• 제목/요약/키워드: DNA diagnostic test

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Association between Circulating Vitamin D, the Taq1 Vitamin D Receptor Gene Polymorphism and Colorectal Cancer Risk among Jordanians

  • Atoum, Manar Fayiz;Tchoporyan, Melya Nizar
    • Asian Pacific Journal of Cancer Prevention
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    • 제15권17호
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    • pp.7337-7341
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    • 2014
  • Background: The physiological role of vitamin D extends beyond bone health and calcium-phosphate homeostasis to effects on cancer risk, mainly for colorectal cancer. Vitamin D may have an anticancer effect in colorectal cancer mediated by binding of the active form $1,25(OH)_2D$ to the vitamin D receptor (VDR). The Taq1 VDR gene polymorphism, a C-to-T base substitution (rs731236) in exon 9 may influence its expression and function. The aim of this study wass to determine the 25(OH)D vitamin D level and to investigate the association between circulating vitamin D level and Taq1VDR gene polymorphism among Jordanian colorectal cancer patients. Materials and Methods: This case control study enrolled ninety-three patients and one hundred and two healthy Jordanian volunteers from AL-Basheer Hospital/Amman (2012-2013). Ethical approval and signed consent forms were obtained from all participants before sample collection. 25(OH)D levels were determined by competitive immunoassay Elecsys (Roche Diagnostic, France). DNA was extracted (Promega, USA) and amplified by PCR followed by VDR Taq1 restriction enzyme digestion. The genotype distribution was evaluated by paired t-test and chi-square. Comparison between vitamin D levels among CRC and control were assessed by odds ratio with 95% confidence interval. Results: The vitamin D serum level was significantly lower among colorectal cancer patients (8.34 ng/ml) compared to the healthy control group (21.02ng/ml). Patients deficient in vitamin D (less than 10.0 ng/ml) had increased colorectal cancer risk 19.2 fold compared to control. Only 2.2% of CRC patients had optimal vitamin D compared to 23.5% among healthy control. TT, Tt and tt Taq1 genotype frequencies among CRC cases was 35.5%, 50.5% and 14% compared to 43.1%, 41.2% and 15.7% among healthy control; respectively. CRC patients had lower mean vitamin D level among TT ($8.91{\pm}4.31$) and Tt ($9.15{\pm}5.25$) genotypes compared to control ($21.3{\pm}8.31$) and ($19.3{\pm}7.68$); respectively. Conclusions: There is significant association between low 25(OH)D serum level and colorectal cancer risk. The VDRTaq1 polymorphism was associated with increased colorectal cancer risk among patient with VDRTaq1 TT and Tt genotypes. Understanding the functional mechanism of VDRTaq1 TT and Tt may provide a strategy for colorectal cancer prevention and treatment.

한국인 기관지 천식 환자에서 허설변증과 Glutathione-S-Transferase 유전자의 다형성 연구 (Association Study of Glutathione-S-Transferase M1/T1 Gene Polymorphism with Deficiency-Excess Differentiation-syndrome in Korean Bronchial Asthmatics)

  • 유승렬;정승연;정주호;김진주;정승기
    • 대한한방내과학회지
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    • 제28권3호
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    • pp.453-463
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    • 2007
  • Backgrounds : Glutathione-s-transferase (GST) is a kind of phase II metabolism enzyme and plays an important role in the detoxification of various toxic chemicals. It was reported that the genetic polymorphism of GSTM1 and GSTT1 genes may be responsible for asthma development and susceptibility to allergy. Traditional oriental medicine uses a unique diagnostic technique. differentiation-syndrome. to analyze signs and symptoms of patients synthetically. Through differentiation-syndrome. asthma patients can be divided into two groups: the deficiency syndrome group (DSG) and the excess syndrome group (ESG). Objectives : The purpose of this study was to investigate the possible association of GST gene polymorphism with clinical phenotype by differentiation-syndrome of bronchial asthma patients. Materials and Methods : One hundred and ten participants were evaluated by pulmonary function test. Patients with 53 DSG and 31 ESG by differentiation-syndrome were assessed for genetic analysis. GSTM1 and GSTT1 deletion polymorphism was performed by polymerase chain reaction (PCR). Results : GSTM1 gene deletion was detected in 43.4% of individuals in the DSG and in 38.71 % in the ESG. The distribution of GSTM1 polymorphism between DSG and ESG was not significantly different [$x^2$=0.1767, p=0.6742; OR(95% CI)=1.2139(0.4915-2.9979)]. The proportion of GSTT1 null genotypes was 41.51% in the DGS and 45.16% in the ESG. The distribution of GSTT1 polymorphism between DSG and ESG was also not significantly different [$x^2$=0.1065, p=0.7442; OR(95% CI)=0.8618(0.3525-2.1065)]. In the combined analysis of GSTM1 and GSTT1 genes, the frequency of both null type of GSTM1/GSTT1 genes was not significantly different from both positive type of GSTM1/GSTT1 genes[$x^2$=0.0768, p=0.7817; OR(95% CI)=1.2000(0.3303-4.3602)] Conclusions : These results indicate that polymorphism of the GST gene might not be associated with the symptomatic classification of DSG and ESG by differentiation-syndrome in Korean asthmatics.

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치료 방사선량이 쥐의 난포 퇴축에 미치는 영향 (Effect of Radiation Dose for Radiotherapy on Ovarian Follicle Atresia in Rat)

  • 이원정;선종률;유세종;안봉선
    • Journal of Radiation Protection and Research
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    • 제37권4호
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    • pp.208-212
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    • 2012
  • 쥐의 난포를 대상으로 한 연구는 대부분 임상에서 암 치료에 사용되는 선량보다 높은 선량이 사용되어 왔다. 본 연구에서는 암 치료에 사용되는 단일조사 방사선 선량이 쥐의 난포 퇴축에 미치는 영향에 대해 알아보고자 하였다. 본 연구에는 4 주령의 흰쥐(Sprague-Dawley계통)를 실험 동물로 사용하였다. 방사선을 조사하지 않은 대조군, 2 cGy 조사군, 2 Gy 조사군으로 나누어 방사선을 4 Gy $min^{-1}$ 선량으로 조사하였다. 이때 사용된 방사선속은 6 MV-X선(Mevatron 67, Siemens, Germany)을 사용하였으며, 조사 면적은 $30{\times}30cm$, SSD (source-surface-distance)는 100 cm 거리에서 배측 방향으로 난소를 향해 단일 전신조사하였다. 2 cGy군과 2 Gy군은 조사 24 시간 후에 경추 탈구사시킨 후 개복하고, 생리적 식염수 내에서 난소를 적출하였다. 방사선에 의한 난포의 형태학적인 변화와 난포의 발육단계 정도를 파악하기 위해 H & E 염색을 실시하였다. 난포의 폐쇄가 진행되면서 나타나는 난포 과립세포의 세포고사 정도를 면역조직화학적으로 관찰하기 위해 절편화된 DNA를 염색할 수 있는 TUNEL 염색을 실시하였다. SPSSWIN(ver.19.0)프로그램을 이용하여, 전체난포에 대한 폐쇄된 난포의 비율과 난포의 각 발육단계에서 전체난포 중 폐쇄가 일어나지 않은 정상난포의 비율을 구하여 평균${\pm}$표준편차로 나타내었으며, 비모수검정의 Mann Whitney 테스트를 이용하여 비교하였다. 전체난포에 대한 퇴축난포의 비율이 2 Gy군은 대조군(p=0.011)과 2 cGy군(p=0.025) 보다 통계학적으로 유의하게 높았다. 난포동형성전 난포에서는 2 Gy군이 대조군 보다 유의하게 낮은 정상난포의 비율을 보였다(64.0 vs. 87.7, p=0.027). 난포동 난포에서는 2 cGy군이 대조군과(53.4 vs. 39.8, p=0.020) 2 Gy군(vs. 33.9, p=0.053) 보다 정상난포의 비율이 유의하게 증가하였고, 2 Gy군이 대조군 보다 낮은 정상난포 비율(33.9 vs. 39.8, p=0.522)을 보였다. 임상에서 암 치료에 사용되는 2 Gy의 단일조사 방사선 선량은 쥐의 난포 퇴축에 유의한 영향을 미쳤다.

Dual Priming Oligonucleotide (DPO) system을 이용한 듀시엔/베커형 근이영양증 진단법 (Diagnostic testing for Duchenne/Becker Muscular dystrophy using Dual Priming Oligonucleotide (DPO) system)

  • 김주현;김구환;이진주;이대훈;김종기;유한욱
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제5권1호
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    • pp.15-20
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    • 2008
  • 목 적 : 듀시엔/베커형 근이영양증(Duchenne and Becker type muscular dystrophy; DMD/BMD)은 남아에게 나타나는 일반적인 X 염색체 연관 유전성 근육 질환으로 DMD(dystrophin) 유전자의 돌연변이로 인해 생긴다. 그 중 큰 exon 결실이 전체 DMD 환자의 약 50-60%에서 발견된다. 이 유전자의 돌연변이를 찾기 위해 여러 방법들이 사용되고 있지만 결실 돌연변이를 찾아내기 위한 가장 일반적인 방법으로 복합적 중합효소연쇄반응을 이용하고 있다. 하지만 이 방법의 단점은 하나의 시험관 안에 복합적인 시발체가 존재하여 정확한 반응 조건을 찾기 힘들 뿐 아니라 시발체 상호간의 간섭으로 중합효소 연쇄반응의 비특이적 생성물을 빈번하게 일으켜 잘못된 음성 또는 양성 결과를 가져올 수 있다. 이런 문제를 보완하고자 Dual Primer Oligonucleotide(DPO) 방법을 도입하였다. DPO는 polydeoxyinosine 연결에 의해 두 영역으로 분리된 올리고뉴클레오티드(oligonucleotide)로 표적 DNA 염기서열과의 교잡반응에 높은 특이적 반응을 보여 복합 중합효소 연쇄반응의 정확도를 높여준다. 본 연구에서는 3 그룹을 대상군으로 DMD 유전자의 결실돌연변이 검색을 위한 DPO-복합 중합효소 연쇄반응법의 특이성과 민감성을 알아보고자 하였다. 방 법 : 50명의 건강한 남자 대조군, 50명의 결실 돌연변이를 갖고 있는 양성반응 환자그룹 그리고 20명의 결실 돌연변이를 가지고 있지 않은 음성반응 환자 그룹으로 구성된 3 그룹을 대상으로 DPO-복합 중합효소 연쇄반응법을 이용하여 실험하였다. 이들 120명의 실험군 모두 PMter영역과 exon 3, 4, 6, 8, 12, 13, 17, 19, 43-48, 50-52, 60을 포함하는 18개의 exon에서의 결실의 여부와 결실 범위를 확인하였다. 결 과 : DPO-복합 중합효소 연쇄반응법은 결실 여부를 발견하는데 100%의 특이성과 민감성을 보였다. 하지만 결실 범위의 결정에는 97.1%의 민감성과 특이성을 보였다. 결 론 : DPO-복합 중합효소 연쇄반응법은 기존의 복합 중합효소 연쇄반응법 보다 높은 분석 확실성을 보일뿐 아니라 빠르고 저렴한 비용으로 쉽게 할 수 있기 때문에 듀시엔/베커형 근이영양증 환자의 DMD 유전자의 결실돌연변이 여부를 확인하는데 유용한 방법이다.

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Rifampicin 내성 결핵균의 검출에 있어서 PCR-line Probe법과 PCR-SSCP법의 비교 (Comparison of PCR-Line Probe and PCR-SSCP Methods for the Detection of Rifampicin Resistant Mycobacterium Tuberculosis)

  • 김호중;서지영;정만표;김종원;심태선;최동철;권오정;이종헌;한용철
    • Tuberculosis and Respiratory Diseases
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    • 제45권4호
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    • pp.714-722
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    • 1998
  • 연구배경: Rifampicin은 항결핵 단기요법의 근간이 되는 약제로 rifampicin 내성용 다제내성의 지표이기도 하다. rpoB유전자는 rifampicin이 결합하여 약리작용을 나타내는 RNA polymerase의 $\beta$-subunit을 coding하는 유전자이며 rifampicin내성 결핵균의 약 96%에서 돌연변이가 관찰된다. 그러므로 rifampicin내성결핵을 빠르게 진단할 수 있는 유용한 방법을 확인하기 위하여 PCR-line probe법과 PCR-SSCP법을 이용하여 다음의 연구를 시행하였다. 방 법: 대한 결핵연구원의 약제감수성검사상 rifampicin 내성인 결핵균주 33예와 감수성인 결핵균주 12예를 대상으로 하였다. 각각 배양균 집락에서 DNA를 분리한 후, PCR-line probe법과 PCR-SSCP법을 이용하여 rifampicin 내성 여부를 단일맹검적으로 검사하였고, 이를 약제감수성검사 결과와 비교하였다. 결 과: PCR-line probe법으로는 내성균주 33예중 27예(81.8%)에서 rpoB 유전자의 돌연변이를 확인할 수 있었고, 감수성균주 12예는 모두 rpoB 유전자의 돌연변이는 없었다. PCR-SSCP 법으로는 내성균주 33예중 23예(69.7%)에서 rpoB 유전자의 돌연변이를 확인할 수 있었고, 감수성균주 12예는 모두 rpoB 유전자의 돌연변이는 없었다. Rifampicin내성균주에서 rpoB 유전자 돌연변이 검출율의 PCR-line probe 법과 PCR-SSCP법간의 차이는 없었다 (p=0.25). 결 론: PCR-line probe법은 PCR-SSCP법과 더불어 rifampicin 내성을 조기에 진단할 수 있는 좋은 방법으로 사료되며, 전통적인 약제감수성검사 결과를 기다릴 수 없는 국한된 환자에게 유용한 진단법으로 생각된다.

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FISH를 이용한 다운증후군과 에드워드증후군의 신속한 산전확인 : 309예의 임상적 고찰 (Rapid prenatal diagnosis of Down syndrome and Edward syndrome by fluorescence In situ hybridization : Clinical experience with 309 cases)

  • 강진희;이숙환;박상희;박지현;김지연;한원보;김인현;박상원;장진범;이경진;박희진;전혜선;이경주;신중식;차동현
    • Journal of Genetic Medicine
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    • 제4권1호
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    • pp.64-71
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    • 2007
  • 목 적 : 다운증후군과 에드워드증후군의 빠른 진단에 있어 FISH 검사의 임상적 유용성과 한계성을 보고하고자 한다. 방 법 : 유전질환이 의심되는 고위험임신 309예에서 양수 검사를 통해 미배양 양수세포에서 18번과 21번 염색체의 probes를 이용한 FISH 검사를 시행하고 이들의 결과를 염색체 핵형분석 결과와 비교하였다. 결 과 : 평균연령은 34.18세, 평균임신주수는 18주(126.12 일)의 309예에서 FISH 검사는 모두 성공하였다. 각각 1예씩의 다운증후군과 에드워드증후군이 FISH로 신속한 진단이 가능했으며 이들은 염색체 핵형 검사에서 확인하였다. 그러나 18번과 21번 이외의 염색체의 이수성과 구조적 이상은 발견하지 못했는데 모두 12예(3.9%)로 상당부분을 차지했다. 앞으로 산전 선별검사에 있어 FISH검사과정의 자동화 기계화로 더 시간을 단축하고 가격을 낮추는 방안이 계속 개발되어야 할 것이다.

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