• 미생물학회지
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• 제41권1호
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• pp.24-37
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• 2005

국내 사육 하우 염소, 돼지, 개, 닭 및 마우스 등을 포함한 각종 동물과 사람환자에서 분리한 총 116주의 S. aureus 분리주에 대해서 5종의 PCR 기법을 적용하여 분자역학적 특성을 분석하였다. 먼저 종특이 유전자(SSG: aroA, coa, nuc 및 spa-gene)의 다양성을 PCR 기법으로 조사하였고, 또한 약제내성의 MRSA 균주의 분포양상과 내독소(Enterotoxin)산생유전자(SE)의 분포양상에 대해서도 조사하였다. 그리고 이 연궁선 수행한 5종의 PCR 기법 들이 생산한 개별성적을 객관적으로 비교하여, 가장 신뢰도 높고 효율적 PCR기법을 선발하였다. 먼저 PCR기법을 적용한 SSG의 분포양상 조사에서는 $nuc-gene\;(100\%)$, $spa-gene\;(91.4\%)$, $coa-gene\;(87.9\%)$, 및 $aroA-gene\;(26.7\%)$의 빈도로 조사되었다. 그리고 aroA와 coa-gene PCR 증폭산물에 대한 RsaI과 AluI 효소로 소화시킨 RELP 성적에서 coa-Bene PCR-RFLP에서는 모두 10 type의 con-type이 동정되었고, 그중 coa-3 type (809 bp)이 닭, 마우스, MRSA 및 사람유래 균주를 포함한 총 36주 $(33.0\%)$로서 가장 대표적인 genotype으로 결정되었다. 반면에 aroA-gene PCR-RELP에서는 단지 7 type의 genotype만이 산생되어 대조를 보였고, 17주 $(73.9\%)$가 대표적인 그룹으로 분류되었다. 한편 spa-gene PCR에서는 총 11 type의 spa-type이 확인되었고, 그중 spa-7 type (9 repeats; 263 bp)이 한우, 닭, 개, 염소, 마우스 및 MRSA 균주 등을 포함한 총 39주 $(34.8\%)$로서 가장 대표적인 genotype으로 결정되었다. 또한 총 116주에 대해 MRSA 균주의신속한 검출을 위해서 mecA-gene PCR을 적용하였던 바, 단지 사람유래의 14주 $(12.1\%)$에서만 양성의 증폭산물 (533 bp)이 검출되었고, 이들 증폭된 PCR산물의 유전학적 검증을 위해 HhaI으로 소화시켰던바 14주 모두 $(100\%)$가 알려진 2개의 DNA band (332 & 201 bp)로 양분되어 유전자수준에서 MRSA 양성균주로 검증되었다. 한편 내독소 산생유전자 (SE-gene)는 multiplex-PCR기법으로 조사하였으며 sea-gene $(63.7\%)$이 가장 지배적이었고, 이어서 seb-gene $(10.0\%)$ 및 sec-gene $(7.2\%)$의 순서였다. 특히 sea+sec의 2종의 SE genes를 보유한 균주도 11주로서 가장 많았으며 그 외에도 sea+seb (2주)및 seb+see (1주) genes를 보유한 균주도 함께 검출되었다. 최종적으로 5종의 PCR기법들이 생산한 성적들을 수치 (SID)로 변환하여 객관적으로 감별능력 (DA)을 비교하였던바, aroA-gene PCR-RFLP는 가장 저조한 DA [SID=0.462]을 나타내었고, 반면에 coa-gene PCR-RELP는 5종의 분석기법 중에서 가장 신뢰도 높은 DA [SID=0.894]을 발현하였다. 따라서 현재의 연구결과con-gene PCR-RELP기법이 사람을 포함한 다양한 동물종유래 S. aureus 균주들의 유전학적 분석목적에 가장 신뢰도 높고 감별능력이 뛰어난 분석기법으로 선발되었다.

• Clinical and Experimental Pediatrics
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• 제53권3호
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• pp.373-379
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• 2010

목 적 : 급성 하기도 감염으로 입원하는 소아에서 최근 알려진 hRV C 및 hBoV를 포함하여 13종 호흡기 바이러스의 임상 양상 및 역학을 알아보고자 하였다. 방 법 : 2008년 5월부터 2009년 4월까지 충북대학교병원 소아과에 급성 하기도 감염으로 입원한 소아 중 325명을 대상으로 비인두 흡인물에서 multiplex RT-PCR법을 이용하여 총 13종의 바이러스를 검출하였으며, 대상 소아의 의무기록을 검토하였다. 결 과 : 대상 소아 중 270례(83.1%)에서 호흡기 바이러스가 검출되었으며, 혼합 감염은 71례(26.3%)에서 관찰되었다. 바이러스 검출 빈도는 RSV 108례(33.2%), hRV 62례(19.1%), Flu A 55례(16.9%), hMPV 50례(15.4%), PIV 27례(8.3%), hBoV 26례(8.0%), ADV 19례(5.8%), hCoV 7례(2.2%)였다. 임상진단은 세기관지염 37.5%, 폐렴 34.5%, 급성 천식 악화 20.9%, 크룹 7.1%이었으며, 세기관지염과 폐렴으로 진단된 소아에서 가장 높은 빈도로 검출된 호흡기 바이러스는 RSV, hRV, hMPV, Flu A였다. Flu A와 hRV는 3세 이상의 천식 악화로 진단된 소아에서 가장 높은 빈도로 검출되었다. hRV A와 hRV C는 각각 48명(14.8%)와 14명(4.3%)에서 검출되었으며, hRV C가 검출된 소아의 평균 연령은 $4.1{\pm}3.5$세로 hRV A가 검출된 소아에서의 $1.7{\pm}2.3$세에 비해 유의하게 높았다(P =0.009). hBoV는 세기관지염 또는 폐렴으로 진단된 소아에서 주로 검출되었고, 이들의 평균 연령은 $2.3{\pm}3.4$세였다. 결 론 : 본 연구에서는 한국 소아에서 13종의 바이러스에 의한 하기도 감염의 양상을 관찰하였다. 소아 하기도 감염에서 새로 알려진 바이러스들의 역할을 명확히 알기 위해서는 향후 지속적인 연구가 필요하다.

• Applied Biological Chemistry
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• 제50권2호
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• pp.95-100
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• 2007

식물성장 촉진호르몬인 auxin, 식물병원성 진균을 방제하는 siderophore 그리고 cellulase를 동시에 생산하는 PGPR균이자 생물방제균인 Bacillus licheniformis K11의 cellulase의 유전자를 PCR을 이용해 pUC18에 재조합 후 E. coli DH5${\alpha}$에 cloning하였으며, 이 형질전환 된 균주를 E. coli DH5${\alpha}$(pCW 77)라 하였다. 형질전환 균주 E. coli DH5${\alpha}$(pCW 77)는 B. licheniformis K11의 1.6kb 유전자를 포함하며, 이 cellulase는 1,479 bp, 499개의 amino acid가 암호화된 것으로 추정된다. 형질전환균주가 생산하는 cellulase(CelW)는 lac 프로모터를 이용해 발현되었으며, CMC-SDS-PAGE의 방법으로 약 55 kDa의 분자량을 확인하였다. B. licheniformis K11의 cellulase는 4종의 대표적인 Bacillus spp. 들이 생산하는 cellulase의 아미노산 배열이 97% 이상 일치하였다. CelW는 carboxymethyl-cellulose(CMC) 뿐만 아니라 불용성 섬유소인 Avicel, Filter paper(Whatman$^{\circledR}$ No. 1)는 물론이고 고추역병균 P. capsici의 건조 cell wall도 분해하였다. CMC를 기질로 60$^{\circ}C$에서 효소활성이 가장 높았으며, 최적 pH는 pH 6.0이었다. 그리고 CoCl$_2$ 또는 MnSO$_4$ 첨가시 활성이 2배 이상 증가하였지만, FeCl$_3$ 또는 HgCl$_2$ 첨가 시는 활성이 20% 이하로 떨어졌고, SDS와 sodium azide 등 여러 화학 저해제들을 첨가하여도 87% 이상의 활성을 유지하였다. 이 결과들은 B. licheniformis K11이 식물뿌리에 근권 microflora형성의 중요한 요인으로 작용할 수 있고, 생물방제력을 발휘하는 식물병원성 진균의 세포벽 분해 cellulase 기능 연구를 가능케 하여 식물병의 생물학적 방제 연구에 기초가 될 것이라 생각된다.

• Restorative Dentistry and Endodontics
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• 제31권6호
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• pp.437-444
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• 2006

본 연구에서는 법랑모세포 분화와 법랑질 형성에 연관이 있는 OD314 일명 Apin protein의 기능을 밝힐 목적으로, in-situ hybridization에 의한 OD314 mRNA 발현과 법랑모세포 세포주에서 OD314와 enamel matrix protein의 발현, 그리고 OD314 유전자를 과발현/억제시킬 수 있는 construct를 제작한 후 법랑질 형성 중에 OD314의 기능을 알아보고자 RT-PCR를 시행하여 다음과 같은 결과를 얻었다. 1. OD314 mRNA는 발생중인 상아모세포보다 법랑모세포에서 강하게 발현되었다. 2. Tuftelin은 석회화 결정이 형성되는 14일까지 발현이 지속되고, 그 이후부터 점차 감소하였다. Amelogenin과 enamelin은 7일부터 그 발현이 점점 감소하였다. 3. U6-OD314 siRNA construct를 이용하여 transfection한 법랑모세포 세포주는 OD314와 tuftelin, MMP20 mRNA 발현이 감소하였으며, CMV-OD3l4를 transfection하여 OD314의 과발현을 유도한 경우에는 OD3l4와 MMP20 mRNA의 발현이 뚜렷이 증대되었다. 이 결과는 OD314가 법랑모세포의 분화와 법랑질의 형성 그리고 석회화 과정에 중요한 역할을 하는 새로운 인자임을 시사한다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제32권1호
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• pp.35-41
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• 2003

본 연구는 식품에 존재하는 Y. enterocolitica균의 신속한 검출방법을 조사하기 위하여 이균에 특이적인 특이적인 ail, yst 및 virF 유전자와 Yersinia 속균을 구별하는 subgenus-specific Y16S primer를 도입하여 multiplex PCR을 수행하였으며 Y. enterocolitica균의 검출 민감도와 특이도 및 먹는 샘물과 야채류에서의 적용실험을 각각 조사하였다. PCR 특이성 실험에서는 Y enterorolitica ATCC 27729균은 355 bp(ail), 134 bp(yst) 및 200 bp(Y16S) 3종의 유전자에 대한 DNA 증폭밴드를 나타내었으며, Y. enteroculitica ATCC 9610 및 ATCC 23715는 yst와 Y16S 2종에만 증폭을 보였다 반면에 기타 비병원성 Yersinia균인 Y. frederikseni, Y. intemedia, Y kri-steneni, Y pseudotuberculosis 등은 Y16S에만 DNA밴드를 나타내었으나 기타 세균인 E. colt ATCC 25392, Shi. dysen-teri, S. aureus ATCC 25923, L. monocytognes ATCC 19111 균에서는 어떤 primer에서도 특이 DNA 밴드를 확인할 수 없었다 PCR 민감도는 다른 유전자에 비하여 yst 유전자가 Y. enterocolitica균에 가장 높은 민감도를 나타내었고, Y16S 유전자는 속과 종에 관계없이 높은 민감도를 나타내었다. 따가서, 먹샘물이나 야채류에 대한 병원성 Yersinia균의 지표유전자자로서 속을 대표하는 Y16S유전자와 종을 대표하는 yst유전자를 선정하였다. 수질 중 Y. enferocolitica의 검출한계를 알아보기 위하여 일반세균수가 3600 CFU/mL정도 함유된 먹는 샘물의 경우, DNA를 분리하지 않고 단순 열처리한 배양액을 DNA주형으로 사용하여 multiplex-PCR을 실시한 결과, Y16S 와 yst 유전자 모두 7$\times$$10^1$ CFU/mL 수준가지 검출할 수 있었으며, 일반세균수가 2.5$\times$$10^{5}$CFU/g 정도 함유된 상치는 7 및 7$\times$$10^1$CFU/g, 일반세균이 7.1$\times$$10^4$CFU/g정도 함유된 양송이버섯은 7 및 7$\times$$10^1$CFU/g 수준까지 검출할 수 있었다. 본 연구에서 나타난 바와 같이, 수질이나 야채류에서 Y16S와 yst 유전자를 혼합하여 Y. enterocolitica를 검출할 경우, DNA를 분리하지 않고 직접 whole cell을 lysate하여 DNA주형으로 사용하여도 2차 PCR을 수행할 경우에는 증균과정을 하지 않고도 민감도를 증진시키면서 신속하게 효율적으로 원하는 대상균을 검출할 수 있는 것으로 나타났다.다.

• 한국식품영양과학회지
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• 제46권5호
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• pp.562-571
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• 2017

본 연구에서는 선별된 유색미 5품종에 대한 자외선 조사에 따른 노화 억제 기전을 확인하고자 항산화 활성과 활성산소종(ROS) assay를 분석하였으며, 주름형성을 유발하는 효소인 MMPs와 그 upstream인 MAPK pathway(ERK, JNK 및 p38)에서의 인산화 발현을 얼마나 저해하는지를 분석하였다. 유색미 5품종 가운데 전자공여능과 ABTS 소거활성 결과, 신토흑미 에탄올 추출물(SRE)과 흑설 에탄올 추출물(HE), SRE와 흑설 열수 추출물(HW)이 각각 뛰어난 소거활성을 보였으며, collagenase 저해 활성 결과 HE가 전 농도에서 고르게 높은 저해효과를 나타내었다. 또한, ROS assay에서 SE와 HE가 전 농도에서 매우 효과적인 ROS 생성억제를 나타냄에 따라 우리는 선별된 유색미 가운데 HE를 이용하여 MMPs와 MAPK의 발현억제 pathway를 확인하였다. 그 결과 pro-collagen type I은 $100{\mu}g/mL$의 농도에서 발현이 증가하였고, MMP-1과 -13은 농도 의존적으로 발현이 억제되었으며, ERK와 p38의 인산화 또한 농도 의존적으로 억제하고 있음을 확인하였다. 이러한 결과에 따라 MMPs의 mRNA 발현을 확인하기 위한 RT-PCR을 실시하였으며, MMP-1과 3의 mRNA의 발현은 농도 의존적으로 감소하였고 MMP-9는 HE를 $100{\mu}g/mL$의 농도로 처치한 경우에 발현이 감소하였음을 확인하였다. 선별된 유색미 5종의 에탄올 추출물은 항산화 활성이 우수하였고, 특히 HE의 주름억제 활성 효능을 확인함에 따라 기능성 식품 화장품 분야에서 주름개선 및 항노화 소재로서의 가능성을 확인하였다.

• Journal of Gastric Cancer
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• 제7권1호
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• pp.9-15
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• 2007

목적: DNA 메틸화는 암 발생과정에 있어 중요한 기전 중 하나이다. DNA 메틸화는 DNMT (DNA methyltransferase)에 의해 매개되는데 이중 DNMT3b가 암세포에서 주로 암억제 유전자의 메틸화 정도롤 조절하는 것으로 알려져 있다. 저자들은 DNMT3b 유전자의 촉진자의 다형성과 한국인에서 위암발생의 연관성을 알아보고자 하였다. 대상 및 방법: 2001년 12월에서 2002년 12월까지 가톨릭대학교 성모병원에서 위암으로 진단받고 위 절제술을 받은 사람 중에서 176명과 같은 기간동안 내시경 검사를 시행했던 사람들 중 위암과 관련이 없는 경우 70명을 대상으로 하였다. DNMT3b 촉진자 다형성은 연쇄효소중합반응과 제한분절 길이 다형성 분석으로 유전형을 관찰하였다. 위암 환자에서 대립유전자 및 유전자형을 대조군과 비교하여 이런 다형성이 한국인에서 위암의 감수성을 증가시키는가에 대하여 연구하였다. 결과: DNMT3b 촉진자의 유전형은 환자군에서 14.8% (CC), 71.6% (CT), 13.6% (TT)를 보였고, 대조군에서 40% (CC), 42.9% (CT), 17.1% (TT)를 보였다. CT 이종접합체군에서 약 4.5배(OR 2.13; 95% CI, 2.324~8.803), TT 동종접합체군에서는 약 2.2배(교차비 1.42; 95% 신뢰구간, 0.899~5.165)의 위암발생률의 증가를 보였다. T 변이체 전체로는 약 3.8배의 위험률 증가를 보였다(교차비 1.88; 95%신뢰구간 2.040~7.251). 위암의 병기나 조직학적 소견, Helicobacter pylori 감염과는 유의한 관계를 보이지 않았다. 결론: DNMT3b 촉진자의 다형성은 T 변이체에서 한국인에서 위암 발생 위험도를 증가시킨다. 이러한 다형성과 위암의 병기, 조직학적 유형, Helicobacter pylori 감염과는 관련이 없었다.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제57권1호
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• pp.37-46
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• 2004

연구 배경 : 허파혈관주위세포는 허파미세혈관에서 혈액공기 장벽을 이루고 있는 중요한 세포이다. 이 세포는 생리학적으로 혈류와 혈관의 투과성을 조절하는 기능이 있다. 본 연구는 급성폐손상/급성호흡곤란증후군에서 혈관 과투과성 및 개형에 혈관주위세포의 변화가 중요한 역할을 할 것으로 보고 시작하게 되었다. 흰쥐로 부터 일차 배양한 허파혈관주위세포에 저산소 상태를 만들었을 때, 세포의 생존능에 미치는 영향과 저산소증에 의해 유도되는 유전자의 발현을 살펴보았다. 방 법 : 흰쥐로부터 허파혈관주위세포를 일차 배양 및 계대 배양하였다. 광학 현미경 및 세포 면역 화학 염색으로 세포를 확인하였다. 2% $O_2$의 세포 배양기와 $200{\mu}M$ $CoCl_2$를 처리하였다. 세포의 증식은 tryphan blue 염색 후 세포수를 세는 방법을 택하였다. 유전자 발현은 역전사 중합 효소 연쇄반응을 이용하였다. 결 과 : 1. 흰쥐로부터 허파혈관주위세포를 성공적으로 일차 배양 및 계대 배양할 수 있었다. 2. 2% $O_2$나 $CoCl_2$에서 혈관주위세포는 24시간, 36시간, 48시간에 증식이 억제되었다. 3. 허파혈관주위세포에 저산소 상태의 자극을 주면 VEGF와 smad-2의 발현이 현저하게 증가하였다. 4. 허파혈관주위세포의 HIF$1{\alpha}$, COX-2는 저산소상태에서 VEGF, smad-2에 비해 발현의 변화가 현저하지 않았다. 결 론 : 허파혈관주위세포를 일차 배양함으로써 허파꽈리혈관장벽의 연구를 위한 한 모델을 만들었고, 저산소 상태에서 증식의 억제와 유전자 발현의 변화를 살펴봄으로써 허파혈관손상의 기전을 규명하는데 향후 도움이 될 것으로 보인다.

• Journal of the Korean Association of Oral and Maxillofacial Surgeons
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• 제36권3호
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• pp.186-196
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• 2010

Introduction: The first aim of this study was to isolate the dental tissue-derived stem cells from the dental follicle (DF), dental pulp (DP), and root apical papilla (RAP) of the extracted wisdom teeth. Second was to evaluate their characterization with the expressions of transcription factors and cell surface markers. Finally, their ability of the in vitro multi-lineage differentiations into osteogenic and adipogenic cells were compared, respectively. Materials and Methods: Dental tissues, including dental follicle, dental pulp, and root apical papilla, were separated in the extracted wisdom teeth. These three dental tissues were cultured in Dulbecco’s modified Eagle’s medium (DMEM) with supplements, respectively. After passage 3, the homogeneous shaped dental tissue-derived cells were analyzed the expression of transcription factors (Oct-4, Nanog and Sox-2) and cell surface markers (CD44, CD90 and CD105) with reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and fluorescence-activated cell sorting (FACS) analysis. In order to evaluate in vitro multi-lineage differentiations, the culture media were changed to the osteogenic and adipogenic induction mediums when the dental tissue-derived cells reached to passage 3. The characteristics of these three dental tissue-derived cells were compared with immunohistochemistry. Results: During primary culture, heterogenous and colony formatted dental tissue-derived cells were observed in the culture plates. After passage 2 or 3, homogenous spindle-like cells were observed in all culture plates. Transcription factors and mesenchymal stem cell markers were positively observed in all three types of dental tissue-derived cells. However, the quantity of expressed transcription factors was most large in RAP-derived cells. In all three types of dental tissue-derived cells, osteogenic and adipogenic differentiations were observed after treatment of specific induction media. In vitro adipogenic differentiation was similar among these three types of cells. In vitro osteogenic differentiation was most strongly and frequently observed in the RAP-derived cells, whereas rarely osteogenic differentiation was observed in the DP-derived cells. Conclusion: These findings suggest that three types of human dental tissue-derived cells from extracted wisdom teeth were multipotent mesenchymal stem cells, have the properties of multi-lineage differentiations. Especially, stem cells from root apical papilla (SCAP) have much advantage in osteogenic differentiation, whereas dental follicle cells (DFCs) have a characteristic of easy adipogenic differentiation.

• Tuberculosis and Respiratory Diseases
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• 제45권2호
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• pp.271-279
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• 1998

연구배경: 결핵의 유병률은 감소하는 추세이나 노인, 항암약물요법, HIV 감염 풍에 의해 면역기능이 약화된 환자에 있어서 결핵의 발생이 문제가 되고 있으며, 특히 다제내성균주의 출현은 큰 문제이다. 결핵진단법 중 체액에서 도말검사나 배양검사를 통해서 Myco-bacterium tuberculosis를 검출하는 것이 표준진단법이나, 도말검사는 상대적으로 민감도가 낮고 배양검사는 오랜시간이 소요된다. 중함연쇄반응을 이용하여 결핵균의 DNA를 검출하는 방법은 매우 민감하나 비용이 많이 소요된다. ELISA(enzyme linked immunosorbent assay)를 이용하여 혈청에서 결핵균 특이항원에 대한 항체를 검출하는 방법이 객담도말음성인 활동성 폐결핵환자를 다른 비결핵성 폐질환으로부터 감별하는데 유용한지를 확인하고자 하였다. 방 법: 연세대학교 세브란스 병원에 입원한 183명의 객담도 말음성인 폐질환환자에서 항산균에 대한 객담도말 및 배양검사와 결핵균 특이 항원인 recombinant 38 kilo-dalton 항원과 culture filtrate항원을 이용한 ELISA 검사를 시행하였다. 결 과: 35명의 활동성 폐결핵환자 중 18명에서 배양검사상 Mycobacterium tuberculosis를 검출할 수 있었다. 38 kDa와 culture filtrate에 대한 흡광도는 활동성 폐결핵환자들에서 비결핵성 폐질환자들보다 유의하게 높았다 (p<0.05). 활동성 폐결핵환자 중 객담배양양성과 음성군사이에 38 kDa와 culture filtrate에 대한 홉광도의 유의한 차이는 없었다 (p>0.05) 객담도말음성인 환자에 있어서 38 kDa과 culture filtrate의 민감도는 각각 20.0%와 31.4%였고 특이도는 각각 95.3%와 93.9%였다. 결 론: 객답도말검사 음성인 활동성 폐결핵환자에 있어서 ELISA를 이용한 38 kDa과 culture filtrate 항원에 대한 혈청항체검사법은 기존진단방법보다 낮은 민감도를 보여, 비결핵성 폐질환으로부터 활동성 폐결핵을 감별진단하는데 크게 도움이 되지 않을 것으로 여겨진다.