어병 세균으로부터 분리된 R-plasmid의 특성과 그 DNA 구조는 Aeromonas hydrophila, A. salmonicida, Edwardsiella tarda, Enterococcus seriolicida, Pasteurella piscicida, Vibrio onguillarum등 세균의 종류에 따라 다르다. 그러나 A. hydrophila와 E. tarda로부터 그리고 A. hydrophila와 A. salmonicida로부터 분리된 몇몇 R-plasmid는 같은 내성형을 가지면서 유사한 DNA 구조를 보였다, V. anguillarum에서 분리된 R-plasmid는 1977년 이전, 1980년과 1983년 사이 그리고 1989년과 1991년 사이에 분리된 것이 그 DNA 구조에 차이를 보여 각각 그룹 1, 2, 3으로 구분되어졌다. P. piscicida의 경우에는 연도와 지역에 관계없이 동일한 DNA 구조를 갖는 R-plasmid가 분리되었다. Macrolide계 항생제(MLs), lincomycin(LM), tetracycline(TC) 그리고 MLs, LIM, chloramphenicol(CP) 내성을 나타내는 R-plasmid를 갖는 E. seriolicida가 각 지역의 Yellowtail 어장에 분포되어 있었다. P. piscicida의 R-plasmid에는 type I의 chloramphenicol acetyltransferase(CAT)에 의하여 CP 내성을 나타내는 유전자(cat)가, 그리고 E. tarda, A. salmonicida와 1980년 이후에 분리된 V. anguillarum의 R-plasmid에는 CAT type II에 해당하는 car 유전자가 분포되어 있었다. TC 내성 유전자(tet)의 경우에는 1977년 이전과 1980년 이후에 분리된 V. anguillarum으로부터 class B, G의 tet 유전자가 확인되었으나, E. tarda, P. piscicida, A. hydrophila 그리고 1989년 이후에 분리된 V. anguillarum등 어병세균의 R-plasmid에는 class D의 tet 유전자가 널리 분포하고 있는 것으로 나타났다.
S. aureus에서 분리된 plasmid pSBK203 상의 CAT 유전자 염기서열을 결정하였으며 유발성 발현현상이 확인되었다. 염기서열 결과에 의해 예측된 단백질의 아미노산 서열 분석결고 pC221-CAT 와는 78%의 가장 높은 상동성을 나타냈으며 pC194-CAT와는 55%, 그람음성균 유래의 CAT 중 하나인 Tn9-CATdhkss 38%의 상동성을 각각 보여주고 있었다.
xylA 유전자의 발현에 관한 xylR 유전자의 조절 메카니즘을 밝히기 위한 연구의 일환으로 xylA 프로모터 하류에 cat 유전자를 삽입시켜 Pxyl-cat-xylA 융합 플라스미드인 pEXC131을 제작하였고 이 플라스미드를 xylA 변이주인DH77로 형질전환시킨 결과 xylose의 유도시에만 Cm 내성과 xylose isomerase활성이 나타났다. pEXC1131/DH77에 NTG를 처리하여 xylose 유도없이도 Cm 내성과 xylose isomerase의 활성을 나타내는 xylA 유전자의 구성적 변이주인 pEXC131-39를 xylR 변이주인 DH60으로 형질전환시킨 균주가 xylose에 의한 유도와 무관하게 Cm 내성 및 xylose isomerase 활성을 가지는 것으로 보아 xylA 유전자의 프로모터부위의 변이에 의한 구성적 변이주임을 확인하였다.
The cats gene encodes the major catalase in Sreptomyces coelicolor, whose production increases upon H$_2$O$_2$treatment. Besides the previously identified primary promoter (catApl), a minor promoter (catAp2) was newly assigned by S1 nuclease mapping. The catAp2 transcript was observed transiently upon entry into the stationary phase in liquid culture and upon differentiation on solid plates, whereas the level of catApl transcription did not chance significantly during this growth transition. ThecatApl promoter was transcribed by the major vegetative RNA polymerase holoenzyme containing $\sigma$$\^$HrdB/, whereas the catAp2 was transcribed in vitro by the holoenzyme containing $\sigma$$\^$R/ that is activated under oxidative conditions. The cia-element regulating the H$_2$O$_2$-inducibility of catApl was identified within the 23 bp inverted repeat sequence located between -65 and -43 of the catApl promoter. We roamed this sequence HRE (H$_2$O$_2$-responsive Element). The distal half of the inverted repeat was more crucial for H$_2$O$_2$-dependent induction of the catApl transcript than the proximal half. HRE most likely serves as a binding site for the H$_2$O$_2$-responsive repressor CatR.
Five different types of catalases from photosynthetic bacterium Rhodospirillum rubrum S1 grown aerobically in the dark were found in this study, and designated Catl (350 kDa), Cat2 (323 kDa), Cat3 (266 kDa), Cat4 (246 kDa), and Cat5 (238 kDa). Analysis of native PAGE revealed that Cat2, Cat3, and Cat4 were also produced in the cells anaerobically grown in the light. It is notable that only Cat2 was expressed much more strongly in response to the anaerobic condition. Enzyme activity staining demonstrated that Cat3 and Cat4 had bifunctional catalase-peroxidase activities, while Catl, Cat2, and Cat5 were typical monofunctional catalases. S1 cells grown aerobically in the presence of malate as the sole source of carbon exhibited an apparent catalase Km value of 10 mM and a Vmax of about 705 U/mg protein at late stationary growth phase. The catalase activity of Sl cells grown in the anaerobic environment exhibited a much lower Vmax of about 109 U/mg protein at late logarithmic growth phase. The catalytic activity was stable in the broad range of temperatures (30$\^{C}$-60$\^{C}$), and pH (6.0-10.0). R. rubrum S1 was much more resistant to H$_2$O$_2$in the stationary growth phase than in the exponential growth phase regardless of growth conditions. Cells of stationary growth phase treated with 15 mM H$_2$O$_2$for 1 h showed 3-fold higher catalase activities than the untreated cells. In addition, L-glutamate induced an 80-fold increase in total catalase activity of R. rubrum S1 compared with magic acid. Through fraction analyses of S1 cells, Cat2, Cat3, Cat4 and Cat5 were found in both cytoplasm and periplasm, while Catl was localized only in the cytoplasm.
스트리밍 서비스는 인터넷 트래픽의 많은 부분을 차지할 정도로 인기 있는 서비스가 되었고, 확장성을 위해 P2P기반의 스트리밍 서비스가 제안되었다. P2P기반 스트리밍 환경은 빈번한 피어들의 떠남과 합류가 일어난다. 이러한 멀티캐스트 그룹의 변화에 대처하기 위해서 다중 멀티캐스트 트리가 제안되었다. 이는 중복성을 통해 멀티캐스트 그룹의 변화에 따른 영향을 줄였다. 하지만 노드의 능력 차이를 고려하지 않았기 때문에 트리가 길어지고, 불안정해질 수 있다. 이를 위해 본 논문은 노드의 능력을 고려한 내구적 멀티캐스트 트리 생성 기법(R-CAT)을 제시하여 우수 노드를 트리의 상층부에 위치시킴으로써 트리의 길이를 줄이고 트리 상층부의 안정화 문제를 해결할 수 있다. 또한 제시한 기법의 유효성을 증명하기 위해 기존의 SplitStream을 확장해서 R-CAT을 구현, 비교 검증한다.
CAT(Computer Adaptive Testing : 컴퓨터 기반 적응적 검사)는 기존의 종이 시험지에서 이루어지던 시험과 달리 수험자에게 적절한 맞춤식 출제로 보다 정확한 수험자의 능력 판단 및 빠른 수험진행을 가능케 하였다. 기존의 CAT는 많은 인원과 문제가 있어야만 그 결과에 신뢰성이 있다고 알려져 있다. CAT의 대표적인 알고리즘인 SPRT와 EXSPRT-R을 이용하여 10명의 적은 인원으로 JLPT 4급 기출문제를 적용한 실험을 하였다. SPRT 에서는 인원수와, 문제 난이도를 무시한 결과로 인하여 만족 할만한 결과를 얻지 못하였으나, EXSPRT-R의 경우에는 적은 인원에서도 충분히 CAT를 이용할 수 있음을 발견할 수 있었다.
최근 스트리밍 서비스는 인터넷 트래픽의 많은 부분을 차지할 정도로 인기 있는 서비스가 되었고, 확장성을 위해 P2P기반의 스트리밍 서비스가 제안되었다. P2P기반 스트리밍 환경은 빈번한 피어들의 떠남과 합류가 일어나므로, 이러한 멀티캐스트 그룹의 변화에 대처하기 위해서 다중 멀티캐스트 트리를 구축하게 된다. 하지만 기존의 방법들은 노드의 능력 차이를 고려하지 않았기 때문에 트리가 길어지고, 불안정해질 수 있다. 따라서 본 논문은 노드의 능력을 고려한 내구적 멀티캐스트 트리 생성 기법(R-CAT)을 제시하여 우수 노드를 트리의 상층부에 위치시킴으로써 트리의 길이를 줄이고 트리 내구성이 강한 멀티캐스트 트리를 구성하게 한다. 또한 시뮬레이션을 통해 제안한 R-CAT 기법이 기존의 SplitStream 기법에 비해 노드 합류에 드는 오버헤드는 늘어나지만 결과 트리의 종단간 평균 지연시간이나 손실되는 패키 수는 훨씬 적어 성능과 내구성 면에서 향상을 가져옴을 보일 수 있었다.
최근 단백질 합성 과정 중 라이보솜의 일시적인 정지에 의한 라이보솜의 A자리에서 전사체가 분해되는 현상이 여러 생명체에서 보고되었다. 이러한 현상이 라이보솜의 작은 소단위체를 이루고 있는 SSU rRNA의 기능과 관련 있는지를 알아보기 위해, SecM에서 유래한 접착펩타이드에 의한 라이보솜 정지를 우회하는 SSU rRNA 돌연변이체 발굴을 위한 유전학적 시스템을 개발하였다. 이 시스템에서는 SecM에서 유래한 접착펩타이를 포함하는 CAT 단백질을 코딩하는 CAT-SecM 전사체가 플라스미드에서 유래한 SSU rRNA를 포함한 재조합 라이보솜에 의해서만 해독된다. 이러한 재조합 라이보솜은 접착펩타이드를 합성한 후 CAT-SecM mRNA 상에서 일시 정체하며, 재조합 라이보솜의 발현은 이 전사체의 양을 감소시키는 것을 확인하였다. 이러한 결과는 개발된 시스템을 이용해 라이보솜 검지를 우회하는 SSU rRNA 돌연변이체의 선별이 가능하다는 것을 보여주며, 이러한 변이체에 대한 연구는 단백질 합성 단계에서 일어나는 라이보솜 정지와 전사체 절단 현상에 있어서, SSU rRNA의 역할을 규명하는데 기여할 것이다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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