• 한국식물병리학회지
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• 제10권3호
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• pp.228-234
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• 1994

Genomic RNA was extracted from Cy strain of odontoglossum ringspot tobamovirus (ORSV-Cy) isolated from infected leaves of tobacco cv. Samsun. Size of the genomic RNA was about 6.6 kb in length. The genomic RNA was fractionated using Sephadex G-50 column chromatography into 2 fractions. They were polyadenylated at their 3'-end using E. coli poly(A) polymerase. Polyadenylated viral RNA was recovered by oligo (dT) primer adapter containing NotI restriction site and Moloney murine leukemia virus SuperScript reverse transcriptase (RNase H-). Second-strand cDNA was synthesized by using E. coli DNA ligase, E. coli DNA polymerase I and E. coli RNase H. Recombinant plasmids containing cDNAs for ORSV-Cy RNA ranged from about 800 bp to 3,000 bp. Among the selected 238 recombinants, pORCY-124 clone was the largest one covering 3'-terminal half of the viral RNA. This clone contained two restriction sites for EcoRI and XbaI and one site for AccI, AvaI, BglII, BstXI, HindIII, PstI, and TthIII 1. respectively. The clone contained partial viral replicase, a full-length movement protein and a complete coat protein genes followed by a 3' untranslated region of 414 nucleotides based on restriction mapping and nucleotide sequencing analyses. Clones pORCY-028, -068, -072, -187 and -224 were overlapped with the pORCY-124. Clones pORCY-014 and -095 covered 5' half upstream from the middle region of the viral RNA, which was estimated based on restriction mapping and partial sequence analysis. Constructed cDNA library covered more than 90% of the viral genome.

• 식물조직배양학회지
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• 제27권1호
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• pp.39-45
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• 2000

전위유전자 표지를 이용한 2배체 야생근연종 감자의 유용 유전자 cloning 체계를 개발하기 위하여 옥수수의 진위유전자 Ac를 조작하여 전위효소는 생산하나 이동은 불가능하도록 제작된 immobilized Ac (iAc)와 자체 이동은 불가능하나 iAc의 작용에 의해 이동이 가능한 Ds를 Agrobacterium tumefaciens를 이용한 형질전환에 의해 2배체 근연종 감자 (Solanum tuberosum Group Phureja) 계통 1.22에 도입하였다. iAc및 Ds 삽입 binary vector들을 보유하는Agrobacterium 계통들로 형질전환 처리된 1.22 기내배양신초의 잎과 줄기 절편의 경우 50mg/L 의 kanamycin이 첨가된 배지에서도 캘러스를 형성하였으며, 잎 절편으로부터 재분화신초가 획득되었다. 형질전환 처리되지 않은 1.22 신초는 100mg/L의 kanamycin이 첨가된 배지에서 전혀 발근이 되지 않았으나, 형질전환 처리에 의해 획득된 재분화 신초는 동일 배지에서 발근이 되었다. iAc와 Ds의 염기배열에 대해 특이적인 oligonucleotide primer들을 이용하여 형질전환 처리 획득 식물들로부터 추출된 DNA에 대한 PCR분석을 실시한 결과, 사용된 primer들의 iAc 와 Ds의 염기배열에 있어서의 위치에 의해 예상되는 크기의 DNA들이 형성되어 iAc 와 Ds의 1.22 genome내 도입이 확인되었다.

• 식물조직배양학회지
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• 제28권5호
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• pp.231-237
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• 2001

Differential screening을 통해 Moriguchi등 (1998)이 분리한 유전자와 상동성을 나타내는 CitMT45 유전자의 cDNA를 분리하였다. 본 실험에서 분리한 cDNA는 Moriguchi등 (1998)이 분리한 cDNA에 비해 긴 3' UTR을 가지고 있었다. 잎과 과피, 과육에서 CitMT45 유전자의 발현분석을 northern blot을 통해 수행한 결과, 발달단계에 따라 증가하는 비슷한 앙상을 관찰할 수 있었으나, 과육, 과피, 잎의 순으로 그 발현 양이 많았다. 이들의 발현조절에 대한 정보를 얻기 위해 게놈 DNA를 분리한 결과, CitMT45 게놈 구조는 3개의 exon과 2개의 intron으로 구성되어 있었고, primer extension 분석을 통해 CitMT45 유전자의 발현은 3개의 부위에서 개시되고 있음을 알 수 있었다. 전사개시부위의 5'upstream 지역에서 TATA box와 CCAAT box뿐만 아니라, 금속이온과 온도변화에 의한 조절에 중요한 부위로 알려진 cis-element를 발견하였다.

• Molecules and Cells
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• 제23권1호
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• pp.115-121
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• 2007

Root nodule formation is controlled by plant hormones such as auxin. Auxin-repressed protein (ARP) genes have been identified in various plant species but their functions are not clear. We have isolated a full-length cDNA clone (EuNOD-ARP1) showing high sequence homology to previously identified ARP genes from root nodules of Elaeagnus umbellata. Genomic Southern hybridization showed that there are at least four ARP-related genes in the genome of E. umbellata. The cDNA clone encodes a polypeptide of 120 amino acid residues with no signal peptide or organelle-targeting signals, indicating that it is a cytosolic protein. Its cytosolic location was confirmed using Arabidopsis protoplasts expressing a EuNOD-ARP1:smGFP fusion protein. Northern hybridization showed that EuNOD-ARP1 expression was higher in root nodules than in leaves or uninoculated roots. Unlike the ARP genes of strawberry and black locust, which are negatively regulated by exogenous auxin, EuNOD-ARP1 expression is induced by auxin in leaf tissue of E. umbellata. In situ hybridization revealed that EuNOD-ARP1 is mainly expressed in the fixation zone of root nodules.

• 한국식물병리학회지
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• 제10권3호
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• pp.235-239
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• 1994

Viral RNA was extracted from purified Chinese cabbage strain of turnip mosaic virus (TuMV-Ca) from infected leaves of turnip. Polyadenylated genomic viral RNA was recovered by oligo (dT) cellulose column chromatography and used as a template for the synthesis of complementary DNA (cDNA). Recombinant plasmids contained cDNA ranged from about 900 bp to 2, 450 bp were synthesized. Among the selected 41 transformants, pTUCA31 and pTUCA35 had over 2 Kbp cDNA insert. Restriction endonuclease patterns of the clones examined were very similar among them. Clones pTUCA23 and pTUCA31 were overlapped with pTUA35. The longest clone pTUCA35, encoding 3'-end, showed that it contained two sites for EcoRI, and one site for BamHI, ClaI, HincII, SacI and XbaI, respectively. The restriction mapping indicated that the clone pTUCA35 contained partial nuclear inclusion body gene, complete coding region of the coat protein and 3' untranslated region of TuMV-Ca genomic RNA.

• Journal of Plant Biotechnology
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• 제7권1호
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• pp.51-55
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• 2005

Many cloning vectors in which cDNAs can be inserted to the sense orientation have been developed. Uni-ZAP XR vector (Stratagene) should contain clones that are oriented to sense direction with respect to T3 RNA polymerase primer. Unexpectedly, large portions of cDNAs in Chinese cabbage cDNA library showed unusual insertions, antisense orientation and a hybrid of two different clones. Using two clones, 4H03 and 53-B10, derived from different cDNA libraries, we proposed and demonstrated the possibility of unusual-construct formation by in vitro translation and northern blot analysis. The 4H03 clone was inserted with inverse direction, and its transcript and translation product could be produced by T7 RNA polymerase, indicating that this clone is definitely inserted into inverse orientation. The 53-B10 that contains two independent genes was turned out to be a hybrid in which two genes are inserted to opposite direction each other. All unusual constructs might be due to the presence of small fragments of DNA, like adapter. However, the mechanism underlined the formation of unusual constructs is still remain to be solved.

• Plant Resources
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• 제1권1호
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• pp.13-21
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• 1998

A cDNA Fragment encoding iron storage protrin generated by polymerase chain reaction(PCR) using highly conserved regions of ferritin related genes were used to sereen a red pepper cDNA library. cDNA clone was designated as Fp1. Fp1 clone contatines a 5' nontranslated region of 51dp containing stop conds. Down stream from 5' UTP. an open reading frame of 750bp was observed. followed by a 3' UTR of 272bp. The deduces amino acid sequence of red pepper protein(Fp1) showed 84%, 48% and 36% identity with soybean(SolC). human(HuL H) and horse spleen(HoS-L) ferritin mRNA accumulation in response to iron. Ferritin mRNA accumulation was transient and particularly abundant in leaves. reaching a maxmum at 12h. The level of ferritin mRNA in roots was affected to a lesser extent than in leaves.

• 한국자원식물학회지
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• 제18권2호
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• pp.240-245
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• 2005

더덕 뿌리에서 유래한 EST cDNA library로부터 GST(glutatione S-transferase)유전자와 높은 상동성을 나타내는 full clone cDNA를 얻었다. 더덕의 GST(glutatione S-transferase), CIGST은 761 bp의 cDNA로 173개의 아미노산을 코딩하는 522 bp의 ORF를 가지고 있으며, A. thaliana(AAC63629) $71\%$, C. chinense(CAI51314) $73\%$, E. esula(AAE65767) $75\%$, H. muticus(CAA55039) $70\%$, N. plumbaginifolia(CAA96431) $77\%$, S. commersonii(AAB65163) $76\%$등 다른 식에서 밝혀져 있는 GST(glutatione S-transferase)와 유의한 상동성을 나타내였다.

• 생명과학회지
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• 제20권5호
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• pp.789-793
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• 2010

복잡한 진핵생물에서의 물리적 지도 작성이나 기능해석에 효모인공염색체(YAC)를 이용하기 위해서는 원하는 target region의 인공염색체화 및 single-copy인 YAC의 복제수를 늘이는 것이 요구된다. 본 연구에서는 YAC manipulation system에 복제수 증폭시스템(copy number amplification system)을 도입한 Simultaneous YAC Manipulation-Amplification (SYMA) system을 구축하였다. 식물염색체를 가진 YAC clone의 splitting과 증폭을 위해 conditional centromere와 thymidine kinase (TK) 유전자를 가진 pBGTK plasmid를 구축하였고, splitting fragment의 PCR을 위한 주형으로 사용하였다. 590 kb의 YAC clone은 splitting과 동시에 copy number amplification element를 가진 100 kb YAC와 490 kb YAC로 분리되었고, 100 kb YAC는 유도기질로 3 mg/ml sulfanilamide와 $50\;{\mu}g/ml$ methotrexate (S3/M50)의 첨가에 의해 14.4배로 그 복제수가 증가하였음을 확인할 수 있었다.

• 한국약용작물학회지
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• 제15권1호
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• pp.46-50
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• 2007

하늘타리 (Trichosanthes kirilowii)로부터 조직배양 기법을 이용하여 약리작용을 나타내는 생리활성물질인 trichosantin을 생산하기 위한 연구로 Agrobacterium rhizogenes ATCC15834 의 감염을 통하여 기내 배양된 유묘의 잎절편으로부터 형질전환 모상근을 유도하였다. 유도된 모상근 clones으로부터 성장속도와 분지화 정도가 빠르며 단백질 합성능이 가장 우수한 TR-03 clones을 선발하였으며, 이를 사용하여 생체량과 배지내 가용성 단백질의 생산을 최대로 높일 수 있는 최적 배양조건을 조사하였다. TR-03 clone을 4% sucrose가 첨가된 MS 배지에 초기 접종농도 2 g (생중량)을 접종하여 100 rpm으로 배양시 생중량과 배지내 가용성 총단백질의 함량이 플라스크당 약 2.4 g (건중량)과 $28.3ug/\ell$으로 최대치를 나타내었다. 한편, 배지내 가용성 단백질에 대한 RIP활성 검정에서 배양 4주 후 21.3 unit로 최대치를 보였다.