• 제목/요약/키워드: Biological information

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콘텐츠 적응화 서비스를 위한 상황정보 수집 시스템의 설계 및 구현 (A Design and Implementation of Context Information Gathering System for Contents Adaptation Service)

  • 전우락;소수환;이재동
    • 한국산업정보학회논문지
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    • 제14권2호
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    • pp.1-7
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    • 2009
  • 본 논문은 센서로부터 사용자의 환경정보를 수집하여 상황정보 프로파일을 생성히는 시스템을 제안한다. 본 논문에서는 유비쿼터스 컴퓨팅 환경에서의 상황인지에 대한 연구결과를 바탕으로 상황을 분류하고, 상황정보를 모델링하였다. 제안된 시스템은 다양한 일상생활에서 사용자에게 발생할 수 있는 주변환경 정보 및 신체정보를 수집하여, 상황정보 프로파일을 생성함으로써 콘텐츠 적응화 서비스를 지원할 수 있다.

체질정보은행 구축에 관한 연구 (Study on the Construction for Constitution Information Bank)

  • 이시우;이수경;주종천;유현희;장은수
    • 동의생리병리학회지
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    • 제21권6호
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    • pp.1586-1589
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    • 2007
  • This study aims to construct Constitution Information Bank to objectification of Sasang Constitution Diagnosis and Treatment. 422 cases clinically confirmed their Constitution by experts are collected retrospectively and 219 cases for constitution-family study are also collected in Constitution Information Bank from Nov. 2006 to Sept. 2007. The information include their physique, appearance, character, temper, symptom and treatment records. Their DNA cell lines also included in Constitution Information Bank for constitution-genome study. Constitution Information Bank is composed of constitution-clinical information -physique, appearance, character, temper, symptom and treatment records- and biological information -DNA genotyping data-. Total of 550 cases are collected in Constitution Information Bank from Nov. 2006 to Sept. 2007. Among these, 219 cases are for constitution-family study, especially, 74 cases are collected from Han's large family.

"유전자원의 접근과 이익공유(ABS)" 사례연구를 통한 국내 산림·임업분야 대응과제 고찰 (Considerations of Countermeasure Tasks in the Fields of Forest and Forestry in Korea through Case Study on "The Nagoya Protocol (Access to Genetic Resources and Benefit Sharing)")

  • 이관규;김준순;정화영
    • 한국산림과학회지
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    • 제100권3호
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    • pp.522-534
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    • 2011
  • 본 연구의 목적은 ABS 사례연구를 통해 우리나라 산림 임업 분야 대응정책과제를 도출하는 것이다. 식물종에 대한 대표적인 ABS 선례 조사를 통해 가장 최근 ABS 협정이 이루어진 후디아를 연구대상으로 선정하였다. 후디아 ABS 진행배경을 분석하였고, 2002년 CBD COP6 회의에서 선정된 '본 가이드라인'의 ABS 절차와 후디아 사례를 비교분석하였다. 분석결과 도출된 ABS 주요공통사항과 2010년 CBD COP10 회의에서 선정된 '나고야의정서'와 함께 우리나라가 현재 당면해 있는 과제 및 역할관계를 조명하고자 하였다. 연구결과를 요약하면 다음과 같다. 1. 종 서식지를 생물분류별로 나누어 그에 따른 지역공동체를 설립하고 지역 주체적 생산, 관리, 감시 등의 기반시설을 조성하여야 할 것이다. 2. 전반적인 ABS 관련 정보공유, 관련협약 이행증진 및 모니터링을 위한 ABS 국가연락기관이 지정되어야 할 것이다. 3. 입법적, 행정적, 정책적 절차에 따른 ABS 협약체계 구축, PIC 및 MAT 양식제공 및 내용평가 확인을 위한 국가책임기관의 지정이 필요할 것이다. 4. ABS 관련 산림생물자원의 연구개발 및 관련 연구사업의 통합적 관리시스템이 구축되어야 할 것이다. 5. 생물자원별 소관 부처간 책임 및 역할분배를 통한 정보개발이 이루어져야 할 것이며 상호간 호환성 있는 시스템 개발을 위한 산학연구기관의 워킹그룹개설을 지향되어야 할 것이다. 6. 부처별 담당생물자원의 ABS 지원센터를 설립하여 산업계와 국민의 효율적인 접근을 도모해야 할 것이다. 7. 지역공동체 권리확보, ABS 협약 이행의 모니터링을 위한 국가감시기관의 선정과 국내 산림생물자원 해외유출 방지를 위한 대응체계가 구축되어야 할 것이다. 이와 같은 결과를 통해 우리나라 자생산림생물주권확립을 위한 대응방안을 모색할 수 있을 것으로 판단된다.

연어과 어류의 계군분석을 위한 기생충의 활용 (Use of Parasites for Stock Analysis of Salmonid Fishes)

  • 김정호
    • 한국해양학회지:바다
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    • 제12권2호
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    • pp.112-120
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    • 2007
  • 본 총설에서는 연어과 어류의 계군 분석을 위한 생물학적 표식으로서의 기생충의 유용성에 관하여 다루었다. 계군의 정의는 학자에 따라 다양하지만, 대부분은 본질적으로 서로 유사한 생물학적 특징을 가지며 타 계군과의 혼합 없이도 스스로 번식이 가능하여 일정한 규모를 유지할 수 있는 일련의 개체들의 모임을 계군으로 정의하고 있다. 이 계군을 관리하는 일은 지속적인 생산 및 소비를 위하여 매우 중요하며 특히 연어과 어류의 계군은 각국이 지속적인 자원 확보를 위하여 적극적으로 치어를 방류하고 있으며, 이는 각국의 자산으로 간주되므로 공해 상에서 계군을 구분하여야 한다. 계군을 구분하는 방법은 매우 다양하다. 인공 표식, 기생충과 같은 생물학적 표식, 이석 분석, 비늘 분석, 유전정보 분석 등의 방법이 있는데, 각각 장점과 단점이 있으며, 이 중에서 기생충과 같은 생물학적 표식은 별도의 비용이 들지 않는다는 장점이 있다. 기생충이 존재하는 수역을 감수성이 있는 어류가 통과할 때 이 기생충에 감염이 된다. 이후, 감염된 어류가 이동하여 기생충이 존재하지 않는 수역에서 포획될 경우, 이 개체가 기생충이 존재하는 지역을 통과하였음을 유추해 낼 수 있다. 따라서 이 개체는 기생충에 의해 자연히 표식되는 셈이 된다. 그러나 이 지역을 통과하지 않는 개체는 기생충에 의해 표식되지 않는다. 그러므로 이 생물학적 표식을 통해 각각의 계군을 구분할 수 있으며 이동 경로도 추적이 가능하다. 여기서는 연어과 어류 연구를 목적으로 기생충을 생물학적 표식으로 사용한 각종 예를 들었으며, 이 방법의 장점 및 단점 또한 서술하였다. 연어(Oncorhyunchus keta)는 국내에 소상하는 주된 연어과 어류이며, 북태평양 전역에 분포한다. 한국산 연어는 오호츠크해를 거쳐 북서태평양 및 베링해로 이동한 후 회유하는 것으로 생각된다. 그렇지만, 한국산 연어의 공해 상에서 분포 및 회유 경로에 대해서는 확실하게 알려지지 않은 부분이 많으며 한국산 연어 계군을 타 계군과 확실하게 구분할 수 있는 표식도 아직까지는 존재하지 않는다. 여기에서는 기생충에 관한 정보를 포함한 한국산 연어의 계군 분석에 대한 최근의 연구 결과에 관하여 마지막으로 언급하였다.

UChoo 알고리즘을 이용한 생물 조기 경보 시스템 (Biological Early Warning Systems using UChoo Algorithm)

  • 이종찬;이원돈
    • 한국정보통신학회논문지
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    • 제16권1호
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    • pp.33-40
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    • 2012
  • 본 논문은 생물 조기 경보 시스템을 구현하기 위한 방법을 제안한다. 이 시스템은 모니터링 데몬을 이용해 간헐적으로 데이터 사건을 생성하고, 이 데이터 집합으로부터 특징 매개변수들을 추출한다. 특징 매개변수는 6개의 변수(x/y 축 좌표, 거리, 절대 거리, 각도, 프랙털 차원)를 가지고 유도된다. 특히 프랙털 이론을 사용해 제안 알고리즘은 입력된 특징들이 독성 환경에 있는지 아닌지의 유기물 특성을 정의한다. 추출된 특징 데이터를 학습하기 위한 적절한 알고리즘을 위해 기계학습 분야에서 널리 쓰이는 확장된 학습 알고리즘(UChoo)을 사용한다. 그리고 본 알고리즘은 특징 집합들이 모니터링 데몬에 의해 주기적으로 추가된다는 BEWS의 특징을 극복하기 위해 확장된 데이터 표현 방법을 이용하는 학습 방법을 포함한다. 이 알고리즘에서 결정트리 분류기는 확장된 데이터 표현에서 가중치 매개변수를 사용하는 부류 분포 정보를 정의 한다. 실험 결과들은 제안된 BEWS가 환경적인 독성을 탐지하는데 이용 될 수 있음을 보인다.

샐룰라 오토마타 기법을 이용한 신경망의 자동설계에 관한 연구 (A Study on Automatic Design of Artificial Meural Networks using Cellular Automata Techniques)

  • 이동욱;심귀보
    • 전자공학회논문지S
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    • 제35S권11호
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    • pp.88-95
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    • 1998
  • 본 논문은 인공생명 기법을 이용하여 생물의 정보처리 시스템을 구현하고자 하는 것이다. 자연계의 생물은 그 자체로 훌륭한 정보처리 시스템이다. 생물체는 하나의 생식 세포로부터 발생된다. 또한 이 개체의 종은 진화의 과정을 통해 환경에 적응한다. 본 논문에서는 이와 같은 생물학적인 발생과 진화의 개념을 이용하여 신경망을 설계하는 방법을 제안한다. 생물체의 개체발생은 발생모델의 하나인 셀룰라 오토마다(CA)를 통하여 구현하였고 진화과정은 진화 알고리즘(EAs)을 사용하였다. 우리는 이와 같이 구현한 '진화하는 셀룰라 오토마타 신경망'을 줄여서 ECANS1이라 명명하였다. 셀 사이의 연결은 CA 법칙에 의하여 결정되며, 셀의 초기 패턴이 진화함으로써 유용한 신경망을 찾아낸다. 신경망의 각 셀 즉 뉴런은 생물의 발화 ${\cdot}$ 비발화의 특성을 갖는 카오스 뉴런 모델을 사용하였다. 그리고 신경마의 최종 출력값은 뉴런의 발화 빈도로서 나타내었다. 제안한 방법은 Exclusive-OR 문제 및 패리티 문제에 적용함으로써 그 유효성을 검증하였다.

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GORank: Gene Ontology를 이용한 유전자 산물의 의미적 유사성 검색 (GORank: Semantic Similarity Search for Gene Products using Gene Ontology)

  • 김기성;유상원;김형주
    • 한국정보과학회논문지:데이타베이스
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    • 제33권7호
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    • pp.682-692
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    • 2006
  • 유사한 생물학적 특성을 가진 유전자 산물을 검색하는 것은 생물정보학 연구에 필수적인 기술이다. 현재 대부분의 생물학 데이타베이스에서 Gene Ontology의 용어를 사용하여 유전자 산물의 생물학적 특성을 기술하고 있다. 본 논문에서는 이런 유전자 산물의 주석 정보를 사용해 의미적으로 유사한 유전자 산물을 검색하는 방법을 제안한다. 이를 위해 우선 정보 이론에 기반한 유전자 산물간의 의미적 유사도를 정의하였다. 그리고 이 유사도를 이용한 의미적 유사성 검색 알고리즘을 제안하였다. 의미적 유사성 검색을 처리하기 위해 Fagin의 문턱값 알고리즘(threshold algorithm)을 다음과 같이 변형한 기법을 사용하였다. 우선 사용하는 유사도 함수가 단조 증가 성질을 갖지 않기 때문에 유사도 함수에 맞는 문턱값을 재정의 하였다. 또 역색인 리스트의 구조를 사용하여 중간 검색을 생략할 수 있는 클러스터 스키핑 기법과 역색인 리스트 액세스 순서를 제안하였다. 실제 GO와 주석 정보를 이용하여 성능 평가를 했으며 제안한 알고리즘은 효율적인 알고리즘임을 보였다.

예측적 공간정보 모형을 이용한 Web 기반의 환경관리시스템의 개발 및 적용 (Web Based Environmental Management System using Predictive Spatial Information Models)

  • 김준현;한영한
    • 환경영향평가
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    • 제8권4호
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    • pp.47-57
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    • 1999
  • 본 연구는 G7 과제의 일환으로서, Internet상에서 운영될 수 있는 광역적 환경 관리 시스템의 개발에 목표를 두었다. 이러한 목적을 달성하기 위해서는 아직 더 많은 연구가 수행되어야 하지만, 예비적인 개발 성과를 다음과 같이 요약할 수 있다 : 1) 통합적 환경 정보 관리 시스템, 2) web 기반의 제어 엔진, 3) 지표수환경 관리 시스템, 4) 지하수환경 관리 시스템, 5) 하수도 및 시설 관리 시스템. 본 엔진의 핵심 방법론은 다양한 편미분 방정식의 해석에 있어서 각 미분항을 서술하는 범용적 다차원 유한요소 행렬이다. GUI 지향적인 web 기반의 시스템을 구축하기 위해 공간 정보 관리 시스템(ArcView) 및 Visual Basic이 폭넓게 사용되었다. 개발된 시스템들은 환경 문제의 복합적인 관리의 필요성으로 인해 매우 집약적인 프로그램으로 구성되었다. web 기반의 엔진은 환경관련 사업의 통합적인 관리를 위한 정책 결정 도구로 제공될 수 있을 것이다.

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Genomic and Proteomic Databases: Foundations, Current Status and Future Applications

  • Navathe, Shamkant B.;Patil, Upen;Guan, Wei
    • Journal of Computing Science and Engineering
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    • 제1권1호
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    • pp.1-30
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    • 2007
  • In this paper we have provided an extensive survey of the databases and other resources related to the current research in bioinformatics and the issues that confront the database researcher in helping the biologists. Initially we give an overview of the concepts and principles that are fundamental in understanding the basis of the data that has been captured in these databases. We briefly trace the evolution of biological advances and point out the importance of capturing data about genes, the fundamental building blocks that encode the characteristics of life and proteins that are the essential ingredients for sustaining life. The study of genes and proteins is becoming extremely important and is being known as genomics and proteomics, respectively. Whereas there are numerous databases related to various subfields of biology, we have maintained a focus on genomic and proteomic databases which are the crucial stepping stones for other fields and are expected to play an important role in the future applications of biology and medicine. A detailed listing of these databases with information about their sizes, formats and current status is presented. Related databases like molecular pathways and interconnection network databases are mentioned, but their full coverage would be beyond the scope of a single paper. We comment on the peculiar nature of the data in biology that presents special problems in organizing and accessing these databases. We also discuss the capabilities needed for database development and information management in the bioinformatics arena with particular attention to ontology development. Two research case studies based on our own research are summarized dealing with the development of a new genome database called Mitomap and the creation of a framework for discovery of relationships among genes from the biomedical literature. The paper concludes with an overview of the applications that will be driven from these databases in medicine and healthcare. A glossary of important terms is provided at the end of the paper.

반 정량 식품빈도 조사법 (SQFFQ)과 24시간 회상법을 이용한 영양평가 Software 개발 (Software for Nutritional Assessment Using a Semi-Quantitative Food Frequency Questionnaire and the 24-hour Recall Method)

  • 이상아;이경신;김형숙;이해정;최혜미
    • 대한지역사회영양학회지
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    • 제7권4호
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    • pp.548-558
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    • 2002
  • The purpose of this study was to develop a computer software program for nutritional assessment using a Semi-Quantitative Food Frequency Questionnaire (SQFFQs) and the 24-hour Recall Method. The software for the SQFFQ was divided into input, output, and database. For dietary analyses, recipe and food databases were used. The recipe database included 25 items and the food database was divided into 18 food groups. The food database was composed of 19 general nutrient items, 33 fatty acids, and 18 amino acids. The software developed in this study can be summarized as follows: 1) input items related to the individual s ages information, lifestyle, biological values, and dietary habits; 2) individualized data in percent of the Korean RDA, the energy ratios of carbohydrates, proteins and fats, the ratio of animal to plant source intakes, and the distribution of food group intakes; 3) Statistical data on the individual's information, lifestyle, biological values, and dietary intakes including the frequency of intake of cooked foods, the amounts of food, and the number of food groups, and nutrients. In the 24-hour Recall Method, the input and output consisted of the individual s information and cooked dish intakes. The individual s report included the amounts of nutrient intake according to number of meal and days, in comparison to the Korean RDA, the energy ratio for carbohydrates, proteins and fats, the ratio of animal to plant source intakes, and the distribution of food group intakes. The statistical report presented the number of food groups and foods, and the nutrient intakes. To evaluate the validity of the SQFFQ, the Spearman Rank Order Correlation and kappa values were used. As a result, correlation coefficients comparing the 24-hour Recall Method appeared to be more than 0.5, except for vitamin $B_1, B_2$, niacin, and vitamin E. The kappa values for energy and carbohydrate intakes were both 0.7, and protein, fat, vitamin C, folate, Ca, and iron intakes ranged from 0.3 to 0.7.