A portion (7.4 kb) of ribosomal DNA tandem repeat unit from a genome of the mushroom T. matsutake has been cloned. A 1.75 kb EcoRI fragment was cloned first using S. cerevisiae 255 rRNA gene as a probe, and this was then used for further cloning. A chromosomal walking experiment was carried out and the upstream region of the 1.75 kb fragment was cloned using SmaI/BamHI enzyme, the size was estimated to be 5.2 kb in length. Part of the downstream region of the 1.75 kb fragment was also cloned using XbaI/BamHI enzymes. Restriction enzyme maps of three cloned DNA fragments were constructed. Northern hybridization, using total RNA of T. matsutake, and the restriction fragments of three cloned DNAs as probes, revealed that all four ribosomal RNA genes (large subunit[LSU], small subunit [SSU], 5.85 and 5S rRNA genes) are present in the cloned region. The gene organization of the rDNA are regarded as an intergenic spacer [IGS]2 (partial) - SSU rRNA - internal transcribed spacer [ITS]1 - 5.8S rRNA - ITS2 - LSU rRNA - IGS1 -5S rRNA - IG52 (partial).
The comparative study of enzymes that catalyze a similar reactions but have different substrate spectrum and/or stereospecificity is a powerful approach to understanding the reaction mechanism between the relative enzymes, and it was also an useful tool to cloning the related enzyme, without the typical cloning from DNA library of genomic pools. For this purpose, we conducted an approach that the comparison at the molecular and protein level of esterases, from various sources including a previously identified (S)-stereospecific esterase of Pseudomonas sp. ES1. As expected, we found an esterase family genes that shared a high similarity at the protein and genetic level in the identical genus Pseudomonad. The striking structural and biochemical identity strongly suggested the family genes to be an identical one. We, hence, aligned the family genes and designated a degenerated primer for PCR-cloning using six Pseudomonas strains as templates. As a result, a recombinant esterase from Pseudomonas fluorescens KCTC 1767 was cloned and high-level expressed with high selectivity to (R,S)-ketoprofen ethyl ester. The enzyme exhibited a high ester-hydrolyzing activity to (S)-ketoprofen but did not hydrolyzed the opposite stereoisomer. Further characteristics were discussed in our presentation.
The transformation of Bacillus subtilis K-54 and J-10 was carried out with constructed vectors containing structure and enhancer genes of aprN and prtR, to increase their fibrinolytic enzyme activity. Bands for the aprN and prtR genes were identified from B. subtilis J-10 by PCR that was carried out with the constructed primers for the genes. In addition, the gene fragments contained promoter site based on the results of analysing their nucleotide sequence. The two gene fragments, aprN and prtR, obtained by the PCR, were, then, inserted to vector such as T-vector and E.coli/Bacillus shuttle vector. The constructed vector were designated as pAPR2 (aprN), pENC2 (prtR) and pFLA1 (aprN and prtR), respectively. The constructed vector was used for transformation of the strains of B.subtilis J-10 and B. subtilis K-54 and the fribrinolytic activity of the transformed strains was investigated. The introduction of the vector, pAPR2 and the fibrinolytic activity of the transformed strains was investigated. The introduction of the vector, pAPR2 and pFLA1, resulted in the increase of fibrinolyitic enzyme activity in B. subtilis J-10 by 27.3% and 16%, respectively. However, the introduction of pENC2 to B. subtilis J-10 did not seem to induce increase of the enzyme activity. The strain of B.subtilis K-54 transformed with pENC2 showed an increased fibrinolytic activity by 5 folds compared with that of the original strain of B. subtilis K-54.
This study has demonstrated the molecular variation of 5S rRNA genes in 15 Allium subgenus Rhizirideum and 1 Allium subg. Allium. For cloning of the 5S rRNA genes, PCR products were obtained from amplification with oligonucleotide primers which were derived from the conserved coding region of 5S rRNA genes. These amplified PCR products were cloned and identified by FISH and sequence analysis. The 5S rRNA loci were primarily located on chromosomes 5 and/or 7 in diploid species and various chromosomes in alloploid species. The size of the coding region of 5S rRNA genes was 120 bp in all the species and the sequences were highly conserved within Allium species. The sizes of nontranscribed spacer (NTS) region were varied from 194 bp (A. dektiude-fustykisum, 2n=16) to 483 bp (A. sativum). Two kinds of NTS regions were observed in A. victorialis var. platyphyllum a diploid, A. wakegi an amphihaploid, A. sacculiferum, A. grayi, A. deltoide-fistulosum and A. wenescens all allotetraploids, while most diploid species showed only one NTS region. The species containing two components of NTS region were grouped with different diploid species in a phylogenetic tree analysis using the sequences of 5S rRNA genes and adjacent non-coding regions.
Inducible system을 이용하여 (R)-hydroxybutyric acid (R3HB)를 생산하는 재조합 대장균을 개발하였다. Ralstonia eutropha에서 유래한 PHB depolymerase 유전자를 inducible promoter에 의하여 발현되게 만들고, PHB 생합성 유전자가 있는 vector에 cloning하였다. PHB 생합성 유전자와 depolymerase 유전자를 가지고 있는 재조합 대장균을 배양하여 먼저 PHB를 축적시킨 후에 depolymerase를 발현시켜 배지 내로 분비된 R3HB를 확인하였다. 그 결과 축적된 PHB의 대부분은 발현된 depolymerase에 의하여 분해되었으며, depolymerase의 발현 이후에도 재조합 대장균은 PHB를 축적하고 분해하여 R3HB의 농도는 배양시간에 따라 증가하였다. 이러한 결과는 inducible depolymerase를 갖는 재조합 대장균을 이용하여 높은 농도의 R3IB를 얻을 수 있다는 것을 보여준다.
Disease resistance in plants is often controlled by gene-for-gene mechanism in which avirulence (avr) gene products encoding by pathogens are specifically recognized, either directly or indirectly by plant disease resistance (R) gene products. Recent studies arising from molecular cloning of a number of R genes from various plant species that confer resistance to different pathogens and corresponding avr genes from various pathogens resulted in the accumulation of a wealth of knowledge on mode of action of gene-for-gene interaction. Specially, members of the NBS-LRR class of R genes encoding proteins containing a nucleotide binding site (NBS) and carboxyl-terminal leucine-rich repeats (LRRs) confer resistance to very different types of phytopathogens, such as bacteria, fungi, oomycetes, viruses, nematodes and aphids. This article reviewed the molecular events that occur up-stream of defense response pathway, specially, bacterial avr gene protein recognition mediated by NBS-LRR type R gene product in plant based on current research results of well studied model plants.
Enterobacter sp. B54 inhibited growth of the fungus Phytophthora capsici on potato dextrose agar (PDA). Three mutants with antifungal activities (denoted M54-47, M54-113, and M54-329) which were lost or increased, through Pl::Tn5 lac mutagenesis, were used to isolate genes responsible for fungal inhibition on PDA. Two clones were selected from the partially EcoR1-digested genomic library of the wild-type strain by probing with genomic flanking sequences of each mutant. We have isolated a 20-kb EcoR1 genomic DNA fragment from this strain that contains genes involved in hyphal growth inhibition of P. capsici on PDA. Subcloning and expression analysis of the above DNA fragment identified a 8-kb region which was necessary for antifungal activities. A 8-kb HindⅢDNA fragment covers three genomic loci inserted by Tn5 lac in each mutant. This suggested that all genes which are related to antifungal activities might be clustered in simple forms of at least 5-8 kb sizes.
Major Royal Jelly Protein cDNAs of Apis cerana (AcMRJP) were cloned and characterized. The open reading frames (ORFs) of the AcMRJP1 and AcMRJP2 genes were 1302 and 1392 nucleotides, encoding 433 and 463 amino acid residues, respectively. The sequence divergences between AcMRJP1 and AcMRJP2 and their corresponding protein families in A. mellifera were 0.0618 and 0.0934 at the nucleotide level and 0.0912 and 0.1438 at the protein level, respectively. Phylogenetic analysis supports the orthologous similarity between these proteins. The deduced amino acids indicated high essential amino acid contents of AcMRJP1 and AcMRJP2 (47.5 and 44.8%, respectively). The genomic organization of both AcMRJP1 and AcMRJP2 was determined. Both the AcMRJP1 (3663 bp) and AcMRJP2 (3963 bp) genes contained six exons and five introns, where all boundaries conformed to the GT/AG rule. AcMRJP1 and AcMRJP2 cDNAs were cloned into pET17b, and both the recombinant (r) AcMRJP1 (47.9 kDa) and rAcMRJP2 (51.7 kDa) were expressed in the insoluble form. Western blot analysis and N-terminal sequencing of the solubilized proteins revealed successful expression of rAcMRJP1 and rAcMRJP2 in vitro. The yields of the purified rAcMRJP1 and rAcMRJP2 were approximately 20 and 8mg protein per liter of the flask culture, respectively.
Carboxymethylcellulose (CM-cellulose)와 Beechwood xylan을 각각 기질로 사용하여 trypan blue를 첨가하여 제작한 Agar-LB 배지 상에서 명확한 활성환을 형성하는 균주를 cellulase와 xylanase 생산 균주로 단리하였다. 단리한 균주 유래의 16S rRNA 유전자 및 API 50 kit를 분석한 결과 Bacillus subtilis와 약 99.5%의 높은 상동성을 보였기에 본 균주를 Bacillus subtilis로 동정하여 B. subtilis NC1로 명명하였다. B. subtilis NC1 유래 cellulase와 xylanase는 CM-cellulose와 Beechwood xylan에 대하여 각각 높은 효소 활성을 보였으며, 두 효소 모두 pH 5.0과 $50^{\circ}C$의 조건하에서 가장 높은 효소 활성을 보였다. B. subtilis NC1 균주 유래 cellulase와 xylanase 유전자를 cloning하기 위하여 shot-gun cloning 방법을 이용하여 B. subtilis NC1 염색체 DNA로부터 효소 유전자를 cloning하여 유전자 배열을 규명한 결과 cellulase 유전자는 아미노산 499개를 암호화하는 1,500 bp의 open reading frame (ORF)으로 이루어져 있었으며, 아미노산 배열로부터 추정되는 분자량은 55,251 Da 이었다. 그리고, xylanase에 대한 유전자는 아미노산 422개를 암호화하는 1,269 bp의 ORF로 이루어져 있었으며 유전자 유래 아미노산 배열로부터 추정되는 단백질 분자량은 47,423 Da 이었다. 두 효소의 아미노산 배열을 이용하여 상동성을 검토한 결과 cellulase는 glycoside hydrolase family (GH) 5에 속하는 cellulase와 xylanase는 GH30에 속하는 xylanase와 높은 상동성을 나타내었다.
Molecular biological techniques that recently developed, have made it possible to realize some of new attempts in the research field of rumen microbiology. Those are 1) cloning of genes from rumen microorganisms mainly in E. coli, 2) transformation of rumen bacteria and 3) ecological analysis with nonculturing methods. Most of the cloned genes are for polysaccharidase enzymes such as endoglucanase, xylanase, amylase, chitinase and others, and the cloning rendered gene structural analyses by sequencing and also characterization of the translated products through easier purification. Electrotransformation of Butyrivibrio fibrisolvens and Prevotella ruminicola have been made toward the direction for obtaining more fibrolytic, acid-tolerant, depoisoning or essential amino acids-producing rumen bacterium. These primarily required stable and efficient gene transfer systems. Some vectors, constructed from native plasmids of rumen bacteria, are now available for successful gene introduction and expression in those rumen bacterial species. Probing and PCR-based methodologies have also been developed for detecting specific bacterial species and even strains. These are much due to accumulation of rRNA gene sequences of rumen microbes in databases. Although optimized analytical conditions are essential to reliable and reproducible estimation of the targeted microbes, the methods permit long term storage of frozen samples, providing us ease in analytical work as compared with a traditional method based on culturing. Moreover, the methods seem to be promissing for obtaining taxonomic and evolutionary information on all the rumen microbes, whether they are culturable or not.
본 웹사이트에 게시된 이메일 주소가 전자우편 수집 프로그램이나
그 밖의 기술적 장치를 이용하여 무단으로 수집되는 것을 거부하며,
이를 위반시 정보통신망법에 의해 형사 처벌됨을 유념하시기 바랍니다.
[게시일 2004년 10월 1일]
이용약관
제 1 장 총칙
제 1 조 (목적)
이 이용약관은 KoreaScience 홈페이지(이하 “당 사이트”)에서 제공하는 인터넷 서비스(이하 '서비스')의 가입조건 및 이용에 관한 제반 사항과 기타 필요한 사항을 구체적으로 규정함을 목적으로 합니다.
제 2 조 (용어의 정의)
① "이용자"라 함은 당 사이트에 접속하여 이 약관에 따라 당 사이트가 제공하는 서비스를 받는 회원 및 비회원을
말합니다.
② "회원"이라 함은 서비스를 이용하기 위하여 당 사이트에 개인정보를 제공하여 아이디(ID)와 비밀번호를 부여
받은 자를 말합니다.
③ "회원 아이디(ID)"라 함은 회원의 식별 및 서비스 이용을 위하여 자신이 선정한 문자 및 숫자의 조합을
말합니다.
④ "비밀번호(패스워드)"라 함은 회원이 자신의 비밀보호를 위하여 선정한 문자 및 숫자의 조합을 말합니다.
제 3 조 (이용약관의 효력 및 변경)
① 이 약관은 당 사이트에 게시하거나 기타의 방법으로 회원에게 공지함으로써 효력이 발생합니다.
② 당 사이트는 이 약관을 개정할 경우에 적용일자 및 개정사유를 명시하여 현행 약관과 함께 당 사이트의
초기화면에 그 적용일자 7일 이전부터 적용일자 전일까지 공지합니다. 다만, 회원에게 불리하게 약관내용을
변경하는 경우에는 최소한 30일 이상의 사전 유예기간을 두고 공지합니다. 이 경우 당 사이트는 개정 전
내용과 개정 후 내용을 명확하게 비교하여 이용자가 알기 쉽도록 표시합니다.
제 4 조(약관 외 준칙)
① 이 약관은 당 사이트가 제공하는 서비스에 관한 이용안내와 함께 적용됩니다.
② 이 약관에 명시되지 아니한 사항은 관계법령의 규정이 적용됩니다.
제 2 장 이용계약의 체결
제 5 조 (이용계약의 성립 등)
① 이용계약은 이용고객이 당 사이트가 정한 약관에 「동의합니다」를 선택하고, 당 사이트가 정한
온라인신청양식을 작성하여 서비스 이용을 신청한 후, 당 사이트가 이를 승낙함으로써 성립합니다.
② 제1항의 승낙은 당 사이트가 제공하는 과학기술정보검색, 맞춤정보, 서지정보 등 다른 서비스의 이용승낙을
포함합니다.
제 6 조 (회원가입)
서비스를 이용하고자 하는 고객은 당 사이트에서 정한 회원가입양식에 개인정보를 기재하여 가입을 하여야 합니다.
제 7 조 (개인정보의 보호 및 사용)
당 사이트는 관계법령이 정하는 바에 따라 회원 등록정보를 포함한 회원의 개인정보를 보호하기 위해 노력합니다. 회원 개인정보의 보호 및 사용에 대해서는 관련법령 및 당 사이트의 개인정보 보호정책이 적용됩니다.
제 8 조 (이용 신청의 승낙과 제한)
① 당 사이트는 제6조의 규정에 의한 이용신청고객에 대하여 서비스 이용을 승낙합니다.
② 당 사이트는 아래사항에 해당하는 경우에 대해서 승낙하지 아니 합니다.
- 이용계약 신청서의 내용을 허위로 기재한 경우
- 기타 규정한 제반사항을 위반하며 신청하는 경우
제 9 조 (회원 ID 부여 및 변경 등)
① 당 사이트는 이용고객에 대하여 약관에 정하는 바에 따라 자신이 선정한 회원 ID를 부여합니다.
② 회원 ID는 원칙적으로 변경이 불가하며 부득이한 사유로 인하여 변경 하고자 하는 경우에는 해당 ID를
해지하고 재가입해야 합니다.
③ 기타 회원 개인정보 관리 및 변경 등에 관한 사항은 서비스별 안내에 정하는 바에 의합니다.
제 3 장 계약 당사자의 의무
제 10 조 (KISTI의 의무)
① 당 사이트는 이용고객이 희망한 서비스 제공 개시일에 특별한 사정이 없는 한 서비스를 이용할 수 있도록
하여야 합니다.
② 당 사이트는 개인정보 보호를 위해 보안시스템을 구축하며 개인정보 보호정책을 공시하고 준수합니다.
③ 당 사이트는 회원으로부터 제기되는 의견이나 불만이 정당하다고 객관적으로 인정될 경우에는 적절한 절차를
거쳐 즉시 처리하여야 합니다. 다만, 즉시 처리가 곤란한 경우는 회원에게 그 사유와 처리일정을 통보하여야
합니다.
제 11 조 (회원의 의무)
① 이용자는 회원가입 신청 또는 회원정보 변경 시 실명으로 모든 사항을 사실에 근거하여 작성하여야 하며,
허위 또는 타인의 정보를 등록할 경우 일체의 권리를 주장할 수 없습니다.
② 당 사이트가 관계법령 및 개인정보 보호정책에 의거하여 그 책임을 지는 경우를 제외하고 회원에게 부여된
ID의 비밀번호 관리소홀, 부정사용에 의하여 발생하는 모든 결과에 대한 책임은 회원에게 있습니다.
③ 회원은 당 사이트 및 제 3자의 지적 재산권을 침해해서는 안 됩니다.
제 4 장 서비스의 이용
제 12 조 (서비스 이용 시간)
① 서비스 이용은 당 사이트의 업무상 또는 기술상 특별한 지장이 없는 한 연중무휴, 1일 24시간 운영을
원칙으로 합니다. 단, 당 사이트는 시스템 정기점검, 증설 및 교체를 위해 당 사이트가 정한 날이나 시간에
서비스를 일시 중단할 수 있으며, 예정되어 있는 작업으로 인한 서비스 일시중단은 당 사이트 홈페이지를
통해 사전에 공지합니다.
② 당 사이트는 서비스를 특정범위로 분할하여 각 범위별로 이용가능시간을 별도로 지정할 수 있습니다. 다만
이 경우 그 내용을 공지합니다.
제 13 조 (홈페이지 저작권)
① NDSL에서 제공하는 모든 저작물의 저작권은 원저작자에게 있으며, KISTI는 복제/배포/전송권을 확보하고
있습니다.
② NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 상업적 및 기타 영리목적으로 복제/배포/전송할 경우 사전에 KISTI의 허락을
받아야 합니다.
③ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 보도, 비평, 교육, 연구 등을 위하여 정당한 범위 안에서 공정한 관행에
합치되게 인용할 수 있습니다.
④ NDSL에서 제공하는 콘텐츠를 무단 복제, 전송, 배포 기타 저작권법에 위반되는 방법으로 이용할 경우
저작권법 제136조에 따라 5년 이하의 징역 또는 5천만 원 이하의 벌금에 처해질 수 있습니다.
제 14 조 (유료서비스)
① 당 사이트 및 협력기관이 정한 유료서비스(원문복사 등)는 별도로 정해진 바에 따르며, 변경사항은 시행 전에
당 사이트 홈페이지를 통하여 회원에게 공지합니다.
② 유료서비스를 이용하려는 회원은 정해진 요금체계에 따라 요금을 납부해야 합니다.
제 5 장 계약 해지 및 이용 제한
제 15 조 (계약 해지)
회원이 이용계약을 해지하고자 하는 때에는 [가입해지] 메뉴를 이용해 직접 해지해야 합니다.
제 16 조 (서비스 이용제한)
① 당 사이트는 회원이 서비스 이용내용에 있어서 본 약관 제 11조 내용을 위반하거나, 다음 각 호에 해당하는
경우 서비스 이용을 제한할 수 있습니다.
- 2년 이상 서비스를 이용한 적이 없는 경우
- 기타 정상적인 서비스 운영에 방해가 될 경우
② 상기 이용제한 규정에 따라 서비스를 이용하는 회원에게 서비스 이용에 대하여 별도 공지 없이 서비스 이용의
일시정지, 이용계약 해지 할 수 있습니다.
제 17 조 (전자우편주소 수집 금지)
회원은 전자우편주소 추출기 등을 이용하여 전자우편주소를 수집 또는 제3자에게 제공할 수 없습니다.
제 6 장 손해배상 및 기타사항
제 18 조 (손해배상)
당 사이트는 무료로 제공되는 서비스와 관련하여 회원에게 어떠한 손해가 발생하더라도 당 사이트가 고의 또는 과실로 인한 손해발생을 제외하고는 이에 대하여 책임을 부담하지 아니합니다.
제 19 조 (관할 법원)
서비스 이용으로 발생한 분쟁에 대해 소송이 제기되는 경우 민사 소송법상의 관할 법원에 제기합니다.
[부 칙]
1. (시행일) 이 약관은 2016년 9월 5일부터 적용되며, 종전 약관은 본 약관으로 대체되며, 개정된 약관의 적용일 이전 가입자도 개정된 약관의 적용을 받습니다.