Kim, Eun-Mi;Jueson Maeng;Lim, Yong-Pyo;Yoonkang Hur
Journal of Photoscience
/
제7권2호
/
pp.73-78
/
2000
To analyze molecular traits determining pigmentation between Pharbitis nill violet and white, Amplified Fragment Length Polymorphism(AFLP) and Differential Display Reverse Transcription(DDRT) experiments were carried out with either genomic DNAs or total RNAs isolated from both plants. Results of AFLP experiment in combination of 8 EcoRⅠ primers with 6 MseⅠ primers showed 41 violet-and 60 white-specific DNA bands. In the subsequent experiment, 22 violet-and 22 white-specific DNA fragments were amplified by PCR with DNAs eluted. The sizes of the fragments range from 200 to 600bp. DDRT using total RNA produced 19 violet-and 17 white-specific cDNA fragments, ranging from 200 to 600bp. The fragments obtained by both AFLP and DDRT had been cloned into pGEM T-easy vector, amplified and subjected to the nucleotide sequence analyses. As a result of Blast sequence analysis, most of them sequenced up to date showed no similarity to any Known gene, while few has similarity to known animal or plant genes. An AFLP clone V6, for example, has a strong sequence similarity to the human transcription factor LZIP-alpha mRNA and a DDRT clone W19 to Solanum tuberosum 3-hydroxy-3-methylglutaryl coenzyme A reductase mRNA.
목적 : 임상에서 사용하는 방사선량을 조사하여 환자의 자궁경부암 세포에서 유도되는 유전자를 검색하고자 하였다. 대상 및 방법 : 자궁경부암 환자에서 방사선치료 하루 전(대조군)과 1.8 Gy 조사후 40분 지나서(조사군) 자궁경부암 조직을 생검하여 각 군에서 total RNA를 추출하였다. differential display reverse transcription-polymerase chain reaction기법(DDRT-PCR)으로 발현이 증가 또는 감소된 유전자를 탐색하였다. 발현에 변화가 있는 cDNA를 추출하고 증폭하여 얻은 클론을 reverse Northern Blot방법을 이용하여 screening하였고, Northern Blot으로 확인하였다. sequencing을 실시한 후 NCBI database를 이용하여 blast search를 하였다. 발현이 감소한 유전자를 대상으로 다른 환자에서의 발현 양상을 확인하기 위하여 방사선치료를 받는 5명의 자궁경부암 환자를 대상으로 RT-PCR로 검사 하였다. 결과 : DDRT-PCR기법을 이용하여 방사선 조사군에서 발현이 증가 혹은 감소된 18개의 cDNA band를 발견하였다. reverse northern blot을 이용한 screening에서 발현이 증가된 10개의 클론과 감소된 1개의 클론을 확인하였다. 클로닝된 cDNA 조각들은 대부분 $400\~500\;bp$ 정도 되었으며, 그중 1개의 클론은 잘 알려져 있는 chemokine receptor CXCR4 유전자와 높은 상동성을 보였으며, 4개의 클론은 Human ESTs로 확인되었고 5개의 클론은 기능이 아직 확인되지 않은 알려져 있는 염기서열로 확인되었다. 방사선에 의하여 발현이 감소한 CxCa-11 클론이 모든 환자에서 방사선치료 전 시료에서 발현을 보였으나, 방사선치료 후 시료에서는 그 발현량이 감소하거나 발현이 안되었다. 결론 : DDRT-PCR을 이용하여 임상에서 자주 사용되는 방사선량을 환자의 자궁경부암에 조사했을 때 발현되는 유전자를 확인하였다. 이러한 유전자 발현의 확인은 방사선치료과정 중에 발생하는 일련의 기전들을 이해하는데 도움이 되리라 생각된다.
To understand plant-pathogen interactions, a complete set of hot pepper genes differentially expressed against pathogen attack was isolated. As an initial step, hundreds of differentially expressed cDNAS were isolated from hot pepper leaves showing non-host resistance against bacterial plant pathogens (Xanthomonas campestris pv. glycines and Pseudomonas syringae pv. syringae) using differential display reverse transcription polymerase chain reaction (DDDRT-PCR) technique. Reverse Northern and Northern blot analyses revealed that 50% of those genes were differentially expressed in pepper loaves during non-host resistance response. Among them, independent genes without redundancy were micro-arrayed for further analysis. Random EST sequence database were also generated from various CDNA libraries including pepper tissue specific libraries and leaves showing non-host hypersensitive response against X. campestris pv. glycines. As a primary stage, thousands of cDNA clones were sequenced and EST data were analyzed. These clones are being spotted on glass slide to study the expression profiling. Results of this study may further broaden knowledge on plant-pathogen interactions.
사람의 혈액 내의 단핵구 U937을 모델시스템으로 이용하여 옻추출물 처리에 의해 발현이 조절되는 특정 유전자를 탐색하였다. DDRT-PCR을 이용하여 옻 추출물 처리 시 발현이 감소되는 클론을 하나 얻을 수 있었으며 이를 클로닝하고 염기서열 분석을 실시하였다. 그 결과 얻어진 유전자는 H2A histone family의 member Z와 100% 유사성이 있는 것으로 나타났다. 이 단백질은 특정 조건 하에서 특정한 유전자 발현을 증가시키는 역할을 하는 것으로 보고되고 있으나, 보다 정확한 작용기작을 알아내기 위해서는 유전자 관계 파악을 위하여 향후 계속적인 연구가 필요함을 알 수 있었다.
We found a soybean (Glycine max) cultivar 561 that was strongly resistant to a virulent bacterial strain of a Pseudomonas spp. Further identification revealed that the Pseudomonas spp. was a strain of Pseudomonas aeruginosa. Furthermore we identified specific genes involved in the resistance of soybean 561 and analyzed the pattern of gene expression against the Pseudomonas infection using differential-display reverse transcription PCR (DDRT-PCR). More than 126 cDNA fragments representing mRNAs were induced within 48 hours of bacteria inoculation. Among them, 28 cDNA fragments were cloned and sequenced. Twelve differentially displayed clones with open reading frames had unknown functions. Sixteen selected cDNA clones were homologous to known genes in the other organisms. Some of the identified cDNAs were pathogenesis-related genes (PR genes) and PR-like genes. These cDNAs included a putative calmodulin-binding protein, an endo-1,3-1,4-b-D-glucanase, a b-1,3-endoglucanase, a b-1,3-exoglucanase, a phytochelatin synthetase-like gene, a thiol pretense, a cycloartenol synthase, and a putative receptor-like sorineithreonine protein kinase. Among them, we found that four genes were putative pathogenesis-related genes (PR) induced significantly by the p. aeruginosa infection. These included a calmodulin-binding protein gene, a b-1,3-endoglucanase gene, a receptor-like sorine/threonine protein kinase gene, and pS321 (unknown function). These results suggest that the differentially expressed genes may mediate the strong resistance of soybean 561 to Pseudomonas aeruoginosa.
In Korea, a local soybean (Glycine max) genotype 56l. was found to be strongly resistant to a virulent bacterial strain of a Pseudomonas sp. SN239. Specific genes involved in the resistance of the soybean genotype 561 were identified and the pattern of gene expression against the Pseudomonas infection was analyzed using differential-display reverse transcription PCR (DDRT-PCR). More than 126 cDNA fragments representing mRNAs were induced within 48 hours of bacteria inoculation. Among them, 28 cDNA fragments were cloned and sequenced. Twelve differentially displayed clones with open reading frames had unknown functions. Sixteen selected cDNA clones were homologous to known genes of other organisms. Some of the identified cDNAs were pathogenesis-related (PR) genes and PR-like genes. These cDNAs included a putative calmodulin-binding protein; an endo-l,3-1,4-$\bate$-D-glucanase; a $\bate$-1,3-endoglucanase; a $\bate$-1,3-exoglucanase; a phytochelatin synthetase-like gene; a thiol protease; a cycloartenol synthase; and a putative receptor-like serine/threonine protein kinase. Among them, four genes were found to be putative PR genes induced significantly by the Pseudomonas infection. These included a calmodulin-binding protein gene, a $\bate$-1,3-endoglucanase gene, a receptor-like serine/threonine protein kinase gene, and pS321 (unknown function). These results suggest that the differentially expressed genes may mediate the strong resistance of soybean 561 to the strain SN239 of Pseudomonas sp.
Using the DDRT-PCR, a series of differentially expressed genes in human primary cervical cancer was isolated. Among the 250 PCR amplimers, 88 gene fragments were confirmed by reverse Northern hybridization. Homology searches indicated that 26 out of 88 were previously known genes including calmodulin, human BBC1, histone H3.3, a series of ribosomal proteins (RPL19, RPS19, and RPS12), translation initiation factor (eIF-4AI), lactoferrin, integrin ${\alpha}6$, cell-surface antigens (CD9 and CD59), transcription factor (mbp-1), and mitochondrial proteins. Several unknown clones showed sequence homology with known genes. Furthermore, six of the unknown genes showed identical sequence with expressed sequence tags (EST) of unknown function. Differential expression patterns of identified genes were further examined and confirmed with multiple pairs of cervical cancer samples using Northern hybridization. Our profiling of differentially expressed genes may provide useful information about the underlying genetic alterations in human cervical carcinoma and diagnostic markers for this disease. The precise roles of these genes in cancer development remain to be elucidated.
이전 연구에서 넙치유래 재조합 마이오스타틴 프로도메인을 무지개송어에 한달간 침지법을 통하여 처리한 결과 대조군에 비하여 무게가 최대 약 42% 증가되었다. 따라서 본 연구는 재조합 마이오스타틴 프로도메인을 침지법에 의해 처리된 무지개송어와 대조군의 근육으로부터 발현되는 cDNA를 제작하여 마이오스타틴 프로도메인에 의해서 유도된 특정유전자를 선발하기 위하여 ACP (annealing control primer)를 이용한 DDRT법을 통하여 분석하였다. 총 20가지의 ACP를 이용한 결과 2개의 특정 유전자를 분석하였으며, NCBI BLAST 분석결과 Cytochrome P450 mono oxygenase와 Profilin으로 판명되었다. 이 중 Cytochrome P450 mono oxygenase는 대조군보다 발현량이 증가하였으며, Profilin는 대조군에 비해서 발현량이 감소하였다. 이러한 결과를 재확인하기 위하여 두 유전자의 primer를 각각 제작하여 semi-quantitative RT-PCR를 시행한 결과 DDRT법에 의한 분석과 동일하였다. 본 결과는 어류의 성장에서 마이오스타틴 프로도메인의 기능 및 메카니즘에 대한 연구에 유용한 자료가 될 것으로 사료된다.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.