• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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• 제21권1호
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• pp.11-18
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• 2008

We created a cDNA microarray representing approximately 3,500 pig genes for functional genomic studies. The array elements were selected from 6,494 cDNA clones identified in a large-scale expressed sequence tag (EST) project. These cDNA clones came from normalized and subtracted porcine adipose tissue cDNA libraries. Sequence similarity searches of the 3,426 ESTs represented on the array using BLASTN identified 2,790 (81.4%) as putative human orthologs, with the remainder consisting of "novel" genes or highly divergent orthologs. We used the gene microarray to profile transcripts expressed by adipose tissue of fatty Chinese Xiang pig (XP) and muscley Large White (LW). Microarray analysis of RNA extracted from adipose tissue of fatty XP and muscley LW identified 81 genes that were differently expressed two fold or more. Transcriptional differences of four of these genes, adipocyte fatty acid binding protein (aP2), stearyl-CoA desaturase (SCD), sterol regulatory element binding transcription factor 1 (SREBF1) and lipoprotein lipase (LPL) were confirmed using SYBR Green quantitative RT-PCR technology. Our results showed that high expression of SCD and SREBF1 may be one of the reasons that larger fat deposits are observed in the XP. In addition, our findings also illustrate the potential power of microarrays for understanding the molecular mechanisms of porcine development, disease resistance, nutrition, fertility and production traits.

• Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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• 제8권2호
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• pp.177-193
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• 2005

목 적: 담즙정체를 보이는 환자의 간조직에서 cDNA microarray를 이용한 유전자 발현 분석을 통 하여 담도 폐쇄증의 발생과정에 관여하는 유전자를 규명하고자 연구를 시행하였다. 방 법: 환자의 간조직은 담즙정체를 보이는 11명의 환자로부터 진단적 간생검시 얻은 간조직의 일부를 이용하였다. 이들의 원인 질환은 담도 폐쇄증이 7명, 신생아 간염 증후군이 4명이었다. 정상대조군의 간조직은 생체부분 간이식시 성인 공여자로부터 얻은 간조직의 일부를 이용하였다. 간조직에서 분리된 mRNA를 4.7K 인간유전자 cDNA microarray를 이용하여 유전자 발현의 양상을 분석하였다. 결 과: 분석한 4,700종의 유전자 중 담즙정체 환자 11명 모두의 간조직에서 발현이 증가된 유전자는 17종이 발견되었고, 발현이 감소된 유전자는 20종이 발견되었다. 담도 폐쇄증 환자와 신생아 간염 증후군 환자 사이에 49종의 유전자에서 발현의 차이가 관찰되었고, 특히 담도 폐쇄증에서는 발현이 증가하였으나 신생아 간염 증후군에서는 발현이 감소된 유전자는 24종이었으며 이들 유전자 발현의 차이에 의해서 두 군간의 감별이 가능하였다. 결 론: 신생아 간질환에서 담도 폐쇄증 환자들은 모두 일정한 양상을 보여주어 이에 대한 분석을 통하여 담도 폐쇄증의 조기 감별 진단을 할 수 있을것을 시사하였다. 또한 담도 폐쇄증에서 특이 발현을 보이는 유전자의 추가적인 기능 연구를 시행함으로써 담도 폐쇄증의 원인을 규명하는데 도움을 줄 수 있을 것으로 생각한다.

• 응용통계연구
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• 제17권3호
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• pp.419-430
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• 2004

마이크로어레이 기술은 한번에 수만 개의 유전자를 동시에 분석할 수 있는 고효율, 고가의 새로운 연구 도구로 자리잡았으며 마이크로어레이 실험 자료의 올바른 분석을 위해서는 실험 목적에 맞는 실험계획법의 확립과 통계분석법의 적용이 중요하다 본 논문에서는 마이크로어레이 자료에서 여러 군 사이에서 발현의 차이를 보이는 유전자를 찾을 수 있는 되돌림 설계를 소개하고 ANOVA 모형을 이용하여 분석하는 방법을 제시한다. 연세대학교 암전이 연구센터의 되돌림 설계를 이용한 백혈병 자료를 MA-ANOVA(Wu et. al.(2003))를 이용하여 분석하였다

• Genomics & Informatics
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• 제3권1호
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• pp.30-34
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• 2005

Microarray technology makes it possible to measure the expressions of tens of thousands of genes simultaneously under various experimental conditions. Identifying differentially expressed genes in each single experimental condition is one of the most common first steps in microarray gene expression data analysis. Reasonable choices of thresholds for determining differentially expressed genes are used for the next-stap-analysis with suitable statistical significances. We present a supervised model for identifying DEGs using pathway information based on the global connectivity structure. Pathway information can be regarded as a collection of biological knowledge, thus we are trying to determine the optimal threshold so that the consequential connectivity structure can be the most compatible with the existing pathway information. The significant feature of our model is that it uses established knowledge as a reference to determine the direction of analyzing microarray dataset. In the most of previous work, only intrinsic information in the miroarray is used for the identifying DEGs. We hope that our proposed method could contribute to construct biologically meaningful structure from microarray datasets.

• 원예과학기술지
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• 제30권6호
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• pp.734-742
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• 2012

본 연구는 배추의 유전자 기능분석을 위한 RNAi 유전자 침묵 기법과 T-DNA 삽입 기법을 비교하기 위해 수행하였다. 두 종류의 형질전환 계통이 이용되었으며 BrSAMS-knockout(KO) 계통은 T-DNA 삽입으로 한 개의 Brassica rapa S-adenosylmethionine synthetase(BrSAMS) 유전자가 기능을 상실한 계통이었으며 BrSAMS-knockdown(KD) 계통은 RNAi 방법을 통해 BrSAMS 유전자들의 발현이 억제된 계통이었다. KO 계통과 KD 계통의 microarray 분석 결과에서는 SAMS 유전자와 관련된 sterol, 자당, homogalacturonan 생합성 및 glutaredoxin-related protein, serine/threonine protein kinase, 그리고 gibberellin-responsive protein 유전자들의 발현 수준이 뚜렷한 차이를 보여 주었다. 그러나 KO 계통의 유전자 발현 양상은 하나의 BrSAMS 유전자가 기능을 상실하였음에도 불구하고 대조 계통과 비교하여 RNAi기법을 적용한 KD 계통에 비해 큰 차이를 보여주지 못했다. 또한 직접적으로 SAMS 유전자와 관련된 폴리아민과 에틸렌 합성 유전자들의 발현 변화도 KD 계통에서 더 잘 나타났다. 본 연구에서 microarray 결과를 이용한 KO 계통의 BrSAMS 기능분석은 배추과식물의 게놈 triplication 발생으로 인하여 다수로 존재하는 SAMS 유전자들 때문에 명확한 결론을 얻을 수 없었다. 결론적으로 배추와 같은 배수체 작물의 유전자 기능 분석은 RNAi silencing에 의한 유전자 knock-down 기법이 T-DNA 삽입에 의한 knock-out 기법보다 더욱 효율적인 것으로 나타났다.

• 대한소아치과학회지
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• 제37권3호
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• pp.275-287
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• 2010

치아 우식증은 범발성 질환이고 이에 대한 생체반응은 단순하지 않으며 질병 과정과 숙주의 활성 모두를 반영하는 복합적인 반응이다. 이러한 반응을 이해하기 위해서는 질병의 세포학적, 분자학적인 면을 이해하는 것이 필수적이다. 이에 본 연구는 임상적으로 건강한 치아와 우식이 진행된 치아로부터 얻어진 치수 안의 유전자 발현을 규명하고 우식 병소에서 일어나는 치유 및 재생에 관계되는 분자와 면역 세포들 사이의 분자 생화학적 상호작용을 규명하기 위해서 우식치아와 건전치아의 치수를 이용하여 cDNA 미세배열(microarray) 분석과 역전사효소 중합효소 연쇄반응 (RT-PCR) 분석, 그리고 면역화학염색법 (immunohistochemistry)을 시행하여 다음과 같은 결론을 얻었다. 1. cDNA 미세배열 분석 결과, 건전치아군인 대조군에서는 143개의 유전자가, 우식치아군인 실험군에서는 377개의 유전자가 1.6배이상 발현되었다. 2. 역전사효소 중합효소 연쇄반응 분석에서 14개의 유전자를 선택하였고 cDNA 미세배열 분석결과와 동일한 결과를 확인하였다. 3. TGF-${\beta}1$의 면역조직화학적 관찰 결과, 건전치에 비해 우식치의 상아모세포와 치수에서 특히 강하게 발현되었다.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.81.1-81
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• 2003

Although plants have evolved to possess various defense mechanisms from local biotic and abiotic stressors, most of yield loss is caused by theses stressors. Recent studies have revealed that several different stress responsive reactions are inter-networking. Therefore, the identification and dissection of stress responsive genes is an essential and first step towards understanding of the global defense mechanism in response to various stressors. For this purpose, we applied cDNA microarray analysis, because it has powerful ability to monitor the global gene expression in a specific situation. To date, more than 10,000 non-redundant genes were identified from seven different cDNA libraries and deposited in our EST database (http://plant.pdrs.re.kr/ks200201/pepper.html). For this study, we have built 5K cDNA microarray containing 4,685 unigene clones from three different cDNA libraries. Monitoring of gene expression profiles of hot pepper interactions with biotic stress, abiotic stresses and chemical treatments will be presented. Although this work shows expression profiling at the sub-genomic level, this could be a good starting point to understand the complexity of global defense mechanism in hot pepper.

• 응용통계연구
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• 제24권5호
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• pp.847-859
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• 2011

cDNA microarray-based comparative genomic hybridization(CGH) data includes low-intensity spots and thus a statistical strategy is needed to detect subtle differences between different cancer classes. In this study, genes displaying a high frequency of alteration in one of the different classes were selected among the pre-selected genes that show relatively large variations between genes compared to total variations. Utilizing copy-number changes of the selected genes, this study suggests a statistical approach to predict patients' classes with increased performance by pre-classifying patients with similar genetic alteration scores. Two-stage logistic regression model(TLRM) was suggested to pre-classify homogeneous patients and predict patients' classes for cancer prediction; a decision tree(DT) was combined with logistic regression on the set of informative genes. TLRM was constructed in cDNA microarray-based CGH data from the Cancer Metastasis Research Center(CMRC) at Yonsei University; it predicted the patients' clinical diagnoses with perfect matches (except for one patient among the high-risk and low-risk classified patients where the performance of predictions is critical due to the high sensitivity and specificity requirements for clinical treatments. Accuracy validated by leave-one-out cross-validation(LOOCV) was 83.3% while other classification methods of CART and DT performed as comparisons showed worse performances than TLRM.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제43권2호
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• pp.231-239
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• 2016

담배에서 후성유전관련 유전자의 발현연구를 위해 담배유래 시토신 DNA 탈메틸화 관련 NtROS2a 유전자를 과발현 및 RNAi 식물체를 육성하였다. 이들 형질전환체들은 고염 및 산화 스트레스하에서 내성이 증진되었으며, 다양한 표현형변이를 보였다(Lee et al. 2015). 본연구에서는 선발된 과발현 (OX1), RNAi 식물체(RNAi 13) 및 대조식물체(WT)를 이용하여 Agilent Tobacco 4 X 44K Oligo chip으로 microarray분석을 수행하였다. OX1과 RNAi13 계통을 이용하여 WT과 함께 비교 분석한 결과, 대부분 세포 내 이온 수송, 영양 공급 등과 같은 물질대사와 생물적 비생물적 스트레스 및 methylation과 관련되어 영향을 주는 유전자들에서 up-regulation 되었고, 물질대사관련 유전자와 세포 내 기능유전자의 역할을 담당하는 조효소, 그리고 다양한 스트레스 및 메틸레이션 관련 유전자군에서 또한 down-regulation되었다. 각각의 up-, down-regulation된 유전자들을 WT과 비교하여 qRT-PCR을 수행한 결과, KH domain-containing protein, MADS-box protein 및 Zinc phosphodiesterase ELAC protein 유전자들에서 발현이 높게 나타났으며, 반면에 pentatricopeptide (PPR) repeat-containing protein, histone deacetylase HDAC3 protein 및 protein kinase는 0.4 ~ 1.0-fold 발현양이 감소되었다. 따라서 DNA glycosylase를 암호화하는 NtROS2a 유전자는 demethylation과 관련되어 담배 식물체에서 다양한 전사레벨을 조절하는 것으로 판단된다.

• 대한전기학회:학술대회논문집
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• 대한전기학회 2004년도 하계학술대회 논문집 C
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• pp.2128-2130
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• 2004

High throughput analysis using a DNA chip microarray is powerful tool in the post genome era. Less labor-intensive and lower cost-performance is required. Thus, this paper aims to develop the multi-channel type label-free DNA chip and detect SNP (Single nucleotide polymorphisms). At first, we fabricated a high integrated type DNA chip array by lithography technology. Various probe DNAs were immobilized on the microelectrode array. We succeeded to discriminate of DNA hybridization between target DNA and mismatched DNA on microarray after immobilization of a various probe DNA and hybridization of label-free target DNA on the electrodes simultaneously. This method is based on redox of an electrochemical ligand.