subcloning 하여 최종 $\beta$-lactamase의 활성이 있는 6.4 kb 단편이 포함된 pKL11${\Delta}4.6$을 제작하였다. 이 단편을 DNA 염기서열을 분석한 결과 309개의 아미노산으로 구성된 $\beta$-lactamase를 코딩하는 927 bp를 포함하고 있었다. 클로닝된 $\beta$-lactamase 유전자의 upstream을 포함하는 170 bp의 염기서열을 분석한 결과, B. thuringinesis와 B. cereus 유래의 $\beta$-lactamase 유전자의 upstream 부위와 97%의 일치를 보였다. 본 연구에서 클로닝된 $\beta$-lactamase의 아미노산을 서열을 NCBI BLAST program을 이용하여 분석해 본 결과 B. thuringinesis와 B. cereus의 $\beta$-lactamase와 각각 97%와 94%의 일치를 보였다. 또한 계통도 분석 결과 역시 본 연구에서 클로닝된 $\beta$-lactamase의 아미노산을 서열은 B. thuringinesis와 B. cereus 와 유전학적으로 아주 밀접한 관계를 보여주었다. 이 pKL11-${\Delta}4.6$를 E. coli에서 형질전환 시켜 발현 양상을 조사해 본 결과 $\beta$-lactamase의 secretion efficiency는 약 $4{\sim}5%$%였다. E. coli의 세포 내 단백질로부터 $\beta$-lactamase를 정제하여 분자량을 확인한 결과 31 kDa로 wild type의 분자량과 일치함을 확인하였다.

한반도 남해안 고섬진강 절개곡 시스템의 형성과 진화: 1. 여수해협의 후기 제 4기층에 대한 순차층서 (Formation and Evolution of the Paleo-Seomjin River Incised-Valley System, Southern Coast of Korea: 1. Sequence Stratigraphy of Late Quaternary Sediments in Yosu Strait)

  • 전승수;장진호
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제6권3호
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    • pp.142-151
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    • 2001
  • 한반도 남해안의 여수해협에서 지역적으로 대비가 가능한 3 개의 단위층(UH, LH, PL)이 탄성파(3.5 kHz) 자료의 분석을 통해 세분되었다. 단위층 UH는 최상부에 위치하는 펄층으로서 북쪽으로 가면서 얇아지면서 본 해역의 북부(광양만 입구)에 이르러 삼각주에 얹히는 특징을 보여 현세의 해수면 상승과 관련된 해침체계역 (transgressive systems tract)으로 해석된다. 그 하부의 단위층 LH는 본 해역의 북부에서 후퇴경향을 보이는 삼각주 퇴적체($LH_1$)로서 해저면에 노출되는 반면, 본 해역의 중${\cdot}$남부(여수해협)에서 하곡, 계곡, 소분지 등을 충진한 해침퇴적체($LH_2$)로서 UH층과 PL층(플라이스토세 퇴적층)사이에 놓이는 특징을 보인다. 그리고 단위층 UH와 $LH_2$의 경계면은 북쪽으로 가면서 점차 얕아지는 경향을 보이고, 그것의 지형도는 현재 발달되어 있는 조류로의 모습과 매우 유사하여 북쪽(육지 방향)으로 가면서 점차 젊어지는 조석침식면(tidal ravinement surface)으로 해석된다. 따라서 마지막 빙하최성기(last glacial maximum) 이후의 범세계적 해수면 상승(eustatic sea-level rise)은 본 해역의 중${\cdot}$남부를 침수시켜 조석침식면에 의해 두 층(UH와 $LH_2$)으로 세분되는 해침체계역을 형성시킨 반면, 본 해역의 북부에서는 조석침식면이 없이 두 개의 후퇴형 삼각주 로브로 구성된 독특한 해침체계역 ($LH_1$)을 형성시킨 것으로 보인다. 이렇듯 동일한 해수면 상승시기에도 불구하고 지역에 따라 퇴적층의 누적양상(stacking pattern)이 달라지는 이유는 지형, 퇴적물 공급, 조류 등의 지역간 차이 때문이며, 특히 본 해역의 북부에서 해수면 상승과 더불어 조석침식면이 발달하지 못한 까닭은 비교적 넓고 반폐쇄적인 분지형 지형과 섬진강으로부터 많은 퇴적물 공급, 그리고 비교적 약한 조류 때문인 것으로 판단된다.

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Overlapping Region of p53/Wrap53 Transcripts: Mutational Analysis and Sequence Similarity with microRNA-4732-5p

  • Pouladi, Nasser;Kouhsari, Shideh Montasser;Feizi, Mohammadali Hosseinpour;Gavgani, Reyhaneh Ravanbakhsh;Azarfam, Parvin
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제14권6호
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    • pp.3503-3507
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    • 2013
  • Background: Although the majority of investigations concerned with TP53 and its protein have focused on coding regions, recently a set of studies highlighted significant roles of regulatory elements located in p53 mRNA, especially 5'UTR. The wrap53${\alpha}$ transcript is one of those that acts as a natural antisense agent, forming RNA-RNA hybrids with p53 mRNA and protecting it from degradation. Materials and Methods: In this study, we focused on the mutation status of exon $1{\alpha}$ of the WRAP53 gene (according to exon 1 of p53) in 160 breast tumor tissue samples and conducted a bioinformatics search for probable miRNA binding site in the p53/wrap53 overlapping region. Mutations were detected, using single stranded conformation polymorphism (SSCP) and sequencing. We applied the miRBase database for prediction of miRNAs which target overlapping region of p53/wrap53 transcripts. Results: Our results showed all samples to have wild type alleles in exon 1 of TP53 gene. We could detect a novel and unreported intronic mutation (IVS1+56, G>C) outside overlapping regions of p53/wrap53 genes in breast cancer tissues and also predict the presence of a binding site for miR-4732-5p in the 5'UTR of Wrap53 mRNA. Conclusions: From our findings we propose designing further studies focused on overexpression of miRNA-4732-5p and introducing different mutations in the overlapping region of wrap53 and p53 genes in order to study their effects on p53 and its ${\Delta}N$ isoform (${\Delta}$40p53) expression. The results may provide new pieces in the p53 targeting puzzle for cancer therapy.

시공간 적응탐색에 의한 실시간 이동물체 추적 (Real-Time Tracking of Moving Object by Adaptive Search in Spatial-temporal Spaces)

  • 김계영;최형일
    • 전자공학회논문지B
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    • 제31B권11호
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    • pp.63-77
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    • 1994
  • 본 논문에서는 연속적으로 입력되는 영상에서 이동물체에 대한 정보를 추출하고 카메라의 시계(field of view)를 변경시키는 서보기기를 제어하여, 이동물체가 항상 영상의 중심에 위치하도록 하는 작업을 실시간에 수행하는 시스템에 대하여 기술한다. 영상은 방대한 양의 2차원적인 신로이므로 주어진 영상 잔체에 필요한 연산(operation)을 수행하는 것은 방대한 계산시간을 필요로 한다. 특히, 메모리에서 화소들의 값을 처리기로 로딩(loading)하는데 소요되는 시간은 영상의 크기에 비례하여 기하급수적으로 증가한다. 따라서, 본 논문에서는 이러한 문제를 해소하고 이동물체에 대한 추적을 실시간에 수행하기 위하여 영상공간 및 시간공간을 선별적으로 탐색하는 방안에 초점을 맞춘다. 영상공간 및 시간공간을 선별적으로 탐색하면서 이동물체를 추적하기 위하여 본 논문에서는 물체가 카메라의 시계에 진입하는 것과 진입방향을 감지하는 방법, 진입방향에 따라 이동물체를 효과적으로 탐색하는 방법, 물체의 이동속도와 중심을 산출하는 방법, 서보기기의 성능과 물체의 속도 및 처리시간을 고려하여 소보기기를 제어하는 방법, 그리고 변화하는 속도의 물체를 추적하기 위하여 영상간의 시간간격(${\Delta}$t)을 적당히 조절하는 방법에 대해서 기술한다.

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개선된 HPLC분석법을 이용한 세파클러 모노하이드레이트 250 mg 캡슐의 생물학적동등성 (Bioequivalence of Cefaclor Monohydrate 250mg Capsules Using an Improved HPLC Analytical Method)

  • 김태완;;한선영;송옥경;신관석;강성하;이범진
    • 한국임상약학회지
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    • 제15권1호
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    • pp.21-26
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    • 2005
  • A bioequivalence study of CKD $Cefaclor^{(R)}$ capsule (Chong Kun Dang Pharm Co., Ltd) to $Ceclor^{(R)}$ capsule (Lilly Korea Co., Ltd.) was conducted according to the guidelines of Korea Food and Drug Administration (KFDA). Twenty four healthy male Korean volunteers received each medicine at the cefaclor dose of 250 mg in a $2{\times}2$ crossover study. There was a one-week washout period between the doses. An improved high-performance liquid chromatorgraphy (HPLC) analytical method with UV detection was used to determine plasma cefaclor concentration in human volunteers for 8 hr after oral drug administration. The area under the plasma concentration-time curve from time zero to 8 hr ($AUC_{0-8hr}$) was calculated by the linear trapezoidal rule. the $C_{max}$ (maximum plasma drug concentration) and $T_{max}$ (time to reach $C_{max}$) were compiled from the plasma concentration-time data. Analysis of variance was carried out using logarithmically transformed $AUC_{0-8hr}\;and\;C_{max}$. No significant sequence effect was found for all of the bioavailability parameters indicating that the cross-over design was properly performed. The $90{\%}$ confidence intervals of the $AUC_{0-8hr}$ ratio and the $C_{max}$ ratio for CKD $Cefaclor^{(R)}$ and $Ceclor^{(R)}$ were $0.9400{\leq}{\delta}{\leq}1.0345$ and $0.8858{\leq}{\delta}{\leq}1.1021$, respectively. These values were within the acceptable bioequivalence intervals of 0.80-1.25. Thus, our study demonstrated the of CKD $cefaclor^{(R)}$ capsule was bioequivalent to $Cefaclor^{(R)}$ capsule with respect to its bioavailability.

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In-situ ellipsometry를 사용한 광기록매체용 Ge-Sb-Te 다층박막성장의 실시간 제어 (Real time control of the growth of Ge-Sb-Te multi-layer film as an optical recording media using in-situ ellipsometry)

  • 김종혁;이학철;김상준;김상열;안성혁;원영희
    • 한국광학회지
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    • 제13권3호
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    • pp.215-222
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    • 2002
  • 광기록매체용 Ge-Sb-Te다층박막 성장과정을 in-situ 타원계를 사용하여 실시간으로 모니터하여 각 층의 두께를 제어하고 성장된 Ge-Sb-Te 다층박막을 ex-site 분광타원법으로 확인하였다. 보호층인 ZnS-SiO$_2$와 기록층인 Ge$_2$Sb$_2$Te$_{5}$을 단결정실리콘 기층 위에 스퍼터링 방법으로 각각 성장시키면서 구한 타원상수 성장곡선을 분석하여 성장에 따르는 보호층의 균일성 및 기록 층의 밀도변화를 파악하고 이를 기초로 하여 Ge-Sb-Te광기록 다층박막의 두께를 정밀하게 제어하였다. Ge$_2$Sb$_2$Te$_{5}$ 단층박막 시료의 복소굴절율은 eX-Situ 분광타원분석을 통하여 구하였다. 제작된 다층구조는 설정된 다층구조인 ZnS-SiO$_2$(1400$\AA$)$\mid$ GST(200 $\AA$)$\mid$ZnS-SiO$_2$(200$\AA$)와 각 층의 두께 및 전체 두께에서 1.5% 이내에서 일치하는 정확도를 보여주었다.주었다.