• 생명과학회지
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• 제31권12호
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• pp.1057-1065
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• 2021

위암 환자에서 미토콘드리아 DNA (mtDNA)의 양적 변화가 보고 되고 있으며 이러한 변화가 위암의 발암이나 진행에 관여되는 것으로 추정되고 있다. 그리나 위암에서 미토콘드리아 단백질이나 mtDNA에 의해 암호화된 산화적 인산화(OXPHOS) 단백질의 양적 변화에 관한 연구는 아직까지 미비한 실정이다. 본 연구에서는 위암환자 조직 및 세포주를 이용하여 mtDNA 양 그리고 미토콘드리아 단백질 및 OXPHOS 단백질의 양을 분석하였다. 또한, mtDNA 양적 변화와 위암 환자의 임상병리학적 특징을 연관 분석하였다. MtDNA 양을 분석하기 위하여 qPCR 기법을 그리고 단백질 분석에는 Western blot 기법을 각각 활용하였다. 총 27개의 위암 환자 샘플에서 약 80%에 해당하는 22개의 환자 위암조직에서 정상조직에 비해 mtDNA 양이 감소하였으며, 나머지 환자에서는 mtDNA 양이 증가하였다. 이러한 mtDNA 양이 감소한 위암 조직 샘플에서는 미토콘드리아 단백질 및 OXPHOS 단백질의 양도 같이 감소하였다. 한편, 본 연구에 사용된 총 5개의 위암 세포주 모두에서 mtDNA 양이 감소하였다 그러나 위암 세포주에서는 mtDNA 양적 감소와 미토콘드리아 단백질 및 OXPHOS 단백질의 양적 감소가 항상 일치하지는 않았다. 이러한 연구결과는 위암 조직 및 세포주에서 mtDNA 양의 감소가 흔하며 이는 mtDNA 양적 변화가 위암의 생성에 관여함을 제시한다.

• Parasites, Hosts and Diseases
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• 제53권4호
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• pp.421-430
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• 2015

The parasite Plasmodium falciparum causes severe malaria and is the most dangerous to humans. However, it exhibits resistance to their drugs. Farnesyltransferase has been identified in pathogenic protozoa of the genera Plasmodium and the target of farnesyltransferase includes Ras family. Therefore, the inhibition of farnesyltransferase has been suggested as a new strategy for the treatment of malaria. However, the exact functional mechanism of this agent is still unknown. In addition, the effect of farnesyltransferase inhibitor (FTIs) on mitochondrial level of malaria parasites is not fully understood. In this study, therefore, the effect of a FTI R115777 on the function of mitochondria of P. falciparum was investigated experimentally. As a result, FTI R115777 was found to suppress the infection rate of malaria parasites under in vitro condition. It also reduces the copy number of mtDNA-encoded cytochrome c oxidase III. In addition, the mitochondrial membrane potential (${\Delta}{\Psi}m$) and the green fluorescence intensity of MitoTracker were decreased by FTI R115777. Chloroquine and atovaquone were measured by the mtDNA copy number as mitochondrial non-specific or specific inhibitor, respectively. Chloroquine did not affect the copy number of mtDNA-encoded cytochrome c oxidase III, while atovaquone induced to change the mtDNA copy number. These results suggest that FTI R115777 has strong influence on the mitochondrial function of P. falciparum. It may have therapeutic potential for malaria by targeting the mitochondria of parasites.

• Genomics & Informatics
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• 제5권3호
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• pp.137-139
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• 2007

RAN-aCGH is an R GUI tool for the analysis and visualization of array comparative genomic hybridization (array-CGH) experiments. The tool consists of data-loading, preprocessing for missing data, several methods for statistical identification of DNA copy number aberration, and visualization of the copy number change. RAN-aCGH requires a single input format, provides various visualizations, and allows the addition of a new statistical method, all in a user-friendly graphic user interface (GUI).

• Preventive Nutrition and Food Science
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• 제21권4호
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• pp.317-322
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• 2016

Mitochondrial biogenesis is a complex process requiring coordinated expression of nuclear and mitochondrial genomes. The peroxisome proliferator-activated receptor gamma co-activator 1-alpha (PGC-$1{\alpha}$) is a key regulator of mitochondrial biogenesis, and it controls mitochondrial DNA (mtDNA) replication within diverse tissues, including muscle tissue. The aim of this study was to investigate the effects of eicosapentaenoic acid (EPA) and docosahexaenoic acid (DHA) on mtDNA copy number and PGC-$1{\alpha}$ promoter activity in $C_2C_{12}$ muscle cells. mtDNA copy number and mRNA levels of genes related to mitochondrial biogenesis such as PGC-$1{\alpha}$, nuclear respiratory factor 1 (NRF1) and mitochondrial transcription factor A (Tfam) were assayed by quantitative real-time PCR. The PGC-$1{\alpha}$ promoter from -970 to +412 bp was subcloned into the pGL3-basic vector, which includes a luciferase reporter gene. Both EPA and DHA significantly increased mtDNA copy number, dose and time dependently, and up-regulated mRNA levels of PGC-$1{\alpha}$, NRF1, and Tfam. Furthermore, EPA and DHA stimulated PGC-$1{\alpha}$ promoter activity in a dose-dependent manner. These results suggest that EPA and DHA may modulate mitochondrial biogenesis, which was partially associated with increased mtDNA replication and PGC-$1{\alpha}$ gene expression in $C_2C_{12}$ muscle cells.

• 한국어병학회지
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• 제31권2호
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• pp.101-107
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• 2018

여윔증상이 나타난 양식장(farm-B 및 farm-C)의 넙치 및 여윔증상이 나타나지 않은 양식장(farm-A) 넙치의 각 내부 장기(신장, 장, 비장, 뇌 및 간)를 대상으로 점액포자충 Parvicapsula sp.의 양적 분석을 real-time PCR 방법을 사용하여 각각 실시하였다. 여윔증상을 보였던 farm-C의 넙치 신장에서 가장 높은 DNA copy number ($1.7{\times}10^7copies/mg$ tissue)를 보였고, farm-B의 넙치에서는 모든 내부 장기에서 낮은 수치가 나타났으며, farm-A의 넙치에서는 모든 내부 장기에서 음성 결과를 나타내었다. 동일한 시료를 사용한 PCR 및 병리조직학적 분석에서도 real-time PCR에서의 결과와 같은 양상을 보였다.

• 응용통계연구
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• 제24권5호
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• pp.847-859
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• 2011

cDNA microarray-based comparative genomic hybridization(CGH) data includes low-intensity spots and thus a statistical strategy is needed to detect subtle differences between different cancer classes. In this study, genes displaying a high frequency of alteration in one of the different classes were selected among the pre-selected genes that show relatively large variations between genes compared to total variations. Utilizing copy-number changes of the selected genes, this study suggests a statistical approach to predict patients' classes with increased performance by pre-classifying patients with similar genetic alteration scores. Two-stage logistic regression model(TLRM) was suggested to pre-classify homogeneous patients and predict patients' classes for cancer prediction; a decision tree(DT) was combined with logistic regression on the set of informative genes. TLRM was constructed in cDNA microarray-based CGH data from the Cancer Metastasis Research Center(CMRC) at Yonsei University; it predicted the patients' clinical diagnoses with perfect matches (except for one patient among the high-risk and low-risk classified patients where the performance of predictions is critical due to the high sensitivity and specificity requirements for clinical treatments. Accuracy validated by leave-one-out cross-validation(LOOCV) was 83.3% while other classification methods of CART and DT performed as comparisons showed worse performances than TLRM.

• 한국어병학회지
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• 제34권2호
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• pp.161-168
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• 2021

Quantitative analysis of myxosporean parasites (Enteromyxum leei and Parvicapsula anisocaudata) were performed using real-time PCR on the internal organs (head kidney, body kidney, intestine, spleen, brain, liver, heart, muscle, blood, and eye) of emaciated Paralichthys olivaceus from farm-A. The highest DNA copy number of E. leei was shown in the intestine (1.3 × 10⁸ copies/mg tissue) of emaciatied P. olivaceus and DNA copy number in the other internal organs (1.3 × 10³~4.6 × 10⁵ copies/mg tissue) showed lower than in intestine. From the result of real-time PCR for P. anisocaudata, it was considered mildly infected, due to the low DNA copy numbers of the head kidney (1.3 × 10³ copies/mg tissue) and body kidney (9.1 × 10³ copies/mg tissue). In order to investigate whether myxosporean parasites can be detected in a non-invasive way, quantitative analysis of E. leei and P. anisocaudata from rearing water of three farms were performed by real-time PCR. The DNA copy number of E. leei from rearing water of farm-A and farm-B were 8 × 10⁴ and 5 × 10⁵ copies/L, respectively. However, it was not detected in farm-C. For P. anisocaudata from rearing water, farm-A, farm-B and farm-C showed 0, 2.0 × 10⁶ and 5.1 × 10⁶ copies/L, respectively.

• Maxillofacial Plastic and Reconstructive Surgery
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• 제30권2호
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• pp.205-212
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• 2008

인간 게놈의 DNA서열의 차이는 개개인의 특이성을 의미하기 때문에 염기서열의 변화는 질병에 대한 감수성, 약물에 대한 반응 등 개인의 성향에 큰 영향을 미치게 된다. 인간 게놈에는 여러 가지 형태의 유전적 변이가 존재하지만 그 중 단일염기다형성이 인간의 유전적, 표현형의 다양성을 설명하는 주된 유전적 변이로 생각되었으나 최근 유전체 전체 분석법의 발전으로 1 kb 이상 크기의 CNV의 발견으로 개체간의 유전적 다양성에 대한 더 많은 이해가 가능하게 되었고, 진화와 유전 질환에 대한 CNV의 역할을 조사하는 연구의 기초를 제공하게 되었다. 현재 인간게놈의 CNV를 찾아내고 특성화 작업을 목표로 하는 The Copy Number Variation Project를 위해 The Wellcome Trust Institute (Hinxton, United Kingdom), Hospital for Sick Children (Toronto), University of Tokyo (Tokyo), Affymetrix (Santa Clara, CA), 그리고 Harvard Medical School/Brigham and Women's Hospital (Boston, MA) 등이 참여하는 international consortium이 구성되어 보다 심도 있는 연구가 진행되고, 또한 향후 진보된 DNA microarray-based technology와 서열화 기술의 개발로 인간 게놈 상의 모든 유전적 변이를 발견하게 되고 포괄적인 CNV 지도를 완성하고 인간 유전자 다양성 인간의 진화, 유전적 질환 개인 맞춤형 의학에 대한 새로운 이해와 연구가 가능하게 될 것으로 기대된다.

• 한국미생물·생명공학회지
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• 제19권6호
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• pp.568-574
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• 1991

효모에서 대랑의 물질생산계를 구축하기 위하여 먼저 여러 종류의 베터의 이용이 가능한 다양한 영양요구성 marker를 지니며 형질전환율이 향상된 효모숙주를 선별 개량하였다. 벡터의 제작에 사용되는 프로모터로는, 효모의 여러 유전자 중에서 그 활성이 매우 높은 해당계의 효소 GAP-DH의 구조 유전자 GAP를 이용하기로 하여, 효모염색체 DNA중에서 GAP 프로모터를 분리하여 이용하기 쉽게 변형하였다. 분리된 GAT promoter의 기능을 검토하기 위하여, reporter로 APase의 구조유전자 PHO5'를 이용하여 세포내의 copy수가 상이한 발현 벡터를 제작하여 GAP 프로모터에 의한 APase의 활성 및 전사산물을 측정한 결과, 정상적인 전사가 이루어 졌으며, 효소활성도 높게 나타났으며, 벡터의 copy수에 의한 효소활성의 차이도 감지되었다.

• BMB Reports
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• 제37권3호
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• pp.351-355
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• 2004

Separate protocols are commonly used to prepare plasmid DNA, chromosomal DNA, or total RNA from E. coli cells. Various methods for the rapid preparation of plasmid DNA have been developed previously, but the preparation of the chromosomal DNA and total RNA are usually laborious. We report here a simple, fast, reliable, and cost-effective method to extract total nucleic acids from E. coli by direct lysis of the cells with phenol. Five distinct and sharp bands, which correspond to chromosomal DNA, plasmid DNA, 23S rRNA, 16S rRNA, and a mixture of small RNA, were observed when analyzing the prepared total nucleic acids on a regular 1-2% agarose gel. The simple and high-quality preparation of the total nucleic acids in a singe tube allowed us to rapidly screen the recombinant plasmid, as well as to simultaneously monitor the change of the plasmid copy number and rRNA levels during the growth of E. coli in the liquid medium.