• Bulletin of the Korean Chemical Society
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• 제33권11호
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• pp.3719-3726
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• 2012

Formation of Z-DNA, a left-handed double helix, from B-DNA, the canonical right-handed double helix, occurs during important biological processes such as gene expression and DNA transcription. Such B-Z transitions can also be induced by high salt concentration in vitro, but the changes in the relative stability of B-DNA and Z-DNA with salt concentration have not been fully explained despite numerous attempts. For example, electrostatic effects alone could not account for salt-induced B-Z transitions in previous studies. In this paper, we propose that the B-Z transition can be explained if counterion entropy is considered along with the electrostatic interactions. This can be achieved by conducting all-atom, explicit-solvent MD simulations followed by MM-PBSA and molecular DFT calculations. Our MD simulations show that counterions tend to bind at specific sites in B-DNA and Z-DNA, and that more ions cluster near Z-DNA than near B-DNA. Moreover, the difference in counterion ordering near B-DNA and Z-DNA is larger at a low salt concentration than at a high concentration. The results imply that the exclusion of counterions by Z-DNA-binding proteins may facilitate Z-DNA formation under physiological conditions.

• 대한화학회지
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• 제38권8호
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• pp.539-546
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• 1994

몇 가지 n-알코올들을 포함하는 수용액에서 Cetyltrimethylammonium bromide(CTAB)의 임계 미셀농도(CMC) 및 미셀 상태에서 반대이온의 결합상수$(\beta)$값을 $17^{\circ}C{\sim}41^{\circ}C$까지의 온도범위 내에서 전도도법으로 측정하였으며, CTAB 계면활성제의 미셀화에 대한 열역학 함수값($({\Delta}G^o_m,\;{\Delta}H^o_m,\;{\Delta}S^o_m,\;{\Delta}C_p)$)들을 온도에 따른 CMC 및 $\beta값$의 변화로부터 계산하였다. 또한 CTAB 계면활성제의 미셀화에 대한 n-알코올(프로판올, 부탄올, 펜탄올 및 헥산올)의 효과를 조사하기 위하여 n-알코올의 농도에 따른 CMC 및 $\beta$값의 변화를 측정하였다. n-알코올을 작은 양으로 첨가하였을 때 CMC값과 $\beta$값은 감소하였다. 그러나 과량의 n-알코올을 첨가하였을 때 CMC값은 오히려 증가하는 경향을 보였다. 이러한 현상들을 n-알코올 분자들의 미셀속으로의 가용화 및 n-알코올 분자들의 가용화로 인한 미셀의 표면전하값의 변화와 관련하여 설명하였다.