BACKGROUND: Recent studies have described the importance of bacteria that can degrade polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). Here we screened bacterial isolates from commercial gasoline for PAH degraders and characterized their ability to degrade PAHs, lipids and proteins as well as their enantioselective epoxide hydrolase activity, salt tolerance, and seawater survival. METHODS AND RESULTS: One hundred two bacteria isolates from commercial gasoline were screened for PAH degraders by adding selected PAHs on to the surface of agar plates by the sublimation method. A clear zone was found only around the colonies of PAH degraders, which accounted for 13 isolates. These were identified as belonging to Bacillus sp., Brevibacterium sp., Micrococcus sp., Corynebacterium sp., Arthrobacter sp., and Gordonia sp. based on 16S rRNA sequences. Six isolates belonging to Corynebacterium sp., 3 of Micrococcus sp., Arthrobacter sp. S49, and Gordonia sp. H37 were lipid degraders. Arthrobacter sp. S49 was the only isolate showing high proteolytic activity. Among the PAH-degrading bacteria, Arthrobacter sp. S49, Brevibacterium sp. S47, Corynebacterium sp. SK20, and Gordonia sp. H37 showed enantioselective epoxide hydrolase activity with biocatalytic resolution of racemic styrene oxide. Among these, highest enantioselective hydrolysis activity was seen in Gordonia sp. H37. An intrinsic resistance to kanamycin was observed in most of the isolates and Corynebacterium sp. SK20 showed resistance to additional antibiotics such as tetracycline, ampicillin, and penicillin. CONCLUSION: Of the 13 PAH-degraders isolated from commercial gasoline, Arthrobacter sp. S49 showed the highest lipid and protein degrading activity along with high active epoxide hydrolase activity, which was the highest in Gordonia sp. H37. Our results suggest that bacteria from commercial gasoline may have the potential to degrade PAHs, lipids, and proteins, and may possess enantioselective epoxide hydrolase activity, high salt tolerance, and growth potential in seawater.
토양으로부터 inulin을 기질로 하여 중합도가 큰 oligo당으로 가수분해하는 새로운 endo형 Inulinase 생산균주로, Arthrobacter sp. S37를 분리, 선발하였다. 본 효소의 생산은 inulin과 돼지감자 추출물에 의해 유도되었으며, 탄소원으로 1.5% 돼지감자 추출물, 유기질소원으로 1.0% yeast extract, 무기 질소원으로 0.5% $NaNO_3$를 사용하였을 때 효소 생산이 가장 많았다. 또한 최적 배양 pH와 온도는 각각 pH 8.0과 $30^{\circ}C$로 나타났다. 최적 배지와 최적 배양 조건하에서 배양한 결과 배양 24시간에 10.8 units/ml로 최대효소생산을 보였다.
The crude enzyme prepared from the culture supernantant of Arthrobacter sp. S37 was purified by Phenyl Toyopearl column chromatography. Six endo-inulinases were detected by activity staining on native PAGE and named Inu I to Inu VI. Endo-inulinase were further purified by DEAE cellulose column chromatography and band slicing. Inu II~VI produced mainly inulotriose (F3) and inulotetraose (F4) as well as a small amount of inulobiose (F2) and fructose in contrast to Inu I producing F3, F4 and F5 from inulin. The N-terminal amino acid sequence of native and six CNBr-cleaved fragment of Inu VI were determined. No homology was found in amino acid sequences between Inu VI and other fructan hydrolase including invertase reported.
Strain $CH7^T$, a pale yellow-pigmented bacterium and new isolate from deep subsurface water of the South Coast of Korea, was subjected to a polyphasic taxonomic study. $CH7^T$ grew between 5 and $37^{\circ}C$, pH 5.3-10.5, and tolerated up to 13% NaCl. A phylogenetic analysis based on 16S rRNA gene sequences showed that strain $CH7^T$ was associated with the genus Arthrobacter and phylogenetically closely related to the type strains Arthrobacter tumbae (99.4%) and Arthrobacter parietis (99.1%). However, DNA-DNA hybridization experiments revealed 2.1% and 12% between strain $CH7^T$ and Arthrobacter tumbae and Arthrobacter parietis, respectively. Thus, the phenotypic and phylogenetic differences suggested that $CH7^T$ should be placed in the genus Arthrobacter as a novel species, for which the name Arthrobacter subterraneus sp. novo is proposed. In addition, the type strain for the new species is $CH7^T$ ($=KCTC\;9997^T=DSM\;17585^T$).
치커리 추출액으로부터 올리고당을 생산하기 위하여 산과 효소에 의한 가수분해를 실시하였다. 이온교환수지를 통과한 당용액을 가수분해 시킨 결과 중합도 $3{\sim}5$인 올리고당의 함량은 $55^{\circ}C$에서는 가수분해 12분에, $65^{\circ}C$에서는 6분에 총당의 26%내외에 도달한 후 30분까지 거의 변하지 않았다. 30분 처리로 fructose, glucose 및 sucrose는 $55^{\circ}C$에서는 총당의 24.6%을 $65^{\circ}C$에서는 50.3%로 증가하고, 중합도 6 이상의 당은 총당의 49.5%, 23.0%로 각각 감소하여 산가수분해는 당중합도에 비선택적인 것으로 나타나 올리고당 생산방법으로는 부적합하였다. Athrobactor sp. S37의 정제 endo-inulinase를 사용하여 치커리 추출액을 $40^{\circ}C$에서 가수분해한 결과 18시간 가수분해물의 당조성은 inulobiose(F2)를 포함한 중합도 $3{\sim}5$의 올리고당이 총당의 66.1%, 중합도 6 이상이 23.0%, fructose, glucose 및 sucrose가 10.9%이었다. 가수분해전 fructose, glucose 및 sucrose 함량이 9.6%인 것을 감안하면 본 효소에 의한 가수분해는 고중합도의 당이 올리고당으로 선택적으로 전환되는 것으로 나타났다. 가수분해에 사용되는 조효소와 정제효소의 차이를 알아보기 위하여 중합도 $1{\sim}2$의 당들을 제거한 치커리당액을 각각 두 효소로 가수분해하였다. 정제 효소로 가수분해한 것과는 달리 조효소에 의한 18시간과 44시간 가수분해물에서는 fructose, F2 및 GF2가 검출되었으며 또한 F4의 생성이 가수분해 초기($2{\sim}8$시간)에서 훨씬 빨랐다. 두 효소의 44시간 가수분해물은 총당의 72%가 올리고당이었으며 올리고당의 주요 구성당은 F2, F3, F4의 inulo올리고당으로 총당의 $51.3{\sim}64.35$를 차지하였다. 따라서 endo-inulinase에 의한 가수분해는 효과적인 올리고당 생산방법으로 판단된다.
다환 방향족 탄화수소(PAH; polycyclic aromatic hydrocarbon)는 발암성, 돌연변이 유발성, 유전독성을 지니기 때문에 인체위해성이 큰 물질로 알려져 있다. 기존 PAH 분해 미생물 탐색 방법중 독성이 강한 유기용매에 PAH를 용해시켜 미생물에 직접 분무하는 분무법, 미생물과 직접 혼합하는 한천중층법은 미생물 생장에 영향을 줄 뿐만 아니라, 특히 많이 쓰이는 분무법의 경우 분무되는 PAH의 양을 조절하기가 어렵고 멸균상태를 유지하기가 힘들다는 단점이 있다. 그래서 본 논문에서는 이와 같은 단점을 보완한 방법으로 승화법(Alley, Jeremy F. and Lewis R. Brown. 2000. Use of sublimation to prepare solid microbial media with water-insoluble substrates. Appl. Environ. Microbiol. 66, 439-442)을 도입하여 적용하였다. 그 결과 상용휘발유 및 태안유류유출지 시료로부터 분리한 350분리균주 중에서 7균주가 단일 PAH 또는 복수의 PAH 분해에 관여했다. 특히 Corynebacterium sp. SK20, Rhodococcus sp. TA24, Streptomyces sp. TA27은 시험한 pyene, phenanthrene, naphthalene에, Gordonia sp. H37는 pyrene, naphthalene에, Arthrobacter sp. S49는, naphthalene, phenanthrene에 활성이 있었다.
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[게시일 2004년 10월 1일]
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