• Title/Summary/Keyword: D-Arabinose

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Lectin Activity and Chemical Characteristics of Escherichia coli, Lactobacillus spp. and Bifidobacterium spp. from Gastrointestinal Mucosa of Growing Pigs

  • Gao, W.;Meng, Q.X.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • v.17 no.6
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    • pp.863-868
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    • 2004
  • Lectin activities and chemical characteristics of Escherichia coli, Lactobacillus spp. and Bifidobacterium spp. originating from the porcine cecal mucosal layer were studied based on hemagglutination assay (HA) and hemagglutination inhibition assay (HIA). Although all the bacterial strains were able to agglutinate erythrocytes of porcine or rabbit origin, much higher HA titers were consistently observed for Lactobacillus spp. than for E. coli or for Bifidobacterium spp. A remarkable reduction in HA titers occurred by the treatment of E. coli and Lactobacillus spp. with protease or trypsin and of Bifidobacterium spp. with protease, trypsin or periodate. There were no significant effects on the HA titers of the three groups of bacteria after the treatment with lipase. Hemagglutination of E. coli was strongly inhibited by D (+)-mannose and D (+)-galactose; Lactobacillus spp. by $\alpha$-L-rhamnose and methyl-$\beta$-galactopyranoside; Bifidobacterium spp. by D (+)-alactose, $\alpha$-L-rhamnose, $\alpha$-L-fucose, L (+)-arabinose, D (+)-mannose, D (-)-fructose at a relatively low concentration (1.43 to 3.75 mg/ml). These results, combined with the enhanced HA activities of the three bacterial strains by modification of rabbit erythrocytes with neuraminidase and abolished HA activity of E. coli after treatment with $\beta$-galactosidase, indicate that it might be the glycoproteinous substances surrounding the surface of the bacterial cells that are responsible for the adhesions of these microorganisms by recognizing the specific receptors on the red blood cell.

Manual of River Corridor Survey and Monitoring for Nature-Friendly River Management (자연 친화적 하천관리를 위한 수변조사 및 모니터링 매뉴얼)

  • Ock Giyoung;Woo Hyoseop;Kim Kyuho;Cho Kanghyun
    • Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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    • 2005.05b
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    • pp.1269-1273
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    • 2005
  • 자연 친화적 하천관리는 현 치수위주의 하천정비 관행으로 인한 하천의 환경 기능의 훼손을 막고, 제도적으로 자연 친화적으로 하천 사업을 추진하기 위해서 수변조사, 계획, 설계, 시공, 모니터링, 그리고 유지관리 등 일련의 체계적인 절차에 따라 하천 사업을 시행하는 것이다. 특히 이러한 표준 절차 가운데 수변조사는 하천의 특성을 결정짓는 여러 가지 자연적, 인공적 형성과정들과 그 과정들을 지배하는 생태학적 원리들을 파악하여 하천사업의 정비주제와 방향을 설정하는데 도움을 준다. 모니터링은 계획과 설계, 시공을 통해 실시된 하천사업의 효과를 평가하고, 공법적용에 따른 하천의 변화과정을 파악하여 유지관리 및 적응관리를 위한 근거를 제시하는 과정이다. 수변조사 및 모니터링 매뉴얼은 건설교통부가 수행한 '자연친화적 하천정비기법 개발' 의 연구성과로서, 경기도의 탄천, 충청북도의 달천 그리고 경기도 오산천을 대상으로 각 관련분야의 전문가가 참여하여 직접 적용$\cdot$검증한 결과를 바탕으로 제작한 것이다. 이는 하천의 관리 및 하천관련 사업을 자연 친화적으로 수행하기 위하여 필요한 '수변조사'와 '모니터링'에 대한 일반적인 절차와 방법을 체계화 한 것이다. 특히 수변조사 매뉴얼의 경우는 $\ulcorner$하천설계기준$\lrcorner$의 '제12장 하천환경조사'를 보완하는 관계에 있다. 하천설계기준에서 제시한 하천환경조사는 본 수변조사 매뉴얼상과 동일한 절차와 양식을 따르고 있다. 하천설계기준에서 자세하게 기술하지 못한 조사방법, 정리, 분석, 평가에 대한 내용을 구체적으로 적용하여 이를 보완하고 있다.은 안양천 웹페이지(http://anyang.river.or.kr)에서 구현되고 있으며, 앞서 설명한 바와 같이 1단계 프론티어 사업으로 설치된 4개의 하천수위, 2개의 지하수위 관측시설과 함께, 2단계에 (주)웹솔루스에서 자체적으로 설치 운영하고 있는 2개소의 하수관거 모니터링 관측시설, 그리고 안양시에서 운영하고 있는 5개소의 강우관측소와 7개소의 수위관측소를 모두 통합하여 실시간 자료를 제공하고 있다. 수위자료는 10분단위의 텍스트정보와 그래프형태로 지원되며, 검색기간 설정을 통해 원하는 기간내의 자료를 선별, 검색할 수 있다.. 또한 이와 같은 기초적인 정보를 바탕으로 하류하천의 탁수 피해를 최소화할 수 있는 선택취수탑의 운영방안을 수립할 수 있다 본 연구에서는 이를 위해 선택취수탑 주위의 성층흐름을 기존의 실험자료와 수치해석을 통하여 분석하였고, 온도성층구조나 취수구의 위치변화에 따른 방류수 수질특성을 조사하였다.쇄파대(artifical reef)와 같은 완충지대를 갖는 호안을 축조함으로써 월파량을 감소시키는 대안으로 제시하고자 한다. 본 연구 수행을 통해 태풍 내습시 발생 가능한 자연재해에 대한 사전 방지를 목적으로 태풍피해의 원인을 제시하고 이를 해결하여 현재의 방재대책이 항구적인 방재대책으로 전환될 수 있는 방안 마련의 기초 자료로 활용되기를 기대한다., L-arabinose, 및 D-galactose; 제3차(第三次) 가수분해물(加水分解物)(C)에서 L-rhamnose, D-xylose, L-arabinose 및 D-galactose, 비가수분해물(非加水分解物)(C')에서 D-xylose와 D-galactose를 검출(檢出)하였다. (4) 구성당(構

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Development of Turbidity Management System for Nakdong River using Water Quality Model (수질모형을 이용한 낙동강 탁도관리시스템 구축)

  • Kim Young Do;Noh Joonwoo;Ko Ick Hwan;Kim Woo Gu
    • Proceedings of the Korea Water Resources Association Conference
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    • 2005.05b
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    • pp.1378-1382
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    • 2005
  • 여름철 집중강우시 유입되는 고탁수층은 저수지의 밀도성층으로 인하여 표수층 하부에 위치하며, 이를 적기에 배제하지 않을 경우에는 수평방향의 확산현상과 연직방향의 전도현상으로 인해 저수지 전역에 분포하게 되어, 탁수현상의 장기화를 유발한다. 이와 같은 탁수장기화에 대한 저수지내 대책의 하나로서 홍수유입후 탁도가 높은 물을 단기간동안 방류하고, 갈수기에는 탁도가 낮은 물을 방류하는 선택취수 기법을 적용할 수 있다. 임하댐의 경우, 2004년 태풍 '디앤무'와 태풍 '메기'로 인해 발생한 탁수를 선택취수를 통하여 조기에 배제함으로써 호내탁도를 저감시킨 바 있다. 그러나 이와 같은 고탁수 우선배제 기법은 반드시 하류하천의 영향범위를 사전에 분석검토하고, 하류하천의 수질현황을 고려한 합리적인 운영방안이 제시되어야 한다. 2004년 태풍 '디앤무' 발생직후의 댐방수로에서 170 NTU의 고탁수를 방류한 경우, 유하거리 250 km인 지점까지 30 NTU이상 유지된 바 있으며, 태풍 '메기'에 의한 고탁수 유입시, 임하댐 방류수 157 NTU, 안동댐 방류수 37 NTU인 경우에 임하댐 하류 113 km인 구미 선산 취수장까지 63 NTU의 탁도가 유지된 바 있다. 현재 임하댐의 경우, 하류하천으로의 방류수 수질을 모니터링할 수 있는 자동수질측정시스템이 발전취수탑 전면 1개소, 조정지댐 1개소에 설치되어 있다. 본 연구에서는 자동수질측정시스템과 연계하여 수질모형을 통하여 임하댐 하류하천인 낙동강 본류의 탁도관리시스템을 구축하고자 하였다. 환경부의 수질측정망 자료를 통하여 최근 3년간의 부유사농도의 변화양상을 분석하였으며, 태풍 직후의 낙동강 주요지점별 탁도측정자료를 이용하여 임하댐 고탁도방류에 의한 영향범위를 분석하였다. 또한 하천수질모형을 이용하여 탁수예측방법에 대하여 검토하였고, 이를 이용한 탁도관리시스템 구축을 위한 기본 방향을 제시하고자 한다.함께, 2단계에 (주)웹솔루스에서 자체적으로 설치 운영하고 있는 2개소의 하수관거 모니터링 관측시설, 그리고 안양시에서 운영하고 있는 5개소의 강우관측소와 7개소의 수위관측소를 모두 통합하여 실시간 자료를 제공하고 있다. 수위자료는 10분단위의 텍스트정보와 그래프형태로 지원되며, 검색기간 설정을 통해 원하는 기간내의 자료를 선별, 검색할 수 있다.. 또한 이와 같은 기초적인 정보를 바탕으로 하류하천의 탁수 피해를 최소화할 수 있는 선택취수탑의 운영방안을 수립할 수 있다 본 연구에서는 이를 위해 선택취수탑 주위의 성층흐름을 기존의 실험자료와 수치해석을 통하여 분석하였고, 온도성층구조나 취수구의 위치변화에 따른 방류수 수질특성을 조사하였다.쇄파대(artifical reef)와 같은 완충지대를 갖는 호안을 축조함으로써 월파량을 감소시키는 대안으로 제시하고자 한다. 본 연구 수행을 통해 태풍 내습시 발생 가능한 자연재해에 대한 사전 방지를 목적으로 태풍피해의 원인을 제시하고 이를 해결하여 현재의 방재대책이 항구적인 방재대책으로 전환될 수 있는 방안 마련의 기초 자료로 활용되기를 기대한다., L-arabinose, 및 D-galactose; 제3차(第三次) 가수분해물(加水分解物)(C)에서 L-rhamnose, D-xylose, L-arabinose 및 D-galactose, 비가수분해물(非加水分解物)(C')에서 D-xylose와 D-galactose를 검출(檢出)하였다. (4) 구성당(構成糖)의 형태(形態)와 구조(構造)를 밝히기 위(爲)해 polysaccharide C에 대한 periodate산화(酸化) 실험(實驗)을 하여 $C_5H_8O_4$당(當) periodate의 소비(消費)와 formic acid의 생성량(生成量)을 측정(測定)하였는데 periodate의 소비량(消費量)은 1.23 mole, formic acid의 생성량(生成量)

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Purification of xylose reductase from Candida sp. BT001 and characterization of its properties (Candida sp. BT001의 xylose reductase의 정제 및 성질)

  • Hwang, In-Gyun;Lee, Sang-Hyub;Lee, Wang-Sik;Bang, Won-Gi
    • Applied Biological Chemistry
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    • v.36 no.3
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    • pp.178-183
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    • 1993
  • Xylose reductase (alditol: $NADP^+$ 1-oxidoreductase, EC 1.1.1.21) from the xylose-fermenting yeast, Candida sp. BT001, was purified via salt fractionation, ion-exchange, gel filtration and affinity chromatography, and its properties were characterized. The enzyme from the yeast was active with both NADPH and NADH as coenzyme. The xylose reductase activity with NADH was approximately 51% of that with NADPH and the specific activities of purified enzyme with NADPH and NADH were 11.78 U/mg and 6.01 U/mg, respectively. Molecular weight of the purified enzyme was 31,000 on SDS-PAGE and 61,000 on gel filtration. The Km for D-xylose, NADPH, and NADH was $94.2{\times}10^{-3}M,\;0.011{\times}10^{-3}M\;and \;0.032{\times}10^{-3}M$, respectively. The purified xylose reductase had relatively higher substrate affinity for L-arabinose than other aldoses tested. The optimal pH was 6.2 and the optimal reaction temperature was $45^{\circ}C$. The thermal stability of the enzyme was for 20 minutes at $30^{\circ}C$.

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Biosynthetic Regulation and Enzymatic Properties of $\beta$-Glucosidase from Cellulomonas sp. CS 1-1 (Cellulomonas sp. CS1-1으로 부터의 $\beta$-Glucosidase의 합성조절과 그의 효소학적 성질)

  • Lee, Hee-Soon;Min, Kyung-Hee;Bae, Moo
    • Microbiology and Biotechnology Letters
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    • v.16 no.2
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    • pp.119-125
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    • 1988
  • $\beta$-Glucosidase of Cellulomonas sp. CS1-1 in cellular compartment was localized with cell-bound form while Avicelase and carboxymethylcellulase (CMCase) were appeared with extracellular enzyme. Cell growth on cellulose or CMC minimal broth was increased by glucose addition. $\beta$-Glucosidase production on cellobiose or CMC minimal broth was repressed by the addition of glucose. However, on CMC minimal broth, the enzyme production was specially stimulated by cellobiose addition. $\beta$-Glucosidase production was also induced by CMC, starcth and maltose compared with glycerol, arabinose, xylose and trehalose. From the above results, it was concluded that glucose effect on $\beta$-glucosidase biosynthesis showed catabolite repression, but enzyme production was induced by cellobiose, CMC, and starch, indicating that $\beta$-glucosidase is inducible enzyme. Yeast extract stimulated $\beta$-glucosidase production more than peptone and ammonium sulfate. $\beta$-Glucosidase activity was increased with 50mM MgCl$_2$in 10mM potassium phosphate buffer (pH 7.0). Optimum conditions for enzyme activities were pH 6.0 and 42$^{\circ}C$, Km value of $\beta$-glucosidase for p-nitrophenyl-$\beta$-D-glucosidase was 0.256mM and Ki for $\beta$-D(+)-glucose was 9.0mM.

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Culture Conditions of E. coli Harboring Human O-Linked N-Acetyl-${\beta}$-Glucosaminidase Gene and Enzymatic Properties (사람의 O-linked-N-acetyl-${\beta}$-D-glucosaminidase 유전자를 함유한 대장균의 배양조건과 효소학적 특성)

  • 강대욱;조용권;서현효
    • Korean Journal of Microbiology
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    • v.40 no.2
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    • pp.147-153
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    • 2004
  • Protein modification by N-acetyl-${\beta}$-D-glucosamine (O-G1cNAc) on the hydroxyl groups of Ser or Thr ubiq-uitously occurs in eukaryotic cells and is involved in many cellular phenomena. The level of O-G1cNAc-mod-ified protein is regulated by OGT and O-GlcNAcase enzymes. We have tried to produce recombinant O-GlcNAcase in E. coli as an effort to establish in vitro screening system for modulators of O-GlcNAcase. The culture conditions for improvement of O-GlcNAcase productivity, were as follows: induction temperature, $30^{\circ}C$; the concentration of L-arabinose, 0.02% and induction time, 5 hr. Under these culture conditions, E. coli cells containing O-GlcNAcase gene had no enzyme activity until up to 3 hr culture. However, O-GlcNAcase activity dramatically increased from 3 to 5 hr culture. It almost maintained the same level after 5 hr culture. Western blot analysis verified the amount of expressed O-GlcNAcase increased with culture time, being con-sistent with activity data. The optimal reaction condition determined in this study was as follows: protein quan-tity, $5{\mu}g$; reaction time, 30 min; reaction temperature, $45^{\circ}C$; substrate concentration, 2 mM; reaction pH, 6.5. Methanol had little effect on O-GlcNAcase activity and 90% of activity were retained at 10%. Only 15% resid-ual activity were detected at 5% of chloroform.

Extraction and Physicochemical Properties of the Pectin in Citron Peel (유자로부터 펙틴의 추출 및 이화학적 특성)

  • 박수미;이현희;장해춘;김인철
    • Journal of the Korean Society of Food Science and Nutrition
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    • v.30 no.4
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    • pp.569-573
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    • 2001
  • A pectic substance from citron peel was extracted with different methods to establish the optimum extraction conditions. The extraction yields of pectin with HCl, citrate and tartrate (concentration : 0.1 N, extraction ratio : 1 : 20) were 17.9%, 15.6% and 11.4%, respectively. Six times of 65% ethanol washing step was followed after first ethanol precipitation of acid extract for pure pectin. The degree of esterification (DE) of pectins was in the range of 43.0~47.6% and intrinsic viscosity was in the range of 0.94~2.63 (η$_{sp}$ /C (dL/g)). The sugar compositions such as rhamnose, xylose, glucuronic acid, galacturonic acid, galactose and glucose were little different in three kinds of pectins except for the content of arabinose.

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Determination of Carbon Source Utilization of Bacillus and Pythium Species by Biolog$^{(R)}$ Microplate Assay

  • Chun, Se-Chul;R.W. Schneider;Chung, Ill-Min
    • Journal of Microbiology
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    • v.41 no.3
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    • pp.252-258
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    • 2003
  • The carbon utilizations of Bacillus species and Pythium species were investigated by using a Biolog$^{(R)}$ microplate assay to determine if there are differences in the carbon utilizations of selected strains of these species. It may be possible to afford a competitive advantage to bacterial biological control agents by providing them with a substrate that they can readily use as a carbon source, for example, in a seed coating formulation. Microplates, identified as SFP, SFN and YT were used to identify spore-forming bacteria, nonspore-forming bacteria, and yeast, respectively. Bacterial and mycelial suspensions were adjusted to turbidities of 0.10 to 0.11 at 600 nm. One hundred microliters of each of the bacterial and mycelial suspension were inoculated into each well of each of the three types of microplates. L-arabinose, D-galactose, D-melezitose and D-melibiose of the 147 carbohydrates tested were found to be utilized only by bacteria, and not by Pythium species, by Biolog$^{(R)}$ microplate assay, and this was confirmed by traditional shake flask culture. Thus, it indicated that the Biolog$^{(R)}$ microplate assay could be readily used to search for specific carbon sources that could be utilized to increase the abilities of bacterial biological control agents to adapt to contrived environments.

Purification and Characterization of ${\alpha}$-L-Arabinosidase from Trichoderma sp. SY

  • Jung, Bo-Ra;Kim, Bong-Gyu;Lee, Yoon-Jung;Ahn, Joong-Hoon
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • v.48 no.1
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    • pp.7-10
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    • 2005
  • Trichoderma sp. SY most effectively produces an extracellular ${\gamma}$-L-arabinofuranosidase (AF) using arabinose as a carbon source. AF grown on cellulose as a carbon source was purified 28-fold with 4.4% yield by DEAE exchange and HQ/20 cation exchange chromatographies The purified enzyme was found to be homogeneous on SDS-PAGE with molecular weight of 89 kDa. It exhibited a high level of activity with p-nitrophenyl ${\alpha}$-L-arabinofuranoside, showing $K_m$ and $V_{max}$ values of $0.15\;{\mu}M$ and $239.85U{\cdot}mg^{-1}$, respectively and did not require any metal ion for activity. It also released p-nitrophenol from p-nitrophenol conjugated ${\beta}$-D-xylopyranoside, and ${\beta}$-D-galactopyranoside not from ${\beta}$-D-glucopyranoside.

Isolation and Identification of Antagonistic Bacteria for Biological Control of Ginger Rhizome Rot Caused by Pythium zingiberum

  • Lee, Du-Ku;Shim, Jai-Sung;Shim, Hyeong-Kwon;Lee, Yong-Hoon;Lee, Wang-Hyu
    • Plant Resources
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    • v.2 no.2
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    • pp.81-87
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    • 1999
  • Sixteen isolates showing relatively strong antagonicity against the ginger rhizome rot pathogen, Pythium zingiberum, were selected among the 155 isolates from ginger rhizome surfaces and rhizospheres of ginger cultivation fields in Wanju, Chonbuk. The isolate, 'HB 26-5'showing the strongest antagonicity was finally selected by testing duration of inhibition effect and pathogenicity to ginger. The isolated antagonistic microorganism, 'HB 26-5' was rod shape, gram positive and formed endospore. The isolate produced acids utilizing glucose, arabinose, xylose and mannitol, and acetoin at VP test, and grew anaerobically. Temperature range for growth was from 10 to 4$0^{\circ}C$ . Reaction to catalase and gelatin, hydrolysis were positive, and casein hydrolysis and indol production were negative. Based on the mycological characters and the fatty acid composition, it was identified as Bacillus polymyxa. The pathogenicity test of isolated Bacillus polymyxa 'HB 26-5'on 22 crop cultivars resulted that only the lettuce was influenced in germination, and the others were not affected.

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