• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제31권1호
• /
• pp.3-12
• /
• 2018

Objective: DNA methylation plays a major role in regulating the expression of genes related to traits of economic interest (e.g., weight gain) in livestock animals. This study characterized and investigated the functional inferences of genome-wide DNA methylome in the loin (longissimus dorsi) muscle (LDM) of swine. Methods: A total of 8.99 Gb methylated DNA immunoprecipitation sequence data were obtained from LDM samples of eight Duroc pigs (four pairs of littermates). The reference pig genome was annotated with 78.5% of the raw reads. A total of 33,506 putative methylated regions (PMR) were identified from methylated regions that overlapped at least two samples. Results: Of these, only 3.1% were commonly observed in all eight samples. DNA methylation patterns between two littermates were as diverse as between unrelated individuals (p = 0.47), indicating that maternal genetic effects have little influence on the variation in DNA methylation of porcine LDM. The highest density of PMR was observed on chromosome 10. A major proportion (47.7%) of PMR was present in the repeat regions, followed by introns (21.5%). The highest conservation of PMR was found in CpG islands (12.1%). These results show an important role for DNA methylation in species- and tissue-specific regulation of gene expression. PMR were also significantly related to muscular cell development, cell-cell communication, cellular integrity and transport, and nutrient metabolism. Conclusion: This study indicated the biased distribution and functional role of DNA methylation in gene expression of porcine LDM. DNA methylation was related to cell development, cell-cell communication, cellular integrity and transport, and nutrient metabolism (e.g., insulin signaling pathways). Nutritional and environmental management may have a significant impact on the variation in DNA methylation of porcine LDM.

• 식물조직배양학회지
• /
• 제25권4호
• /
• pp.245-250
• /
• 1998

Tobacco mosaic virus(TMV) 외피단백질 유전자를 연초(Nicotiana tabacm cv. NC82)에 형질전환하고 형질전환 식물체 후세대에서 TMV 저항성인 연초를 선발하여, 선발된 TMV 저항성 제5세대 형질전환 식물체의 도입된 유전자발현 및 고온에서의 특성 등을 조사하였다. TMV 저항성 식물체의 염색체 DNA에 TMV 외피 단백질 유전자가 안정되게 존재하고 있음을 genomic PCR을 수행하여 확인하였다. 또한 형질전환 식물체내에서 TMV 외피 단백질 발현은 Immunoblot hybridization 방법으로 확인하였다. TMV 저항성 형질전환 연초식물체에서 발현된 단백질의 양은 매우 적었으며 특히 본엽에는 병징이 나타나지 않았으나 수확기 마지막 액아에 TMV의 반점이 나타난 병징발현 지연형의 형질전환 식물체의 경우에도 발현된 단백질의 양은 정상 NC 82에 TMV가 감염되었을 때와 비교하여 현저히 적었다. TMV 저항성 형질전환 식물체 내에서 발현되는 TMV 외피단백질의 양은 총 단백질에 대비하여 0.01% 이하이였다. TMV 병징 발현 지연형인 형질전환 식물체에 TMV를 인공접종한 후 고온처리상태에서 외피 단백질 유전자의 전사 및 발현을 RT-PCR과 Immune blot hybridization 통하여 확인하였으며, 이때 TMV의 증식도 억제되었으므로 개량멀칭시 나타나는 고온조건하에서도 저항성이 안정적으로 발현될 수 있음을 알 수 있었다.

• 한국환경성돌연변이발암원학회지
• /
• 제8권1호
• /
• pp.1-12
• /
• 1988

본 연구는 Ethyl methanesulfonato(EMS) 혹은 Bleomycin(BLM)에 의해 유발된 DNA상해의 회복에 미치는 DNA 종합효소 $\alpha$ 저해제인 Aphidicolin(APC)과 DNA 종합효소 $\beta$의 저해제인 2`, 3`-dideoxythymididine 5`-triphosphate(ddTTP)의 영향을 조사하기 위하여 Chinese hamster ovary(CHO)-Kl 세포를 재료로 비주기성 DNA 합성법과 알칼리유출법 및 스칼리 자당구배침강법으로 수행하여 얻은 결과는 다음과 같다. APC와 ddTTP는 EMS에 의해 유발된 DNA 상해의 회복을 저해하여 APC 혹은 ddTTP를 처리하지 않고 배양한 실험군 보다 비주기성 DNA 합성율과 DNA 단사 절단율이 증가되었다. 한편 BLM에 의해 유발된 DNA 상해의 회복에서는 ddTTP를 처리했을 경우에만 저해되었다. 즉 BLM 처리 후 ddTTP를 후처리한 실험군의 비주기성 DNA 합성율과 DNA단사 절단율은 ddTTP를 처리하지 않은 군보다 증가되었고, BLM 처리 후 APC를 후처리할 경우에 비주기성 DNA 합성율과 DNA 단사 절단율은 APC를 처리하지 않은 군과 유사하였다. 이상의 결과들에서 EMS에 의해 유발된 DNA 상해의 회복에는 DNA 중합효소 $\alpha$, $\beta$양자가 관여하나 BLM에 의해 유발된 DNA 상해의 회복에는 중합효소 $\beta$가 관여하는 것으로 추측된다.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제6권4호
• /
• pp.541-547
• /
• 1993

A phage clone containing the partial ${\alpha}_{S1}$-casein gene was isolated from a bovine genomic library by using mixed probes of ovine ${\alpha}_{S1}$-, ${\beta}$- and ${\kappa}$-casein cDNAs. Restriction enzyme mapping analysis for 14.6 kb revealed that the map was in conflict with the report of Meade et al. (1990), especially in the 3'-end fragment. Sequence analysis of 12.6 kb revealed a high AT/GC ratio (1.64); we have identified eight exon sequences according to the bovine ${\alpha}_{S1}$-casein cDNA sequence. The same exon/intron splice junction sequence was observed between these exons. We suggest that the bovine ${\alpha}_{S1}$-casein gene night contain a minimum of 18 exons and the full length is approximately 18-19 kb.

• 생물정신의학
• /
• 제15권4호
• /
• pp.243-253
• /
• 2008

In the post-genomic era, the mechanisms controlling activation of genes are thought to be more important. Gene-environment interactions are crucial in both development and treatment of psychiatric disorders as they are complex genetic disorders. Epigenetics is defined as a change of gene expression that occurs without a change of DNA sequence and can be heritable by certain mechanisms. Epigenetic changes play essential roles in control of gene activation. DNA methylation, chromatin remodeling and RNAi act as key mechanisms for epigenetic modifications of genes. Here, we review the basic mechanisms of epigenetics and discuss their potential involvement of human diseases, including psychiatric disorders.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제1권4호
• /
• pp.219-222
• /
• 1988

Degradation of deoxyribonucleic acid(DNA) and ribonucleic acid(RNA) by cell-free extract of mixed rumen protozoa of buffalo rumen was investigated. DNA was observed to be degraded rapidly during an initial incubation period of 2 hr with simultaneous appearance of degradation products. RNA on the other hand recorded a rapid degradation during an initial incubation period of 1 hr. RNA degradation products appeared upto an incubation period of 2 hr. DNA was observed to degrade into oligo- and mononucleotides. pyrimidine nucleosides, purine nucleoside adenosine and bases xanthine, hypoxanthine and thymine. Degradation products of RNA comprised of pyrimidine nucleosides, purine nucleoside, adenosine and bases xanthine, hypoxanthine and uracil besides oligo- and mononucleotides.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제16권3호
• /
• pp.315-319
• /
• 2003

Random amplified polymorphic DNA (RAPD) analysis was done with 19 oligonucleotide primers to study genetic similarities and divergence among different types of Deoni breed of cattle viz., Balankya, Wannera and Waghya. Six random primers produced low to high numbers of polymorphic bands between pooled DNA of different Deoni types. Of the 48 RAPD markers obtained 33 were common to all Deoni types, 3 were individual specific and 12 were polymorphic for different Deoni types. The mean average percentage difference values among Deoni types showed that Balankya and Wannera had less genetic divergence when compared to Waghya.

• Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
• /
• 제22권7호
• /
• pp.955-961
• /
• 2009

The aim of this study was to determine the specific polymorphic sites in cattle breeds and inter- and interbreed genetic variation among breeds and to develop a databank of Turkish native cattle mtDNA using sequence analysis. The entire D-loop region was analyzed based on DNA sequences in Turkish Grey, East Anatolian Red, South Anatolian Red, and Anatolian Black native breeds. In total, 68 nucleotide differences were observed at 26 different sites. The variable positions consisted of 22 transitions, two transversions, and two insertions, but no deletions. Haplotype number, haplotype diversity, nucleotide diversity, and mean number of pairwise difference values were found to be 17, 0.993, 0.00478, and 4.275, respectively. In addition, a phylogeny was developed by comparison among cattle populations for which the entire D-loop sequence was available. A high level of genetic variation was observed within and among the native cattle breeds.

• 한국정보과학회:학술대회논문집
• /
• 한국정보과학회 2008년도 한국컴퓨터종합학술대회논문집 Vol.35 No.1 (C)
• /
• pp.64-67
• /
• 2008

DNA Chip을 이용한 실험은 그 결과에 대하여 대용량의 정보를 쏟아내고 있다. 이러한 데이터를 분석하는 다양한 기법 중, 미리 정해진 클래스에 데이터를 해당하는 클래스로 분류하는 기법인 분류화를 수행하여 의도한 목표를 위한 규칙을 찾아내고자 한다. 본 논문에서는 이를 위해 DNA Chip과 같은 방대한 양의 정보 분석에 대하여 적합한 생태계 모방 알고리즘인 PSO Algorithm을 사용하여 분류 규칙을 발견하여 이를 데이터에 적용, 분류하는 연구를 기술하고 있다.

• Journal of Radiation Protection and Research
• /
• 제26권2호
• /
• pp.101-111
• /
• 2001

본 연구는 염색체 1, 2, 4, 7, 8, 9 및 21번 염색체의 DNA probe를 이용하여 2Gy의 방사선을 조사한 후 DNA 양을 감안한 기대치와 관찰치의 차이를 비교함으로서 각 염색체의 방사선에 대한 감수성을 평가하여 궁극적으로 방사선 피폭시 생물학적 선량계로서 FISH기법의 타당성을 평가하고자 하였다. 1번 및 4번 염색체의 경우 상호전좌와 이동원 염색체의 관찰치가 기대치보다 더 높게 나타났으며 이와 반대로 2, 7, 8 및 9번 염색체의 경우 상호전좌와 이동원염색체의 관찰치 모두 기대치보다 낮게 나타났다. 2번 및 4번 염색체의 경우 1번 염색체보다 더 많은 acentric fragment의 빈도를 나타내었다. 1, 2, 및 4번 염색체 3종을 조합했을 때 상호전좌의 경우 관찰치와 기대치는 세포 100개당 25.5 및 25.40으로 차이가 없었으며 이동원염색체의 경우 13.25 및 13.2로 역시 거의 차이가 없게 나타났다. 따라서 본 연구결과 방사선 피폭시 발생하는 염색체이상 빈도는 염색체마다 DNA 양에 비례해 나타나지 않을 수 있어 각 염색체마다 방사선 감수성에 차이가 있을 것으로 판단된다. 또한 방사선 피폭시 생물학적 선량계로서 1, 2 및 4번을 동시에 관찰 할 경우 염색체 FISH 법을 활용하기 위하여 적절한 염색체 조합이라고 판단된다.