• 한국수산과학회지
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• 제30권2호
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• pp.297-304
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• 1997

한국산과 중국산 피조개를 대상으로 형태적 차이와 RAPD (Random amplified polymorphic DNA) 기법을 이용한 유전적 차이점을 비교 연구하였다. 실험에 사용한 피조개는 경남 진해만에서 천연채묘된 치패와 중국 산동성 영성시에서 인공채묘된 치패를 채집하여 사용하였다. 두 집단의 형태적 차이는 패각형질의 부위별 길이와 무게를 계측하여 계측형질별 상관관계로 조사하였다. 그리고 유전적 차이점은 primer 종류별로 생성된 RAPD band 들간의 유사정도로 비교하였다. 각장에 대한 최대방사능길이의 상대성장율이 두 집단에서 뚜렷한 차이 $(P\leq0.05)$를 나타내어, 중국산이 한국산보다 패각의 후단부가 길다는 것을 알 수 있었다. 방사능의 수는 한국산 피조개가 $36\~41$ 였고, 중국산이 $39\~43$조 였다. RAPD-PCR 결과 19가지의 primer들로 부터 각각 $2\~6$개의 band를 볼 수 있었다. 한국산과 중국산 피조개간의 유전적 유사도는 0.29로 매우 낮아 두 집단 간의 유전적 구별이 명확하게 나타났다. 또한 한국산 피조개 개체별 유전적 유사도는 $0.58\~0.40$로, 중국산은 $0.48\~0.32$로 한 국산 피조개가 중국산보다 개체별 유전적 유사도가 높았다.

• 대한소아치과학회지
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• 제43권3호
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• pp.299-305
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• 2016

본 연구는 서울대학교 치과병원 소아치과에 내원한 부분 무치증 환자를 대상으로 질환의 원인이 될 수 있는 돌연변이를 규명하고, 그 역할에 대하여 고찰하고자 하였다. 다수의 영구치 결손을 주소로 서울대학교 치과 병원에 내원 한 7세 여아와 어머니를 대상으로 구강검진 및 파노라마 방사선 촬영을 진행하였다. 연구 동의서를 받고, 유전자 검사를 위한 채혈을 시행하였다. PAX9 유전자의 모든 exon에 대해 특이적인 primer를 이용하여 중합효소 연쇄반응을 시행하였으며, 해당 산물을 정제하고 염기서열분석을 진행하였다. 결과는 NCBI Gene Bank와 대조하여 해당 영역의 돌연변이를 조사하였다. 7세 환아는 총 11개의 영구치 결손이 관찰되었으며, 어머니는 총 19개의 영구치 결손이 관찰되었다. 치아 결손 외에 손톱, 모발, 피부, 땀샘과 연관 된 다른 결함은 관찰되지 않았다. 유전자 분석 결과, PAX9의 exon 2 영역에서 nonsense mutation(c.184G>T, $p.Glu62^*$)을 확인하였으며, 대상자 모두에서 이형접합 돌연변이로 관찰되었다. 해당 돌연변이의 결과로 exon 2 내에서 전사 종결이 일어나게 되며, 발현 된 단백질은 정상 단백질에 비하여 280개의 아미노산이 짧은 상태로 발현된다고 추측할 수 있다. 결손된 부분은 paired box domain 및 DNA binding site 등 해당 단백질의 기능에 있어서 필수적인 영역을 포함하고 있으므로, 부분 무치증을 유발했을 가능성이 높다. 또는 해당 돌연변이의 전사체가 nonsense-mediated decay system(NMD system)에 의하여 분해됨으로써 haploinsufficiency를 유발하여 부분 무치증의 원인으로 작용했을 것으로 사료된다.

• 정보처리학회논문지A
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• 제9A권3호
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• pp.387-398
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• 2002

최근 활발한 소단위 게놈 프로젝트의 수행으로 많은 생물체의 유전체 전체 서열이 밝혀짐에 따라서 전유전체(whole genome)를 기본 단위로 하여 개별 유전자나 그에 관련된 기능 연구가 매우 활발히 이루어지고 있다. 전유전체의 염기 서열은 수백만 bp(base pairs)에서 수백억 bp(base pairs) 정도의 대용량 텍스트 데이터이기 때문에 단순한 온라인 문자 일치(on-line string matching) 알고리즘으로 분석하는 것은 매우 비효율적이다. 본 논문에서는 대용량의 유전체 서열을 분석하는데 적합한 자료 구조인 스트링 B-트리를 사용하여 유전체 서열의 분석과 가시화를 위한 워크벤치를 개발한 과정을 소개한다. 본 연구에서 개발한 시스템은 크게 질의문 부분과 가시화 부분으로 나뉘어 진다. 질의문 부분에는 유전체 서열에 특정 서열이 나타나는 부분의 위치와 횟수를 알아보거나 k번 나타나는 서열을 조사하는 것과 같은 기본적인 패턴 검색 부분과 k-mer 분석을 위한 질의어가 다양하게 준비되어 있다. 가시화 부분은 전유전체 서열과 주석(annotation)을 보여주거나, 유전체 분석을 용이하도록 여러 가시화 방법, CGR(Chaos Game Representation), k-mer graph, RWP(Random Walk Plot) 등으로 생물학자들이 쉽게 전체 구조와 특성 파악할 수 있도록 도와준다. 본 논문이 제안하는 분석 시스템은 생물체의 진화적 관계를 밝히고, 염색체 내에 아직 알려지지 않은 새로운 유전자나 기능이 밝혀지지 않은 junk DNA들의 기능 등을 연구하는데 사용할 수 있다.

• Journal of Acupuncture Research
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• 제21권6호
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• pp.1-17
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• 2004

Objective : To compare and examine how adjustment of pH and electrolyte can affect the efficacy of cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture, we've administered pure cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture and pH and electrolyte adjusted cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture on A549 human lung cancer lines. Then mRNA and proteins which take parts in apoptosis were examined. Methods : Pure cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture treated group was set as the control group and pH and electrolyte adjusted cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture groups were administered on A549 human lung cancer lines. Cell toxicity was carefully examined and from the analysis of DNA fragmentation, RT-PCR, and Western blot, manifestation of mRNA and proteins which are associated with apoptosis were inspected. Results : The following results were obtained on apoptosis of A549 human lung cancer lines after administering pH and electrolyte adjusted cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture. 1. Measuring cell toxicity of lung cancer cells, higher cell toxicity was detected at pH and electrolyte adjusted groups and the results were concentration dependent. 2. Through DNA fragmentation, we were able to confirm cell destruction in all groups. 3. Experiment groups treated with cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture showed inhibition of Bcl-2 and COX-2 at mRNA and Protein level, whileas increase of Bax was shown. 4. Manifestation of p21, p53, Cyclin E, and Cyclin D1 were confirmed in all groups. 5. Extrication of Cytochrome C was detected at all groups, as well as increased activity of the enzyme caspase-3 and caspase-9, and PARP fragmentation were confirmed. Conclusions : From the above results, we can carefully deduce cell destruction of A549 human lung cancer lines were induced by Apoptosis. At the same concentration level, cell destruction efficacy was better with adjusted pH and electrolyte. Cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture also showed decrease of Bcl-2 and COX-2, as well as increase of Bax. Since cultivated wild ginseng distilled herbal acupuncture increases manifestation of p21, p53, Cyclin E, and Cyclin D1, it affects cellular cycle and through these phenomena, we can consider extrication of Cytochrome C, increase of caspase, and PARP fragmentation are the results.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제34권2호
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• pp.135-142
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• 1996

톡소포자충(Toxoplosma gondii) 주요막단백질의 하나인 30 kDa 단백질(p30)의 항원부위를 결정하고자 p30의 아미노산 분석에 따른 친수성 부위 및 혐수성 부위에 맞게 유전자를 증폭하고 발현시켜 항원성을 검토하였다 p30의 절편으로는 p30 전체 p30의 N-말단 Signal Sequence와 C- 탈단의 혐수성 부위를 제거한 S28. S28의 N-말단 2/3부위인 Al9. S28의 C-말단 2/3부위인 Pl9. 528의 N-탈난 1/3부위인 X9 중앙 1/3부위인 Y10 및 C-말단 1/5부위인 Z9로 구성하였다. 각절편에 대한 primer에는 EcoR I의 clampsequence를 포함시켜 중합효소반응으로 증폭시켰으며 G57를 발현하는 pGEX-4T-1 vector에 삽입시킨 후 Eschericha coli(.JM105 strain)에 형질변형시키고 IgG로 각 절편이 GST와 융합단백질로 발현되도록 하였다 SDS-PAGE상에서 p30은 63 kDa. S28는 54 kDa Al9과 Pl9은 각각 45 kDa. X9은 35 kDa. Y10은 36 kDa 및 29은 35 kDa 단백질로 발현되었다. 각각의 단백질은 westemblot상에서 GSTdetectionkit와 잘 반응하여 융합단백질임을 확인하였다. 톡소포자충증 환자 혈청과 westem blot에서 p30. S28 및 Al9은 반응하여 항원성이 인정되었으나 Pl9 . X9, Y10 및 Z9는 반응하지 않았다 따라서. p30의 중간 1/3 부위의 존재하에 N-말단 1/3부위가 항원성을 나타내는 구조적 항원이거나. 첫 1/3부위와 중 간 1/3부위의 경계에 위치한 polypeptide가 항원성을 발현하는 것으로 추정되었다.

• Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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• 제16권16호
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• pp.7285-7290
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• 2015

Background: Although radiotherapy is one of the most effective strategies in the treatment of cancers, it is associated with short and long term side effects on normal tissues. Zataria multiflora Boiss (Laminacea) (ZM) has several biological properties such as antioxidant and anti-inflammation activities.Here we investigated cell killing effects of a hydroalcoholic Zataria multiflora extract on cell death induced by ionizing radiation in a human glioblastoma cell line (A172) and human non-malignant fibroblasts (HFFF2) in vitro. Materials and Methods: A172 and HFFF2 cells were treated with a hydroalcoholic extract of dried aerial parts of Zataria multiflora at different concentrations (25, 50, 100, 150 and $200{\mu}g/ml$) and then exposed to ionizing radiation (IR). Cell proliferation and DNA fragmentation were evaluated. Thymol content in the extract was analyzed and quantified by HPLC methods. Results: A172 cell proliferation was significantly inhibited by ZM. The percentage cell survival was $91.8{\pm}8.57$ for cells treated with $200{\mu}g/ml$ of ZM extract alone while it was $76.0{\pm}4.27$ and $66.2{\pm}8.42$ for cells treated with ZM and exposed to IR at doses of 3Gy and 6Gy, respectively. Radiation-induced apoptosis in A172 cells was significantly increased following treatment with ZM at doses of $200{\mu}g/ml$. ZM extract did not exhibit any enhanced cell killing effects and apoptosis caused by IR on HFFF2 cells. Conclusions: These data show selective radiosensitization effects of ZM in A172 cells apparently due to increased radiation-induced apoptosis.

• 대한임상검사과학회지
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• 제45권3호
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• pp.114-119
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• 2013

Potassium is essential for the proper functioning of the ears. The inner ear's endolymph differs from all other extracellular fluids (in its positive potential) and in the ionic compositions in the various parts of the endolymphatic space. Ion concentration of the endolymph is 150 mM of potassium, which is comparable to the concentrations in other organs. Cisplatin (cis-diamminedichloroplatinum II: CDDP) is one of the most effective anticancer drugs, widely used against various tumors. However, its clinical use is limited by the onset of severe side effects, including ototoxicity and nephrotoxicity. For ototoxicity, a number of evidences in cytotoxic mechanism of cisplatin, including perturbation of redox status, increase in lipid peroxydation, and formation of DNA adduct, have been suggested. Therefore, in this study, the author investigated the relationship between the potassium ions on cisplatin-induced cytotoxicity in HEI-OC1 cells associated with reactive oxygen species (ROS). KCNE1 gene expression by the concentration of intracellular potassium appeared in the plasma membrane and increased the concentration of intracellular potassium. Cisplatin decreased the viability of HEI-OC1 cells, but the KCNE1 gene increased. Also, the KCNE1 gene significantly suppressed generation of intracellular ROS by cisplatin. Western blot analysis showed that the KCNE1 gene increased phase II detoxification enzymes markers such as superoxide dismutase 1 (SOD1), superoxide dismutase (SOD2), NAD(P)H:quinine oxidoreductases (NQO1), which were associated with the scavenger of ROS. These results suggest that the KCNE1 gene for intracellular potassium concentration ultimately prevents ROS generation from cisplatin and further contributes to protect auditory sensory hair cells from ROS produced by cisplatin.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제30권2호
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• pp.154-159
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• 2017

Objective: This study was designed to characterize the DNA polymorphisms of the melanocortin-1 receptor (MC1R) gene in indigenous Saudi Arabian sheep breeds exhibiting different color coats, along with individuals of the Sawaknee breed, an exotic sheep imported from Sudan. Methods: The complete coding region of MC1R gene including parts of 3' and 5' untranslated regions was amplified and sequenced from three the indigenous Saudi sheep; Najdi (generally black, n = 41), Naeimi (generally white with brown faces, n = 36) and Herri (generally white, n = 18), in addition to 13 Sawaknee sheep. Results: Five single nucleotide polymorphisms (SNPs) were detected in the MC1R gene: two led to nonsynonymous mutations (c.218 T>A, p.73 Met>Lys and c.361 G>A, p.121 Asp>Asn) and three led to synonymous mutations (c.429 C>T, p.143 Tyr>Tyr; c.600 T>G, p.200 Leu>Leu, and c.735 C>T, p.245 Ile>Ile). Based on these five SNPs, eight haplotypes representing MC1R $E^d$ and $E^+$ alleles were identified among the studied sheep breeds. The most common haplotype (H3) of the dominant $E^d$ allele was associated with either black or brown coat color in Najdi and Sawaknee sheep, respectively. Two other haplotypes (H6 and H7) of $E^d$ allele, with only the nonsynonymous mutation A218T, were detected for the first time in Saudi indigenous sheep. Conclusion: In addition to investigating the MC1R allelic variation in Saudi indigenous sheep populations, the present study supports the assumption that the two independent nonsynonymous Met73Lys and Asp121Asn mutations in MC1R gene are associated with black or red coat colors in sheep breeds.

• 한국발생생물학회지:발생과생식
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• 제21권3호
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• pp.327-333
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• 2017

Gonadotropins are heterodimers consisting an alpha chain ($Cg{\alpha}$) and a beta chain. Interestingly, presence of complicated $LH-{\beta}$ transcripts in rat testis was accidently found; testicular $LH-{\beta}$ transcripts were confined in seminiferous tubules to spermatids, and the translated products were localized in the elongated spermatids. We hypothesized that mouse testis has potential to produce the tissue specific $LH-{\beta}$ with similar structure to the rat testicular forms. To verify our hypothesis, we examined the adult mouse (ICR) testis using RT-PCR and immunohistochemistry. The PCR revealed the presence of the identical products in the reactions for three LH subunit types. The expected product sizes for mouse $Cg{\alpha}$ and $LH-{\beta}$ known as pituitary type were 224 bp and 503 bp, respectively. The testicular type $LH-{\beta}$ products were produced by a primer set based on the rat sequences, with unexpected size of 800 bp. Sequencing revealed that the proximal and distal parts (2-82 and 661- 773 bp, respectively) were homologous to rat testicular $LH-{\beta}$ cDNA, and middle part (83-660 bp) was a unique mouse-specific region. Both $Cg{\alpha}$ and $LH-{\beta}$ positive signals were in the round and elongated spermatids and mature sperms, and the $LH-{\beta}$ signals were more intense. In conclusion, our study demonstrated that the presence and localization of the LH subunits in mouse testis. Further studies will be needed to understand the precise structure and function of mouse testicular LH.

• 한국균학회지
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• 제29권1호
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• pp.9-14
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• 2001

Colletotrichum spp.는 광범위한 기주 범위를 갖는 다범성 균으로 각종 작물에 피해를 야기시키는 중요한 식물병원 진균이다. 최근 국내에서 널리 재배되고 있는 단감, 사과, 복숭아, 포도 등에 탄저병이 발생하여 많은 경제적 손실을 초래하고 있다. 탄저병 병원균의 경우 기존에는 주로 형태적 특성이나 배지상에서의 특성, 기주에 대한 병원성의 차이에 의존하여 분류를 해 왔다. 그러나 최근에는 병원균의 분류에 있어 문제점을 해결하기 위하여 분자생물학적 방법을 이용하고 있다. 최근에는 RAPD(ramdomly amplified polymorphic DNAs)와 RFLP(restriction fragment length polymorphism)의 장점만을 살린 AFLP(amplified fragment length polymorphism)기법이 유연관계 분석에 있어서 각광을 받고 있고 rDNA부위를 증폭하여 제한효소를 이용하여 다양성을 보는 방법이 많이 이용되고 있다. 이에 본 실험에서는 AFLP 기법 이용하여 단감나무에 탄저병을 일으키는 균들간에 유연관계를 밝혔다. AFLP결과에서 variation이 심하여 각각의 특징적인 band를 검출할 수 있었다. 특히 단감나무에 병해를 일으키는 탄저병 병원균 2개의 종이 복합적으로 관여하는 사실을 알 수 있었다.