• Title/Summary/Keyword: Bio-analysis

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Quantitative Mass Spectrometric Analysis of Mixed Self-Assembled Monolayers for Biochips

  • Son, Jin Gyeong;Shon, Hyun Kyong;Hong, Daewha;Choi, Changrok;Han, Sang Woo;Choi, Insung S.;Lee, Tae Geol
    • 한국진공학회:학술대회논문집
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    • 한국진공학회 2013년도 제44회 동계 정기학술대회 초록집
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    • pp.275-275
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    • 2013
  • Formation and characterization of self-assembled monolayers (SAMs) on various surfaces are the essential basis for many other applications, including molecular switches, biosensors, microfluidics, and fundamental studies in surfaces and interfaces. To improve the performance at these applications, it is a key to control the quantity of each molecule in various mixed SAMs on the surface. In this study, using mixed SAM of carbamate-based hydroquinone (HQ)-PhBr and11-mercaptoundecanol, the quantitative mass spectrometric method of mixed SAM was developed based on comparison study with XPS and FT-IR methods. In addition, our method was applied to another mixed SAM of biotinylated PEG alkane thiol and 11-mercaptoundecanol for verification purpose. Time-of-flight secondary mass spectrometry (ToF-SIMS) analysis was performed to identify and quantify each molecule of mixed SAM along with principal component analysis (PCA). Since there is no matrix effect in the X-ray photoelectron spectroscopy (XPS) and Fourier transform-infrared (FT-IR) techniques, we compared ToF-SIMS results with XPS and FT-IR results. Because PCA results from ToF-SIMS analysis are well matched with XPS and FT-IR results from both mixed SAMs, we are expecting that our method will be useful to identify and quantify each molecule in various mixed SAMs.

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디지털바이오헬스케어산업의 고용효과 추이 변화와 고용정책에 관한 연구 (A Study on the Trend of Employment Effect and Employment Policy in the Digital Bio-healthcare Industry)

  • 장필호;김용환
    • 융합정보논문지
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    • 제11권1호
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    • pp.175-182
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    • 2021
  • 본 연구의 목적은 디지털바이오헬스케어산업의 연관산업에 대한 고용유발효과를 시기별로 비교 분석하여 효과적인 산업정책을 수립하기 위한 것이다. 연구를 위한 기본데이터는 한국은행이 실측했던 3개년의 산업연관표를 활용하였다. 연구 방법은 첫째, 산업분류 기준이 다른 시기별 통계자료들을 비교분석하기 위해 7대 산업으로 재작성하였다. 둘째, 한국은행의 산업연관분석 방법론으로 비교분석하였다. 셋째, 격차 조정을 위해 가중치를 반영하여 디지털바이오헬스케어산업의 고용, 생산, 투자 부문에서 유발 효과들을 비교분석하였다. 분석 결과는 첫째, 고용 부문에서는 전체 산업의 평균보다 높은 효과가 있고, 둘째, 생산 부문에서는 낮았고, 셋째, 투자 부문에서는 서비스 분야의 투자가 필요하였다. 분석에서 도출된 결론은, 고용 부문에서 직접투자 및 지속적인 투자가 필요하고, 전문 인력의 육성이 시급하며, 생산 부문에서는 직접투자와 장기투자가 효과적인 것으로 나타났다.

Estimating Moisture Content of Cucumber Seedling Using Hyperspectral Imagery

  • Kang, Jeong-Gyun;Ryu, Chan-Seok;Kim, Seong-Heon;Kang, Ye-Seong;Sarkar, Tapash Kumar;Kang, Dong-Hyeon;Kim, Dong Eok;Ku, Yang-Gyu
    • Journal of Biosystems Engineering
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    • 제41권3호
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    • pp.273-280
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    • 2016
  • Purpose: This experiment was conducted to detect water stress in terms of the moisture content of cucumber seedlings under water stress condition using a hyperspectral image acquisition system, linear regression analysis, and partial least square regression (PLSR) to achieve a non-destructive measurement procedure. Methods: Changes in the reflectance spectrum of cucumber seedlings under water stress were measured using hyperspectral imaging techniques. A model for estimating moisture content of cucumber seedlings was constructed through a linear regression analysis that used the moisture content of cucumber seedlings and a normalized difference vegetation index (NDVI). A model using PLSR that used the moisture content of cucumber seedlings and reflectance spectrum was also created. Results: In the early stages of water stress, cucumber seedlings recovered completely when sub-irrigation was applied. However, the seedlings suffering from initial wilting did not recover when more than 42 h passed without irrigation. The reflectance spectrum of seedlings under water stress decreased gradually, but increased when irrigation was provided, except for the seedlings that had permanently wilted. From the results of the linear regression analysis using the NDVI, the model excluding wilted seedlings with less than 20% (n=97) moisture content showed a precision ($R^2$ and $R^2_{\alpha}$) of 0.573 and 0.568, respectively, and accuracy (RE) of 4.138% and 4.138%, which was higher than that for models including all seedlings (n=100). For PLS regression analysis using the reflectance spectrum, both models were found to have strong precision ($R^2$) with a rating of 0.822, but accuracy (RMSE and RE) was higher in the model excluding wilted seedlings as 5.544% and 13.65% respectively. Conclusions: The estimation model of the moisture content of cucumber seedlings showed better results in the PLSR analysis using reflectance spectrum than the linear regression analysis using NDVI.

Denaturing gradient gel electrophoresis를 이용한 한국의 논 토양 미생물 다양성 분석 방법 (Korean Paddy Soil Microbial Community Analysis Method Using Denaturing Gradient Gel Electrophoresis)

  • 최명은;홍성준;임종희;곽윤영;백창기;정희영;이인중;신재호
    • Journal of Applied Biological Chemistry
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    • 제56권2호
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    • pp.95-100
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    • 2013
  • 현재 토양 생태에서 토양미생물은 유기물 분해, 질소 순환, 식물의 질소 이용 등 중요한 역할을 하고 있어, 토양 내 미생물 다양성을 분석하기 위한 연구는 지속적으로 진행되어 오고 있다. 본 연구에서는 논 토양의 미생물 생태 다양성을 조사하기 위한 효과적인 방법으로 denaturing gradient gel electrophoresis (DGGE)를 적용하고자 본 연구를 수행하였다. 논 토양 미생물의 DNA를 분리하기 위하여 lysis buffer method, skim milk bead method, sodium phosphate buffer method, Epicentre SoilMaster DNA extraction kit (Epicentre, USA), Mo Bio PowerSoil kit (Mo Bio, USA)를 이용하여 토양 내 gDNA 최적 추출방법을 확인하였다. 그 결과 Mo Bio PowerSoil kit를 사용하였을 때 Shannon 다양성지수가 세균 3.3870, 진균 3.6254으로 미생물 다양성 분석시에 가장 효과적이었다. DGGE 분석을 위한 조건은 세균의 경우 6% polyacylamide gel, 45-60% denaturing gradient였고, 진균의 경우 6% polyacrylamide gel, 45-80% denaturing gradient에서 최적 분석조건을 보였다. 위의 분석법을 적용하여 논 토양내의 미생물 군집의 변화를 살펴보면 시간의 변화 요인에 의해 미생물 변화가 일어나는 것을 알 수 있었다. 본 연구에서 사용된 DGGE 분석법을 통해 논토양 미생물의 분석 가능성을 제시 할 수 있었다.

호흡 및 심박수 측정을 위한 비접촉 방식의 CW 바이오 레이더 시스템의 잡음 분석 및 측정 (Noise Analysis and Measurement for a CW Bio-Radar System for Non-Contact Measurement of Heart and Respiration Rate)

  • 장병준;육종관;나원;이문규
    • 한국전자파학회논문지
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    • 제19권9호
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    • pp.1010-1019
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    • 2008
  • 본 논문에서는 호흡 및 심박수 측정을 위한 CW 바이오 레이더 시스템의 잡음을 분석하고, 이 중 위상 잡음에 대한 측정 결과를 제시하였다. 바이오 레이더 시스템은 기존의 무선 통신 방식이나 RFID 시스템과 달리, 수신신호의 주파수 및 반송파 주파수간의 차가 수 Hz에 불과하며, 수신 신호의 레벨 역시 매우 작으므로 위상 잡음을 포함한 모든 잡음원의 영향을 분석하는 것이 매우 중요하다. 본 논문에서는 CW 방식의 바이오 레이더 시스템의 잡음을 시스템의 SNR 측면에서 그 영향을 정량적으로 분석하였고, 분석 결과로부터 송신 안테나와 수신안테나 사이의 누설 전력량에 의한 위상 잡음이 가장 큰 잡음원이 됨을 확인하였으며, 이는 위상 잡음의 거리상관 효과의 함수임을 확인하였다. 따라서 거리 상관 효과에 따른 위상 잡음을 측정하고 이론과 비교하였다. 측정 결과, 본 논문에서 제안한 위상 잡음 측정 방식이 반송파 주파수에 근접한 위상 잡음을 측정할 수 있음을 확인하였다. 이를 통해 50 cm의 인식 거리를 가지며 1 mW의 저출력에서 동작하는 2.4 GHz에서 바이오 레이더 시스템을 PLL 회로 없이 체계적으로 설계할 수 있었다.

Accurate Metabolic Flux Analysis through Data Reconciliation of Isotope Balance-Based Data

  • Kim Tae-Yong;Lee Sang-Yup
    • Journal of Microbiology and Biotechnology
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    • 제16권7호
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    • pp.1139-1143
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    • 2006
  • Various techniques and strategies have been developed for the identification of intracellular metabolic conditions, and among them, isotope balance-based flux analysis with gas chromatography/mass spectrometry (GC/ MS) has recently become popular. Even though isotope balance-based flux analysis allows a more accurate estimation of intracellular fluxes, its application has been restricted to relatively small metabolic systems because of the limited number of measurable metabolites. In this paper, a strategy for incorporating isotope balance-based flux data obtained for a small network into metabolic flux analysis was examined as a feasible alternative allowing more accurate quantification of intracellular flux distribution in a large metabolic system. To impose GC/MS based data into a large metabolic network and obtain optimum flux distribution profile, data reconciliation procedure was applied. As a result, metabolic flux values of 308 intracellular reactions could be estimated from 29 GC/ MS based fluxes with higher accuracy.

온실 내 환경데이터 분석을 통한 파프리카 온실의 식별 (Identification of Sweet Pepper Greenhouse by Analysis of Environmental Data in Greenhouse)

  • 김나은;이경근;이덕현;문병은;박재성;김현태
    • 생물환경조절학회지
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    • 제30권1호
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    • pp.19-26
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    • 2021
  • 본 연구에서는 같은 지역에 위치한 온실 3곳의 식별을 위해 통계적인 방법으로 분류를 하고자 주성분 분석(PCA)과 선형 판별 분석(LDA)을 수행하였다. 온실 내의 환경데이터는 같은 지역의 온실 3곳을 대상으로 4월1일부터 4월28일 총4주간 1시간 간격으로 수집된 값을 사용하였다. 데이터를 분석하기 전, 데이터 정규화를 시키는 전처리를 거쳤으며, 전체의 80%인 훈련자료(training data)와 20%인 테스트 자료(test data)로 나누어 분석을 수행하였다. 분석을 수행한 결과, PC1은 57.51%의 설명력으로 PC1 = 0.7118112 × Tem. -0.6830065 × Humi. -0.1637892 × CO2.의 식을 가지며, LD1은 67.06%의 설명력으로 LD1 = 0.8622565 × Tem. -0.1805741 × Humi. + 1.4018140 × CO2. + 0.03040701의 식을 가지는 것으로 나타났다. 이렇게 미리 분류시켜놓은 온실의 데이터를 바탕으로 새로운 환경의 데이터를 입력하였을 때 특정 그룹으로의 분류가 가능함으로써 데이터의 성향을 파악할 수 있다. 이러한 데이터는 식별을 용이하게 함으로써 데이터의 활용도를 높여주는 방법이라고 판단된다.

텍스트마이닝과 주경로 분석을 이용한 미발견 공공 지식 추론 - 췌장암 유전자-단백질 유발사슬의 경우 - (Inferring Undiscovered Public Knowledge by Using Text Mining Analysis and Main Path Analysis: The Case of the Gene-Protein 'brings_about' Chains of Pancreatic Cancer)

  • 안혜림;송민;허고은
    • 한국비블리아학회지
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    • 제26권1호
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    • pp.217-231
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    • 2015
  • 본 연구에서는 췌장암의 유전자-단백질 상호작용 네트워크를 구성하고, 관련 연구에서 주요하게 언급되는 유전자-단백질의 유발관계 사슬을 파악함으로써, 췌장암의 원인을 규명하는 실증적인 연구로 이어질 수 있는 미발견 공공 지식을 제공하려 하였다. 이를 위하여 텍스트마이닝과 주경로 분석을 Swanson의 ABC 모델에 적용해 중간 개념인 B를 방향성을 가진 다단계 모델로 확장하고 가장 의미 있는 경로를 도출하였다. 본 연구의 주제가 된 췌장암의 사례처럼 시작점과 끝점조차 한정할 수 없는 미발견 공공 지식 추론에서 주경로 분석은 유용한 도구가 될 수 있을 것이다.

목질바이오매스의 급속열분해에 의해 생성된 바이오오일의 특성 분석 (Characterization of Bio-oils Produced by Fluidized Bed Type Fast Pyrolysis of Woody Biomass)

  • 최준원;최돈하;조태수
    • Journal of the Korean Wood Science and Technology
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    • 제34권6호
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    • pp.36-43
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    • 2006
  • 유동형 급속열분해기 (fluidized bed type fast pyrolyzer, 용량 400 g/h)를 이용하여 너도밤나무와 침엽수 혼합재(독일가문비나무/전나무, 50:50) 에서 바이오오일을 생산하였다. 목질바이오매스의 열분해는 약 $470{\pm}5^{\circ}C$에서 1~2초 동안 진행되었다. 목질바이오매스의 열분해 생성물의 조성은 너도밤나무의 경우 바이오오일 60%, 탄 9% 그리고 가스가 31% 정도 생산되었으며, 침엽수 혼합재는 바이오일 49%, 탄 9%, 그리고 42% 가량의 가스가 생성되었다. 두 종류의 목질바이오매스에서 생산된 바이오오일의 수분함량은 약 17~22%이었으며, 밀도는 수종에 관계없이 $1.2kg/{\ell}$이었다. 바이오오일의 원소 조성은 탄소 45%, 산소 47%, 수소 7%, 그리고 질소 1%로 일반적인 목질바이오매스와 큰 차이는 없는 것으로 나타났다. 그러나 화석자원에서 생산되는 오일류와 비교하여 바이오일은 산소함량이 매우 높았고 황은 전혀 포함되어 있지 않았다. 바이오오일의 GC 분석 결과 총 90여종의 방향족(aromatic) 또는 비방향족(non-aromatic) 저분자량 화합물이 검출되었으며 이들의 함량은 바이오오일 전건중량의 31~33%로 분석되었다.

벼 부산물을 함유한 생분해성 멀칭비닐의 포장 재배조건에서의 특성 및 분해력 연구 (Studies on the Bio-degradability and Characteristics of Mulching Films Containing Rice By-products Applied to Upland Crops)

  • 한상익;강항원;장기창;서우덕;오성환;나지은;이형운;정미남;최경진
    • 한국작물학회지
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    • 제57권2호
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    • pp.99-105
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    • 2012
  • 작물의 멀칭재배에 활용이 가능한 생분해성 비닐의 생분해 특성과 작물 재배에 따른 특성 변이를 검정한 결과는 다음과 같다. 1. 천연고분자인 벼 부산물(왕겨와 쌀겨)을 이용하여 상업적으로 이용이 가능하고 생분해가 가능한 멀칭 비닐을 제조하였다. 2. 생분해성 멀칭 비닐의 특성 검정을 위한 표준 생분해도 측정결과 셀룰로오스 대비 75%의 생분해가 되어 친환경 기준을 충족함을 확인하였다. 3. 생분해성 멀칭 비닐의 기계적인 특성은 기존 멀칭비닐과 비교해서 인장강도와 인장력에서 우수함을 보였고, 파단점 비후 비교에서도 생분해성 비닐은 지속적인 힘을 유지시켜야 늘어나는 특성을 보였다. 4. 작물을 대상으로한 시험에서 기계화도 가능하며, 인장강도와 인장력을 통한 분해력 비교에서 작물에 따라 시간이 지남에 따라 인장강도와 인장력에 차이를 보임을 관찰할 수 있었고, 작물의 토양 피복도가 생분해에 영향을 미침을 확인하였다.