텔로미어(telomere)는 염색체 양 말단에 위치하는 DNA와 단백질의 복합체로서 (TTAGGG)n의 단순 반복 염기 서열로 이루어져 있다. 그러나 일부 조류 및 척추동물의 경우 염색체의 양 말단 부위외 간질적 위치에도 telomeric DNA sequence가 분포한다. 본 연구는 닭 염색체에 있어 telomeric DNA의 분포 양상을 제시하고자 한국 재래닭의 초기 배아로부터 염색체 표본을 제작하고, telomeric DNA probe를 이용한 FISH를 수행하여 염색체 상 텔로미어의 분포 양상을 분석하였다. 분석 결과, 닭의 모든 염색체 양 말단부에 텔로미어가 분포하는 것으로 나타났으며, 더불어 대형 염색체 중 1번의 1q32, 1p11, 1p23 위치와 2번 염색체의 2q24 및 3번 염색체 3q32에 interstitial telomeric signal(ITS)이 존재하는 것이 확인되었다. 이러한 한국 재래닭 염색체의 텔로미어 분포 양상은 이전 Gallus domesticus에서 발표한 분포 양상과 거의 일치한 것으로 나타났다. 한국 재래닭의 각 염색체별 텔로미어 함유율은 4.6~16.3% 정도로 분석되었으며, 거의 대부분의 염색체에서 단완 말단부의 telomeric DNA의 함량이 장완 말단부보다 높은 것으로 나타났다. 닭 염색체에서 ITS의 존재와 분포 양상은 핵형학적으로 진화 과정 중 염색체 간의 융합에 의해 신생 염색체가 형성되었을 가능성을 시사한다.
본 연구는 N-methyl-N'-nitro-N-nitrosoguanidine(MNNG) 를 처리한 CHO-K1세포에서 DNA 복제억제와 그 회복과정의 분자론적 기작을 규명할 목적으로 방사선 이중표지에 의한 DNA합성율의 측정, 알카리 자당농도구배 초원심분리법에 의한 DNA 분자량과 후복제 회복율을 측정하여 다음과 같은 결과를 얻었다. DNA 합성율은 2nM 이하의 낮은 농도의 MNNG 처리군에서는 급격히 감소하였으나, 5nM 이상의 농도에서는 그 감소양상이 둔화되었다. 억제되었던 DNA 합성율은 시간경과에 따라 회복되어 처리 후 4시간 째에는 대조군 수준 또는 그 이상으로 회복되었다. MNNG 처리 후 DNA 분자 크기의 분포와 새로 합성된 DNA 분자의 생장양상을 알카리 자당농도구배 초원심분리법으로 조사한 결과 MNNG 처리 후 시간 경과에 따라 새로합성된 DNA 분자들의 크기분포는 1*107 달톤 이하의 DNA 분자들의 합성양이 특이하게 증가하였다가 감소함을 보였다.
한국 서해안 해역에서 2011년 9월부터 2012년 1월까지 수평망식으로 양성한 굴의 산란기 이후 생태 생리학적 변화를 조사하였다. 조사 지역은 충남 태안 연안의 의항, 신두리, 이원의 두 곳을 선정하여 생식소지수, 조직학적 분석, 생식소와 폐각근 내의 RNA/DNA의 양과 비, condition index (CI), 연체부지수 등을 분석하여 건강도를 판정하였다. 연구결과 의항에서 수평망식으로 양식한 굴은 다른 지역의 굴과 생리학적 차이를 보였다. 즉, 폐각근 내 RNA/DNA의 양 및 비가 조사기간 동안 지속적으로 감소하였고 가장 낮은 CI와 연체부지수를 보였다. 이원지역의 St. 1과 2에서 양식한 굴은 산란기 이후 빠른 회복력을 보여 RNN/DNA가 증가하였고, 연체부지수와 CI 또한 10월까지 급격히 증가한 이후 감소하는 것으로 나타났다. 신두리 지역의 굴은 연체부지수와 CI가 10월까지 급격하게 감소하였다. 그러나 이러한 건강도 판정요소와는 다르게 폐각근 내 RNA/DNA 비는 단백질의 증가 양상처럼 10월까지 지속적으로 증가하는 것으로 조사되었다. 특이한 점은 신두리와 이원의 St. 1에서는 12월까지도 부분방출기의 개체가 관찰이 되었다. 모든 결과를 종합하여 볼 때 본 연구에서 사용된 RNA/DNA 양과 비의 변화, 연체부지수, CI 등의 간단한 지표만으로도 양식 굴의 건강상태, 산란 후 회복과정에 관한 정보 취득이 가능하였다. 따라서 이와 같은 자료를 통하여 우량종패 생산을 위한 굴 어미관리가 가능하고, 또한 소비자들이 선호할 수 있는 양질의 굴 생산이 가능할 것으로 판단되므로 향후에도 다년간 연구조사가 필요할 것으로 생각된다.
HIV는 ELISA나 WB에 의해 항체가 검출되기 수개월 혹은 수 년전에도 proviral DNA 상태로 감염된 세포의 chromosome내에 존재하는 것이 주지의 사실이다. 그동안 Southern blot, in situ hybridization등에 의해 이 proviral DNA를 검출하려는 연구가 진행되어 왔으나 lymphocyte $10^{4}$-$10^{6}$개 중 1개가 감염되어 있으며 lymphocyte chromosomal DNA에 비해 viral DNA의 양이 미량이므로 검출하기에는 민감도가 낮은 문제점이 있다. 본 고에서는 근래 개발되어 널리 사용되고 있는 polymerase chain reaction(PCR)을 이용한 HIV의 진단에 관해 살펴보고자 한다.
In order to identify and develop the specific DNA marker for the identification of Hanwoo (Korean Cattle) from other breeds, a specific DNA marker of 519 bp was identified and sequenced from polymorphic analysis using RAPD-PCR for 6 cattle breeds. Two different repetitive sequences, $(AAC)_5$ and $(GAAGA)_2$, were selected and designed to use specific probe to develop a DNA marker for Hanwoo specific. When the $(AAC)_5$ probe was applied, the 10 kb specific DNA marker showed in the DNA fingerprinting from 237 of 281 Hanwoo individuals. This novel Hanwoo specific DNA probe is useful to perform the marker-assisted selection for screening Hanwoo purity as an unique genetic source.
본 논문에서는 대용량의 DNA 염기 배열의 정성 정보를 특징짓기 위한 새로운 가시화 방법을 제안한다. DNA 배열은 배열 자체가 방대한 양의 정보를 포함하고 있기 때문에 분석에 많은 어려움이 있다. 우리는 DNA 염기 배열들사이의 상사성 비교를 위해 DNA 염기 배열을 하나의 이미지 도메인으로 변환한다. 프로그램은 random walk plot으로 DNA 염기 배열을 가시화한 후에 k-convex hull로 단순화 시킨다. Random Walk plot은 염기배열을 평면상에 하나의 커브로 표현한다. k-convex hull은 walk plot으로부터 무의미한 부분을 제거함으로서 walk plot을 단순화한다. 이러한 방법은 유전공학자들에게 쉽게 DNA 배열의 특징을 인식하고 분류할 수 있는 직관을 제공한다. 실제 게놈 데이터로 실험한 결과는 논문에서 제안하는 방법이 긴 DNA 염기배열들 사이의 유사성 분석을 위해 좋은 가시화 도구임을 보여준다.
D. radiodurans RecA 단백질은 DNA에 결합한 DNA-단백질 복합체만이 ATPase 활성을 나타내며. 보통의 낮은 염 농도조건에서는 DNA가 존재하지 않으면 RecA 단백질에 의한 ATP 가수분해는 거의 일어나지 않았으나 이러한 ATP 가수분해현상은 높은 농도의 염을 첨가하게 되면 1,000배 활성화 되었으며 1.6 M KCl이 존재할 때 ATP 혹은 dATP를 가수분해 하였다. DNA가 존재하지 않을 때 염에 의해 촉진되는 활성은 RecA 단백질 농도에 비례하였고, 더 높은 염농도에서 더 높은 ATP 가수분해 활성이 나타났다. 이러한 활성화 현상을 다양한 종류의 이온 형태에서 분석하였을 때 1.6 M Cl 음이온이 존재할 때 양이온의 형태에 따른 활성화 정도는 $K^+{\geq}Na^+$> $NH_4^+$의 경향을 보였으며, 1.6 M의 K 양이온 존재할 때 음이온의 형태에 따른 활성화는 glutamate > $Cl^-$ > acetate > $PO_4^-$의 순서로 높게 나타났다. 고농도의 염이 존재하는 조건에서 DNA 비의존성 ATPase의 활성은 비교적 넓은 범위 최적 조건인 pH7과 pH 8 사이에서 최대 활성을 보였고, 기질에 대한 친화도면에서도 외가닥 DNA 의존성 활성보다는 이중가닥 DNA 의존성 활성형태를 보였다. 고농도의 염이 첨가되고 DNA가 존재하지 않을 때 RecA 단백질에 의한 ATP 가수분해를 위한 RecA 단백질의 활성 종 형태는 최소 3개의 RecA 단백질이 결합되어 있는 과량체로 작용하는 것으로 나타났다.
활발히 생장하고 있는 돼지 태아 선상세포에서. 정상적인 human 세포 배양으로부터 분리된 single-stranded DNA parvovirus KBSH 의 초기 증식 특성을 알아보기 위해, 합성되는 virus의 hemagglutinating(HA) antigen 양과 virus의 d double-stranded replicative form(RF) DNA 합성 속도를 조사하였다virus의 RFDNA 합성이 시작되는 감염 후 15-16 시간 때와 거의 동시에 virus에 감엽된 숙주셔1포의 DNA 합성 속도가 감소하기 시작하였으며, virus의 RF DNA 합성속도 가 최대에 년한 후 간소하시 시작하는 감염 후 24시간 때부터 virus의 HA antigen이 배지상으로 방출되기 시작하였다. 그러고 virus의 RF DNA 복체에는 virus에 감염된 세포에서 감염 후 10-14시간 때에 형성되는 만액섣들이 관여함을 말았다.
본 논문에서는 직선 허프변환을 이용하여 DNA밴드 영상의 위치를 자동으로 인식한 다음, 영상의 기울어짐을 검출하고 보정하는 방법을 제안한다. 먼저 입력된 그레이 스케일 DNA밴드 영상을 이진화한 후 직선 허프변환에 의하여 DNA밴드 영상에 포함되어 있는 직선성분을 추출하고, 직선성분들이 직교하는 점을 찾아내어 입력하고자 하는 영상의 위치를 인식한다. 그리고 많은 양의 DNA밴드 영상 데이터를 효과적으로 입력할 수 있도록, 위치인식과정에서 실시한 직선 허프변환에 의해 영상의 기울어짐을 ${\pm}1$도 이내의 정확도로 검출하고, 기울어짐을 자동으로 보정한다.
근년에 개발된 효소적인 DNA증폭법을 이용하면 일차구조상의 단편적인 정보만 알면 단 수시간내 해석에 필요한 양의 DNA가 증폭되어 cDNA의 염기배열결정의 신속화, 간편화가 가능하게 되었다. 그러므로 유전자증폭법으로써 PCR법에 관해 기술한다. 그리고 리보좀 RNA는 분자시계로서 생물의 계통을 논하는 데에 있어서는 최적의 조건을 갖춘 고분자화합물이다. 이에 PCR법을 이용한 16S like 리보좀DNA의 증폭법을 다루고, PCR증폭산물의 염기배열결정법에 대해 서술한다. 또한 인위적인 leading error 등을 배제하고 신속한 자동해독과 시간적인 절약이 자동 DNA sequencer의 개발과 시판으로 가능하게 되어 cDNA의 형광색소표식 염기배열결정법에 대해서도 서술한다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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