• 생명과학회지
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• 제15권4호
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• pp.513-521
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• 2005

흑두로 제조한 청국으로부터 혈전용해력이 우수한 균을 선발하여 동정하였으며, 그를 Bacillus subtilis BB-1로 명명하였다. 이 균은 혈전용해효소 isozyme을 적어도 5개이상 생성하는 균주로 확인되었다. 이 균으로부터 크로모좀을 분리하여 shot gun법으로 혈전용해효소 유전자를 크로닝하였으며, 이 유전자를 BSF-1이라 명명하였다. 이 유전자는 714개의 아미노산을 암호화하고 있으며 기존에 밝혀진 혈전용해효소 유전자와 상동성은 검출되지 않은 새로운 혈전용해효소 유전자였다. 혈전용해효소활성 최적 pH 및 온도는 5.0과 $35^{\circ}C$였다. 기질특이성은 적혈구 배지 또는 skim milk, gelatin등에 전혀 분해활성이 없었다. 이는 혈전만을 특이적으로 분해하는 기질특이성을 보였으며, 혈전분해효소로서의 이용가능성이 충분한 것으로 판단된다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제70권1호
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• pp.21-27
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• 2011

Background: Although the gold standard method for research trials on epidermal growth factor receptor (EGFR) mutations has been direct sequencing, this approach has the limitations of low sensitivity and of being time-consuming. Peptide nucleic acid (PNA)-mediated polymerase chain reaction (PCR) clamping is known to be a more sensitive detection tool. The aim of this study was to compare the detection rate of $EGFR$ mutation and EGFR-tyrosine kinase inhibitor (TKI) responsiveness according to $EGFR$ mutation status using both methodologies. Methods: Clinical specimens from 112 NSCLC patients were analyzed for $EGFR$ mutations in exons 18, 19, 20, and 21. All clinical data and tumor specimens were obtained from 3 university hospitals in Korea. After genomic DNA was extracted from paraffin-embedded tissue specimens, both PNA-mediated PCR clamping and direct-sequencing were performed. The results and clinical response to $EGFR$-TKIs were compared. Results: Sequencing revealed a total of 35 (22.9%) mutations: 8 missense mutations in exon 21 and 26 deletion mutations in exon 19. PNA-mediated PCR clamping showed the presence of genomic alterations in 45 (28.3%) samples, including the 32 identified by sequencing plus 13 additional samples (6 in exon 19 and 7 in exon 21). Conclusion: PNA-mediated PCR clamping is simple and rapid, as well as a more sensitive method for screening of genomic alterations in $EGFR$ gene compared to direct sequencing. This data suggests that PNA-mediated PCR clamping should be implemented as a useful screening tool for detection of $EGFR$ mutations in clinical setting.

• 기록학연구
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• 제72호
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• pp.165-203
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• 2022

많은 사람들이 디지털 공간에서 기록물을 생산하며, 개인이 사망한 뒤 남는 디지털 기록물의 양도 늘어났다. 그런데 고인이 남긴 디지털 기록은 물리적 실체를 가진 기록유산과 다르다. 고인의 기록이 고인만의 것이 아닌 경우도 많고, 고인이 생전에 온라인 계정과 디지털 기록 처리 방식을 밝히지 않는 경우도 많아, 이런 문제는 유족 등에 대한 상속의 문제로 이어지게 될 수도 있다. 또한 소프트웨어 문제, 특정 플랫폼의 이용약관, 유족에 의한 계정 삭제 등의 사유로 개인 사후 디지털 기록이 방치 또는 삭제될 수 있다. 이는 당시 사회상을 알 수 있는 중요한 단서가 되는 일상 기록이 쉽게 소실되는 문제로도 이어진다. 개인들이 본인의 디지털 기록 보존에 관심이 있지만 마땅한 방법을 몰라 소극적인 방임(benign neglect)을 하고 있음이 몇몇 연구를 통해 드러났다. 이 때문에 개인 디지털 기록과 개인 사후 디지털 기록에 관심을 기울이고, 관련 정책과 계획을 마련할 필요가 있다. 이에, 본 연구는 개인 사후 디지털 기록의 관리와 관련하여 법과 제도, 플랫폼과 산업의 현황 및 정책, 개인 기록관리 현황 등과 관련하여 문제점을 분석하고, 법의 제정 및 플랫폼 약관의 명시 필요성, 기록관리기관의 디지털 개인 기록 관리 방안, 개인의 사후 기록에 대한 선제적 관리방안 및 디지털 계정 정보 관련 유언장 작성 방법 등 다양한 해결방안을 제안하였다.

• 한국소프트웨어감정평가학회 논문지
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• 제16권2호
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• pp.99-107
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• 2020

지하공간통합지도는 지하안전관리를 위해 구축되고 있으며, 주기적으로 갱신되고 있다. 통합지도 갱신은 기존에 저장된 모든 객체를 삭제하고 새로 입력된 객체들을 저장하는 절차로 진행된다. 그러나, 이 과정에 변경되지 않은 객체들도 저장, 삭제, 저장이 반복되면서 갱신 시간을 지연하는 문제가 발생한다. 본 연구에서는 통합지도 갱신 시간을 단축하기 위해 갱신된 객체와 갱신되지 않은 객체를 분리하여, 갱신된 객체만 지하공간통합지도에 반영하는 기술과 이 기술을 구현한 시스템을 설명한다. 갱신된 객체는 객체의 중심점을 이용한 객체 비교 방법을 사용하였으며, 검색 속도를 향상시키기 위해 쿼드트리를 사용하였다. 갱신된 객체의 유형은 객체의 형상을 이용한 추가와 삭제, 속성을 이용한 변경으로 구분하였다. 제안된 시스템은 갱신 객체 탐지, 추출, 변환, 저장 및 이력 관리 모듈로 구성되어 있다. 이 시스템은 실험에 사용한 데이터를 기준으로 기존 방법보다 약 4배 정도 빠르게 통합지도를 갱신할 수 있는 장점이 있으며, 지상시설물과 지하시설물에 모두 적용할 수 있는 장점도 있다.

• 정보처리학회논문지:소프트웨어 및 데이터공학
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• 제11권3호
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• pp.125-132
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• 2022

문장 압축은 원본 문장의 중요한 의미는 유지하면서 길이가 축소된 압축 문장을 생성하는 자연어처리 태스크이다. 문법적으로 적절한 문장 압축을 위해, 초기 연구들은 사람이 정의한 언어 규칙을 활용하였다. 또한 시퀀스-투-시퀀스 모델이 기계 번역과 같은 다양한 자연어처리 태스크에서 좋은 성능을 보이면서, 이를 문장 압축에 활용하고자 하는 연구들도 존재했다. 하지만 언어 규칙을 활용하는 연구의 경우 모든 언어 규칙을 정의하는 데에 큰 비용이 들고, 시퀀스-투-시퀀스 모델 기반 연구의 경우 학습을 위해 대량의 데이터셋이 필요하다는 문제점이 존재한다. 이를 해결할 수 있는 방법으로 사전 학습된 언어 모델인 BERT를 활용하는 문장 압축 모델인 Deleter가 제안되었다. Deleter는 BERT를 통해 계산된 perplexity를 활용하여 문장을 압축하기 때문에 문장 압축 규칙과 모델 학습을 위한 데이터셋이 필요하지 않다는 장점이 있다. 하지만 Deleter는 perplexity만을 고려하여 문장을 압축하기 때문에, 문장에 속한 단어들의 언어 정보를 반영하여 문장을 압축하지 못한다. 또한, perplexity 측정을 위한 BERT의 사전 학습에 사용된 데이터가 압축 문장과 거리가 있어, 이를 통해 측정된 perplexity가 잘못된 문장 압축을 유도할 수 있다는 문제점이 있다. 이를 해결하기 위해 본 논문은 언어 정보의 중요도를 수치화하여 perplexity 기반의 문장 점수 계산에 반영하는 방법을 제안한다. 또한 고유명사가 자주 포함되어 있으며, 불필요한 수식어가 생략되는 경우가 많은 뉴스 기사 말뭉치로 BERT를 fine-tuning하여 문장 압축에 적절한 perplexity를 측정할 수 있도록 하였다. 영어 및 한국어 데이터에 대한 성능 평가를 위해 본 논문에서 제안하는 LI-Deleter와 비교 모델의 문장 압축 성능을 비교 실험을 진행하였고, 높은 문장 압축 성능을 보임을 확인하였다.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제5권3호
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• pp.143-148
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• 2003

Bax, a mammalian pro-apoptotic member of the Bcl-2 family induces cell death when expressed in yeast. To investigate whether Bax expression can induce cell death in plant, we produced transgenic Arabidopsis plants that contained murine Bax cDNA under control of a glucocorticoid-inducible promoter. Transgenic plants treated with dexamethasone, a strong synthetic glucocorticoid, induced Bax accumulation and cell death, suggesting that some elements of cell death mechanism by Bax may be conserved among various organisms. Therefore, we developed novel yeast genetic system, and cloned several Plant Bax Inhibitors (PBIs). Here, we report the function of two PBIs in detail. PBI1 is ascorbate peroxidase (sAPX). Fluorescence method of dihydrorhodamine123 oxidation revealed that expression of Bax in yeast cells generated reactive oxygen species (ROS), and which was greatly reduced by co-expression with sAPX. These results suggest that sAPX inhibits the generation of ROS by Bax, which in turn suppresses Baxinduced cell death in yeast. PBI2 encodes nucleoside diphosphate kinase (NDPK). ROS stress strongly induces the expression of the NDPK2 gene in Arabidopsis thaliana (AtNDPK2). Transgenic plants overexpressing AtNDPK2 have lower levels of ROS than wildtype plants. Mutants lacking AtNDPK2 had higher levels of ROS than wildtype. $H_2O_2$ treatment induced the phosphorylation of two endogenous proteins whose molecular weights suggested they are AtMPK3 and AtMPK6. In the absence of $H_2O_2$ treatment, phosphorylation of these proteins was slightly elevated in plants overexpressing AtNDPK2 but markedly decreased in the AtNDPK2 deletion mutant. Yeast two-hybrid and in vitro protein pull-down assays revealed that AtNDPK2 specifically interacts with AtMPK3 and AtMPK6. Furthermore, AtNDPK2 also enhances the MSP phosphorylation activity of AtMPK3 in vitro. Finally, constitutive overexpression of AtNDPK2 in Arabidopsis plants conferred an enhanced tolerance to multiple environmental stresses that elicit ROS accumulation in situ. Thus, AtNDPK2 appears to playa novel regulatory role in $H_2O_2$-mediated MAPK signaling in plants.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제13권1호
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• pp.69-73
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• 2012

Cancer is a complex disease and the genetic susceptibility to it could be an outcome of the inherited difference in the capacity of xenobiotic metabolizing enzymes. Glutathione-S-transferases (GSTs) are phase II metabolizing enzymes whose various genotypes have been associated with increased risk of different types of cancer. Null mutations caused by the deletion of the entire gene result in the absence of the enzymatic activity and increase in the risk of developing cancer including chronic myeloid leukaemia (CML). In the present case-control study we evaluated the effect of null mutations in GSTM1 and GSTT1 genes on the risk of developing CML. The study included 75 CML patients (43 males and 32 females; age (mean ${\pm}$ S.D) $42.3{\pm}13.4$ years) and unrelated non-malignant controls (76 male and 48 females; age (mean ${\pm}$ S.D) $41.5{\pm}12.9$). The distribution of GSTM1 and GSTT1 genotypes in CML patients and controls was assessed by multiplex-PCR method. Logistic regression was used to assess the relationship between GSTM1 and GSTT1 genotypes and risk of CML. Chi-square test was used to evaluate the trend in modulating the risk to CML by one or more potential high risk genotype. Although GSTM1 null genotype frequency was higher in CML patients (41%) than in the controls (35%), it did not reached a statistical significance (OD = 1.32, 95% CI: 0.73-2.40; P value = 0.4295). The frequency of GSTT1 null genotypes was higher in the CML patients (36%) than in the controls (21%) and the difference was found to be statistically significant (OD = 2.12, 95% CI: 1.12-4.02; P value = 0.0308). This suggests that the presence of GSTT1genotype may have protective role against the CML. We found a statistically significant (OD = 3.09, 95% CI: 1.122-8.528; P value = 0.0472) interaction between the GSTM1 and GSTT1 null genotypes and thus individuals carrying null genotypes of both GSTM1 and GSTT1 genes are at elevated risk of CML.

• 한국ITS학회 논문지
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• 제15권3호
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• pp.60-67
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• 2016

환승누적함수에서 환승회수가 증가되면 환승비용에 대한 개별적인 환승의 영향이 선형 또는 비선형적으로 증가된다. 이 함수는 버스 또는 철도와 같이 대중교통노선에서 경로를 선택하는 승객의 행태를 효과적으로 설명한다. 이 함수로 통행시간이 더 소요되더라도 환승이 적은 대중교통노선을 선택하는 일반적인 상황의 구현이 가능하다. 그러나 환승누적함수가 포함되는 통행비용은 비가산성비용으로 최적경로탐색을 위해서 경로열거라는 어려운 상황을 포함한다. 본 연구는 환승누적함수를 고려하여 최적경로를 탐색하는 효과적인 방안을 제안하였다. 이를 위해 우선 환승누적함수가 포함되는 경우 경로탐색과정에서 나타나는 최적경로역전 현상을 설명하였다. 또한 복수의 경로를 탐색해서 최소의 비용경로를 최적경로로 선택하는 경험적인 방안을 제안하였다. 유입링크기반 전체경로삭제기법을 복수경로탐색기법으로 채택하여 알고리즘의 경로최적조건의 증명성에 기반하여 K개의 경로를 탐색하는 방안을 제안하였다. 환승계수를 도입하는 사례연구를 통하여 제안된 방안의 실제 교통망에 대한 활용성을 논의하였다.

• 한국식물생명공학회:학술대회논문집
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• 한국식물생명공학회 2003년도 식물바이오벤처 페스티발
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• pp.65-71
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• 2003

Bax, a mammalian pro-apoptotic member of the Bcl-2 family, induces cell death when expressed in yeast. To investigate whether Bax expression can induce cell death in plant, we produced transgenic Arabidopsis plants that contained murine Bax cDNA under control of a glucocorticoid-inducible promoter. Transgenic plants treated with dexamethasone, a strong synthetic glucocorticoid, induced Bax accumulation and cell death, suggesting that some elements of cell death mechanism by Bax may be conserved among various organisms. Therefore, we developed novel yeast genetic system, and cloned several Plant Bax Inhibitors (PBIs). Here, we report the function of two PBIs in detail. PBI1 is ascorbate peroxidase (sAPX). Fluorescence method of dihydrorho-damine 123 oxidation revealed that expression of Bax in yeast cells generated reactive oxygen species (ROS), and which was greatly reduced by co-expression with sAPX. These results suggest that sAPX inhibits the generation of ROS by Bax, which in turn suppresses Baxinduced cell death in yeast. PBI2 encodes nucleoside diphosphate kinase (NDPK). ROS stress strongly induces the expression of the NDPK2 gene in Arabidopsis thaliana (AtNDPK2). Transgenic plants overexpressing AtNDPK2 have lower levels of ROS than wildtype plants. Mutants lacking AtNDPK2 had higher levels of ROS than wildtype. $H_2O_2$ treatment induced the phosphorylation of two endogenous proteins whose molecular weights suggested they are AtMPK3 and AtMPK6. In the absence of $H_2O_2$ treatment, phosphorylation of these proteins was slightly elevated in plants overexpressing AtNDPK2 but markedly decreased in the AtNDPK2 deletion mutant. Yeast two-hybrid and in vitro protein pull-down assays revealed that AtNDPK2 specifically interacts with AtMPK3 and AtMPK6. Furthermore, AtNDPK2 also enhances the MBP phosphorylation activity of AtMPK3 in vitro. Finally, constitutive overexpression of AtNDPK2 in Arabidopsis plants conferred an enhanced tolerance to multiple environmental stresses that elicit ROS accumulation in situ. Thus, AtNDPK2 appears to play a novel regulatory role in $H_2O_2$-mediated MAPK signaling in plants.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제16권12호
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• pp.1919-1927
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• 2006

Tumor cells genetically engineered to secrete cytokines are effective in tumor therapy, but various unexpected side effects are observed, which may result from the bulk activation of various bystander cells. In this study, we tested tumor vaccines expressing various membrane-bound forms of IL-2 (mbIL-2) on MethA fibrosarcoma cells to focus antitumor immune responses to CTL. Chimeric forms of IL-2 with whole CD4, deletion forms of CD4, and TNF were expressed on the tumor cell surface, respectively. Tumor clones expressing mbIL-2 or secretory form of IL-2 were able to support the cell growth of CTLL-2, an IL-2-dependent T cell line, and the proliferation of spleen cells from 2C TCR transgenic mice that are responsive to the $p2Ca/L^d$ MHC class I complex. Expression of mbIL-2 on tumor cells reduced the tumorigenicity of tumor cells, and the mice that once rejected the live IL-2/TNF tumor clone acquired systemic immunity against wild-type MethA cells. The IL-2/TNF clone was inferior to other clones in tumor formation, and superior in the stimulation of the CD8+ T cell population in vitro. These results suggest that the IL-2/TNF clone is the best tumor vaccine, and may stimulate CD8+ T cells by direct priming. Expression of IL-2/TNF on tumor cells may serve as an effective gene therapy method to ameliorate the side effects encountered in the recombinant cytokine therapy and the conventional cytokine gene therapy using the secretory form of IL-2.