• 제목/요약/키워드: BTA

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한우 2번 염색체 양적형질좌위 영역에서 육질 연관 후보 DNA 마커 규명에 관한 연구 (Study on identification of candidate DNA marker related with beef quailty in QTL region of BTA 2 in Hanwoo population)

  • 이윤석;오동엽;여정수
    • Journal of the Korean Data and Information Science Society
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    • 제22권4호
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    • pp.661-669
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    • 2011
  • 한우산업은 유전적으로 우수한 개체를 선발하기 위하여 전통적인 육종방법에 유전체정보를 활용하여 정확하게 예측하는 기술을 개발하고 있는 실정이다. 따라서 본 연구에서는 이미 규명되어진 한우 2번 염색체 양적형질좌위을 바탕으로 발현염기서열표식 (EST) 단일염기 다형성 연관지도상에서 선발된 12개의 염기표식영역 표지인자내 단일염기다형성들과 한우집단의 육질과의 연관성을 평가하였다. 한우 2번 염색체 양적형질좌위영역에 있는 12개의 염기표식영역 표지인자를 이용하여 30차에서 33차 후대검정우 집단에서 가계정보가 서로 다른 20두에서 직접 염기서열분석을 한 결과 10개의 다형성이 있는 단일염기다형성를 확인할 수 있었다. 이 중에서 근내지방도 정규분포상 양쪽 집단과 단일염기다형성 유전자형간 빈도분석을 한 결과 HWSNP_1-1과 HWSNP_9-4 단일염기다형성에서 40%이상의 빈도차이를 나타내었다. 이 2개의 단일염기다형성들로 한우집단 (n=233)에서 근내 지방도와의 연관성을 살펴본 결과 HWSNP_1-1 단일염기다형성에서만 유의적인 차이를 나타내었다 (P<0.05). 따라서 본 연구에서는 HWSNP_1-1 단일염기다형성는 유전체정보를 활용한 한우 육질 개량에 있어 가장 효율적인 보조수단으로 활용가치가 높을 것이라 판단된다.

파종시기가 Fodder Beet ( Bta vulgaris crassa Alef. ) 품종의 수량에 미치는 영향 (Effect of Seeding Times on the Fresh Yield of Fodder Beet Varieties)

  • 이주삼;안종호;조익환;노진식;상병돈;박무균
    • 한국초지조사료학회지
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    • 제15권2호
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    • pp.140-145
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    • 1995
  • This experiment was canied out to investigate the effect of seeding times on the fresh yield of fodder beet varieties, and to select the most adaptable varieties of fodder beet in Daekwanryeong areas. Three varieties(Kyros, Zorba and Hugin) and six seeding times(25 July, 4 Aug. and 14 Aug. in 1993. and 30 Apr., 10 May and 20 May in 1994) were combined in the experiment. The results obtained were as follows: 1. The seeding time for the highest fresh yield of fodder beet was obtained as 18.29 tonha on 25 July in 1993. Of various varieties, the highest fresh yields were 22.59 ton and 18.89 tonlha for Kyros and Zorba on 25 July, and 19.15 tonha for Hugin on 4 Aug. in 1993. 2. The fresh yield of fodder beet were 20.30 ton, 19.41 ton and 16.93 tonlha on 30 Apr., 10 May and 20 May in 1994, respectively. The highest fresh yield of the varieties were 77.78 ton for Kyms on 20 May, 19.79 ton for Zorba on 30 Apr., and 20.63 tonha for Hugin on 10 May in 1994. 3. Shoot and root(S/R) ratio was different between seedling times. S/R ratio of the varieties were increased in 1993 due to the delayed seeding times, but on the contrary it tended to decrease in 1994 with the delayed seeding times. 4. Shoot and root(S/R) ratios of varieties were 0.94, 0.89 and 1.18 for Kyros, Zorba and Hugin in 1993, and 1.29 for Kyms, and 1.85 for Zorba and Hugin in 1994, respectively.

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Development of a Data Acquisition System for the Long-term Monitoring of Plum (Japanese apricot) Farm Environment and Soil

  • Akhter, Tangina;Ali, Mohammod;Cha, Jaeyoon;Park, Seong-Jin;Jang, Gyeang;Yang, Kyu-Won;Kim, Hyuck-Joo
    • Journal of Biosystems Engineering
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    • 제43권4호
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    • pp.426-439
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    • 2018
  • Purpose: To continuously monitor soil and climatic properties, a data acquisition system (DAQ) was developed and tested in plum farms (Gyewol-ri and Haechang-ri, Suncheon, Korea). Methods: The DAQ consisted of a Raspberry-Pi processor, a modem, and an ADC board with multiple sensors (soil moisture content (SEN0193), soil temperature (DS18B20), climatic temperature and humidity (DHT22), and rainfall gauge (TR-525M)). In the laboratory, various tests were conducted to calibrate SEN0193 at different soil moistures, soil temperatures, depths, and bulk densities. For performance comparison of the SEN0193 sensor, two commercial moisture sensors (SMS-BTA and WT-1000B) were tested in the field. The collected field data in Raspberry-Pi were transmitted and stored on a web server database through a commercial communications wireless network. Results: In laboratory tests, it was found that the SEN0193 sensor voltage reading increased significantly with an increase in soil bulk density. A linear calibration equation was developed between voltage and soil moisture content depending on the farm soil bulk density. In field tests, the SEN0193 sensor showed linearity (R = 0.76 and 0.73) between output voltage and moisture content; however, the other two sensors showed no linearity, indicating that site-specific calibration is important for accurate sensing. In the long-term monitoring results, it was observed that the measured climate temperature was almost the same as website information. Soil temperature information was higher than the values measured by DS18B20 during spring and summer. However, the local rainfall measured using TR 525M was significantly different from the values on the website. Conclusion: Based on the test results obtained using the developed monitoring system, it is thought that the measurement of various parameters using one device would be helpful in monitoring plum growth. Field data from the local farm monitoring system can be coupled with website information from the weather station and used more efficiently.

Characterization and Mapping of the Bovine FBP1 Gene

  • Guo, H.;Liu, W-S.;Takasuga, A.;Eyer, K.;Landrito, E.;Xu, Shang-zhong;Gao, X.;Ren, H-Y.
    • Asian-Australasian Journal of Animal Sciences
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    • 제20권9호
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    • pp.1319-1326
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    • 2007
  • Fructose-1,6-bisphosphatase (FBP1) is a key regulatory enzyme of gluconeogenesis that catalyzes the hydrolysis of fructose-1,6-bisphosphate to generate fructose-6-phosphate and inorganic phosphate. Deficiency of fructose-1, 6-bisphosphatase is associated with fasting hypoglycemia and metabolic acidosis. The enzyme has been shown to occur in bacteria, fungi, plants and animals. The bovine FBP1 gene was cloned and characterized in this study. The full length (1,241 bp) FBP1 mRNA contained an open reading frame (ORF) encoding a protein of 338 amino acids, a 63 bp 5' untranslated region (UTR) and a 131 bp 3' UTR. The bovine FBP1 gene was 89%, 85%, 82%, 82% and 74% identical to the orthologs of pig, human, mouse, rat and zebra fish at mRNA level, and 97%, 96%, 94%, 93% and 91% identical at the protein level, respectively. This gene was broadly expressed in cattle with the highest level in testis, and the lowest level in heart. An intronic single nucleotide polymorphism (SNP) (A/G) was identified in the $5^{th}$ intron of the bovine FBP1 gene. Genotyping of 133 animals from four beef breeds revealed that the average frequency for allele A (A-base) was 0.7897 (0.7069-0.9107), while 0.2103 (0.0893-0.2931) for allele B (G-base). Our preliminary association study indicated that this SNP is significantly associated with traits of Average Daily Feed Intake (ADFI) and Carcass Length (CL) (p<0.01). In addition, the FBP1 gene was assigned on BTA8 by a hybrid radiation (RH) mapping method.

식이지방의 종류와 L-arginine 보충이 당뇨쥐의 ENdothelium 기능 및 체내 지질대사에 미치는 영향 (Effect of Dietary Fat Sources and L-arginine Supplementation on Endothelial function and Lipid Metabolism in Streptozotocin-Induced Diabetic Rats)

  • 장문정;김연중;김명환
    • Journal of Nutrition and Health
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    • 제35권1호
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    • pp.5-14
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    • 2002
  • Alteration in the syntesis or enhanced inactivation of nitric oxide(NO) can induce impairment of endothelial cell function. Insulin dependent diabetes mellitus(IDDM) is characterized by impaired endothelial function and vascular disease. NO is produced through L-arginine pathway To elucidate the hypothesis that the decreased production on NO in IDDM reflects vascular damage and the NO production can be manipulated by either dietary fat(7% of kg diet) or the oral supplementation with L-arginine(2g/kg bw), plasma markers for vascular endothelial damage and plasma lipid profiles were measured in streptozotocin(STZ)-induced diabetic rats. Diabetic or normal Sprague-Dawley rats were fed 6 different experimental diets for 4 weeks(SO : soybean oil, SOA: soybean oil + L-arginine supplementation, BT : beef tallow, BTA_ beef tallow + L-arginine supplementation, OV olive oil, OVA : olive oil + L-arginine supplementation). Plasma glucose, total cholesterel, HDL-cholesterol, LDL-cholesterol and triglyceride were measured. Endothelial markers, plasma von Willebrand factor(vWf), thromboxane B$_2$, and 6-keto PGF1$\alpha$ of aorta were measured by ELISA. Plasma NO production was evaluated through the measurement of nitrite by EIA. Feeding saturated fatty acid(SFA, BT) increased relative liver size(RLS) in diabetic rats compared to either polyunsatunted fatty acid(PUFA, SO) or monounsaturated fatty acid(MUFA, OV) The supplementation of L-arginine inhibited the liver and kidney enlargement in olive oil find diabetic rats. Plasma glucose was lower in diabetic animal find the olive oil compared to fed beef tallow and the supplementation L-arginine decreased it in diabetic rats find beef tallow significantly(p < 0.05). Plasma TXB$_2$ levels were increased due to diabetes and the value of beef tallow group showed highest value. Plasma vWf concentration of beef tallow group was higher value in normal rats and was elevated more in diabetes. In diabetic groups, the vWf concentration of olive oil group was lower than beef tallow or soybean oil group. The supplementation of L-arginine in diabetic rats decreased plasma TXB$_2$ and vWf levels significantly(p < 0.05). NO production was higher in normal olive oil fed rats and was tend to be decreased in diabetic rats and the supplementation of L-arginine recovered to normal value(p < 0.05), Olive oil supplemented with L-arginine tended to lower plasma total cholesterol and LDL-cholesterol after 4 week treatment. These results suggest that generalized vascular endothelial changes based on plasma TXB$_2$and vWf occurs in diabetic rats. and olive oil with L-arginine supplementation contributes to a better control of the hyperglycemia, endothelial changes and hypercholesterolemia accompanying diabetes as compared with beef tallow or soy bean oil in this rat model.

월정사팔각구층석탑의 손상현황과 표면오염물 제거연구 (Present Deterioration Situation and Study on the Cleaning of the Surface of the Octagonal nine storied pagoda of Woljeongsa Temple)

  • 황정은;김사덕;정희수
    • 보존과학연구
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    • 통권33호
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    • pp.125-148
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    • 2012
  • 월정사팔각구층석탑 부재인 화강암의 구성광물은 석영, 사장석, 미사장석, 흑운모이다. 이 석탑은 금속 장식물과 보조물에서 생성된 녹흔에 의한 황갈색 변색과 기단부와 옥개석 상부에 서식하는 침해생물로 인하여 표면이 훼손되어 있다. 세척 예비실험 결과 옥살산을 사용한 습포법은 제거횟수에 따라 철이온의 용출량이 증가하고 암석의 구성성분인 Mg, Al, Ca 이온의 용출량은 미약하므로 이 세척법은 제거횟수가 증가함에 따라 제거효과가 높고 암석에 끼치는 영향은 미미하다고 판단된다. 침해생물 제거에 이용한 건식세척은 생물제거는 가능하나 미소토양 제거가 어렵고, 증류수를 사용한 습식세척은 미소토양 제거가 가능하였다. 이를 근거로 보존 처리에서 침해생물은 건식세척과 습식세척으로 제거하였고 녹흔은 옥살산을 사용한 습포법으로 제거하였다. 그리고 녹흔의 원인이 되는 금속물의 녹을 물리적으로 제거한 후 철제 금속물은 renaissance wax를 사용하고, 동제 금속물은 B.T.A법을 사용하여 방청처리 하였다.

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소 FASN 유전자 변이의 연관불균형과 한우 도체형질에 미치는 영향 (Characterization of the Bovine FASN Gene Variation for Carcass and Beef Quality Traits in Hanwoo)

  • 이송란;김상욱;이중재;이준헌;윤두학;김종주;정영철;전순홍;최재원;김내수;김관석
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제51권3호
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    • pp.185-192
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    • 2009
  • 소 염색체 19번에 존재하는 유지방 함량 및 지방산 조성에 영향을 미치는 양적경제 형질 유전자 좌위에서 발견된 지방산 합성 효소인 FASN 유전자는 포화지방산과 불포화지방산의 함량을 조절하는 강력한 후보유전자이다. 본 연구에서 FASN 유전자의 g.17924 A>G 변이를 한우집단과 미국산 육우 집단에서 분석하였고 그 결과는 한우에서는 GG형의 개체빈도가(71%)로 매우 높았으며, 미국산육우에서는 GG형 빈도는 불과(35%)밖에 되지 않았다. 한우 품종에서 FASN 유전자의 염기서열 분석을 하여 27 개의 단일염기 변이를 발견 하였고, 그 중 9개는 본 연구에서 처음으로 밝혀지는 단일염기 변이이다. 한우 집단 100두와 수입우 집단 96에 대하여 유전자형 분석을 수행한 결과, FASN 유전자 내의 4개의 단일염기 변이의 연관 불평형 및 반수체 구역을 연구하였다. g.10568 C>T와 g.11280 G>A 단일염기 변이의 다형성은 한우집단에서 고기의 육색(P=0.004)과 고기의 조직감(P=0.0114)에 고도의 유의성이 통계적인 분석에 의하여 나타났다. 그리고 g.13125 C>T와 g.17924 G>A 다형성은 등지방두께 및 육량지수에 유의성을 관찰할 수 있었다(P=0.0179, 0.0495). 이상의 결과는 소 FASN 유전자 내의 변이들이 한우집단의 불포화 지방산 함량과 도체 형질에 연관성은 차별화된 고급한우육을 생산하기 위한 중요한 DNA 마커로써 활용가치가 있을 것으로 사료된다.

전장 유전체 연관분석을 통한 한우 성장 연관 양적형질좌위 (QTL) 탐색 (Genome Wide Association Study to Identity QTL for Growth Taits in Hanwoo)

  • 이승환;임다정;장길원;조용민;최봉환;김시동;오성종;이준헌;윤두학;박응우;이학교;홍성구;양보석
    • Journal of Animal Science and Technology
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    • 제54권5호
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    • pp.323-329
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    • 2012
  • 본 연구는 한우 거세우 266두에서 유전자형 결정이 완료된 4,522개의 SNP를 이용하여 한우 성장형질 (6, 12, 18 및 24개월령 체중)에 대한 양적형질좌위 (QTL)을 탐색 하였다. 각 SNP와 성장형질과의 연관성 분석은 회귀분석 (single marker regression)을 이용하여 수행하였으며, 통계적 유의성은 P-value (P<0.001)로 설정하였다. 그 결과, 6개월체중에서 3개 좌위, 12개월 체중에서는 5개 좌위, 18개월체중에서 5개좌위 그리고 24개월체중에서 4개 좌위가 통계적 유의차를 보였다. 통계적 유의차를 보인 SNP의 상가적 유전분산을 분석한 결과, 몇몇 SNP에서는 6~11% 정도의 상가적 유전효과를 보였으며, 대부분의 SNP들은 2~5%로 매우 작은 효과를 보였다.

한우에서 전장의 유전체 정보를 활용한 연관불평형 및 유효집단크기 추정에 관한 연구 (Estimation of Linkage Disequilibrium and Effective Population Size using Whole Genome Single Nucleotide Polymorphisms in Hanwoo)

  • 조충일;이준호;이득환
    • 생명과학회지
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    • 제22권3호
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    • pp.366-372
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    • 2012
  • 본 연구는 한우 유전체 전장에 존재하는 고밀도 단일염기다형을 DNA chip을 이용하여 각각의 유전자형을 구명하고, 동일염색체 내에 존재하는 각 표지인자쌍의 연관불평형을 성 염색체를 제외한 모든 상염색체에서 추정하여 물리적 거리별 연관불평형의 정도를 확인하고 이러한 결과를 이용하여 한우 집단의 유효집단 크기를 추정하기 위하여 실시하였다. 한우개량사업소에서 2005년부터 2008년까지 후대검정에 공시된 후보종모우 및 후대 검정우 288두에 대해 혈액을 채취하고 Bovine SNP 50 DNA Chip을 이용하여 유전자형을 분석하였으며, 총 51,582 표지인자 중 결측률이 10% 이상인 표지인자 1개 및 다형성이 없는 표지인자 10,730개에 대해 사전제거를 실시하고 남은 40,851개의 SNP표지인자를 본 분석에 활용하였다. 연구 결과, 성 염색체를 제외한 상 염색체의 총 SNP표지인자의 길이는 2,541.6 Mb였으며, 염색체별 평균 SNP표지인자간 거리는 0.55에서 0.74로 분포하였으며, EM알고리즘을 이용하여 염색체별 연관불평형을 추정해 보았을 때, 기존의 보고된 연구와 유사하게 표지인자간 거리가 짧을수록 높게 나타나는 지수형태의 그래프를 나타냈으며, SNP표지인자간 거리에 따른 $r^2$를 보면, 0 Mb에서 0.1 Mb일 때 0.136, 0.1-0.2 Mb에서 0.06로 나타났다. Luo (1998)의 연구결과를 한우에 적용시켰을 때, 전체분산의 5%이상 설명하는 양적형질좌위 발굴을 위해서 약 2,000두의 표현형 자료가 필요할 것으로 사료되었다. 또한 한우의 세대별 유효집단 크기에 대해 추정해 본 결과, 현재 한우의 유효집단크기는 84두로 추정되었고, 지금으로부터 약 50세대 이전의 유효집단 크기는 1,150두로 추정되었다. 가축에서 인공수정이 도입(1960년대)된 이 후 개량의 가속화로 인해 한우의 유효집단 크기가 급격히 감소한 것으로 사료되었다.

Loop와 HPLC Purification 방법보다 더 높은 비방사능을 보여주는 카트리지 Methylation과 Purification을 이용한 손쉬운 [ 11C]PIB 합성 (Facile [11C]PIB Synthesis Using an On-cartridge Methylation and Purification Showed Higher Specific Activity than Conventional Method Using Loop and High Performance Liquid Chromatography Purification)

  • 이용석;조용현;이홍재;이윤상;정재민
    • 핵의학기술
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    • 제22권2호
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    • pp.67-73
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    • 2018
  • $[^{11}C]PIB$는 베타아밀로이드($A{\beta}\;plague$)라는 변성 단백질에 결합하여 뇌의 기능과 기억력을 서서히 감퇴시키는 비가역적인 질환인 치매를 조기에 감별할 수 있는 대표적인 방사성의약품이다. 지금까지 많은 실험실에서 $[^{11}C]PIB$는 자동화합성장치에서 $[^{11}C]methyl\;iodide$$[^{11}C]methyl\;triflate$를 만든 다음 loop나 vial 방법을 사용하여 methylation을 한 다음 HPLC로 정제를 하는 것이다. 하지만 기존의 보고된 방법은 시간이 오래 걸리며, HPLC와 같은 복잡한 시스템을 필요로 하여 소규모 실험실에서 합성하기에 적합하지 않으며, 최종 product에서 에탄올 함량이 높다는 단점이 있었다. 이러한 단점을 보완하기 위하여 카트리지만을 사용하여 카트리지에서 methylation과 purification을 동시에 실시함으로써 합성 시간을 단축하고, 비방사능이 높고, 낮은 에탄올 함량을 가진 $[^{11}C]PIB$를 합성 가능한지 확인하고자 하였다. 가장 널리 사용하는 카트리지 6종(CM, HLB, Alumina, C18, tC18, tC18 environmental을 선택하여 screening test를 실시하였다. 6-OH-BTA-0 1 mg을 c-HXO에 녹인 다음 6개의 카트리지에 loading를 한 다음 0.5 M MSP(pH 5.1) 20 mL로 정제를 한 다음 최종 fraction을 받아서 analytical HPLC로 전구체 잔류량을 측정한 결과 hydrophobicity가 낮은 계열(CM, HLB, Alumina)의 카트리지에서는 완충액으로 정제를 하였을 때 잔류전구체의 양이 많았으나, 탄소함량이 많은 계열의 카트리지(C18, tC18, tC18 environmental)에서는 잔류전구체의 양이 CM, HLB, Alumina 카트리지에 비하여 상대적으로 적었다. 완충액의 정제 농도와 부피를 최적화 하기 위하여 screening test에서 가장 좋은 결과를 나타낸 C18 series cartridge를 가지고 추가 실험을 진행하였다. 인산완충액 농도를 10 mM, 20 mM, 30 mM, 40 mM, 50 mM, 250 mM, 500 mM로 변화시켰으며, 에탄올 함량은 20%와 30%로 하여 용출액을 분석하여서, $[^{11}C]PIB$를 카트리지로 합성하기 위한 최적의 조합은 tC18 environmental cartridge와 0.5 M MSP 20 mL인 것을 알 수 있었다. 기존에 보고된 방법과 cartridge를 비교한 결과, 합성시간에서는 각각 15 ~ 18min, 8 ~ 9 min이 소요되었으며, product activity는 각각 $4.1{\pm}1.4\;GBq$ (n=41), $3.8{\pm}0.9\;GBq$ (n=3), 방사화학적 수율(based on HPLC analysis of the crude product)에서는 $13.9{\pm}4.4%$ (n=41), $12.3{\pm}2.2%$ (n=3)로 별다른 차이가 없었으며, 비방사능에 있어서는 HPLC purification method가 $78.7{\pm}39.7\;GBq/{\mu}mol$ (n=41), cartridge method가 $420.6{\pm}20.4\;GBq/{\mu}mol$ (n=3)로 카트리지 방법이 기존 방법보다 더 좋은 결과를 나타내었다. 또한, 잔류 용매(c-HXO)도 vial or loop method와 별다른 차이가 없었으며, 에탄올 함량에 있어서는 70%(기존 방법)에서 30%(카트리지 방법)로 두 배 이상 함량이 적다는 사실을 알 수 있었다. 지금까지 알아본바와 같이 cartridge method는 reported method(HPLC purification)에 비하여 더 향상된 결과를 보여준다는 사실을 확인하였다.