• 제목/요약/키워드: Biobank

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Isolation, Characterization, and Comparative Genomics of the Novel Potential Probiotics from Canine Feces

  • Ngamlak Foongsawat;Sirinthorn Sunthornthummas;Kwannan Nantavisai;Komwit Surachat;Achariya Rangsiruji;Siriruk Sarawaneeyaruk;Kedvadee Insian;Sirapan Sukontasing;Nuttika Suwannasai;Onanong Pringsulaka
    • 한국축산식품학회지
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    • 제43권4호
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    • pp.685-702
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    • 2023
  • Lactic acid bacteria (LAB) are commonly used as probiotics; however, not all LAB strains have the same beneficial effects. To successfully use LAB as probiotics in canines, LAB species should originate from the canine intestinal tract as they display host specificity. The objective of this study was to investigate the phenotypic and genomic traits of potential probiotic LAB isolated from canine fecal samples. Twenty LAB samples were evaluated for their potential probiotic characteristics including resistance to low pH, bile salts, hydrophobicity, auto-aggregation, co-aggregation, adhesion to epithelia or mucosa, and production of inhibitory compounds. Additionally, we evaluated their safety and other beneficial effects on canine health, such as DPPH free radical scavenging, and β-galactosidase. Four strains demonstrated potential probiotic characteristics and were selected: Enterococcus hirae Pom4, Limosilactobacillus fermentum Pom5, Pediococcus pentosaceus Chi8, and Ligilactobacillus animalis FB2. Safety evaluations showed that all strains lacked hemolytic activity, could not produce biogenic amines, and did not carry any pathogenic genes. In addition, L. fermentum Pom5 and P. pentosaceus Chi8 displayed susceptibility to all antibiotics and concordant with the absence of antibiotic resistance genes. Based on their phenotypic and genomic characteristics, L. fermentum Pom5 and P. pentosaceus Chi8 were identified as potential probiotic candidates for canines.

Characterization of L-(+)-Lactic Acid Producing Weizmannia coagulans Strains from Tree Barks and Probiogenomic Evaluation of BKMTCR2-2

  • Jenjuiree Mahittikon;Sitanan Thitiprasert;Sitanan Thitiprasert;Naoto Tanaka;Yuh Shiwa;Nitcha Chamroensaksri;Somboon Tanasupawat
    • 한국미생물·생명공학회지
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    • 제51권4호
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    • pp.403-415
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    • 2023
  • This study aimed to isolate and identify L-(+)-lactic acid-producing bacteria from tree barks collected in Thailand and evaluate the potential strain as probiotics. Twelve strains were isolated and characterized phenotypically and genotypically. The strains exhibited a rod-shaped morphology, high-temperature tolerance, and the ability to ferment different sugars into lactic acid. Based on 16S rRNA gene analysis, all strains were identified as belonging to Weizmannia coagulans. Among the isolated strains, BKMTCR2-2 demonstrated exceptional lactic acid production, with 96.41% optical purity, 2.33 g/l of lactic acid production, 1.44 g/g of lactic acid yield (per gram of glucose consumption), and 0.0049 g/l/h of lactic acid productivity. This strain also displayed a wide range of pH tolerance, suggesting suitability for the human gastrointestinal tract and potential probiotic applications. The whole-genome sequence of BKMTCR2-2 was assembled using a hybridization approach that combined long and short reads. The genomic analysis confirmed its identification as W. coagulans and safety assessments revealed its non-pathogenic attribute compared to type strains and commercial probiotic strains. Furthermore, this strain exhibited resilience to acidic and bile conditions, along with the presence of potential probiotic-related genes and metabolic capabilities. These findings suggest that BKMTCR2-2 holds promise as a safe and effective probiotic strain with significant lactic acid production capabilities.

제올라이트별 산소포화농도 측정 실험 (Measurement of Oxygen Saturation Concentration by Zeolite)

  • 박성식;김광환
    • 한국산학기술학회논문지
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    • 제19권2호
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    • pp.617-622
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    • 2018
  • 인간의 생명 유지에 가장 필수적인 것은 공기이지만, 산업의 발달 인구의 증가 등으로 도시의 공기는 매연과 유해가스 등으로 오염되고 있다. 이런 이유 등으로 최근 환경문제 중 대기오염에 대한 문제가 크게 다루어지고 있다. 공기청정기와 함께 쾌적한 실내공기를 제공할 수 있는 또 하나의 기기는 산소발생기이다. 산소발생기의 주 원리는 합성 제올라이트를 이용하여 공기로부터 산소를 분리하는 데에 있다. 다양한 합성 제올라이트들은 그들이 갖고 있는 특성을 이용하여 실생활에 유용하게 적용되어지고 있다. 이런 제올라이트의 특성 중 질소를 흡착하는 성질을 이용하여 대기 중의 질소를 흡착 시킨 뒤 산소만을 발생시켜 산소발생기에 적용시킬 수 있다. 그리하여 우리는 5가지 종류의 천연제올라이트와 LTA 제올라이트, 3A, 4A, 5A(크기가 다른 두 가지)를 사용하여 각각의 질소흡착정도를 알아보고자 하였다. PSA 방식을 사용하여 질소흡착정도가 높을수록 산소포화농도가 높게 나오는 원리를 통해 5A(양이온이 칼슘으로 보충된 LTA제올라이트) 제올라이트의 질소흡착정도가 평균 6% 증가하여 가장 크다는 것을 알 수 있었고 또한 제올라이트의 크기에도 많은 영향을 받는다는 것을 알 수 있었다.

인체유래물연구에 대한 동의 소고(小考) - 개정 생명윤리법 제42조의2를 계기로 - (Consent for using human biological material in research: based on the revised Bioethics and Safety Act)

  • 이동진;이선구
    • 의료법학
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    • 제20권2호
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    • pp.111-140
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    • 2019
  • 생명윤리 및 안전에 관한 법률은 인체유래물연구와 인체유래물은행에 관하여 일련의 규율을 가하고 있다. 같은 법은 인체유래물연구에 대하여는 연구목적을 정하여 설명 후 동의를 받게 하는 반면, 인체유래물은행의 경우 연구목적을 정하지 아니한 채 기증받게 한다. 나아가 보건복지부령으로 정하는 인체유래물 연구 동의서식을 보면 연구목적을 정하는 경우에도 '포괄적으로 연구에 대하여' 동의하는 개방동의·백지동의가 허용된다. 덧붙여 2019. 4. 23. 개정된 제42조의2는 진단·치료과정에서 채취된 인체유래물의 잔여검체에 대하여 본인이 거부의사를 명시하지 아니하는 한 목적도 정하지 아니한 채 인체유래물은행에 제공하는 것을 허용한다. 이러한 입법은 과도하다고 보인다. 국제적으로 인체유래물기증자의 자율성과 인체유래물은행 및 인체유래물연구의 특성을 고려할 때 포괄동의를 수용할 필요가 있음은 부정하기 어렵다. 그러나 인체유래물연구에는 생명윤리 및 안전에 관한 법률 이외에 종종 개인정보 보호법도 적용되고 국내·외적으로 이 영역에서는 개방동의·백지동의는 물론, 포괄동의의 허용성도 논란의 대상이었음을 염두에 둘 필요가 있다. 또 근래의 발전된 정보통신기술에 비추어볼 때 완전한 동적동의는 아니라 하더라도 특히 위험한 경우에는 동적동의를 통한 특정동의요건의 충족이 필요하고 가능한 사안도 있다. 이는 인체유래물의 제2차적 사용 내지 인체유래물은행의 운영에 관한 거버넌스 설계와 그에 대한 설명 후 동의 및 인체유래물기증자에 대한 투명성, 인체유래물기증자의 참여권 보장을 포함한다.

Risk factors for cytological progression in HPV 16 infected women with ASC-US or LSIL: The Korean HPV cohort

  • So, Kyeong A;Kim, Seon Ah;Lee, Yoo Kyung;Lee, In Ho;Lee, Ki Heon;Rhee, Jee Eun;Kee, Mee Kyung;Cho, Chi Heum;Hong, Sung Ran;Hwang, Chang Sun;Jeong, Mi Seon;Kim, Ki Tae;Ki, Moran;Hur, Soo Young;Park, Jong Sup;Kim, Tae Jin
    • Obstetrics & gynecology science
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    • 제61권6호
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    • pp.662-668
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    • 2018
  • Objective This study was to identify the risk factors for cytological progression in women with atypical squamous cells of undetermined significance (ASC-US) or low-grade squamous intraepithelial lesions (LSIL). Methods We analyzed data from women infected with the human papillomavirus (HPV) who participated in the Korean HPV cohort study. The cohort recruited women aged 20-60 years with abnormal cervical cytology (ASC-US or LSIL) from April 2010. All women were followed-up at every 6-month intervals with cervical cytology and HPV DNA testing. Results Of the 1,158 women included, 654 (56.5%) and 504 (43.5%) women showed ASC-US and LSIL, respectively. At the time of enrollment, 143 women tested positive for HPV 16 (85 single and 58 multiple infections). Cervical cytology performed in the HPV 16-positive women showed progression in 27%, no change in 23%, and regression in 50% of the women at the six-month follow-up. The progression rate associated with HPV 16 infection was higher than that with infection caused by other HPV types (relative risk [RR], 1.75; 95% confidence interval [CI], 1.08-2.84; P=0.028). The cytological progression rate in women with persistent HPV 16 infection was higher than that in women with incidental or cleared infections (P<0.001). Logistic regression analysis showed a significant relationship between cigarette smoking and cytological progression (RR, 4.15; 95% CI, 1.01-17.00). Conclusion The cytological progression rate in HPV 16-positive women with ASC-US or LSIL is higher than that in women infected with other HPV types. Additionally, cigarette smoking may play a role in cytological progression.

대장균에서 발현된 A군 로타바이러스 VP6 단백질을 이용한 로타바이러스 감염의 혈청학적 진단의 유용성 (Usefulness of Escherichia coli-expressed Recombinant VP6 Proteins of Group A Rotavirus in Serodiagosis of Rotavirus Infection)

  • 서지현;김소영;박지숙;임재영;박찬후;우향옥;윤희상;김원용;강형련;백승철;이우곤;조명제;이광호
    • Pediatric Gastroenterology, Hepatology & Nutrition
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    • 제13권2호
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    • pp.134-145
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    • 2010
  • 목 적: 로타바이러스 감염역학의 변화를 연구하기 위해 A군 로타바이러스의 VP6 유전자를 대장균에 발현시켜 확보한 rVP6 단백질이 항원성이 있는지를 확인하고 이것을 항원으로 한 효소면역측정법이 로타바이러스 IgG, IgA와 IgM 항체를 정량적으로 평가할 수 있는지 확인하고자 하였다. 방 법: 경상대학교병원에서 로타바이러스 감염을 진단받은 소아들 중 진단 받기 전, 진단 당시, 회복기 이후의 연속적인 혈청을 확보할 수 있었던 22명에게서 100개의 혈청을 경상대학교병원 인체자원은행으로부터 제공받아 로타바이러스 VP6 유전자를 클로닝 하여 대장균에 발현시켜 제조한 rVP6 항원으로 한 효소면역측정법으로 IgG, IgA와 IgM 항체 역가를 측정하였다. 이 중 건강한 신생아 4명에서는 면역 블로팅을 같이 시행하였다. 결 과: 건강한 신생아와 영유아 17명에서 감염 후 확보된 혈청에서 IgG, IgA, IgM 항체 중 최소한 한 종류의 항체 역가 증가가 동반되어 있었다. 면역이 저하된 소아 5명 중 4명에서는 IgG 항체 역가는 증가되었으나 IgA 항체 역가는 2명에서만 증가하였고, IgM 항체 역가는 5명 모두 증가하지 않았다. 신생아 4명에서 시행된 면역 블로팅 검사에서는 IgM 항체인 경우는 효소면역측정법보다 예민하게 진단 초기부터 4명 모두 양성으로 판정되었다. 결 론: A군 로타바이러스의 VP6 유전자를 대장균에 발현시켜 확보한 rVP6 단백질은 항원성이 있으며 이것을 항원으로 한 효소면역측정법은 로타바이러스 감염후 IgG, IgA, IgM 항체 역가 증가를 정량적으로 평가할 수 있어 지역사회에서 발생한 로타바이러스 감염역학의 변화를 연구하는데 유용할 것으로 판단된다.

산청지역에서 파종량 및 질소 시비량에 따른 호밀의 생육과 종실 수량 (Effects of Seeding Rate and Nitrogen Fertilizer Level on Growth and Seed Productivity of Rye Cultivar in Sancheong Province)

  • 김종성;김진진;한옥규
    • 현장농수산연구지
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    • 제22권2호
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    • pp.89-97
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    • 2020
  • 국내에서 소비지역에 필요한 호밀 종자를 생산하기 위해 경남지역에 적합한 종자 채종기술을 개발하고자 2013~2015년까지 3개년에 걸쳐 경상남도 산청에서 시험을 실시하였다. 품종은 국내 육성종인 곡우호밀을 사용하였고, 시험구는 파종량 3수준(3, 5, 7 kg 10 a-1), 질소시비량 4수준(0, 3, 6, 9 kg 10 a-1)의 분할구배치법 3반복으로 하였으며, 생육특성과 종실 생산성을 평가하였다. 호밀 종자의 파종량을 3 kg 10 a-1로부터 7 kg 10 a-1로 증가시킴에 따라 설립중이 증가하고 임실률과 1 수립수가 감소하였지만 m2당수수가 증가하여 전체 수량이 증가하는 경향이었다. 그리고 유효경비율, 리터중, 1000립중이 다소 감소하였으나 수량에는 영향이 크지 않았다. 질소 시비량을 무비로부터 9 kg 10 a-1로 증가시킴에 따라 출수기가 늦어지고 도복이 다소 증가하지만, m2당수수와 1수립수가 많아져서 수량이 증가하였다. 그리고 호밀의 종실 수량은 파종량과 질소 시비량 간에 교호작용을 보이지 않았다. 호밀의 종실 수량, 파종용 종자 비용과 질소 과잉 시비에 따른 환경오염, 도복 등을 고려할 때 산청지역에서 호밀 종자생산을 위해 적합한 파종량은 5 kg 10 a-1, 질소 시비량은 3 kg 10 a-1로 추천되었다.