• 원예과학기술지
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• 제29권2호
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• pp.116-122
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• 2011

본 연구에서는 지리산에서 자생하는 한국 특산종인 노각나무(Stewartia koreana Nakai)의 EST library를 제작하고 서열을 분석하였다. 노각나무의 유엽을 재료로 cDNA library 만들었고 1,392개의 cDNA에 대한 부분 서열 분석을 진행하였다. EST와 unigene 서열의 분석은 컴퓨터를 기반으로한 filtering과 수작업 그리고 NCBI의 BLAST 분석을 통해 수행하였다. 벡터 서열과 100bp 이하의 서열을 제거한 후 1,301개의 EST를 분석하였다. 전체 150개의 contig와 743개의 singleton을 분리하여 총 893개의 unigene을 분리해냈으며 서열 분석을 통해 95개의 microsatellite를 확인하였다. NCBI 데이터베이스의 BLASTX로 상동성을 검색한 결과 EST의 65%는 기능을 알고 있는 유전자와 11.6%의 EST는 아직까지 기능이 보고되지 않은 유전자와 높은 상동성을 보였다. 남아 있는 23.2%의 EST는 기존에 데이터베이스에 보고된 유전자와 상동성을 보이지 않는 유전자로 밝혀졌다. 다양한 데이터베이스를 기반으로 한 유사성 기반 기능 분석은 노각나무의 EST가 포도나무와 포플러와 높은 유사성을 보인 것을 확인하였다. 기능에 따른 분류에 있어 molecular function은 nucleotide binding, biological process는 transport, cellular component는 plastid가 가장 높은 비율로 나왔다. 본 연구를 통해 얻어진 EST 자료는 노각나무의 새로운 유전자원에 대한 연구의 기본 자료로 유용하게 활용될 것이다.

• 생명과학회지
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• 제33권8호
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• pp.623-631
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• 2023

본 연구는 차세대 염기서열 분석법(NGS)을 사용하여 벤자리의 microsatellite 마커를 개발하고, 개발한 마커를 사용하여 벤자리 집단의 유전학적 특성을 분석하기 위해 수행되었다. 차세대 염기서열 분석 장비인 Illumina Hiseq X ten을 사용하여 총 402,244,934개의 read들을 얻어 assembly를 실행한 결과, 전체의 약 0.33%에 해당하는 1,320,995개의 read들이 assembly 되었으며, 이 read들의 총 길이는 705,613,658 bp로 확인되었다. 크기가 640 bp 이상이 되는 contig는 952,326개로 나타났으며, 이 중 microsatellite 영역을 포함하는 contig를 151개(0.016%)로 1차 선별하고, PCR 증폭 여부를 통해 microsatellite 후보 34개를 2차로 선별하였다. 그 중 벤자리 집단의 마커로서 유용한 15개의 microsatellite 마커를 최종 선택하였다. 새로 개발한 15개의 microsatellite 마커를 사용하여 벤자리 집단을 대상으로 분석한 결과, 관찰된 유효 대립유전자 수(N_A)는 평균 12(6~25)로 나타났다. 평균 관측치 이형접합도(H_O)와 평균 기대치 이형접합도(H_E)는 각각 0.750(0.530-0.873)와 0.793 (0.647-0.895)으로 나타냈으며, 이는 해산어의 평균 값인 0.79와 유사한 수치를 나타내었다. 따라서 본 연구에서 개발한 15개의 microsatellite 마커는 벤자리 집단의 유전학적 특성 분석에 유용할 것으로 사료된다.

• 한국양식학회:학술대회논문집
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• 한국양식학회 2003년도 추계학술발표대회 논문요약집
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• pp.43-43
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• 2003

EST analysis was performed to identify stress-responsive and immune-related genes from rock bream (Oplegnathus fasciatus). cDNA libraries were constructed with liver and randomly chosen 624 clones were subjected to automated sequence analysis. Of 624 clones sequenced in total, approximately 15% of ESTs was novel sequences (no match to GenBank) or sequences with high homology to hypothetical/unknown genes. The bioinforamtic sequence analysis including functional clustering, homology grouping, contig assembly with electronic northern and organism matches were carried out. Several potential stress-responsive biomarker and/or immune-related genes were identified in all the tissues examined. It included lectins, ferritins, CP450, proteinase, proteinase inhibitors, anti-oxidant enzymes, various heat-shock proteins, warm temperature acclimation protein, complements, methyltransferase, zinc finger proteins, lysozymes, macrophage maturation associated protein, and others. This information will offer new possibilities as fundamental baseline data for understanding and addressing their molecular mechanism involved in host defense and immune systems of this species.

• 한국식물병리학회:학술대회논문집
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• 한국식물병리학회 2003년도 정기총회 및 추계학술발표회
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• pp.86-86
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• 2003

Phytophthora capsici is a pathogen on several economically important crops including pepper. In pepper growing areas in Korea, Phytophthora blight caused by p. capsici has been considered as the most serious problem in pepper production. The Oomycete attacks the roots, stems, leaves and fruits of the plant. To understand the molecular mechanisms involved in the disease development, the genes expressed doting pepper p. capsici interaction were explored by analyzing expressed sequence tags (ESTs). A complementary DNA (cDNA) library was constructed from total RNA extracted from pepper leaves challenged with p. capsici for 3 days resulting in early stage of symptom development. The comprehensive analysis on the single pass sequencing of over 4000 randomly selected cDNA clones with contig assembly, unique gene extraction, sequence comparison, and functional categorizing will be presented with an emphasis on the genes involved in plant defense and pathogenicity during disease development of the pepper Phytophthora blight.

• 한국발생생물학회:학술대회논문집
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• 한국발생생물학회 2001년도 발생공학 국제심포지움 및 학술대회 발표자료집
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• pp.14-17
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• 2001

Positional clonging (map-based cloning) of mutations or genetic variations has been served as an invaluable tool to understand in-vivo functions of genes and to identify molecular components underlying phenotypes of interest. Mice homozygous for the cerebellar deficient folia (cdf) mutation are ataxic, with cerebellar hypoplasia and abnormal lobulation of the cerebellum. In the cdf mutant cerebellum approximately 40% of Purkinje cells are ectopically located within the white matter and the inner granule cell layer (IGL). To identify the cdf gene, a high-resolution genetic map for the cdf-gene-encompassing region was constructed using 1997 F2 mice generated from C3H/HeSnJ-cdf/cdf and CAST/Ei intercross. The cdf gene showed complete linkage disequilibrium with three tightly linked markers D6Mit208, D6Mit359, and D6Mit225. A contig using YAC, BAC, and P1 clones was constructed for the cdf critical region to identify the gene. A deletion in the cdf critical region on chromosome 6 that removes approximately 150 kb of DNA selection. cdf mutant mice with the transgenic copy of the identified gene restored the brain abnormalities of the mutant mice. The positional cloning of cdf gene provides a good example showing the identification of a gene could lead to finding a new component of important molecular pathways.

• BMB Reports
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• 제37권6호
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• pp.648-656
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• 2004

This paper deals with the development of a predictive probabilistic model, a composite dependency-reflecting model (CDRM), which was designed to detect core promoter regions and transcription start sites (TSS) in vertebrate genomic DNA sequences, an issue of some importance for genome annotation. The model actually represents a combination of first-, second-, third- and much higher order or long-range dependencies obtained using the expanded maximal dependency decomposition (EMDD) procedure, which iteratively decomposes data sets into subsets on the basis of dependency degree and patterns inherent in the target promoter region to be modeled. In addition, decomposed subsets are modeled by using a first-order Markov model, allowing the predictive model to reflect dependency between adjacent positions explicitly. In this way, the CDRM allows for potentially complex dependencies between positions in the core promoter region. Such complex dependencies may be closely related to the biological and structural contexts since promoter elements are present in various combinations separated by various distances in the sequence. Thus, CDRM may be appropriate for recognizing core promoter regions and TSSs in vertebrate genomic contig. To demonstrate the effectiveness of our algorithm, we tested it using standardized data and real core promoters, and compared it with some current representative promoter-finding algorithms. The developed algorithm showed better accuracy in terms of specificity and sensitivity than the promoter-finding ones used in performance comparison.

• 한국동물번식학회:학술대회논문집
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• 한국동물번식학회 2001년도 발생공학 국제심포지움 및 학술대회 발표자료집
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• pp.14-17
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• 2001

Positional cloning (map-based cloning) of mutations or genetic variations has been served as an invaluable tool to understand in-vivo functions of genes and to identify molecular components underlying phenotypes of interest. Mice homozygous for the cerebellar deficient folia (cdf) mutation are ataxic, with cerebellar hypoplasia and abnormal lobulation of the cerebellum. In the cdf mutant cerebellum approximately 40% of Purkinje cells are ectopically located within the white matter and the inner granule cell layer (IGL). To identify the cdf gene, a high-resolution genetic map for the cdf-gene-encompassing region was constructed using 1997 F2 mice generated from C3H/HeSnJ-cdf/cdf and CAST/Ei intercross. The cdf gene showed complete linkage disequilibrium with three tightly linked markers D6Mit208, D6Mit359, and D6Mit225. A contig using YAC, BAC, and P1 clones was constructed for the cdf critical region to identify the gene. A deletion in the cdf critical region on chromosome 6 that removes approximately 150kb of DNA was identified. A gene associated with this deletion was identified using cDNA selection. cdf mutant mice with the transgenic copy of the identified gene restored the brain abnormalities of the mutant mice. The positional cloning of cdf gene provides a good example showing the identification of a gene could lead to finding a new component of important molecular pathways.

• 미생물학회지
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• 제54권2호
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• pp.171-173
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• 2018

본 연구에서 이용된 Enterococcus faecium JB00008 (KACC 92186P) 균주는 전통발효식품인 청국장에서 분리되었다. 이 균주는 Escherichia coil에 대해 높은 항균활성능력을 보였다. 우리는 이 균주의 유전체의 염기 서열을 분석하였다. 유전체 초안은 500 bp 이상의 contig 34개로 조립되었으며, 크기가 2,847,295 bp이고, G + C 함량(%)는 37.84%이다. 유전체 초안에서 항균활성물질(bacteriocin) 중 하나인 enterocin과 연관된 유전자가 5개 확인되었다.

• Journal of Microbiology and Biotechnology
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• 제25권8호
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• pp.1234-1240
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• 2015

Heat shock RNA 1 (HSR1) is described as a "eukaryotic heat-sensing noncoding RNA" that regulates heat shock response in human and other eukaryotic cells. Highly conserved HSR1 sequences have been identified from humans, hamsters, Drosophila, Caenorhabditis elegans, and Arabidopsis. In a previous study, however, it was suggested that HSR1 had originated from a bacterial genome. HSR1 showed no detectible nucleotide sequence similarity to any eukaryotic sequences but harbored a protein coding region that showed amino-acid sequence similarity to bacterial voltage-gated chloride channel proteins. The bacterial origin of HSR1 was not convincible because the nucleotide sequence similarity was marginal. In this study, we have found that a genomic contig sequence of Comamonas testosteroni strain JL14 contained a sequence virtually identical to that of HSR1, decisively confirming the bacterial origin of HSR1. Thus, HSR1 is an exogenous RNA, which can ectopically trigger heat shock response in eukaryotes. Therefore, it is no longer appropriate to cite HSR1 as a "eukaryotic functional noncoding RNA."

• 한국가금학회:학술대회논문집
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• 한국가금학회 2003년도 제20차 정기총회 및 학술발표회
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• pp.67-68
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• 2003

한국 재래 닭의 유전적 특성 규명 및 기능 유전체 연구의 기초재료를 확보하고자 대량 EST 염기서열 결정 및 생물정보학 분석을 실시하였다. 대량 EST 염기서열 분석을 위한 첫 번째 단계로 재래 닭의 뇌, 비장, 정소, 배아 생식기를 이용하여 cDNA library를 구축하였다. 각각의 library로부터 총 15,121개의 클론을 선정하여 염기서열을 결정하였다. 생물정보학 분석결과 15,121개의 염기서열은 총 10,353개의 contig로 정리되었다. 이들 염기서열을 기존 데이터베이스를 대상으로 tBlastX(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/BLAST) 분석을 실시한 결과, 염기서열 중 56 ％가 기존 데이터베이스에 존재하는 유전자와의 상동성을 보였다. 상동성을 보이는 유전자들은 유전자의 구조 및 기능 분석에 이용될 것이고, 상동성을 보이지 않는 유전자들은 microarray와 같은 대량 유전자 발현분석 시스템을 이용하여 선별한 후 기능분석이 실시될 것이다.