• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제35권10호
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• pp.3005-3008
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• 2014

Human ChlR1 protein (hChlR1), a member of the cohesion establishment factor family, plays an important role in the segregation of sister chromatids for maintenance of genome integrity. We previously reported that hChlR1 interacts with hFen1 and stimulates its nuclease activity on the flap-structured DNA substrate covered with RPA. To elucidate the relationship between hChlR1 and Okazaki fragment processing, the effect of hChlR1 on in vitro nuclease activities of hFen1 and hDna2 was examined. Independent of ATPase activity, hChlR1 stimulated endonuclease activity of hFen1 but not that of hDna2. Our findings suggest that the acceleration of Okazaki fragment processing near cohesions may aid in reducing the size of the replication machinery, thereby facilitating its entry through the cohesin ring.

• Journal of Plant Biology
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• 제39권3호
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• pp.185-188
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• 1996

Randomly amplified polymorphic DNAs were employed to study the genetic variation and gene introgression in potato dihaploids (2n=24) which were generated after interspecific pollination of tetraploid cultivars (2n=4X=48, Solanum tuberosum cv Irish Cobbler, Superior and Dejima) by haploid inducer clones (2n=2X=24, Solanum phureja 1.22, Hes-5 and Hes-6). Genetic variation and DNA marker segregation among dihaploids were observed. Most dihaploids contain S. tuberosum specific RAPD markers but haploid inducer-specific RAPD markers were also found in some dihaploids. Of six different arbitrary 10-mer oligonucletide primers which showed polymorphism betwen tetraploid cultivars and haploid inducers used, three generated amplification products which seemed to be derived from the S. phureja parent. Our results indicate that chromosomes of dihaploids may not be pure S. tuberosum and the dihaploids may not be produced by parthenogenesis.

• BMB Reports
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• 제29권1호
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• pp.27-31
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• 1996

Using topoisomerase II (topo II) isozyme-specific antibodies, we investigated the phosphorylation of topo $II{\alpha}$ in mitotic HeLa cells. Topo $II{\alpha}$ was specifically modified in the mitotic cells, resulting in slow migration on SDS-polyacrylamide gel electrophoresis. To characterize the nature of this modification, we treated the nuclear extracts prepared from the mitotic cells with alkaline phosphatase. After the treatment with alkaline phosphatase, the slowly migrated band disappeared and instead a normal (170 kDa) topo $II{\alpha}$ band appeared. These results indicate that human topo $II{\alpha}$ is modified at a specific site(s) in M phase by phosphorylation, supporting the possibility that M phase-specific phosphorylation of topo II is critical for mitotic chromosome condensation and segregation.

• Plant Resources
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• 제7권2호
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• pp.136-140
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• 2004

Co-segregation of male fertility with DNA markers selected by RAPD analysis as being potentially linked to the restorer gene (Rf) for Cytoplasmic male sterility (CMS) was analyzed using segregating F2 population. One RAPD marker directly linked to the Rf locus was identified. Amplification of OPT-02/570 using the STS primers generated a monomorphic band of each fertile plants randomly selected F2 progenies. From these results, this specific marker would be strongly linked to be restoring gene. The use of STS marker is effective in overcoming the reliability of the RAPD phenotype and improving their utility for MAS, co-dominant STS markers are especially very useful.

• 한국육종학회지
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• 제50권4호
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• pp.387-395
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• 2018

다산 등 15개의 통일형 벼 품종을 이용하여 mesotrione을 처리한 후 5일부터 다산 등 13개 품종들은 신엽에서 백화현상이 발생하였으나, 밀양154호와 수원382호는 백화현상이 발생하지 않아 저항성 품종으로 선발되었다. Mesotrione 처리 후 다산 등 13개 품종들의 초장 및 건물중 억제율은 밀양154호와 수원382호보다 더 높았으며 약량에 따른 억제율이 증가하였다. 한아름2호/밀양154호의 $F_2$ 집단을 이용한 유전분석 결과 저항성이 149개체, 감수성이 41개체로 이론적 분리비 3:1($X^2=1.19$, P=0.31)에 적합하여, mesotrione 저항성 관련 유전자는 1개의 우성유전자에 지배되는 것으로 나타났다. BSA방법을 이용하여 mesotrione 저항성 관련 유전자를 탐색한 결과, 2번 염색체의 10.2 Mb에 위치한 SSR marker RM1358과 RM3501을 선발하였다. Fine mapping을 위해 선발된 5개의 저항성 개체 중에서 $F_2-137$은 RM12921부터 RM3501까지 재조환이 일어났고, $F_2-76$은 RM324부터 RM5101까지 재조환이 일어났다. 따라서, mesotrione 저항성 관련 유전자는 RM3501과 RM324 사이인 10.2 Mb~11.4 Mb에 존재하며, RM3501과 RM324의 조환률이 각각 0.53%과 2.65%이므로, RM3501을 mesotrione저항성 유전자 DNA 연관 marker로 선발하였다. 다산 등 20개 통일형 품종 및 mesotrione에 저항성을 나타내는 자포니카 품종인 운광과 감수성인 통일형 한아름의 $BC_2F_2$ 집단을 이용하여 RM3501의 MAS 이용 가능성을 검토한 결과, mesotrione 저항성 선발 marker로 활용은 가능하나, 정확한 선발 maker로 활용하기 위해서는 추가적인 실험이 필요할 것으로 판단된다.

• Molecules and Cells
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• 제21권3호
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• pp.360-366
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• 2006

Up to 35% of the rice genome consists of various kinds of transposons, and CACTA and MITE are two of the major class 2 DNA transposons in the genome. We have employed the consensus sequences of Rim2/Hipa CACTA, Stowaway MITE Pangrangja, and Tourist MITE Ditto for transposon display (TD) analysis to locate them on a genetic map, with 58 SSR markers used to anchor them. The TD analysis produced a high profile of the polymorphisms between the parental lines, Oryza sativa var. Gihobyeo/O. sativa var. Milyang, in intraspecific $F_{15}$ RIL lines, locating 368 markers of Rim2/Hipa CACTA, 78 markers of Tourist MITE Ditto, and 22 markers of Stowaway MITE Pangrangja. In the segregation analysis, non-parental segregating bands and segregation distortion bands were observed. The recombinant genetic map spans 3023.9 cM, with 5.7 cM the average distance between markers. The TD markers were distributed unequally on the chromosomes because many TD markers were located in pericentric chromosomal regions except in the cases of chromosomes 2, 3, 6 and 9. Although the number of transposon markers was not sufficient to include all rice class 2 transposons, the current map of CACTA and MITE transposons should provide new insight into the genome organization of rice since no previous DNA transposon map is available.

• 식물조직배양학회지
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• 제24권2호
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• pp.113-117
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• 1997

Simple sequence repeats (SSR)는 진핵생물체에 널리 산재되어 있으며, 큰 다형현상을 나타내고, polymerase chain reaction (PCR)으로 쉽게 분석된다. 이 연구의 목적은 서로 다른 Chlamydomonas reinhardtii계통간의 다형현상과 Chlamydomonas의 SSR 좌위에서의 유전양상을 결정하는데 있었다. C. reinhardtii의 genomic DNA library를 만들어 $^{32}$P로 라벨링한 (AC)$_{11}$ probe를 이용하여 (CA/GT)n 반복서열을 가지는 clone을 선택하기위해 screen하였다. 선택된 clone을 sequencing하여 (CA/GT)n sequence에 인접한 PCR primer set를 제조하였다. PCR은 여러 C. reinhardtii 계통의 SSR 좌위를 증폭하기 위하여 사용하였다. 그 좌위는 및몇 C. reinhardtii 계통에서 다형현상을 보였다. 그러나 그 좌위에서 C. reinhardtii의 6계통중 4계통만 DNA가 PCR 증폭을 하였고 2계통은 증폭을 하지 않았다. C. reinhardtii와 C. smithii의 교배로 생긴 4배체에서 2:2의 분리비를 보여주었는데, 이는 단순한 멘델의 유전양상을 나타낸다. 이러한 결과로 미루어 SSR 다형현상은 Chlamydomonas의 개체 식별, 개체군 연구, 연쇄 분석, 그리고 유전자 지도 작성을 하는데 유용할 것이다.다.

• 식물조직배양학회지
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• 제26권4호
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• pp.245-250
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• 1999

수분 후 담배의 배에 중이온 ($^{14}$ N) beam을 조사하여 유도한 variegated담배의 잎 조직을 기내배양하여 재생된 식물체의 특성을 조사하였다. NAA 0.1mg/L 와 BAP 1/0mg/L를 첨가한 MS배지에서 variegated담배의 잎을 배양하면 백색부위에서는 백색 식물체만이 유도되었으나 녹색부위에서는 녹색 식물체가 47.2%, 백색 식물체가 37.4%, variegated식물체가 15.4% 유도되었다. 재생된 녹색 식물체는 자가수분한 후대 (F$_1$)에서 녹색 식물체 1,651 개:백색 식물체 54개로 분리되었다. 또한 variegated 잎에서 재생된 녹색 식물체와 정상주를 정역교배 한 결과, 전부 녹색체가 분리되었다. 이 결과는 variegated잎의 표현형 유전은 최소한 모성 유전이 아님을 보여준다. Variegated잎의 녹색부위를 배양하여 재생된 variegated식물체의 잎을 이용하여 DNA gel blot한 결과, 엽록체 유전자인 psbA, rbcL, 165 rDNA, 23S rDNA의 양은 흰색부위 잎에서 정상주인 녹색 잎과 variegated식물체 잎의 녹색부위 보다 많았다.

• Ocean and Polar Research
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• 제27권2호
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• pp.205-214
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• 2005

From ancient Antarctic glacier ice, we extracted total genomic DNA that was suitable for prokaryotic 16S rDNA gene cloning and sequencing, and bacterial artificial chromosome (BAC) library and end-sequencing. The ice samples were from the Dry Valley region. Age dating by $^{40}Ar/^{39}Ar$ analysis on the volcanic ashes deposited in situ indicated the ice samples are minimum 100,000-300,000 yr (sample DLE) and 8 million years (sample EME) old. Further assay proved the ice survived freeze-thaw cycles or other re-working processes. EME, which was from a small lobe of the basal Taylor glacier, is the oldest known ice on Earth. Microorganisms, preserved frozen in glacier ice and isolated from the rest of the world over a geological time scale, can provide valuable data or insight for the diversity, distribution, survival strategy, and evolutionary relationships to the extant relatives. From the 16S gene cloning study, we detected no PCR amplicons with Archaea-specific primers, however we found many phylotypes belonging to Bacteria divisions, such as Actinobacteria, Acidobacteria, Proteobacteria $({\alpha},\;{\beta},\;and\;{\gamma})$, Firmicutes, and Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroid$. BAC cloning and sequencing revealed protein codings highly identical to phenylacetic acid degradation protein paaA, chromosome segregation ATPases, or cold shock protein B of present day bacteria. Throughput sequencing of the BAC clones is underway. Viable and culturable cells were recovered from the DLE sample, and characterized by their 16S rDNA sequences. Further investigation on the survivorship and functional genes from the past should help unveil the evolution of life on Earth, or elsewhere, if any.

• 한국자원식물학회지
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• 제17권3호
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• pp.265-271
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• 2004

AFLP marker의 유용성 을 알아보고자 재배콩과 야생콩을 대상으로 유전적 다양성과 유전분리 현상을 분석하였다. 공시 재료들의 polymorphism은 재배 콩과 야생 콩에서 각각 평 균 2 9%와 12.2%의 polymorphism을 보였으며, 재배 콩과 야생 콩에서 공히 유전적 다양성을 보인 DNA단편은 11개 primer 평균 24개를 나타내었다. Primer 조합별로도 polymorphism에 다양한 차이가 있었는데 평균 22.9%로 13.0-38.5%의 변이를 나타내었다. 재배 콩 간의 교잡후대(화엄풋콩 ${\times}$ PI417479) F$_2$집단에서 AFLP marker의 유전분리 양상을 분석한 결과 3 : 1의 분리 비를 따르는 것으로 판단되었다.