• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• v.25 no.11
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• pp.1667-1670
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• 2004

In DNA microarray produced by DNA-deposition technology, DNA-immobilization and -hybridization yields on a solid support are most important factors for its accuracy and sensitivity. We have developed a dendrimeric support using silylated aldehyde slides and polyamidoamine (PAMAM) dendrimers. An oligonucleotide array was prepared through a crosslinking between the dendrimeric support and an oligonucleotide. Both DNAimmobilization and -hybridization yields on the solid support increased by the modification with the dendrimers. The increase of the immobilization and hybridization efficiency seems to result from a threedimensional arrangement of the attached oligonucleotide. Therefore, our dendrimeric support may provide a simple and efficient solution to the preparation of DNA microarrays with high-density DNA-deposition and high hybridization efficiency.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2006.02a
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• pp.46-55
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• 2006

(주)지노믹트리는 DNA 마이크로어레이 기술을 기반으로 하는 분자진단회사로서, 다음의 세가지 사업에 전력하고 있다. 첫째는 독창적이며 특화된 바이오마커 발굴기술 (MAGIC system)을 바탕으로 각종 암진단을 위한 바이오마커 개발연구 두 번째는 당사의 원천 기술인 다중동시검출 시스템을 이용한 질병 진단 시스템 및 증폭시스템 세 번째는 마이크로어레이 기술을 이용한 유전자 발현 분석, Array CGH, DNA 메틸레이션 분석 그리고 miRNA 검출 등의 지노믹스시대의 연구를 위한 토탈솔루션을 제공하고 있다. 지난 5년간의 마이크로어레이 기반기술을 이용한 자체연구 활동을 수행하면서 축적된 마이크로어레이 관련기술 노-하우들을 국내 마이크로어레이 연구자들에게 공급하기 위하여 노력하고 있다. 특히 당사의 지노믹서비스 부문은 유전자 발현 분석 솔루션 제공을 위해서 자체적으로 제작하여 공급하고 있는 human cDNA(17K/25K) 및 rat cDNA (5.0K) 마이크로어레이, Human (22K) 및 mouse (10K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로 어레이 그리고 미생물 연구를 위한 대장균 (6K) 및 폐렴균 (2.2K) 올리고뉴클레오타이드 마이크로어레이 제공 및 이를 이용한 유전자 발현 분석 서비스를 제공하고 있다. 체적으로 제작되는 마이크로어레이 서비스는 2001년 도입한 ISO9001 품질인증시스템의 기반하에서 제작부터 생산까지의 엄격한 품질관리 과정을 거쳐서 고품질의 마이크로어레이를 이용한 분석서비스를 제공 하고 있다. 또한 고객요구형 서비스를 위하여 국외 유수의 마이크로어레이 회사 (Agilent, Microarray Inc, TIGR, Eurogentec 등)의 whole genome 기반의 마이크로어레이 제품을 이용한 분석서비스를 제공하고 있으며 마이크로어레이 실험을 위해서 필수적으로 이용되고 있는 시약 (labeling kit), 마이크로어레이 hybridization을 위한 hardware (hybridization chamber, hnay centrifuge)등을 자체적으로 개발하여 공급하고 있다. DNA copy number 측정을 위한 Array CGH 분석을 위해서는 자체적으로 제작공구하고 있는 human cDNA 마이크로어레이 (17K/25K) 그기고 rat (5.0K) 마이크로어레이를 이용한 분석서비스 및 whole genome 기반의 Agilent 올리고뉴클레오타이드 CGH 어레이 (44K, 35Kb resolution)를 이용한 분석서비스를 제공하고 있다. Epigenetic study를 하는 연구자들을 위한 메틸레이션 마이크로어레이 분석 서비스를 제공하고 있다. 기존분석법인 Bisulfite 처리기반의 분석이 아닌 enzyme digestion후 PCR 증폭방법을 이용한 분석방법을 이용함으로써, bisulfite 처리에 의한 DNA 손실문제를 최소화 하였다. 현재 50개의 문헌을 통해 잘 보고된 메틸레이션 유전자들에 대한 분석서비스를 제공하고 있으며, 지속적으로 표적컨텐츠의 숫자를 증가시킬 예정이다. 최근 많은 연구자들의 관심을 끌고 있는 micro RNA 검출을 위한 DNA 마이크로어레이 서비스를 제공할 예정이다 (2006년 3월 출시). 현재 까지 알려진 약 320개의 모든 miRNA를 탑재하고 있는 소형 DNA 마이크로어레이를 이용한 분석서비스로서 1장의 마이크로어레이 실험을 통하여 알려진 모든 miRNA의 비교분석이 가능하다. 마이크로어레이 실험 뿐만 아니라 data 분석을 위한 software도 상당히 중요한 비중을 차지하고 있다 이를 위하여 (주)지노믹트리는 Agilent에서 개발한 GeneSpring GX (유전자 발현 분석), Signet (마이크로어레이 database) 및 GeneSpring GT (SNP 분석)를 공급하고 있다. 통계적인 기반 지식의 없은 일반 user들을 위한 간편하면서도 종합적인 기능을 포함하고 있는 우수한 프로그램으로 이미 국제적으로 많은 인정을 받고 있다. (주)지노믹트리는 국내외 많은 연구자들의 경제적, 시간적 연구여건을 고려한 마이크로어레이 토탈솔루션을 제공하고 있으며, 실험 분석에서 data 마이닝 그리고 마이크로어레이 실험 디자인에 이르는 토탈솔루션을 제공하고 있다.

• Journal of KIISE:Computer Systems and Theory
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• v.34 no.8
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• pp.319-326
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• 2007

To perform fast searching in massive data such as DNA strings, the most efficient method is to construct full-text index data structures of given strings. The widely used full-text index structures are suffix trees and suffix arrays. Since the suffix may uses less space than the suffix tree, the suffix array is proper for DNA strings. Previously developed construction algorithms of suffix arrays are not suitable for DNA strings since those are designed for integer alphabets. We propose a fast algorithm to construct suffix arrays on DNA strings whose alphabet sizes are fixed by 4. We reduce the construction time by improving encoding and merging steps on Kim et al.[1]'s algorithm. Experimental results show that our algorithm constructs suffix arrays on DNA strings 1.3-1.6 times faster than Kim et al.'s algorithm, and also for other algorithms in most cases.

• Proceedings of the Korean Society for Bioinformatics Conference
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• 2001.10a
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• pp.29-44
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• 2001

DNA damage by physical insult including UV and g-radiation might provoke genetic alterations in cells, which is followed by either acute cell death or tumorigenesis. The responsiveness to g-radiation depends on cellular context of target cells. To understand the mechanisms of checkpoint control, repair and cell death following genotoxic stimu]i, cDNA microarray can provide the gene expression profile. To make a profile of gene expression in irradiated Jurkat T cells, we hybridized the cDNA microarray using cDNA from g-irradiated Jurkat T cells. Jurkat T cells were exposed to 4Gy to 16Gy, and total RNA were extracted at 4 to 24 hrs after irradiation. The hybridization of the microarray to fluorescence-labeled cDNA from treated and untreated cells was analyzed by bioinformatic analysis to address relative changes in expression levels of the genes present in the array. Responses varied widely in different time points, suggesting acute stress response and chronic restoration or cell death. From these results we could select 384 genes related to radiation response in Tcells, and radiation response might be different in various types of cells. Using Radchip, we could separate "the exposed" from control PBMCs. We propose that Radchip might be useful to check the radiation research as well as radiation carcinogenesis.

• BT NEWS
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• v.11 no.2
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• pp.35-40
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• 2004

‘바이오칩(biochip)’ 이란 컴퓨터 칩(computer chip)에서 유래되어 바이오(bio)와 관련된 어떤 집적회로의 요소와 관련된 용어로 지칭되어 왔으나, 최근 몇년 동안 기술개발이 구체으로 이루어 지면서, DNA를 포함한 생체분자(biomolecule)에 대하여 생화학적 분석에 사용되는 프로브(probe)를 정렬(array)시킨 물질 및 장치라고 정의되고있다.(중략)

• Journal of Genetic Medicine
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• v.1 no.1
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• pp.57-59
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• 1997

• The Korea Genome Conference
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• 2005.09a
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• pp.65-65
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• 2005

• Proceedings of the Korean Society of Developmental Biology Conference
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• 2003.10a
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• pp.69-69
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• 2003

Neuroprotective strategies have been appeared to be effective in a variety of stroke models. One of the major focuses has been related to the activities of estrogen. $17\beta$-estradiol valerate(EV) has been reported to exert neuroprotective effects when administered before an ischemic insult. The purpose of this study was to determine whether EV can protect against brain injury via estrogen receptor. Chronic and acute pretreatment can reduce the ischemic damage of focal cerebral ischemia in OVX rat, indicating that EV may be a new therapeutic class of drugs to prevent neuronal damage associated with cerebral ischemia. RNAs were extracted from the hippocampus of ovariectomized female rat with or without EV. Differential gene expression profiles were revealed(Bone morphogenetic protein type 1A receptor, Protein disulphide isomerase, cytochrome bc-1 complex core P, thiol-specific antioxidant protein). RT-PCR and in situ hybridization were used to validate the relative expression pattern obtained by the cDNA array. This Study was supported by the Korea Science and Engineering Foundation(KOSEF) through the Biohealth Products Research Center(BPRC), Inje University, Korea

• Biomedical Science Letters
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• v.18 no.1
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• pp.29-34
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• 2012

Streptomycetes are gram-positive filamentous bacteria that are well-known for producing a vast array of bioactive compounds, including more than 70 % of commercially important antibiotics. For the research about Streptomyces sp., the protoplast and electroporation transformation method have been the general techniques for the construction of transformants. However, these techniques have low efficiency and are time-consuming. Another option is intergenic conjugation, which is used for DNA transfer using methylation-deficient E. coli as a DNA donor to avoid the methylated-DNA-dependent restriction systems of actinomycetes. This conjugation method has been widely improved and applied to many other actinomycetes. In this research, an effective transformation procedure for the construction of expression vector by using gateway system was established to avoid limit of restriction enzyme site for cloning of target gene based on transconjugation by Escherichia coli ET12567/pUZ8002 with a pSET152 integration vector.

• Proceedings of the Korean Society of Crop Science Conference
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• 2022.10a
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• pp.194-194
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• 2022

Recently, food-induced allergies have emerged as major global concerns. In the past ten years, it has doubled in western nations, and it has also increased in Asia and Africa. In many cases of food allergy, peanut allergy is prevalent, typically permanent, and frequently life-threatening. Therefore, we utilized gene editing techniques on the three major allergen genes in peanuts, Ara h 1, Ara h 2, and Ara h 3. Using gibson assembly and golden gate assembly, we created two vectors, the gRNA-tRNA array CRISPR-Cas9 system and Prime-editing. Using LBA4404 strain and agrobacterium-mediated transformation, the vectors were transferred to two elite Korean peanut lines. After co-cultivation and tissue culture, we extracted the tissue cultured peanut DNA amplified the hygromycin resistance gene and Cas9 gene in the T-DNA region. The integration of the T-DNA region into the host genome was demonstrated by the presence of a specific band in some samples. There have only been a few reported peanut gene editing studies. So, this study will contribute to peanut allergy and gene editing research.